В 1481 году Перми Великой пришлось обороняться от вогуличей, которых возглавлял князь Асыка. При помощи устюжан Перми удалось отбиться, и уже в 1483 году на непокорных вогуличей был совершён поход. Экспедиция была организована с размахом: под командованием великокняжеских воевод князя Федора Курбского Черного и Ивана Салтыка-Травина были собраны силы со всех северных уездов страны. Поход оказался удачным, в его результате власти Московского государства подчинились князья обширного района, населённого преимущественно татарами, вогуличами (манси) и остяками (хантами).
Следующий, ставший наиболее масштабным, поход русских войск на Югру был предпринят в 1499—1500 годах. Всего в этой экспедиции приняло участие, согласно архивным данным, 4041 человек, разделённых на три отряда. Командовали ими московские воеводы: князь Семен Курбский (командуя одним из отрядов, он одновременно являлся и начальником всего похода), князь Петр Ушатый и Василий Гаврилов Бражник. В ходе этого похода были покорены различные местные племена, а в состав Московского государства вошли бассейны Печоры и верхней Вычегды. На земли, подчинённые в ходе этих экспедиций, была наложена дань пушниной.
Спустя пять лет после «стояния на Угре» Иваном III был сделан ещё один шаг к окончательному объединению русских земель: в состав Русского государства было включено Тверское княжество. В 1483 году вражда перешла в вооружённое противостояние. Формальным поводом к нему стала попытка тверского князя Михаила Борисовича укрепить свои связи с Литвой посредством династического брака и союзного договора. Москва отреагировала на это разрывом отношений и посылкой войск в тверские земли; тверской князь признал своё поражение и в октябре-декабре 1484 года заключил с Иваном III мирный договор. Согласно нему, Михаил признавал себя «меньшим братом» великого московского князя, что в политической терминологии того времени означало фактическое превращение Твери в удельное княжество; договор о союзе с Литвой, разумеется, разрывался.
В 1485 году, использовав в качестве повода поимку гонца от Михаила Тверского к литовскому великому князю Казимиру, Москва вновь разорвала отношения с Тверским княжеством и начала боевые действия. В сентябре 1485 года русские войска начали осаду Твери. Значительная часть тверских бояр и удельных князей перешла на московскую службу, а сам князь Михаил Борисович, захватив казну, бежал в Литву. Независимое великое княжество Тверское прекратило своё существование.
Присоединение Тверского княжества в 1485 году и его интеграция в Российское государство произошло достаточно мягко. Оно было фактически превращено в одно из удельных княжеств; Иван Иванович был поставлен «на великом княжении на тферском». При княжиче Иване был оставлен московский наместник. Тверь сохранила многие атрибуты самостоятельности: княжескими землями управлял особый Тверской дворец; хотя некоторые тверские бояре и князья и были переведены в Москву, новый тверской князь управлял княжеством при помощи тверской же боярской думы; удельные князья, поддержавшие Ивана III, даже получили новые вотчины. В 1490 году, после смерти Ивана Ивановича, Тверь на некоторый срок перешла ко княжичу Василию, а в 1497 году была у него отнята. К началу XVI века тверской двор окончательно слился с московским, а некоторые тверские бояре перешли в московскую думу.
В 1489 г. к Русскому государству была присоединена Вятка. Московские войска под командованием Даниила Щени добились капитуляции города и окончательно присоединили Вятку к Российскому государству.
С присоединением Вятки дело собирания русских земель, не входивших в Великое княжество Литовское, было закончено. Формально самостоятельными оставались только Псков и великое княжество Рязанское. Однако они находились в зависимости от Москвы. Расположенные на опасных рубежах Руси, эти земли часто нуждались в военной помощи великого князя московского. Власти Пскова уже давно не решались ни в чём перечить Ивану III. В Рязани правил юный князь Иван, который приходился великому князю внучатым племянником и был ему во всём послушен.
2.2. Свержение монголо-татарского ига.
Отношения с Ордой, и без того бывшие напряжёнными, к началу 1470-х годов окончательно испортились. Орда продолжала распадаться; на территории прежней Золотой орды, помимо непосредственного преемника («Большой Орды»), образовались также Астраханская, Казанская, Крымская, Ногайская и Сибирская Орды. В 1472 году хан Большой Орды Ахмат начал поход на Русь. У Тарусы татары встретили многочисленное русское войско. Все попытки ордынцев переправиться через Оку были отбиты. Ордынскому войску удалось сжечь город Алексин, однако поход в целом окончился провалом. В 1472 или в 1476 году Иван III прекратил уплату дани хану Большой Орды.
По сообщению «Казанской истории», непосредственным поводом к началу войны стала казнь ордынского посольства, отправленного Ахматом к Ивану III за данью. Согласно этому известию, великий князь, отказавшись выплачивать деньги хану, взял «басму лица его» и растоптал её; после этого все ордынские послы, кроме одного, были казнены. Впрочем, сообщения «Казанской истории», содержащие в том числе и ряд фактических ошибок, носят откровенно легендарный характер и, как правило, не воспринимаются современными историками всерьёз.
