В церковной печати 1860-х годов широко обсуждался вопрос реформирования среднего и высшего духовного образования. К 1867–1869 специальный комитет разработал уставы семинарий, духовных училищ и академий. Теперь управление духовными школами принадлежало Учебному комитету при Синоде вместо прежнего управления, подчиненного обер-прокурору. Внутренняя администрация строилась на началах коллегиальности и самоуправления. Существенным изменениям подверглись учебные планы. Круг наук сократился. Из учебных планов Академий исключили физико-математические дисциплины, что позволило сосредоточиться на богословских предметах и придать их преподаванию научный характер. Для работы над кандидатской и магистерской диссертациями оставлялись лишь лучшие студенты. Магистерские диссертации подлежали публичной защите. После проведения реформы в 1870-е годы начался быстрый рост числа духовных учебных заведений. Стараниями митрополита Филарета в 1860-е годы была возобновлена работа над переводом Библии, и в 1876 вышло первое издание Библии на русском языке.
Эпоха Александра III вошла в историю как эпоха реакции на либеральные реформы 1860-х годов. Церковную политику теперь осуществлял К.П.Победоносцев (1827–1907, обер-прокурор с 1880 по 1905). Новый глава Синода заявлял, что правительство стремится к практическому применению древнего канонического церковного права соборно обсуждать важнейшие вопросы, однако на деле сохранялся жесткий государственный контроль над церковью. Русский епископат получил лишь право созывать окружные соборы архиереев. В конце 19 в. окончательно отошла в прошлое сословная замкнутость духовного чина. Возвышение духовенства на сословной лестнице сблизило его с дворянской интеллигенцией, с представителями академической науки. Причисленный к лику святых Иоанн Крондштадский, пастырь, принадлежавший к белому духовенству, прославился не только своими проповедями, но и глубокими богословскими сочинениями. Однако это явление имело и свою оборотную сторону: непомерно большое число выпускников семинарий и академий стали уходить в университеты, в светскую науку. Победоносцев не преминул усилить церковно-охранительные меры в системе духовного образования: отменили выборное начало управления, упразднили специализацию по отделениям. С другой стороны, Победоносцев стремился расширить влияние духовенства на народное образование и способствовал значительному росту числа церковно-приходских школ.
Вступление на трон Николая II, человека искренней веры, принесло с собой оздоровление общего климата в духовной жизни России. Умножилось число канонизаций. За короткое царствование последнего императора к лику святых были причислены Феодосий Черниговский, Иоасаф Белгородский, Гермоген Московский, Питирим Московский, восстановлено почитание Анны Кашинской. Великим торжеством стало прославление Серафима Саровского. В начале 20 в. Русская церковь продолжала осуществлять широкую миссионерскую деятельность. Особую известность в это время приобрела Японская духовная миссия, возглавляемая впоследствии канонизированным митрополитом Николаем (Касаткиным), и Корейская духовная миссия, работа которых протекала в сложных условиях русско-японской войны. В 1898–1912 во главе русского епископата стоял митрополит Петербургский и Ладожский Антоний (Вадковский) (1846–1912). В 1905 году он возглавил церковное движение, направленное на возрождение соборного начала в управлении церковью. Со своей стороны Победоносцев всячески противодействовал этому движению, заявляя, что обер-прокурорский надзор является надежной гарантией коллегиальности и соборности. Под давлением Победоносцева государь отложил созыв собора, ссылаясь на тревожное время, но дал разрешение на открытие Предсоборного совещания. Совещание было созвано в 1912 году, но его работу прервала начавшаяся Первая мировая война. Приближался трагический момент крушения Российской империи.
2 марта 1917 Николай II отрекся от престола. Управление страной перешло к Временному правительству. В Синод был назначен новый обер-прокурор В.Н.Львов. Первым делом он уволил из Синода всех архиереев, которые были заподозрены в сочувствии к прежнему режиму. В новом составе Синод под председательством митрополита Платона пытался наладить отношения церкви с Временным правительством. Усиленная работа имела результатом созыв Поместного собора Русской православной церкви, который начал свою работу в Успенском соборе Московского Кремля 15 августа 1917 года.
