Невдовзі опозиція перейшла до активніших дій. Прихильник Пушкаря Іван Донець, зібравши загін, ударив на землі чигиринського полку і вчинив спустошення. Вдався до активніших військових дій і сам Пушкар з Барабашем. У відповідь Виговський став готувати війська для походу, тратив у Гадячі кількох прихильників Пушкаря, а потім дослав до Полтави гадяцького намісника Т. Прокоповича, якого полтавський полковник відмовився вислухати й заарештував. Після цього Виговський спорядив на Полтаву загін (2,5 тис.) переважно з сербів на чолі з І. Богуном та зятем Івана Сірка І. Сербином. Зіткнувшися під Диканькою з десятитисячним військом Пушкаря, Богун та вербин зазнали поразки. Український історик Самійло Величко, хоч і дуже неприхильний до Виговського, визнавав, що через такі дії опозиції "прийшло лихо з того боку (Дніпра на цей бік і запалав вогонь чварної козацької незгоди". Після перемоги Пушкар з'єднався з Барабашем і змусив Лісницького відступити з Миргорода, спробував вибити Гуляницького з Лубен і врешті повернувся до Полтави. Відчувши послаблення гетьманської влади, почали вибухати повстання козаків і селян у різних куточках Лівобережної України. Дізнавшися про поразку Богуна й Сербина, Виговський разом із ордою Карач-бея вирушив 14 травня 1658 року з Чигирина на придушення опозиції. Перед тим він написав цареві лист-скаргу на Пушкаря, в якому просив, щоб царські війська не втручалися в справи України, а також висловлював свій протест проти дій київського воєводи Шереметєва, який порядкував у Києві як у себе вдома, не питаючи на те дозволу гетьмана. На шляху до Полтави Виговський видав два універсали, в яких закликав Пушкаря мирно покінчити з усобицями і розійтися, що вплинуло на частину пушкарівців. Наприкінці травня 1658 року гетьман став під Полтавою і роз почав тривалі переговори з Пушкарем, сподіваючися на його капітуляцію. Однак переговори нічого не запомогли, навіть були розцінені як ознака слабості. Однієї ночі, коли на варті стояв полк Джеджелія, з відома останнього було вчинено заколот: було вирішено заарештувати гетьмана і передати його Пушкареві. Однак охоронці гетьмана зуміли запобігти цьому. Розбуджений серед ночі Виговський врятувався втечею, а потім придушив заколот. Невдовзі він розпочав штурм Полтави, про що писав царському послу Опухтіну 6 червня 1658 року: "Мушу (це робити), упор їх видячи". Пушкар, який боронився зі своєю двадцятитисячною залогою, урешті попросив пощади. Коли ж Виговський для проведення особистих переговорів послав у заклад С. Зарудного та М. Зеленського, то Пушкар під тиском "черні" наказав їх заарештувати, а сам на світанку напав на табір Виговського і двічі завдав відчутних ударів. Оговтавшись, Виговський перейшов у контратаку і з допомогою орди зламав опір Пушкаря, винищив дві третини його війська. Пушкар мужньо бився до останнього подиху, але врешті був забитий козаком, і той приніс Виговському відрубану голову полтавського полковника. Я. Барабаш утік з поля бою під захист царських військ. Дещо пізніше, в серпні 1658 року, він потрапив у полон до гетьманців і з наказу Виговського був страчений. Взявши Полтаву, Виговський жорстоко спустошив місто. Між 11 та 14 червня переможець вирушив до Чигирина.
