Катер под командованием гвардии лейтенанта М.Н. Хренова при выходе в атаку был подбит. На палубе начался пожар, вскоре охвативший весь катер. Создалась угроза взрыва бензиновых баков. Матюхин и Кусков, рискуя жизнью, взяли на себя спасение тяжелораненых командира лейтенанта Хренова и офицера штаба соединения старшего лейтенанта Прушинского. Отважные моряки надели на раненых свои спасательные пояса и выбросились с ними за борт. Вскоре катер взорвался. В течение двух часов они, плавая в воде, поддерживали раненых, несколько раз видели силуэты вражеских кораблей и решили в случае опасности умереть, но не сдаваться врагу. Утром смельчаков обнаружил наш разведывательный самолет. Вскоре к месту аварии прибыл катер и доставил всех в базу. За мужество и спасение жизни командирам Г.И. Матюхин и В.Д. Кусков были удостоены звания Героя Советского Союза.
Через неделю наша разведка установила, что в финские шхеры пришел крейсер ПВО "Ниобе". 16 июля 28 пикирующих бомбардировщиков под командованием Героя Советского Союза (впоследствии дважды Герой Советского Союза) подполковника В.И. Ракова сбросили на крейсер, стоявший в порту Котка, фугасные бомбы, три из которых попали в цель. Крейсер загорелся. Через несколько минут бомбардировщики майора И.Н. Пономаренко, сбросив с высоты 30 м шесть 1000-килограммовых бомб, потопили крейсер. Бомбардировщики капитана Тихомирова сбросили бомбы на большой транспорт, который также затонул.
21 и 22 сентября авиация флота нанесла бомбово-штурмовые удары по местам скопления кораблей, транспортов и войск в Таллине. В результате было потоплено шесть транспортов и сторожевой корабль, нанесены повреждения пяти транспортам, миноносцу и сторожевому кораблю. В ночь на 22 сентября дальняя бомбардировочная авиация Верховного Главнокомандования нанесла бомбовый удар по Таллину и потопила еще три транспорта и сторожевой корабль. В течение 17-24 сентября торпедоносная авиация флота произвела 80 самолето-вылетов и потопила семь транспортов, тральщик и миноносец. Для стеснения судоходства противника в районе порта и на рейде Таллина были поставлены неконтактные мины. В ночь на 23 сентября отряд морской пехоты высадился в порту Таллина. Там он ликвидировал пожары, разминировал проходы и взял под охрану всю территорию порта. К исходу 23 сентября в Таллине уже находилось 16 наших торпедных катеров.
На следующий день утром торпедные катера под командованием Героя Советского Союза капитана 3 ранга В.П. Гуманенко с отрядом морской пехоты во главе с лейтенантом Стрелковым вошли в порт Палдиски. Подавив сопротивление противника, морские пехотинцы заняли порт. К вечеру сюда был доставлен 1-й батальон 260-й отдельной морской стрелковой бригады. К исходу 25 сентября 8-я армия освободила всю материковую Эстонию и вышла на побережье Моонзунда от Финского до Рижского залива.
Совместная наступательная операция Ленинградского фронта и Краснознаменного Балтийского флота закончилась полным освобождением Моонзундского архипелага от фашистских захватчиков. Своими действиями войска и флот отвлекли на себя значительные силы противника, нанесли ему большой урон и тем самым способствовали проведению операции Прибалтийских фронтов по освобождению Риги и изоляции курляндской группировки немецких войск. Краснознаменный Балтийский флот установил контроль над входом в Ботнический, Финский и Рижский заливы.
К началу 1945 г. Краснознаменный Балтийский флот, содействуя советским войскам в наступлении на приморском направлении, должен был активными действиями авиации, подводных лодок и торпедных катеров нарушать морские сообщения противника в средней и южной части Балтийского моря и поддерживать наступление сухопутных войск по восточному и южному побережью Балтики артиллерией и авиацией, а также высадкой десантов в тылу и на флангах войск противника. В связи с разрушением освобождаемых баз и исключительно сложной минной обстановкой использование крупных кораблей было невозможно. Таким образом, соотношение сил в корабельном составе на этом театре военных действий было в пользу противника. Однако наша авиация прочно господствовала в воздухе. Для активных наступательных действий на море были выделены бригада подводных лодок, направившая удар на финские порты Турку и Хельсинки, торпедные катера, бронекатера, сторожевые катера и катера-тральщики, которые сосредоточивались в портах и гаванях вблизи линии фронта.
Для артиллерийской поддержки войск при штурме Кенигсберга и блокады его с морского направления в район станций Левенхаген и Гутенфельд было подтянуто пять батарей 1-й гвардейской морской артиллерийской железнодорожной Красносельской Краснознаменной бригады с орудиями калибром 130-180 мм. Имея дальность стрельбы свыше 35 км, батареи поражали наиболее важные объекты врага, находившиеся вне пределов досягаемости полевой артиллерии. Своим огнем они препятствовали противнику эвакуировать людей и боевую технику по Кёнигсбергскому морскому каналу, который с этой же целью был заминирован нашими катерами.