Главным решением собора стало восстановление патриаршества. Святейшим патриархом был избран митрополит Тихон (Белавин). Собор проходил в дни, когда Временное правительство уже не могло управлять страной. Дезертирство солдат с фронта приняло массовый характер. В стране царил хаос. После октябрьского переворота собор издал обращение, в котором охарактеризовал произошедшие события как «беснующееся безбожие». Вторая сессия собора открылась 21 января 1918, а 7 августа его деятельность была прекращена в связи с конфискацией помещений, где проходила его работа. Придя к власти, правительство большевиков сразу начало подготовку закона об отделении церкви от государства. Принятие этого закона церковь расценила как начало гонений на священнослужителей. Действительно, в это время в стране уже начался антицерковный террор. Жертвами большевиков стали тысячи священников, монахов и монахинь. Патриарх Тихон попытался остановить этот процесс, обратившись к Совету народных комиссаров с посланием, в котором он писал о страданиях новых мучеников и исповедников и указывал новому правительству на степень его вины в тех бедствиях, которые переживала в данный момент страна. Однако призывы патриарха остались без ответа. В Гражданской войне новая власть одерживала одну победу за другой. Сначала Красная армия разгромила войска А.В.Колчака, затем армию А.И.Деникина. С отступлением Белой армии многие священники и архиереи вынуждены были покинуть Россию. Перед патриархом Тихоном встала задача уберечь оставшихся пастырей, и он призвал священнослужителей отказаться от всяких политических выступлений.
Сложной в первые послереволюционные годы была картина церковной жизни на Украине. Вновь возникла идея отделения Украинской церкви от Русской церкви и введения унии. Правительство С.В.Петлюры провозгласило автокефалию Украинской церкви и арестовало митрополита Киевского Антония (Храповицкого) и архиепископа Волынского Евлогия. Однако вскоре в связи с приходом в Киев Красной армии Украинская церковь осталась без архиерея. Пытаясь прекратить церковную смуту на Украине, патриарх Тихон в 1921 временно упразднил автокефалию Украинской церкви, придав ей статус экзархата. Несмотря на это, украинские сепаратисты в октябре этого же года провозгласили автокефалию церкви, а киевские священники совершили хиротонию женатого протоиерея Василия Липковского в сан митрополита. Далее в течение недели появилась целая лжеиерархия, получившая название «липковщины».
Гражданская война и поражение Белой армии привели к тому, что большое число русских людей вынуждено было покинуть пределы России. К 1920 только в европейских странах оказалось более двух миллионов русских. Среди них были и священнослужители. С особой теплотой к русским беженцам отнеслись в Югославии и Болгарии. 21 ноября 1921 в Сремских Карловцах с согласия патриарха Сербского состоялось заседание общецерковного заграничного собрания, которое впоследствии было переименовано в Русский всезаграничный церковный собор. В его состав вошли находившиеся в Карловцах архиереи и члены Поместного собора 1917–1918. Карловацкий собор образовал Высшее церковное управление за границей во главе с митрополитом Антонием (Храповицким), которое возглавило церковную жизнь русского зарубежья.
Сильным потрясением для верующих Русской церкви стала большевистская компания 1920 по вскрытию и уничтожению мощей святых. Вскрытия проводили специальные комиссии. Если комиссия обнаруживала не полностью сохранившиеся мощи, то это обстоятельство выдавалось за сознательный обман паствы церковью. Летом 1921 к трудностям преодоления разрухи прибавились природные катаклизмы. В Поволжье началась засуха, повлекшая за собой страшный голод. Патриарх Тихон сумел организовать эффективную международную помощь голодающим. Однако жизнь показала, что советское правительство было заинтересовано не столько в оказании помощи гражданам, сколько стремилось использовать ситуацию для нанесения очередного удара по церкви.
В феврале 1922 был издан декрет об изъятии церковных ценностей под предлогом изыскания средств для борьбы с голодом, причем не делалось никакого различия между действительно материальными ценностями и священными предметами. В ряде случаев в ходе конфискации произошли кровавые столкновения верующих и милиции. В.И.Ленин потребовал расправ со священниками. Начались аресты, а затем громкий судебный процесс над группой клириков, которым был вынесен смертный приговор. Патриарха Тихона в связи с этими событиями подвергли домашнему аресту. В обстановке начавшегося террора несколько петроградских священников во главе с А.И.Введенским, войдя в сговор с ГПУ, осуществили захват церковного управления. В апреле 1923 они объявили о лишении Тихона сана. Пока патриарх находился в заключении, против него готовился показательный процесс. Однако задуманное большевиками «действо» не состоялось. Протесты международной общественности и страх перед народными волнениями, которые могли бы последовать за расправой над патриархом, вынудили их отменить процесс. Патриарха Тихона отпустили на свободу, предварительно потребовав публично признать себя виновным перед советской властью. Святитель счел необходимым пойти на компромисс с властью и выполнил поставленное условие. Выйдя на свободу, патриарх начал приводить в порядок расстроенное смутой «обновленцев» церковное управление. Довольно скоро ему удалось восстановить иерархический аппарат и придать церковной организации, по словам самих большевиков, «вид идеологического и органического целого». В 1925 патриарх Тихон скончался.