Так или иначе, летом 1480 года хан Ахмат двинулся на Русь. Ситуация для Московского государства осложнялась ухудшением отношений с западными соседями. Литовский великий князь Казимир вошёл в союз с Ахматом и мог напасть в любой момент, а расстояние от принадлежавшей Литве Вязьмы до Москвы литовское войско могло преодолеть за несколько дней. Войска Ливонского ордена напали на Псков. Ещё одним ударом для великого князя Ивана стал мятеж родных братьев: удельные князья Борис и Андрей Большой, недовольные притеснениями великого князя вместе со всем своим двором и дружинами отъехали к литовской границе и вступили в переговоры с Казимиром. И хотя в результате активных переговоров с братьями, в результате торгов и обещаний, Ивану III удалось предотвратить их выступление против него, угроза повторения гражданской войны не оставила Российское государство.
Выяснив, что хан Ахмат двигается к русской границе, Иван III, собрав войска, также направился на юг, к реке Оке. На помощь великокняжескому войску пришли также войска тверского великого князя. В течение двух месяцев готовая к бою армия ждала противника, однако хан Ахмат, также готовый к бою, не начинал наступательных действий. В течение августа и сентября Ахмат искал слабое место в русской обороне. Когда ему стало ясно, что Ока крепко охраняется, он предпринял обходной маневр и повёл свои войска к литовской границе, надеясь в районе устья реки Угры (приток Оки) прорвать линию русских полков.
30 сентября Иван III оставил войска и выехал в Москву, дав распоряжение войскам под формальным командованием наследника, Ивана Молодого, при котором также состоял его дядя, удельный князь Андрей Васильевич Меньшой, двинуться в направлении реки Угры.
На Угре начались ожесточённые столкновения. Попытки ордынцев переправиться через реку были успешно отбиты русскими войсками. Вскоре Иван III отправил к хану посла Ивана Товаркова с богатыми дарами, прося его отступить прочь и «улус» его не разорять. Хан потребовал личного присутствия князя, однако тот ехать к нему отказался; также князь отказался от предложения хана послать к нему сына, брата или известного своей щедростью посла Никифора Басенкова (ранее часто ездившего в Орду).
26 октября 1480 года река Угра замёрзла. Русская армия, собравшись вместе, отошла к городу Кременцу, затем к Боровску. 11 ноября хан Ахмат отдал приказ отступить. Небольшой татарский отряд сумел разорить ряд русских волостей под Алексиным, но после того, как в его направлении были отправлены русские войска, также отошёл в степь. Отказ Ахмата от преследования русских войск объясняется неподготовленностью ханского войска к ведению войны в условиях суровой зимы — как сообщает летопись, «бяху бо татарове нагы и босы, ободралися». Кроме того, стало совершенно ясно, что король Казимир не собирается выполнять своих союзнических обязательств по отношению к Ахмату. В погоню за отступающими ордынцами были отправлены небольшие русские силы. Иван III с сыном и всем воинством вернулся в Москву. Ахмат спустя несколько месяцев был убит в Орде заговорщиками, разделив судьбу другого неудачливого завоевателя Руси — Мамая.
Современникам спасение Руси показалось чудом. Однако неожиданное бегство Ахмата имело и земные причины, не исчерпывавшиеся цепочкой счастливых для Руси военных случайностей. Стратегический план обороны русских земель в 1480 г. был хорошо продуман и четко осуществлен. Дипломатические усилия великого князя предотвратили вступление в войну Польши и Литвы. Свою лепту в спасение Руси внесли и псковичи, к осени остановившие немецкое наступление.
«Стояние на Угре» завершилось фактической победой Российского государства, получившего желанную независимость.
2.3. Формирование централизованного государства.
Внутри государства постепенно отмирали пережитки политической раздробленности. Князья и бояре, ещё недавно обладавшие огромной властью, теряли её. Множество семей старого новгородского и вятского боярства насильно были переселены на новые земли.
В последние десятилетия великого княжения Ивана III, наконец, исчезли удельные княжества. После смерти Андрея Меньшого (1481 г.) и двоюродного дяди великого князя Михаила Андреевича (1486 г.) прекратили своё существование Вологодский и Верейско-Белозерский уделы. Печальна была судьба Андрея Большого, удельного князя углицкого. В 1491 г. он был арестован и обвинён в измене. Старший брат припомнил ему и мятеж в тяжёлом для страны 1480 году, и другие его «неисправления». Сохранилось свидетельство, что впоследствии Иван III раскаивался в том, сколь жестоко он обошёлся с братом. Но что-либо изменить было уже поздно — после двух лет заключения Андрей умер. В 1494 г. скончался последний брат Ивана III — Борис. Свой Волоцкий удел он оставил сыновьям Федору и Ивану. По завещанию, составленному последним, большая часть причитавшегося ему отцовского наследства в 1503 г. перешла к великому князю. После смерти Ивана III удельная система в прежнем своём значении никогда уже не возрождалась. И хотя он наделил своих младших сыновей Юрия, Дмитрия, Семена и Андрея землями, они уже не имели в них реальной власти. Уничтожение старой удельно-княжеской системы потребовало создания нового порядка управления страной.