У 1577 г. П.Скарга выдаў свой твор "0 ]е(іпо8'сі Козсібіа Воге^о" ("Аб адзінстве Божай царквы"), у якім абгрунтаваў думку аб спрадвечнай еднасці хрысціянскай царквы і падпарадкаванні яе папу рымскаму. Прычыну схізмы (адступніцтва праваслаўнай царквы ад Рыма) бачыў у ганарлівасці канстанцінопальскіх патрыярхаў, іх залежнасці ад канстанцінопальскіх імператараў і мностве ерасей на ўсходзе. Усходняя царква, апынуўшыся ў залежнасці ад турэцкага султана і маскоўскага цара, страціла чысціню веры і таму перажывала крызіс. П.Скарга лічыў, што пераадолець крызіс праваслаўная царква здолее ў тым выпадку, калі звернецца да веры дзядоў і стане на шлях падпарадкавання Рыму. Заклікаючы да уніі, П.Скарга, як шчыры католік, але, відаць, не дужа паслядоўны езуіт, марыў дамагчыся еднасці хрысціянскай царквы пры дапамозе перакананняў, адхіляючы гвалт. Езуіты ж, як вядома, лічылі, што мэта апраўдвае сродкі і "Ош поп рарізііа езі ваіапівіа" ("Хто не папіст, той сатаніст").
П. Скарга быў таленавітым палемістам, прамоўцам, да таго ж і абаяльнай асобай: строгі, сціплы і дасціпны ў жыцці, бясспрэчна вучоны, шчыры католік і патрыёт. Асаблівую ўвагу ён звярнуў на аднаго з самых магутных праваслаўных магнатаў, кіеўскага ваяводу К.К.Астрожскага, які меў больш за 100 гарадоў і 1000 вёсагі з гадавым даходам.больш за мільён чырвонцаў. На той час гэта былі вялікія грошы. Ён мог выставіць войска больш за 30 тыс, чалавек. Такое войска не мог выставіць нават польскі кароль. Гэта быў незалежны чалавек, шчыры праваслаўны. За ім да уніі пацягнуліся б і іншыя, залежныя ад яго праваслаўныя шляхціцы, і часам здавалася, што П. Скарга здолеў яго пераканаць, схіліць да уніі. Але гэта толькі здавалася, бо К. Астрожскі, не адмаўляючы унію, ставіў ёй непераадольную перашкоду: згоду праваслаўнага народа на унію, вырашэнне пытання на царкоўным саборы.
Заключыць унію шляхам згоды, як прапанаваў П. Скарга, не атрымлівалася. Трэба было хітраваць, як раіў А.Пасевіна. Да канца XVI ст. склаліся неабходныя ўмовы: шэраг праваслаўных епіскапаў (пінскі — Лявонцій Пяльчыцкі, холмскі — Дзіянісій Збіруйскі, львоўскі — Гедэон Балабан, луцкі - Кірыла Тарлецкі, брэсцкі — Іпацій Пацей), а таксама мітрапаліт кіеўскі Міхаіл Рагоза пачалі схіляцца да уніі. У гэтым яны мелі рацыю: свае пасады атрымалі з рук караля і таму мусілі лічыцца з яго думкай наконт рэлігійнай уніі, да таго ж яны часам падвяргаліся шантажу і нават нападкам і, урэшце, былі незадаволены ўмяшаннем праваслаўных брацтваў у справы царквы.
Праваслаўныя брацтвы ўзніклі ў XVI ст. як дабрачынныя грамадскія арганізацыі. 3 узмацненнем каталіцкай экспансіі яны ператварыліся ў рэлігійныя праваслаўныя арганізацыі з мэтай абароны праваслаўя. Галоўным напрамкам іх дзейнасці стала захаванне чысціні праваслаўнага вучэння, богаслужэння і царкоўнага кіравання. Акрамя таго, брацтвы мелі права кантролю не толькі рэлігійнага жыцця, але і маральнага стану свецкіх і духоўных асоб. У выніку пачалася барацьба паміж епіскапамі і брацтвамі. Унія магла вызваліць іерархаў з-пад кантролю брацтваў. Залежнасць ад каралеўскай міласці, хісткасць становішча, надакучлівасць брацтваў і іншыя абставіны падштурхнулі некаторых епіскапаў, а таксама мітрапаліта на унію.
