Депутаты отвергли прежде всего те статьи, которые касались крепостных крестьян. Олицетворяемые широко известной Салтычихой принципы крепостничества поддерживались депутатами, только от дворянства, но и других сословий - все хотели иметь своих крепостных. Оказались ненужными и статьи, в которых было сказано: «Всякий человек должен иметь пищу и одежду по своему состоянию, и сие надлежит определить законом. Законы должны и о том иметь попечение, чтоб рабы и в старости и в болезнях не были оставлены».
Такой же участи постигла ссылка Екатерины на более свободное положение крестьян в «российской Финляндии» и ее вывод: «С пользою подобный способ можно бы употребить для уменьшения домашней суровости помещиков или слуг, ими посылаемых на управление деревень их беспредельное, что часто разорительно деревням и народу и вредно государству, когда удрученные от них крестьяне принуждены бывают неволею бежать из своего отечества». Императрица предлагает принять закон, который «может воспрепятствовать всякому мучительству господ, дворян, хозяев и прочее».
Социальный состав Комиссии выглядел следующим образом: из 564 депутатов 5 процентов приходилось на правительственные учреждения, от городов – 39, дворянства – 30, сельских обывателей – 14 процентов. На казаков, иногородцев и остальные классы приходилось всего 12 процентов.
Комиссия должна была выяснить народные нужды и пожелания (было получено до полутора тысяч депутатских наказов), согласовать их с высокими началами Наказа и составить новый, совершенный для России закон. Заседания комиссии открылись летом 1767 в Москве в Грановитой палате. Через полгода она была переведена в Петербург, где работала ещё год под председательством Бибикова А.И. Постепенно из состава комиссии были выделены специальные комитеты, работавшие над отдельными вопросами. В конце 1768 заседания большой комиссии были прекращены, подкомиссии работали ещё несколько лет. Конкретных практических результатов работа комиссии не принесла, т.к. представители каждого сословия отстаивали только свои интересы.
Всем депутатам гарантировались льготы и привилегии. Они навсегда освобождались от смертной казни, пыток, телесного наказания, конфискации имущества. Полагалось им и жалованье сверх получаемого по службе: дворянам - по 400 рублей, горожанам - по 122, всем прочим - по 37. Имения депутатов не подлежали конфискации за исключением случаев, когда надлежало расплатиться за долги; решение суда относительно депутатов не приводилось в исполнение без благословения императрицы; за оскорбление депутата взыскивался двойной штраф; депутатам вы давался особый знак с девизом: «Блаженство каждого и всех».
Относительно спокойно прошло избрание 18 частных комиссий для сочинения законов, и начались рабочие будни депутатов, окончательно отрезвившие Екатерину. Она из-за портьеры скрытно наблюдала за всем происходящим в зале и время от времени посылала записочки с наставлениями порой терявшемуся председателю, генерал-аншефу А. И. Бибикову. Вместо ожидаемого ею делового обмена мнениями начались бурные дебаты представителей разных сословий, когда ни одна из сторон ни в чем не хотела уступать другой. Дворяне с тупым упрямством отстаивали свое монопольное право на владение крестьянами, а купечество - на занятие торговлей и промышленностью. Более того, едва ли не в первую очередь купцы ставили вопрос о возврате недавно отнятого у них права покупать крестьян к заводам. Но здесь императрица была тверда и неуступчива: "Невольные руки хуже работают, нежели вольные, и покупки фабрикантами деревень - прямое истребление земледелия", являющегося главным, по ее убеждению, источником существования человечества. Столь же истово купечество выступало и против торговой деятельности крестьян, руководствуясь исключительно своими узкосословными, корыстными интересами.
Не было единства и среди представителей господствующего класса: дворяне с национальных окраин желали уравняться в правах с дворянством центральных губерний, а депутаты от родовитого дворянства во главе со своим лидером - прирожденным оратором и полемистом князем М. М. Щербатовым - высокомерно противопоставляли себя мелкому дворянству и выступали за решительную отмену тех положений петровской Табели о рангах, по которым дворянское звание могли получать за заслуги представители других сословий
Наибольший гнев дворян-крепостников, из которых в основном и состояли дворянские избранники, вызвали робкие призывы некоторых их же собратьев ограничить произвол помещиков. Дворянство, пользуясь своим большинством, все смелее требовало расширения помещичьего права на личность крестьянина и плоды его труда. Раздались голоса и о применении смертной казни к наиболее непокорным из крестьян. Но росло количество выступлений и противоположного характера, особенно после того, как в июле 1768 года на общее обсуждение был вынесен подготовленный в частной комиссии законопроект о правах дворян. Почти 60 депутатов, в том числе и "своих", дворянских, подвергли острой критике предложенный документ. Это не могло не обеспокоить императрицу, вовсе не желавшую продолжать прения в подобном неконструктивном духе: депутаты ни на йоту не смогли приблизиться к единому решению вопроса о дворянских правах.
