17 марта 1997 г. первым заместителем председателя правительства были назначены Борис Немцов и Анатолий Чубайс. Последний одновременно возглавлял и Министерство финансов. Привлечение указанных лиц в правительство должно было продемонстрировать его обновление. Бывший губернатор Нижнего Новгорода Б. Немцов некоторое время даже считался одним из возможных преемников действующего президента. С апреля 1997 г., оставаясь первым заместителем председателя правительства, он одновременно руководил Минтопэнерго.
В качестве эффективной контрольной меры, направленной на борьбу с коррупцией, новым составом правительства было предложено ввести декларирование доходов высших государственных чиновников и членов их семей. Выполнение этого решения, столкнувшись с целой чередой скандалов, связанных с продекларированными доходами А. Чубайса, В. Черномырдина и Б. Немцова, в дальнейшем было фактически приостановлено. Была также начата кампания по поддержке отечественной промышленности путем «пересадки» государственных чиновников на отечественные марки автомобилей.
В ноябре 1997 г. состав правительства претерпел новые изменения. Была прекращена практика совмещения постов первых вице-премьеров и других должностей. Пост министра финансов, ранее занимаемы А. Чубайсом, перешел к М. Задорнову, а Минтопэнерго – от Б. Немцова к С. Кириенко. Оба первые вице-премьера, несмотря на критику оппозиции, сохранили свои посты.
Новый 1998 г. начался с важного политического шага Б.Н. Ельцина. В ответ на заявления оппозиции, что Ельцин добровольно власть не отдаст, 30 января он заявил, что не станет нарушать конституцию и выдвигать свою кандидатуру на третий срок президентства. Таким образом, помимо экономических проблем актуальность приобретал вопрос с определением кандидата на роль нового главы государства от правящих кругов. Свою заинтересованность в этом вопросе проявили финансовые деятели, в частности, Б.А. Березовский. Совмещение этих факторов и определило своеобразие российского политического процесса 1998 - 1999 гг.
23 марта 1998 г. Б.Н. Ельцин издал указ о роспуске Правительства. Бывшему главе Кабинета В.С. Черномырдину было предложено сосредоточиться на подготовке очередных выборов в парламент 1999 г. и президентских выборах 200 г. Исполняющим обязанности главы Правительства был назначен С.В. Кириенко (24 апреля, с третьего захода, его кандидатура была утверждена на заседании Государственно Думы). Отдельными указами были отправлены в отставку первый вице-премьер А. Чубайс и министр внутренних дел А. Куликов.
Столкнувшись с проблемой обеспечения выплат по государственным внешним и внутренним обязательствам (рынок ГКО), новое Правительство предприняло попытку проводить более жесткую экономическую политику, в том числе в налоговой сфере. Но последовавший за этим 10% рос цен привел к катастрофическому обвалу финансового рынка России. 17 августа 1998 г. Правительство и Центральный банк России сделали заявление о финансовом положении, объявив, практически, о банкротстве страны. Предпринятые Правительством в условиях кризиса меры оказались неэффективны. 23 августа правительство С. Киреенко ушло в отставку.
10 сентября Б.Н. Ельцин внес на рассмотрение Думы более «проходную» кандидатуру Е.М. Примакова, занимавшего ранее пост министра иностранных дел. На следующий день за него проголосовали большинство депутатов. Новым министром иностранных дел стал И. Иванов. Среди приоритетов нового правительства было сохранение единство России и поддержка отечественной промышленности. В состав кабинета вошли представители широкого спектра политических партий и движений: от коммунистов до умеренных либералов-рыночников. Данный состав обеспечил политическую и экономическую устойчивость внутреннего положения России в конце 1998 – первом квартале 1999 г.
Постепенно начали расти производственные показатели, отечественная промышленность укрепила свое положение в условиях оттока иностранного капитала. Вместе с тем различные взгляды на проблемы, стоящие перед экономикой России, не позволяли правительству предпринимать решительные меры. По мере приближения к выборам снижалась поддержка правительства и со стороны президентских структур, для которых все более очевидным становилось усиление позиций Е. Примакова как потенциального кандидата на пост президента от оппозиции.
