Усі козаки перебували на службі в царського уряду, за що одержували платню грішми, порохом, свинцем, борошном та крупами.
1750 року, в зв’язку з відновленням гетьманства в Україні, Запоріжжя було передане до відомства К. Розумовського.
Військо Нової Січі, яке розподілялося на 38 куренів, царський уряд намагався використати в майбутніх війнах проти Криму та Туреччини. А поки що запорожці мали охороняти південні кордони Московської імперії від нападів турків і татар. Під час російсько-турецьких воєн козаки діяли спільно з російським військом.
Проте з часом напруга у відносинах офіційного Петербурга із Запоріжжям помітно зросла. Спочатку до цього спричинився територіальний конфлікт, коли царський уряд пересилив на запорізькі землі вихідців із Сербії.
Запорожці чинили опір захопленню своїх земель, навіть пробували піднімати повстання, які царат жорстоко придушував. Практикувалися звернення до різноманітних російських установ, але й вони були марними.
Республіканські традиції, що зберігалися на Запоріжжі, аж ніяк не вкладалися в схему самодержавства, бо вони підривали престиж імперії. На Запоріжжя втікали кріпаки й усі не задоволені царизмом. Тут не існувало кріпосництва, російської адміністрації та феодально-бюрократичної системи. Цифри свідчать: якщо протягом 1775р. – 1774рр. на Січ утекло 3405 осіб, то пізніше тільки за 1775р. – 5393 осіб. 1768 року запорожці взяли активну участь в гайдамацькому русі та Коліївщині, які розгорталися на правому березі Дніпра, у містах польської України. Російський уряд мав переконливі свідчення про участь запорожців у селянській війні під проводом Омеляна Пугачова, що охопила значну частину Росії.
Остаточне знищення
Запорізької Січі
Панівні кола Російської імперії давно виношували плани ліквідації Запорізької Січі як „кубла бунтівників”. На початку 1775 року російські війська під командуванням генерала П. Текелія, повертаючись з турецького походу, раптово оточили Січ. У цей час на її території перебувала невелика кількість козаків. Щоб не проливати християнської крові, січова рада разом з кошовим Петром Колнишевським вирішила добровільно скласти зброю.
16 червня 1775 року січові укріплення були зруйновані, зброя та інші цінності були перевезені до Петербурга. Козацьку старшину та Петра Колнишевського звинувачено в зраді, заарештовано й ув’язнено в Соловецькому монастирі.
3 серпня 1775 року Катерина ІІ видала спеціальний маніфест, який офіційно сповіщав про причини ліквідації Січі. У цьому документі Січ зображена як кубло розбишак. Саме словосполучення „ запорізький козак” було заборонене й розглядалось як образа російської цариці.
Зруйнування Запорізької Січі було однією з найтрагічніших сторінок в історії України XVIII століття. З політчної арени зійшла грізна сила, яка більш як 3 століття захищала народ від ворогів, сприяла економічному та культурному піднесенню України. Січ була впливовою організацією, що десятиліттями стримувала процес закріпачення селян в Україні. На її теренах збиралися втікачі з внутрішніх українських земель, чужих країв.
Завдяки Запорізькій Січі на Лівобережжі кріпацтво було запроваджене лише з 1783 року, у той час як на Правобережжі кріпосницький лад існував задовго до цього часу. Запоріжжя активно протистояло царській експансії на українській землі, боронило її від польських магнатів турецько-татарських феодалів. Тому Запорізька Січ залишилася в народній пам’яті краєм, де кожен знаходив захист і волю.