Некомпетентность депутатов, их неспособность подняться до понимания провозглашенных в "Наказе" идей произвели на императрицу столь угнетающее впечатление, что для "просвещения" депутатов прибегли к необычной мере: день за днем им стали громко и внятно читать все принятые с 1740 по 1766 год законы об имущественных правах, а также Соборное Уложение 1649 года и еще около 600 разнообразных указов. Трижды подряд вновь и вновь оглашали екатерининский "Наказ". Работа Комиссии была фактически парализована, и в конце 1768 года с началом русско-турецкой войны ее "временно" (а как оказалось, навсегда) распустили. Хотя некоторые частные комиссии продолжали работать вплоть до 1774 года.
Новый кодекс законов при Екатерине не был составлен. Работа Комиссии оказалась бесплодной, обширное делопроизводство сохранило лишь значение памятника общественно-исторической мысли России эпохи Екатерины II.
В целом политика Екатерины II, несмотря на ее либеральные начинания, носила продворянский характер, причем наибольшим консерватизмом отличался период, последовавший за восстанием Пугачева.
Стремление Петра I перестроить местное управление на началах коллегиальности участия в нем дворянства не получило практического воплощения, но сама идея не умерла. Уже при Елизавете Петровне проект Нового уложения, составленный с четом предложений сословных депутатов, отразил желание дворянства участвовать в местном управлении. После принятия в 1762 г. Манифеста о вольности дворян вопрос сословных правах получил особое значение. В наказах депутатов Уложенной комиссии, созванной Екатериной II в 1767 г., эти предложения высказывались еще настойчивее. Желание дворян управлять провинцией совпало с планами Екатерины II найти средство для привлечения дворян к службе при уничтожении обязательной службы.
Реформа местного управления была разработана с учетом наказов депутатов комиссии 1767 г., представлявших все сословия России и дружно отстаивавших принцип выборной сословной (преимущественно дворянской) службы. Московское государство не знало сословий как замкнутых объединений, наделенных общими, равными для всей группы наследственными правами и обязанностями, характерных для социальной структуры европейских стран. Сословные группы того времени носили тяглый характер, а их значение и состав определялись прикреплением той или иной государственной службе. Петр I еще более осложнил эту «разверстку» :сословных повинностей", но не создал сословий. При его преемниках началось обратное движение: повинности свободных групп населения постепенно облегчались, а права уточнялись и расширялись, что вело к формированию сословий. Но к началу правления Екатерины II этот процесс не был завершен.
Реформы последней четверти XVIII в. стали важным этапом в процессе превращения сословных групп в "регулярные" сословия, этапом, подготовившим их сближение, а впоследствии и общую деятельность в местном управлении. С этого времени можно говорить о сословных корпорациях и сословном самоуправлении, определявших характер местного управления на протяжении первой половины XIX в.
Первым шагом по осуществлению реформы местного управления стал Манифест 14 декабря 1766 г., определявший порядок выборов депутатов Уложенной комиссии. Именно тогда были заложены начала дворянского самоуправления: введены уездные предводители дворянства и уездные дворянские собрания. Этот закон наметил контуры и будущей городской реформы. Он вводил выборных городских голов и новое понятие "город", который включал всех домовладельцев и был уже не тяглой, а юридической единицей. Предводители и головы избирались в качестве председателей на выборах депутатов, но они сохранились и после закрытия Комиссии, а в 1785 г. возглавили созданные Жалованными грамотами дворянское и градское общества.
Уложенная комиссия оставила в наследство законодателям не только идеи и новые выборные должности, но и новый порядок выборов, доживший во многих местах, включая Москву, до лета 1917 г. Манифест 14 декабря 1766 г. вводил баллотировку шарами. Это новшество имело огромное значение, так как с этого времени выборы стали формой волеизъявления избирателей, а не формой поручительства и материальной ответственности за действия избранного лица. Участие в выборах из повинности превращалось в право.