Традиционно считается, что Сенат состоял из присутствия и канцелярии. Однако поздняя редакция указа об учреждении Сената говорит о создании при нем и Разрядного стола, в ведение которого от Разрядного приказа переходило заведование вопросами службы, в том числе комплектование вооруженных сил, а также управление южными городами.
Канцелярия Сената начала создаваться с назначением первым же указом о Сенате обер-секретаря. Обращает на себя внимание, что и само подразделение, и его руководитель получили иностранное наименование. Не следует преувеличивать роль обер-секретаря, который при всей своей определенной самостоятельности был в основном исполнителем сенатских решений. В указе от 22 февраля 1711 г. он, в отличие от сенаторов, даже не титуловался господином. указом от 27 марта 1711 г. канцелярия была разделена на четыре стола: секретный, приказной, губернский и разрядный. Разрядный стол был учрежден первым указом о Сенате. Столы делились на повытья. В 1711 году подьячих в сенатской канцелярии насчитывалось 87. Число их возрастало, прикомандировывались подьячие из других учреждений. В 1719 году канцелярские служители переименовываются из дьяков и подьячих в секретарей, канцеляристов, подканцеляристов; появились и новые должности: нотариус, актуариус, регистратор и другие, предусмотренные Генеральным регламентом с 1722 года при Сенате состоял экзекутор, в обязанности которого входило исполнение сенатских указов. Была введена вторая должность обер-секретаря. Обер-секретари по Табели о рангах состояли в шестом классе, сенатский экзекутор — в седьмом, секретари — в восьмом, переводчик и протоколист — в девятом, регистратор и актуариус — в тринадцатом классе, т.е., как правило, на один-два ранга выше соответствующих должностей в коллегиях и других центральных учреждениях. Обер-секретарей и секретарей (дьяков) назначали царскими, а прочих должностных лиц канцелярии сенатскими указами. Окончательно штат сенатской канцелярии сложился только в феврале 1725 года. Для охраны и исполнительских функций при Сенате была определена драгунская рота, численность которой в 1711 году составляла 164 человека.
Первая заметка о коллегиях ("О коллегиях к соображению"), обнаруженная в документах петровского времени, датирована мартом 1715 года. В ней названы Юстиц-коллегия, Канцелярия иностранных дел коллегия, Адмиралтейская, Крихс, Камер, Коммерц коллегии[2]. К этому же времени, видимо, можно отнести и докладную записку Петру I о полезности учреждения государственных коллегий в России[3]. В ней содержатся предложения о возможном разделении предметов ведения между различными коллегиями. Заранее подбирались и кадры для будущих коллегий. При этом предполагалось использование в какой-то мере и иноземцев (ученых и опытных юристов). Сохранился "Мемориал" генерала Вейде об условиях приглашения ученых и опытных юристов из других государств для отправления дел в будущих государственных коллегиях России, датируемый августом 1715 года[4]. Указом Петра I от 28 июня 1717 г. Сенату предписывалось оказывать содействие генералу Брюсу в приискании кандидатов на должности для будущих коллегий.
В 1717 — 1720 годах Петр I провел радикальную реформу органов центрального отраслевого управления, направленную на создание централизованного бюрократического по своей организации государственного аппарата, сосредоточивающего в своих руках выполнение однородных функций в определенных областях жизни общества и государства. В ходе реформы и были образованы коллегии как центральные органы управления с общегосударственной компетенцией, подчиненные монарху и Сенату. Коллегиям (в соответствии с их компетенцией) подчинялся местный аппарат управления.
Система коллегий сложилась не сразу. В декабре 1717 года было создано 9 коллегий: Иностранных дел, Камер, Юстиц, Ревизион, Воинская, Адмиралтейская, Коммерц, Штатс-контор, Берг и Мануфактур-коллегия с назначением в них президентов и вице-президентов. В следующем 1718 году был опубликован Именной указ, определивший (в самой общей форме) функции этих коллегий.
Многие коллегии возникли на основе существовавших ранее приказов (например, на основе Посольского приказа — Коллегия иностранных дел; на основе Адмиралтейского приказа — Адмиралтейская коллегия) или других центральных ведомств (например, Ревизион-коллегия вместо Ближней канцелярии). Но при этом существенно изменились компетенция и порядок организации и деятельности.
Часть же коллегий не имела прямых предшественников, так как государственное управление не выполняло (или не выполняло в той степени, в какой это характерно для первой четверти XVIII века) некоторые функции, например руководство торговлей и промышленностью. Для их выполнения были созданы Коммерц-коллегия, Берг и Мануфактур-коллегия.
