В инструкции архиеп. Евгения, выданной первым алтайским миссионерам, содержалось указание относительно переводческой деятельности миссионеров: «Обращаясь между инородцами, рекомендовать ему, отцу архимандриту, и будущим с ним семинаристам учиться языку их и узнавать обычаи и веру их; и коль скоро достигнут достаточного познания языка их, переводить им на оный книги Священного Писания, во-первых Новый Завет, Псалтирь, и, кроме сих, Символ веры, молитву «Отче наш», заповеди, катехизис и некоторые, по выбору, жития святых отцов» (Сборник исторических материалов о жизни и деятельности настоятеля болховского Троицкого Оптина монастыря отца архимандрита Макария Глухарёва. Орёл, 1897. С. 19). Изучив диалекты жителей Горного Алтая, архим. Макарий создал алтайскую азбуку, сделал первые переводы на наречия алтайцев и т. о. положил начало их письменности, к-рая была создана им на основе кириллицы, а алтайский лит. язык сформировался на основе телеутского наречия с обогащением его за счет наречий др. народностей Горного Алтая. Огромную помощь в переводах прп. Макарию оказал обращенный им в Православие юноша-телеут М. Чевалков, ставший впосл. первым священником из алтайцев и известным алтайским писателем.
За время своего пребывания на Алтае архим. Макарий перевел для алтайцев почти все Евангелие, избранные места из Деяний св. апостолов, Первое послание Иоанна Богослова, многие псалмы, историю прав. Иосифа, др. избранные места из книг ВЗ, краткий катехизис, 10 заповедей с изъяснением, составил краткую Свящ. историю и вопросы на исповеди. Предоставляя в 1841 г. на рассмотрение свт. Филарета (Дроздова) рус. азбуку для обучения детей, прп. Макарий писал: «Миссия приготовляет уже для представления церковному начальству сообразную сей славянской и русской азбуке азбуку на телеутском наречии, которое в близком сродстве со всеми другими наречиями здешних инородцев и для всех их понятное»Понимая, что перевести всю Библию на алтайский язык в краткое время не удастся, прп. Макарий составил в 1841 г. на рус. языке извлечения из Свящ. Писания, назвав их «Алфавитом Библии». «Алфавит Библии» состоит из 2347 стихов, расположенных в той последовательности, к-рую о. Макарий счел наиболее удобной для оглашения алтайцев и для утверждения их в вере. Ветхозаветные тексты «Алфавита Библии» приводились в переводе самого архим. Макария - одного из первых переводчиков Свящ. Писания с евр. языка на рус. Публикация «Алфавита Библии» на рус. языке открыла бы путь для его напечатания на алтайском языке, что в свою очередь положило бы начало алтайскому книгоизданию. Однако 30-40-е гг. XIX в. были неблагоприятными для переводов Библии на рус. язык, и издание «Алфавита Библии» встретило непреодолимые препятствия. В кон. 1842 г. рукопись «Алфавита Библии» была сдана в архив Синода (РГИА. Ф. 834. Оп. 4. Д. № 381). Начало книгопечатания на алтайском языке задержалось до сер. 60-х гг. XIX в.
За 13 лет и 8 месяцев руководства миссией прп. Макарием были крещены 675 взрослых алтайцев и более 700 детей. Оглашенных евангельской проповедью о. Макарий допускал ко крещению с большой осторожностью и никогда не гнался за числом новокрещеных. Он сначала узнавал о поведении желающих принять крещение, учил послушанию буд. восприемникам, требовал знания основ правосл. вероучения и кратких молитв и тогда решался крестить оглашаемого. К 1844 г. в А. д. м. насчитывалось 15 сотрудников, 3 церкви, 3 стана, 2 школы, 4 селения для новокрещеных алтайцев. Заложив основание миссионерского дела на Алтае, архим. Макарий из-за болезни по собственному прошению уволился за штат. 4 июля 1844 г. он выехал из Улалы. Определением Синода он был назначен настоятелем Болховского Троицкого Оптина мон-ря Орловской епархии, где скончался 18 мая 1847 г. со словами: «Свет Христов просвещает всех!» До учреждения Томской епархии (1834) Бийский и Кузнецкий округа Томской губ., на к-рые распространялась деятельность А. д. м., входили в состав Тобольской епархии. С 1834 г. А. д. м. стала находиться под управлением Томских архипастырей.
Преемником прп. Макария в руководстве А. д. м. стал его ближайший помощник - прот. Стефан Ландышев (1844-1865), назначенный Синодом по рекомендации свт. Филарета, к-рый предпочел его более образованным, но не испытанным в миссионерском деле кандидатам. При о. Стефане заметно увеличился штат миссии. В 1858 г. в ней трудилось уже 18 священников, 12 монахов и 4 псаломщика. Публикации об А. д. м. в центральных церковных периодических изданиях стали привлекать благотворителей, без помощи к-рых невозможно было удовлетворить даже самые необходимые нужды новокрещеных. За 21 год управления миссией прот. Стефаном св. Крещение приняли ок. 3150 чел., были открыты 2 новых миссионерских стана, в 6 алтайских поселениях были устроены церкви и молитвенные дома, в Мыютинском, Макарьевском, Черноануйском, Кузедеевском, Урсульском, Чемальском и Кебезенском станах А. д. м. открыты миссионерские школы. Трудами о. Стефана было положено начало устроению на Алтае миссионерских мон-рей. В 1863 г. учреждена Улалинская жен. община новокрещеных, обращенная в 1881 г. в Улалинский во имя свт. Николая жен. мон-рь, 15 февр. 1864 г. в с. Чулышман на Телецком оз. была учреждена община, в 1879 г. преобразованная в Чулышманский в честь Благовещения Пресв. Богородицы муж. мон-рь. Позднее при обоих мон-рях и при Чемальской жен. общине (учреждена в 1911) были созданы приюты для детей-сирот. В 1863 г. прот. Стефан получил разрешение готовить новокрещеных для церковнослужения, и т. о. для алтайцев и шорцев открылась возможность вступления в духовное сословие. К 1865 г. была переведена и напечатана на алтайском языке Божественная литургия свт. Иоанна Златоуста, было получено разрешение Синода совершать богослужение на алтайском языке.
