В ходе войны наблюдается рост партизанского двидения. В связи с этим 30 мая 1942 г. при Ставке ВГК был образован Центральный штаб партизанского движения (ЦШПД), который возглавил Первый секретарь ЦК Компартии Белоруссии П.К. Пономаренко. ЦШПД координировал действия многочисленных партизанских отрядов между собой и с регулярными армейскими частями, организовывал снабжение народных мстителей оружием, боеприпасами, средствами связи, обеспечивал медицинскую помощь, наладил взаимную информацию, провел в Москве совещания партизанских командиров, помог подготовить и провести глубокие рейды партизанских соединений по тылам немецко-фашистской армии; и др. ЦШПД работал совместно с руководителями подпольных советских, партийных, комсомольских органов на временно оккупированной территории. Управление массовым партизанским движением из единого центра оказалось особенно эффективным при освобождении советской территории в 1943—1944 гг.
В ходе войны были приобретены новые черты государственного управления военной сферы - всеобъемлющий характер, новые функции, осуществлялось на основе законов военного времени, чрезвычайными методами, обеспечивало интенсивное военное строительство, качественно новый уровень военно-организаторской работы, победное в конечном итоге, хотя и с отдельными ошибками и сбоями, выполнение Вооруженными Силами основных задач по защите страны и разгрому врага.
Единая система управления военной сферой являлась важным государственным управлением тылом, которым стала вся огромная страна с ее сложным народнохозяйственным, социально-политическим и духовно-культурным комплексом.
По плану развития народного хозяйства СССР шел третий пятилетний план (1938—1942 гг.), который был сорван нападением фашистской Германии. Госплан СССР экстренно разработал военно-хозяйственный план на четвертый квартал 1941 г., который был утвержден высшими государственными инстанциями.
В ходе войны отразились новые черты управления, связанные с восстановлением пятилетнего плана. Стратегическое наступление советских Вооруженных Сил после Сталинградской и Курско-Белгородской битв, начавшееся массированное изгнание немецко-фашистских захватчиков выявили перед органами управления новые функциональные задачи. Они приступили к плановой реализации программы восстановления хозяйства, нормальных условий жизни в освобожденных районах, организовывали всестороннюю помощь материальными, финансовыми ресурсами, продовольствием, кадрами специалистов и другим советским людям, перенесшим ужасы вражеской оккупации, сохранившим веру в свою власть, армию, дождавшимся освобождения.
Не маловажную роль сыграл морально – патриотический фактор. Это отразило веру советского народа на достойное послевоенное будущее.
Огромную роль в годы Великой Отечественной войны сыграла система наркоматов. Для обеспечения Вооруженных Сил новейшими видами военной техники в сентябре 1941 г. создан Наркомат танковой промышленности, а в ноябре 1941 г. — Наркомат минометного вооружения (на базе упраздненного Наркомата общего машиностроения). В 1942 г. создан Комитет по учету и распределению рабочей силы при СНК СССР, проводивший мобилизацию трудоспособного населения. При областных и краевых исполкомах созданы аналогичные бюро. Создание этих органов окончательно оформило сложившуюся еще до войны систему централизованного обеспечения промышленности кадрами во главе с Главным управлением государственными трудовыми резервами. В-третьих, по закону “О расширении прав народных комиссаров СССР в условиях военного времени” (1 июля 1941 г.) наркомы, директора предприятий, начальники строек получили очень широкие права в использовании материальных и денежных ресурсов, перераспределении капитальных вложений и др., что способствовало инициативному, оперативному решению возложенных на них задач, воплотило тенденцию децентрализации отдельных звеньев государственного управления.
Главным отличием государственного управления военного времени являлось своеобразное сочетание двух противоположных тенденций: централизации и децентрализации. Децентрализация присуща природе советского управления, обусловлена невозможностью детального управления только через высшие органы и из единого союзного центра. Обстановка требовала усиления самостоятельности отраслевых и местных органов управления, расширения прав их организационных структур, должностных лиц.
Подверглись изменениям задачи, масштабы работы правоохранительных органов. Постоянно обновлялся их состав, совершенствовались структура, методы, функции. 20 июля 1941 г. воссоздан единый Наркомат внутренних дел, куда влились органы государственной безопасности и военной контрразведки. Руководство было сосредоточено в руках Л.П. Берии. Эта мощная структура просуществовала до весны 1943 г., когда разведка и контрразведка вновь выделились в самостоятельный Наркомат госбезопасности (нарком В.Н. Меркулов), а Главное управление военной контрразведки (СМЕРШ) во главе с B.C. Абакумовым перешло в состав Наркомата обороны под личный контроль И.В. Сталина. Его деятельность была сосредоточена на выявлении и обезвреживании вражеских агентов, их пособников в наступавшей армии, прифронтовой зоне, на освобождаемой территории.