В соответствии с замыслом операции по ликвидации земландской группировки флот должен был прикрыть приморские фланги войск с моря от воздействия противника, а также поддерживать наступление стрелковых частей артиллерией и высадкой тактических десантов. Авиация флота должна была, нанося массированные удары по портам и транспортным средствам противника, сорвать его эвакуацию морем. Наступление частей 13-го гвардейского корпуса 43-й армии вдоль северного побережья залива Фриш-Гаф поддерживал 2-й дивизион бронекатеров. Батареи пиллауской группы морской артиллерии, развернутые на огневых позициях в районе станции Писсар-Гартен и усиленные 403-м дивизионом железнодорожной морской артиллерии (девять 130-мм орудий), должны были поддерживать наступление 39-й армии.
17 апреля войска 3-го Белорусского фронта во взаимодействии с частями Краснознаменного Балтийского флота овладели г. Фришхаузен – основным опорным пунктом врага на Земландском полуострове. Остатки неприятельской группировки поспешно отступили в район Пиллау, где, опираясь на заблаговременно подготовленную оборону, задержали наступление наших войск. Однако введенная в сражение 11-я гвардейская армия прорвала оборону вражеских войск и к исходу 25 апреля штурмом овладела крупнейшей военно-морской базой и крепостью Пиллау. В ходе боев на Земландском полуострове военно-воздушные силы флота наносили удары по транспортам и кораблям противника в районе Пиллау, срывая тем самым снабжение и эвакуацию его войск. Морская артиллерия, поддерживая штурм Пиллау, обстреливала гавань и железнодорожную станцию. Она потопила подводную лодку, тральщик и четыре вспомогательных судна.
После разгрома фашистских войск на Земландском полуострове враг удерживал лишь косу Фрише-Нерунг. Советское командование решило форсировать пролив Зеетиф и одновременным ударом с суши, моря и воздуха захватить плацдарм в ее северной части. Войска 11-й гвардейской армии при содействии флота должны были продвигаться в глубь косы Фрише-Нерунг и завершить разгром восточно-прусской группировки противника. На исходе 25 апреля после сильной артиллерийской и авиационной обработки мест высадки и под прикрытием дымовых завес катера начали высадку западной группы десанта. Противник стремился оказать противодействие со стороны моря.
Три немецкие быстроходные десантные баржи пытались прорваться к десанту, но в результате короткого боя наши бронекатера две из них потопили. Торпедные катера отразили попытку и другого отряда фашистских кораблей прорваться в район высадки. Десант, внезапно высадившись на берег, начал быстро продвигаться навстречу восточной группе. Одновременно с действиями у косы Фрише-Нерунг Краснознаменный Балтийский флот принимал участие в разгроме восточно-померанской группировки противника и в овладении г. Свинемюнде.
Для срыва морских перевозок противника, имевших для него огромное значение, командование привлекло авиацию, подводные лодки и торпедные катера. Основной силой в борьбе являлась авиация, действия которой развертывались с занятых нашими войсками аэродромов Паневежис, Паланга, Дрессен, Грабштейн, позднее – Эльбинг и Кольберг. С этих аэродромов военно-воздушные силы флота бомбово-торпедными ударами топили вражеские суда и корабли в портах погрузки и выгрузки, а также в море. Минно-заградительными действиями на подходах к базам и портам Курляндского полуострова и Данцигской бухты они затрудняли их использование. Мины ставились ночью одиночными самолетами с высоты 150-600 м или днем при плохих метеорологических условиях под прикрытием истребителей на подходах к Лиепае, Клайпеде, Пиллау и Данцигу, а также на вероятных путях следования конвоев и боевых кораблей противника в Данцигской и Померанской бухтах.
Наиболее ярко тактическое мастерство и мужество проявил экипаж подводной лодки С-13, которой командовал капитан 3 ранга Александр Иванович Маринеско. Подводная лодка С-13 действовала на прибрежной коммуникации между Данцигской и Померанской бухтами. Ночью 30 января 1945 г. она обнаружила огромное судно, шедшее на запад с сильным охранением. А.И. Маринеско правильно предположил, что противник не ожидает атак подводных лодок со стороны берега из-за малых глубин. Решив атаковать со стороны берега, командир С-13 лег на параллельный курс с противником и дал ход 18 узлов. Подводная лодка шла ближе к берегу, и противник не заметил того, как она обогнала его и вышла на позицию для атаки. В 23 часа 5 минут, когда дистанция сократилась до 5 каб, лодка произвела трехторпедный залп "веером". Три торпеды попали в лайнер" Вильгельм Густлов" водоизмещением свыше 25 тыс. тонн. Лайнер быстро затонул, унеся на дно свыше 6 тыс. гитлеровцев, в том числе 3700 специалистов из школы подводного плавания. Это была блистательная победа советских подводников.