В А. д. м. всегда уделялось особое внимание образовательной деятельности. «Ученика сделать грамотным» - в этом заключалась педагогическая задача миссионерской школы и ее первая цель. «Из ученика сделать истинного христианина» - такова была воспитательная задача миссионерской школы и ее более высокая цель. Миссионерские школы подразделялись на 3 уровня: двухклассные, одноклассные и школы грамоты. (В 1917 из 84 школ в А. д. м. 3 являлись двухклассными, 16 - школами грамоты, остальные были одноклассными.) Обучение было совместным - мальчики учились вместе с девочками, алтайцы или шорцы - с русскими, вместе со всеми учились, если выражали желание, старообрядцы и дети язычников. Известны 2 примера, когда миссионеры открывали школу для детей язычников. К нач. XX в. большинство священников-миссионеров и учителей миссионерских школ А. д. м. были природными алтайцами и шорцами - выпускниками миссионерских школ, они сумели донести евангельскую проповедь до самых отдаленных уголков Горного Алтая и Горной Шории.
В 60-80-х гг. XIX в. активно переводились книги на алтайский, шорский и киргиз. языки, создавались оригинальные сочинения миссионеров на этих языках. В 1876 г. под руководством архим. Владимира была создана Алтайская переводческо-цензурная комиссия, в деятельности к-рой принимали участие лучшие воспитанники Бийского миссионерского катехизаторского уч-ща. Наибольший вклад в переводческую деятельность А. д. м. внесли прот. Василий Вербицкий, составивший «Словарь алтайского и аладагского наречий тюркского языка» (Каз., 1884) и крестивший за 36 лет служения в А. д. м. 2117 алтайцев, иером., впосл. митр. Московский свт. Макарий (Невский) и прот. Михаил Чевалков. Благодаря трудам миссионеров сформировался алтайский лит. язык, что в свою очередь стало решающим фактором консолидации различных тюркоязычных народностей Алтая в единый алтайский народ.
В 1864-1869 гг. алтайские книги печатались в Синодальной типографии в Петербурге. В 70-80-х гг. XIX в. ряд книг на алтайском и шорском языках был опубликован в Казани с помощью переводческой комиссии свт. Гурия Казанского братства при непосредственном участии Н. И. Ильминского - «Грамматика алтайского языка» (1869), «Алтайский букварь» (1882), «Указание пути в Царствие Небесное» (1884), «Шорский букварь» (1885), «Жития святых» (1882-1884. 4 вып.) и др. С кон. 80-х гг. книги на алтайском языке печатались в Томске и Бийске.
В 1875 г. на средства прот. Николая Лаврова, пожертвовавшего 1500 р., в Улале была открыта миссионерская больница, при к-рой имелась аптека. При лечебнице в 1878 г. был создан приют для малолетних детей (в 1890 в нем жили 11 мальчиков и 22 девочки). В 1889 г. лечебница в Улале была упразднена, ее помещения отошли приюту, больница была переведена в Бийск, в 1890 г. на излечении в ней находилось 136 чел. В 1877 г. в Улале было создано приходское попечительство для помощи бедным. Впосл. такие попечительства создавались и в др. отд-ниях А. д. м. Из попечительств выдавалась помощь пострадавшим от пожара или наводнения, безродным и сиротам. В 1879 г. по ходатайству афонского иером. Арсения (Минина) из мон-ря св. вмч. Пантелеимона А. д. м. была пожертвована икона св. великомученика. Доставленная сначала в Томск, икона была торжественно принесена в Улалу - центральный стан миссии. С тех пор на Алтае стало возрастать почитание вмч. Пантелеимона, к-рого алтайские миссионеры именовали «несменяемым начальником миссии». В 1880 г. архим. Владимир был хиротонисан во епископа Бийского, викария Томской епархии, с сохранением управления А. д. м. В дальнейшем Бийскими архиереями, являвшимися также начальниками миссии, становились лица, прошедшие миссионерскую школу в А. д. м., единственным исключением было назначение еп. Бийским Сергия (Петрова; 1899-1901). За время управления миссией еп. Владимиром (1865-1883) в христианство из язычества, ислама и старообрядчества было обращено 6679 чел., построено 28 церквей и молитвенных домов, основано 19 новокрещенских селений, устроено для миссии 30 новых зданий. При расставании с алтайской паствой в 1886 г. в связи с переводом на Ставропольскую кафедру еп. Владимир произнес молитву, к-рая получила название «Молитва алтайского миссионера» и стала своеобразным завещанием третьего начальника А. д. м. сотрудникам миссии. Непрестанной молитвы, смирения, терпения, разума и любви прежде всего искали и желали алтайские миссионеры.
Преемником еп. Владимира на посту начальника А. д. м. стал еп. Бийский свт. Макарий (Невский; 1883-1891) - «второй Макарий», как звали его новокрещеные алтайцы.
