Во время управления Туркестанским краем К. Кауфмана он особо оберегал от переселенцев земледельческие районы края, разрешая заселять свободные земли степных районов Семиреченской области. Он запретил покупку земель у туземного населения европейцами и в том числе русскими. Поэтому за первые два десятилетия русского управления Туркестаном, в крае официально поселилось лишь 2170 переселенцев-крестьян. В последующие годы местная администрация пыталась сдержать поток крестьян, но не могла его остановить без поддержки центра. Так в начале 1890-х годов из-за голода в Центральной России большая волна самовольных переселенцев хлынула в край. Из 15 тысяч прибывших туркестанской администрации удалось разместить лишь 2 тысячи крестьян на отчужденных у туземцев землях. Остальные русские переселенцы находились в нищенском состоянии. Генерал-губернатор А. Вревский в письме военному министру сообщал о недовольстве туземного населения отчуждением земель и выражал свои опасения новым наплывом переселенцев. Военный министр добился указаний начальникам Тамбовской, Самарской и Пензенской губерний, давших наибольшее число переселенцев, о принятии мер к прекращению самовольного переселения в Туркестанский край. Однако самовольное переселение в край продолжалось и администрации приходилось изымать у туземцев земли для размещения крестьян. Эти действия администрации вызвали беспокойство мусульманского населения и, как писал военный губернатор Сыр-Дарьинской области Н. Корольков, могли привести к серьёзным беспорядкам.
Опасаясь сокращения производства хлопка в Туркестане, С. Витте под влиянием московских мануфактурных фирм выступил против русского переселения в край. Вместе с военным министром они добились в 1896 г. принятия правительством решения, запрещающего переселения в Семиреченскую область. А в следующем 1897 г., туркестанский генерал-губернатор, не дожидаясь правительственного решения, своим циркуляром запретил переселение и в остальные области края. Однако самовольное переселение продолжалось и туркестанская администрация принимала меры против самовольного захвата земель мусульман.
Острая нехватка земли в Европейской России с одной стороны и информация о возможности получить бесплатную землю с другой, подымала русских крестьян с мест и гнала их в Приуралье, Сибирь, Туркестан. В Туркестанском крае наибольшее число переселенцев были выходцами из Воронежской, Самарской и Саратовской губерний, черноземных районов с самой высокой стоимостью земли в России.
Центральная администрация, несмотря на сопротивление большинства представителей туркестанской администрации, стояла за продолжение крестьянской колонизации. Эту позицию разделял и Николай II. На отчете военного губернатора Семиреченской области за 1904 г., где были написаны соображения по поводу устройства прибывших переселенцев, царь надписал: «надо настойчиво двигать колонизацию этого края» Резолюция дала сильный толчок переселенческой политике. Сыр-Дарьинская и Семиреченская области были объявлены переселенческими районами. Задача изыскания свободных земель в этих областях была возложена на чиновников Переселенческого управления, находившегося в подчинении министерства земледелия и государственных имуществ.
Голод в центральных районах России пригнал в 1905—1906 годах в Туркестанский край несколько десятков тысяч переселенцев и чиновники Переселенческого управления рьяно взялись за дело, выискивая излишки земли у туземцев. В своих действиях чиновники руководствовались мнением о том, что туземцы, с помощью казиев и биев, записали за собой большие количества земли, которые они фактически не обрабатывали. Действия переселенческих комиссий переполошили коренное мусульманское население и туркестанскую администрацию. Военный губернатор Семиреченской области писал в 1907 г. генерал-губернатору, что «свыше двадцати тысяч самовольных переселенцев … преимущественно бродяг ждут наделения землей. Переселенческая партия собирается наделить их орошенной, лучшей киргизской землей с усадьбами и пашнями. Результатом таких действий будет переход киргизов из нынешнего панического состояния к бунту». Опасался восстания и Военный губернатор Ферганской области. В том же году он писал о необходимости положить решительные преграды русской колонизации, «дабы не возбудить против русских туземное население Ферганы и без того находящейся в состоянии хронического брожения …», и далее — «русского переселения сюда ни в коем случае быть не может»
Другой причиной отрицательного отношения местной администрации к чиновникам Переселенческого управления было наделение последних большими полномочиями в области земельной политики, исключающее зависимость от генерал-губернатора. Таким образом были сокращены полномочия местной администрации, что подрывало её авторитет у мусульманского и русского населения. Русские переселенцы, зная отношение администрации к отторжению у туземцев земли, предпочитали иметь дело с чиновниками управления, игнорируя местные власти. Такое отношение возмущало администрацию.