30 червня гетьман дав аудієнцію російському послу Опухтіну, на якій домовився про посилку своїх представників (Тетері і Ждановича) на черговий тур переговорів у Вільнюсі. Тоді ж засвідчив свій намір піти війною проти Речі Посполитої і здобути Варшаву. Він заспокоїв посла щодо орди, сказавши про Карач-бея, який з основними силами прямував до Перекопу, а Виговському залишив невеликий загін Маметші, що отаборився біля Чигирина. Було написано листа Ромодановському про перемогу над Пушкарем, у зв'язку з чим немає потреби рухатися з царськими військами від Прилук углиб України. Одночасно було споряджене велике посольство (близько трьохсот осіб) до Польщі, на чолі якого стояв Тетеря. Велика увага приділялася реалізації балканських планів Богдана Хмельницького, особливо з огляду на те, що молдавський і валаський господарі були українці за походженням: Диван (Іван) Бит та Юрій Дика. В Чигирині з'явилися представники останнього, які запропонували поновити українсько-молдавський союз, як це було за часів Богдана Хмельницького та Василя Лупу.
Розгром Пушкаря не означав однак розгрому опозиції. Невдовзі у тій же Полтаві син Пушкаря Кирик Пушкаренко проголосив себе полковником і знов із своїм братом Марком почав збирати війська проти гетьмана. В першій половині червня сотник Зелинський з якимсь дяком ударив на Глухів, але був відбитий гетьманцями. Майже одночасно якийсь Лукаш Клименко на чолі двохтисячного загону став у селі Підгайках під Ромнами, наміряючися взяти місто. Дії опозиції знаходили зростаючу підтримку царського уряду. Той же Клименко писав у своїх відозвах, що вони йдуть на Виговського "по приказу царскому". роздмухуючи усобиці, надаючи зростаючу підтримку опозиції, царський уряд прагнув послабити Українську державу, щоб прискорити її поглинання. Виговський став перед тяжкою дилемою: або змиритися з поступовим перетворенням держави з рівноправного союзника Росії у провінцію імперії або ж боронити суверенітет України. Виговський вибрав останнє... Але в тогочасних умовах це означало перегляд відносин з Кримським ханством і особливо з Річчю Посполитою. Хоч український уряд на чолі з Виговським усвідомлював це, однак не врахував усіх факторів.
Дуже швидко Іван Виговський та Юрій Немирич порозумілися з представником уряду Речі Посполитої волинським каштеляном Ст. К. Бенєвським відносно союзу України з Річчю Посполитою, але на нових принципах. вже 31 серпня була підписана "субмісія" козацької старшини щодо порозуміння з Річчю Посполитою, а пізніше з відповідною декларацією виступив Виговський. 18 вересня в козацькому таборі під Гадячем було підписано договір України з Річчю Посполитою, так званий Гадяцький трактат (Гадяцька комісія), яким формально денонсувався російсько-український договір 1654 року. Невдовзі Бєнєвський доповідав уряду Речі Посполитої про укладення Гадяцького трактату, "ствердженого письмом та присягою". Невдовзі до Варшави вирушило українське посольство щодо остаточного порозуміння та допомоги гетьману. Гадяцький трактат, про який писало чимало дослідників історії України, не є належним чином вивченим і тому остаточна його оцінка — справа майбутнього. Коротко його суть зводилася ось до чого. Україна (під назвою Велике князівство Руське)6 діставала фактично ті ж права, що й Велике князівство Литовське, і входила на цих засадах до Речі Посполитої. Отже, вона формально переставала бути колонією Польщі й творила з нею та Великим князівством Литовським конфедерацію вже не двох, ж раніше, а "трьох народів" ("Річ Посполита трьох народів"). На території України діяв окремий уряд, існувала армія, монета, діловодство велося українською мовою. Галицький трактат ліквідовував унію на території України. Значна частина козацької старшини від кожного полку мала бути нобілітованою. Важливі статті Галицького трактату стосувалиси розвитку освіти в Україні, зокрема заснуванни двох університетів (академій), розвитку навігації на Чорному морі, свободи слова та ін. В цілому Галицький трактат, що виріс на грунті Зборівського договору, справляє зовні дуже привабливе враження, є принаймні більш виваженим і струнким, ніж договір України з Росією 1654 року, виявляє виразний вплив західноєвропейської політичної думки, в чому заслуга Юрія Немирича. Були в ньому і слабші, ніж у договорі 1654 року пункти, наприклад, зменшення реєстру на двадцять тисяч.