Коллегия состояла из присутствия и канцелярии. В состав присутствия входили президент — по назначению государя и вице-президент — по назначению Сената, но с утверждения государя, четыре советника и четыре асессора по назначению Сената (после проведения процедуры баллотирования). Во главе канцелярии стоял секретарь, подготавливавший доклады для присутствия и осуществлявший надзор за деятельностью канцелярских чиновников. В принятой в 1722 году Табели о рангах секретарь коллегии помещен в 10-й чин, что предполагало получение личного дворянства. Однако поскольку секретарь выполнял важные и ответственные функции, Петр считал желательным назначать секретарей из числа дворян.
В результате реформы сложилась стройная система центрального отраслевого управления, бюрократическая по своей сущности, но в то же время достаточно своеобразная, с коллегиальным принятием решений, с выборностью членов коллегии и даже с правом не соглашаться с сенатскими указами, если последние противоречат указам царя или противны государственной пользе, "высокому интересу" (гл. 2). Петр I полагал, что подобная система будет способствовать большей авторитетности правления и поможет вести борьбу со взяточничеством.
Принцип коллегиальности часто нарушался уже при Петре, а позднее вообще превратился в формальность. При коллегиях создавались многочисленные вспомогательные органы — конторы, сугубо бюрократические организации, действовавшие на основе даваемых им от коллегии инструкций.
По своей компетенции коллегии были не только административными, но и судебными учреждениями. Исключение в определенной мере составляла Коллегия иностранных дел. В наибольшей мере судебные функции выполняла Юстиц-коллегия, но и она являлась и органом администрации, управлявшим всеми учреждениями, имевшими судебные функции, и судебным органом, действовавшим на территории всего государства.
Юстиц-коллегия сосредоточивала в своих руках также фискальные (налоговые) дела. После введения прокуратуры назначенные в коллегии прокуроры получили право контролировать финансовую отчетность и ведомости коллегии. Прокуроры имели право участвовать в заседаниях коллегий, осуществляли надзор за правильностью их действий. При каждой коллегии учреждалась должность фискала, "который должен смотреть, чтоб все порядочно, по данным регламентом и указом управляемо было, правдою и доброю ревностию"
Создание коллегии было направлено на организацию более совершенного государственного управления, что не могло не способствовать реализации других реформ первой четверти XVIII века. Одновременно реформа центрального отраслевого управления способствовала централизации, созданию жесткой системы подчиненности местных учреждений центральным, бюрократизации, усилению влияния чиновничества.
Для контроля за деятельностью госаппарата Петр I своими указами от 2 и 5 марта 1711 г. создал фискалатат (от лат. fiscus - государственная казна) как особую отрасль сенатского управления. Глава фискалов – обер-фискал, который состоял при Сенате. Одновременно фискалы были и доверенными лицами царя. Последний назначал обер-фискала, который приносил присягу царю и был ответственен перед ним. Указ от 17 марта 1714 г. наметил компетенцию фискалов: проведывать про все, что «ко вреду государственному интересу быть может»; докладывать «о злом умысле против персоны его величества или измене, о возмущении или бунте», «не вкрадываются ли в государство шпионы», а также борьба со взяточничеством и казнокрадством.
Сеть фискалов расширялась и постепенно выделились два принципа формирования фискальства: территориальный и ведомственный. Указом 17 марта 1714 г. предписывалось в каждой губернии «быть по 4 человека в том числе провинциал-фискалам из каких чинов достойно, также и из купечества». Провинциал-фискал наблюдал за городовыми фискалами и один раз в год «учинял» контроль за ними. В духовном ведомстве во главе организации фискалов стоял протоинквизитор, в епархиях - провинциал-фискалы, в монастырях - инквизиторы.
Надежды, возлагаемые Петром I на фискалов, оправдались не полностью. Кроме того, оставался без постоянного контроля высший государственный орган -- Правительствующий Сенат. Император понимал, что нужно создать новое учреждение, стоящее как бы над Сенатом и над всеми другими государственными учреждениями. Таким органом стала прокуратура. Первым законодательным актом о прокуратуре был указ от 12 января 1722 г.: «быть при Сенате генерал-прокурору и обер-прокурору, также во всякой коллегии по прокурору...». А указом от 18 января 1722г. учреждены прокуроры в провинциях и надворных судах.