27 апреля Б.Н Ельцин назначил С.В. Степашина первым заместителем председателя Правительства с сохранением за ним поста министра внутренних дел. А после отставки Е. Примакова, последовавшей 12 мая 1999г., С. Степашин был назначен исполняющим обязанности главы правительства. Обязанности министра внутренних дел стал исполнять В. Рушайло. Помимо приближающихся выборов перемены в высшем эшелоне власти были вызваны завершением работы комиссии Государственной Думы по подготовке импичмента был вынесен на обсуждение нижней палаты российского парламента. Однако Государственной Думе не удалось набрать необходимого конституционного большинства в 300 голосов ни по одному из 5 пунктов обвинения. За признание Б. Ельцина виновным в подписании Беловежских соглашений и развале СССР проголосовало 240 депутатов, против 72, недействительными были признаны 7 бюллетеней. Виновным в трагических событиях осени 1993 г. Б. Ельцина признали 263 депутата, против – 60 парламентариев, недействительными признаны 8 бюллетеней. За обвинение в развязывании чеченской войны проголосовали больше всего депутатов – 283, против – 43, недействительных бюллетеней – 4. В развале армии виновным президента счел 241 депутат, против высказалось 77, недействительных бюллетеней – 14. В геноциде Б. Ельцина обвинили 283 членов Государственной Думы, против высказались 88 депутатов, недействительных бюллетеней – 7.
В условиях провала процедуры импичмента Б. Ельцина 19 мая С. В. Степашин был утвержден Государственно Думой в качестве нового главы Правительства. В конце мая формирование Правительства было завершено.
Основным направление деятельности нового Кабинета министров стало урегулирование вновь обострившегося положения на Северном Кавказе. Первые случаи нападения чеченских боевиков на территорию Дагестана были зафиксированы еще в начале июня 1999 г. В течение последующих месяцев эти случаи участились. В первых числах августа произошло массовое вторжение вооруженных чеченских отрядов под командованием Ш. Басаева и Хаттаба в Цумандинский район Дагестана. Был осуществлен захват нескольких селений чеченскими боевиками в Ботлихском и других районах Дагестана. Численность вторгшихся вооруженных сил сепаратистов достигла по различным оценкам от 3до 8 тыс. человек. Лишь после неожиданного удара боевиков в августе 1999 г. с запозданием началась переброска в горные районы Дагестана дополнительных войск МВД и МО. Критика российской общественностью неубедительных действий правительства на Северном Кавказе привела к отставке 9 августа с поста главы Правительства С. Степашина. Исполняющим обязанности главы Кабинета был назначен В.В. Путин. На посту директора ФСБ его заменил Н. Патрушев. 16 августа кандидатура В.В. путина была утверждена Государственной Думой. Основные министерские посты остались за прежними руководителями.
Тогда же началась реализация программы по «зачистке» территории Дагестана от чеченских боевиков. Первый этап операции (освобождение всех захваченных населенных пунктов) был завершен через 10 дней, к 25 августа. Вытеснение отрядов боевиков за пределы Дагестана стало главной составляющей объявленного в последующие дни второго этапа операции. Однако в конце августа – начале сентября новая вылазка боевиков вновь привела к захвату населенных пунктов теперь уже в Буйнакском и Новолакском районах Дагестана. Затяжные бои выявили безусловную поддержку боевиков со стороны чеченского руководства. В этих условиях было проведено усиление группировки российских войск м конкретизации стоящих перед ними задач – ликвидация не только вторгшихся на территорию республики Дагестан сил боевиков, но и их опорных пунктов на территории Чеченской республики. Чеченские боевики решили ответить террором на активные действия правительственных войск. 5 сентября 1999 г. ими были взорваны жилые дома в военном городке Буйнакска (погибли 62 человека, искалечены 146), 9 и 13 сентября – в Москве на улице Гурьянова (погибли 102 человека, искалечены 214) и на Каширском шоссе ( погибли 24 человека), 16 сентября – в Волгодонске (погибли 17 человек). Эти трагические события подтверждали необходимость незамедлительного решения проблемы чеченских террористов, уничтожения их баз на территории Чечни.
В конце сентября, после освобождении Дагестанских селений, части российской армии перешли административную границу с Чечней. Ликвидация баз террористов в Чеченской республике, возобновление контроля над ее территорией стали одним из основных вопросов предвыборной президентской кампании В.В. Путина. Глава Правительства продемонстрировал готовность к решительным действиям по укреплению российской государственности. К 12 октября под контроль федеральных войск были взяты Наурский, Шелковской и Надтеречный районы. 12 ноября 1999 г. от террористов был освобожден Гудермес, второй по значению город Чеченской республики. Решительными действиями был заложен фундамент для окончательного разгрома сил боевиков в 2000 г. Рейтинг популярности нового премьера-государственника осенью 1999 г. стремительно рос.