Однак Гадяцький договір за всієї привабливості його форми та змісту практично не набрав життя, навіть ратифікований сеймом Речі Посполитої. Український уряд на чолі з гетьманом Виговським припустився серйозного прорахунку, не врахувавши потужних антипольських настроїв в українському суспільстві. На пам'яті народу були і тяжке його становище під час панування Речі Посполитої, кровопролитні повстання і війни, які жорстоко придушувалися карателями, нерідко попри щедрі обіцянки, гоніння на православну віру. Тяжким був би і військовий союз з Кримським ханством, що його ще раніше відновив Виговський. Усе це замість того, щоб зняти гостроту соціальних суперечностей, ще більше їх посилило, чим скористалася опозиція, до якої почали поступово прихилятися й деякі сподвижники Виговського, серед них Іван Богун. Особливо негативно сприйняли рядові козаки пункт Гадяцького трактату про нобілітацію старшини. Сам Виговський отримав тоді міста Лисянку, Любомль, Смілу (через останню різко загострилися відносини з Ю. Хмельницьким), а його брати — Стеблів (Федір Виговський), В'язівок (Данило Виговський) та ін.7
Царський уряд був дуже стурбований Гадяцьким трактатом і пішов навіть на серйозні поступки гетьману, але до російсько-українських переговорів з цього приводу не дійшло. Громадянська війна переросла у війну з царською Росією, яка відкрито стала на бік опозиції. Після невдалої спроби Данила Виговського та Івана Богуна вибити царські війська з Києва питання про поступки було знято з порядку денного.
Зібравши раду, Виговський узгодив з нею план кампанії по розгрому опозиції та царських військ на прикордонні. Головний удар мусив завдати гетьман об'єднаними силами козацьких і татарських військ під командуванням мурз Канмамета, Урака та Булата. Гетьман мав узяти Путивль, Сівськ, Суми, Недригайлів, Царевоборисів, Кам'янське та інші "порубіжні міста". В Білорусії, частково в Сіверщині, військовими діями керував полковник Іван Нечай, брат Данила Нечая, а в Сіверщині — Г. Гуляницький. Виговський швидко перетнув тодішні кордони, але надовго загруз, облягаючи Кам'янське (28.VІІІ. — 29.ІХ. 1658 р.). Ординці вчинили напади на Недригайлів та Царевоборисів, але після цього їхні головні сили повернули до Криму. І. Нечай розбив царські війська на Стародубщині (Мглин), а глухівський сотник Пилип Уманець обложив загін царських військ під Новгород-Сіверським. Але противна сторона не сиділа склавши руки. На кордонах почало збиратися велике царське військо, яке здійснювало рейди вглиб України. Опозиція, посилена допомогою з Росії, розв'язала активні дії на Лівобережній Україні. Так, І. Донець і котельвянський сотник Степаненко розгорнули наступ на Полтаву, де розташувалася залога полковника Ф. Гаркуші. Одночасно рушили в наступ І. Іскра, який оголосив себе наказним отаманом, С. Довгаль — цей назвався миргородським полковником, і сотник Остап Воропай. Місце страченого Я. Барабаша посів новообраний кошовий отаман Іван Безпалий, який отаборився в Ромнах. 12 грудня 1658 року на допомогу останньому прийшов з військами князь Г. Ромодановський, а пізніше — уже в січні нового року — військо під командуванням князів С. Пожарського, С. Львова, Ф. Куракіна. Таким чином, в тилу у Виговського сконцентрувалася величезна армія і гетьман мусив відступити. Саме тоді до Ромен з Гадяча поспів І. Іскра. На шляху до Лохвиці в селі Піски його зустрів загін гетьманських військ під командуванням І. Скоробогатька. 22 січня Іскра тримав оборону, а 23-го його загін було винищено, сам Іскра з старшиною Ободом загинули.