Также были внесены изменения в основу функционирования карательных органов. Система органов военной юстиции была перестроена в начале войны в соответствии с июльским 1941 г. Указом Президиума Верховного Совета СССР “О военных трибуналах в местностях, объявленных на военном положении, и в районах военных действий”. Образованы военные трибуналы — чрезвычайные органы и с чрезвычайными полномочиями — при армиях, корпусах, дивизиях, гарнизонах, а также при бригадах на железных дорогах и в речных, морских бассейнах. Функционировали они под управлением Наркомата юстиции СССР, под надзором военной, военно-железнодорожной, военной водно-транспортной коллегий Верховного суда СССР и специальных прокуратур, которые поддерживали обвинение. К трем постоянным членам трибуналов дополнены в 1943 г. заседатели. Трибуналы рассматривали все наиболее опасные деяния, вплоть до спекуляции и хулиганства. Дела слушались в закрытом процессе, рассматривались в предельно короткие сроки, приговоры не подлежали кассационному обжалованию, исполнялись немедленно после вынесения. Исполнение смертных приговоров могли приостановить командующие армиями и округами, военные советы. В местностях, объявленных на осадном положении, применялся без судебного разбирательства расстрел к “провокаторам, шпионам и прочим агентам врага”. В этих местностях преобразована в военные часть территориальных судов и прокуратур. Централизованная система государственного управления, ее конституционные и чрезвычайные органы опирались на профсоюзные, комсомольские, кооперативные и другие общественные организации.
Органы государственной власти и управления поддержали общественную инициативу славянского, еврейского, женского, молодежного антифашистских комитетов, которые наладили и укрепили связи с общественными кругами стран антигитлеровской коалиции.
Изменено отношение государственной власти и управления к Русской Православной Церкви (РПЦ) и другим религиям. Интересы защиты Отечества продиктовали их сближение, приглушение идеологических разногласий, отказ от взаимных обвинений. Властные структуры закрыли антирелигиозные печатные издания, распустили “Союз воинствующих безбожников”, ввели новые ордена, связанные с русской историей, в том числе ордена, наиболее чтимые церковью, — канонических святых Александра Невского и Дмитрия Донского. Восстановлено патриаршество. От имени РПЦ митрополит Московский и Коломенский Сергий опубликовал 22 июня 1941 г. воззвание ко всем православным христианам России. Церковь благословила православных на защиту священных границ нашей Родины и подчеркнула, что Господь дарует нам победу. 26 июня 1941 г. воззвание прочитано в Московском кафедральном Богоявленском соборе на торжественном молебне о даровании победы русскому воинству. Митрополит Сергий призвал всех на защиту родной земли, ее исторических святынь, независимости от чужеземного порабощения и объявил позор всякому, кто останется равнодушным к ее призыву. Деятели РПЦ участвовали в работе чрезвычайных комиссий по расследованию фашистских преступлений. При СНК СССР был создан Совет по делам РПЦ. В феврале 1943 г. РПЦ передала 6 млн. рублей и большое количество золотых и серебряных вещей на строительство танковой колонны им. Дмитрия Донского, за что получила благодарственное признание Верховного Главнокомандующего. За несколько военных и первых послевоенных лет церкви возвращено более 1400 храмов, 85 монастырей, открыто по две духовные академии и семинарии. В 1945 г. действовало 22000 православных церквей. Аналогичное сближение наблюдалось и с исламским духовенством, что позволило нарушить планы немцев в Крыму и на Кавказе, сплотив верующих различных конфессий на защиту страны. Взаимодействие органов власти и духовенства проявилось в перспективной тенденции развития активности верующих в военные и послевоенные годы.
Органы управления способствовали проявлению новых тенденций в национально-государственном устройстве, в том числе тенденции децентрализации государственного управления. Расширены права и функции республиканского управления. Более того, Украина и Белоруссия, а затем и другие республики получили право непосредственного сношения с иностранными государствами и заключения межправительственных соглашений. 1 февраля 1944 г. Верховный Совет СССР принял закон “О предоставлении союзным республикам полномочий в области внешних сношений и о преобразовании в связи с этим народного комиссариата иностранных дел в союзно-республиканский народный комиссариат”. В 1944 г. образованы наркоматы иностранных дел союзных республик. Украина и Белоруссия стали одними из первоначальных членов ООН.