Он поступил в А. д. м. в 1855 г. по окончании Тобольской ДС, трудился в миссии 36 лет и прошел все ступени миссионерского служения от катехизатора и учителя миссионерской школы до начальника миссии. После перевода на Томскую (1891), а затем на Московскую (1912) кафедры свт. Макарий не оставлял попечения о миссии и был ее духовным руководителем. Еп. Макарию принадлежит особая заслуга в создании большого числа миссионерских школ и в деле издания книг на алтайском языке. В 1883 г. в Бийске было открыто миссионерское катехизаторское уч-ще, в 1890 г. по ходатайству еп. Енисейского Тихона (Донебина) учащим и учащимся уч-ща были дарованы права учащих и учащихся духовных уч-щ. 21 сент. 1884 г. было создано Бийское противораскольническое братство свт. Димитрия Ростовского. При поддержке Православного миссионерского об-ва А. д. м. окрепла и в материальном отношении. В 1890 г. на содержание Алтайской и Киргизской миссий поступило от Православного миссионерского об-ва и различных жертвователей 38906 р. 24 к. ассигнациями и 2515 р. 20 к. процентными билетами. Всего же капитал А. д. м. в 1890 г. составил 42224 р. 22 к. ассигнациями и 27421 р. 20 к. процентными билетами. Из этих сумм на жалованье и пенсионное пособие членам и сиротам А. д. м. было истрачено 14159 р. 86 к., на содержание Бийского катехизаторского уч-ща и школ миссии - 9290 р. 15 к., на новокрещеных - 2453 р. 54 к., на церкви и станы миссии - 2609 р. 72 к. и проч.
22 авг. 1920 г. свт. Макарию по предложению Святейшего Патриарха Тихона пожизненно был присвоен титул митрополита Алтайского. После свт. Макария А. д. м. руководили Бийские епископы Владимир (Сеньковский; 1891-1893), Мефодий (Герасимов; 1894-1898), Сергий (Петров; 1899-1901), Макарий (Павлов; 1901-1905), Иннокентий (Соколов; 1905-1924). В это время трудились выдающиеся миссионеры-подвижники протоиереи Арсений Ивановский, Василий Постников, Гавриил Оттыгашев и др. С 1904 г. А. д. м. вынуждена была противостоять распространению бурханизма - алтайской формы ламаизма, претендовавшего на роль национальной религии алтайцев.
К 1917 г. А. д. м. имела 31 миссионерское отд-ние, обнимавшее 434 селения с числом крещеных алтайцев и шорцев 46729 чел. В состав миссии входили 3 миссионерских мон-ря: Николаевский Улалинский жен., Благовещенский Чулышманский муж., Бийский Тихвинский жен. (учрежден как община в 1897, с 1900 - мон-рь) - и 2 миссионерские иноческие общины: в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость» в Чемале и Матурская в честь Иверской иконы Божией Матери (учреждена в 1913). К этому же времени в 84 школах обучалось 3297 чел. (2071 мальчик и 1226 девочек, из них детей коренных жителей - 971 мальчик и 363 девочки), каждая школа имела свою б-ку.
Летом 1917 г. распоряжением Временного правительства (см. Февральская революция 1917 г.) школы и школьные б-ки были отобраны у миссии, после этого большинство школ прекратило свое существование, т. к. новая власть не смогла обеспечить их содержание. С установлением в 1920 г. на Алтае советской власти (см. Октябрьская революция 1917 г.) централизованное управление А. д. м. было нарушено, в 20-30-х гг. XX в. все миссионерские станы, мон-ри, часовни и др. учреждения были закрыты.
Возрождение миссионерской деятельности среди алтайцев и шорцев началось в кон. 80-х гг. XX в.- в период празднования Тысячелетия Крещения Руси, стали открываться правосл. приходы в городах и селениях, где прежде были центры отд-ний или станы А. д. м. (входят в совр. Барнаульскую и Кемеровскую епархии РПЦ). В 1995 г., во время посещения пос. Усть-Анзас Таштагольского р-на Кемеровской обл., еп. (ныне архиеп.) Кемеровский и Новокузнецкий Софроний (Будько) благословил возобновление учрежденного в 1878 г. Усть-Анзасского миссионерского стана Кузнецкого отд-ния А. д. м. С нояб. 1996 г. Барнаульской епархией издается газ. «Алтайская миссия», публикующая материалы, посвященные истории А. д. м., культуре коренного населения Горного Алтая, агиографические материалы, епархиальную хронику и др. В Онгудае найдено место погребения прот. Михаила Чевалкова. 25-26 июня 1999 г. в Алтайском гос. ун-те (Барнаул) состоялась научно-практическая конференция «Путь Православия на Алтае», посвященная 170-летию основания А. д. м.