Алтайские миссионеры уделяли большое внимание внебогослужебным чтениям и собеседованиям. В первое время миссионеры читали душеполезные книги новокрещеным алтайцам в их юртах. Затем стали собирать их вместе для чтения под открытым небом - летом, в помещении - зимой. Впосл. этот обычай распространился по многим городам Томской епархии. В «Томских ЕВ» публиковались расписания и сообщения о внебогослужебных чтениях. В нач. XX в. в Улале, а затем в Бийске миссионеры ежегодно собирались на Миссионерские братские съезды, проведение к-рых было приурочено ко дню тезоименитства архим. Макария (19 янв.), на съездах обсуждались важнейшие вопросы миссионерской деятельности, читались записки и дневники миссионеров, к-рые вели их по примеру основателя А. д. м. Существуют десятки опубликованных и сотни неопубликованных записок, дневников, путевых заметок алтайских миссионеров, ценных как исторические источники и лит. произведения.
К 1864 г. в миссии трудились 9 миссионеров (1 протоиерей, 4 священника, 4 иеромонаха), а также иеродиакон, диакон и 8 причетников, вместе с переводчиками - 29 чел. А. д. м. занималась активной благотворительностью: обучением алтайцев оседлому ведению хозяйства, земледелию, огородничеству и проч., лечением больных (в частности, делались прививки от оспы), помощью бедным, убогим, слепым и престарелым (хлебом, одеждой, земледельческими орудиями, покупкой скота и проч.). В 1858-1863 гг. было приобретено 37 домов для бедных алтайцев. Между тем на большинство социальных и даже миссионерских проектов А. д. м. не получала правительственных субсидий. До 1858 г. на нужды миссии из казны отпускалась сумма в 571 р. 41 к., что позволяло выделять на содержание членов миссии от 10 до 80 р. в год. В 1858-1864 гг. содержание А. д. м. неск. улучшилось, поскольку к прежней сумме на жалованье и служебные нужды миссии стали отпускаться по 4000 р. в год из сумм Святейшего Синода. Однако строительство церквей в новокрещеных селениях, домов для членов миссии и школ грамотности осуществлялось на благотворительные пожертвования, каковые в 1858-1863 гг. составляли от 400 до 3500 р. в год. Помимо финансовых трудностей жизнь алтайских просветителей изобиловала опасностями, сопряженными с их миссионерской деятельностью: во время путешествий миссионеры не раз падали с крутых обрывов в реки, проваливались под лед при переправах, ночевали на болотах и в горах в буран и мороз, подвергались нападениям со стороны раскольников и беглых каторжан.
В кон. 50-х - нач. 60-х гг. XIX в. алтайских миссионеров обвиняли в насильственном крещении инородцев и преследовали судебными тяжбами. 24 нояб. 1865 г. Святейший Синод назначил нового начальника миссии - архим. Владимира (Петрова), к-рый сумел не только оправдать миссионеров, но и развернул активную деятельность по дальнейшему развитию миссии. Накануне своего назначения архим. Владимир участвовал в учреждении в С.-Петербурге Православного миссионерского об-ва для содействия Алтайской и Забайкальской миссии. Под его руководством к сер. 80-х гг. XIX в. А. д. м. достигла своего расцвета: открывались новые станы, получившие наименования «отделений миссии», увеличилось число священников-миссионеров и др. сотрудников миссии. В 1866 г. А. д. м. имела 11 церквей, 10 школ, число новокрещеных достигло 5000 чел. К 1879 г. в 10 отд-ниях миссии было 28 церквей и молитвенных домов. Кроме начальника А. д. м. миссионерские труды несли 12 миссионеров (1 игумен, 1 протоиерей, 3 иеромонаха и 7 священников), 2 диакона и 25 сотрудников миссии, состоявших в звании причетников, переводчиков (толмачей) и учителей миссионерских школ. Помогали им и заштатные миссионеры, в т. ч. прот. Стефан Ландышев († 1882). В 1882 г. Киргизское отд-ние А. д. м. стало самостоятельной Киргизской миссией. Согласно отчету обер-прокурора Святейшего Синода, трудами алтайских миссионеров и нек-рых приходских священников в 1879 г. было «просвещено святым Крещением 313 язычников и 23 магометанина», в 13 миссионерских школах обучалось 310 чел. (200 мальчиков и 110 девочек). Особое место занимало центральное миссионерское уч-ще в Улале. В 1879 г. в нем воспитывались 18 мальчиков, к-рые не только изучали общеобразовательные и церковные дисциплины, но и обучались ремеслам, а нек-рые и иконописанию. Руководителем иконописного класса был иером. Антоний (Петров), брат архим. Владимира.