К. Пален, после посещения Туркестана, указал в отчете, что имеющиеся в Туркестане небольшое количество свободной и подходящей для колонизации земли, требует большого количества ирригационных работ. Однако военные министры, зная мнение царя по переселенческому вопросу, не оказывали деятельной поддержки туркестанским генерал-губернаторам.
В декабре 1910 г. правительство предоставило Переселенческому управлению право отчуждать земли кочевников под переселенческие участки. Переселенческие чиновники, пользуясь этим правом, отнимали у казахов не только пастбищные земли, но и места зимовок с обрабатываемыми землями.
Конфискации вынуждали казахов официально переходить к оседлому образу жизни и таким образом закреплять за собой родовые земли. В действительности многие их них занимались и земледелием и выпасом скота. Это тяжело было скрывать от чиновников Переселенческого управления, которые изымали земли под выпас скота, объявляя их излишками. Жалобы туземцев и местных администраторов на Переселенческое управление ни к чему не приводили. [4]
Одним из важнейших факторов колонизации стал приезд врачей, инженеров, землеустроителей, ирригаторов, агрономов, ветеринаров и представители других профессий, до этого абсолютно неизвестных в этих местах. Одним из путей приобщения местного населения к европейской культуре, по мысли царского правительства, должно было быть создание русско-туземных школ и училищ с преимущественно русским языком обучения. С 1890-х годов всяческие прошения должны были подаваться только на русском языке, в результате резко возросла потребность в получении европейского образования.
Текстильная фабрика в Узбекистане (Прокудин-Горский)
Мусульманское духовенство, стремясь сократить отток учащихся из мактабов в русские и русско-туземные школы, вело пропаганду против правительственных школ. Многие родители опасаясь, что в государственной школе детей отучат соблюдать традиции, хранить исламскую веру и почитать родителей, продолжали давать детям традиционное мусульманское образование. Лишь относительно небольшая часть родителей посылала детей в казенные школы, стремясь таким образом дать возможность детям сделать карьеру на русской службе или преуспеть в посреднической торговле. Оптимальным выходом для части родителей стали новометодные школы, где детям давали не только религиозные, но и общие знания, включая русский язык. Быстро росла популярность этих школ. В 1908 г. их было 35, а в 1916 г. уже 92 по всему Туркестанскому краю. Тем не менее это количество было мизерным в сравнении 7665 мактабами и медресе, действующими в Туркестанском крае в 1913 г. Рост числа новометодных школ свидетельствовал об усилении позиций джадидов и пантюркистов, проводников идеи преобразования мусульманских школ. Это вызвало опасение туркестанской администрации. Не меньшие опасения рост новометодных школ вызвал у мусульманского духовенства. Оно боялось падения числа учащихся в мактабах и медресе, а также уменьшения своего идеологического влияния. [5]
Царская администрация считала, что плодами русской победы в Средней Азии должны воспользоваться только православные русские люди. Поэтому Туркестан был закрыт для иностранного, еврейского и татарского капиталов. Эти же категории были лишены возможности приобретать земли в Туркестане и в том числе в городах.
Но это не избавило русского купца и промышленника от конкуренции. Прекрасно знавшие местные условия и язык, коренные жители Средней Азии — мусульмане и бухарские евреи, имевшие право приобретать недвижимость, смогли очень быстро установить коммерческие контакты с промышленниками метрополии и сумели победить в конкурентной борьбе русских купцов, пользующихся протекционистской поддержкой со стороны администрации. Эта победа была особенно заметна в хлопковой промышленности. В другие же отрасли туркестанской экономики русские купцы и промышленники вкладывали капитал не активно.
Разочарованная тем фактом, что Туркестан не стал для России источником обогащения подобно тому каким была Индия для Англии, царская администрация со временем стала осторожно пересматривать свою ограничительную политику в области инвестиции. Сторонниками открытия Средней Азии для иностранного и «инородческого» капитала были представители биржевой торговли и туркестанского сельского хозяйства. Пересмотру ограничений содействовал С. Витте, однако после его отставки вновь был поднят лозунг «Туркестан для русских».