У інструкцыі, дадзенай Міхаілу Рагозе езуітамі, адзначалася: "Што датычыць міран, асабліва простага народа, то... вам трэба як толькі магчыма берагчыся, каб не даць найменшага поваду здагадацца аб вашых намерах і мэтах. Паколькі ад міран можна чакаць адкрытага ваеннага паўстання, то не раім ісці супраць іх... Новыя абрады трэба ўводзіць у царкву не раптоўна, а паціху замяняць старыя" (Гісторыя Беларускай ССР. Мн., 1972. Т. 1. С. 232 - 233). У адпаведнасці з інструкцыяй у 1590 г. епіскапы Балабан, Тарлецкі, Збіруйскі і Пяльчыцкі падпісалі ў Брэсце грамату, у якой былі згодны пріяняць унію, а ў 1591 г. на саборы ў Брэсце адмовіліся падпарадкоўвацца канстанцінопальскаму патрыярху. Кароль ухваліў гэту пастанову.
У 1595 г. Пацей і Тарлецкі з актам на унію адправіліся ў Рым. Усё гэта рабілася патаемна, але хутка К. Астрожскаму стала вядома пра дзейнасць прыхільнікаў уніі. Ён неадкладна распаўсюдзіў "Акружное пасланне", у якім заклікаў нраваслаўных аб'яднацца ў барацьбе за веру. Канцлер Леў Сапега папярэдзіў князя пра небяспеку грамадзянскай вайны і загадаў спыніць распаўсюджванне грамат, тэкст якіх не ўзгадняўся з каралём і не замацоўваўся канцылярскай пячаткай. Але дарэмна. Унія, задуманая ў верхніх эшалонах улады, ужо пасеяла грамадзянскую вайну.
3 канца XVI ст. барацьба паміж каталіцызмам і праваслаўем набывае ўзброены характар. Першай акцыяй стала паўстанне Севярына Налівайкі (1595 — 1596). Ён некаторы час быў на службе ў князя К.Астрожскага, да таго ж у час паўстання яго маці, сястра і два браты знаходзіліся ў Астрожскім замку. Відавочна, што мелася нейкая сувязь паміж уніяй і паўстаннем С.Налівайкі. Мэтанакіравана наносіліся ўдары па тых гарадах, дзе жылі ці мелі маёмасць прыхільнікі уніі. Асабліва папала К.Тарлецкаму. Паўстанцы зруйнавалі яго і братавы маёнткі, захапілі каштоўнасці, а таксама паперы па падрыхтоўцы уніі. Паўстанне было жорстка падаўлена, а С.Налівайку пасля цяжкіх катаванняў у Варшаве пакаралі смерцю.
Папа Клімент VIII (былы прадстаўнік Ватыкана ў Полыпчы кардынал Альдабрандзіні) выдаў булу аб уніі, а польскі кароль — універсал, паводле якога праваслаўная і каталіцкая цэрквы ў Рэчы Паспалітай абвяшчаліся злучанымі. Апошняе слова заставалася за саборам. Скліканы ў кастрычніку 1596 г. у Брэсце дзеля канчатковага афармлення уніі, ён раскалоўся на прыхільнікаў і праціўнікаў уніі. Першых падтрымлівалі кароль, канцлер і ўвесь дзяржаўны апарат, апошніх - праваслаўны народ. Антыуніяцкі сабор звольніў з пасад і пазбавіў духоўнага звання штрапаліта М.Рагозу і ўсіх уніяцкіх біскупаў. Уніяцкі сабор у сваю чаргу пазбавіў сану і адлучыў ад царквы ўсіх праціўнікаў уніі.
Сярод праціўнікаў уніі былі таленавітыя беларускія пісьменнікі свайго часу: Стэфан і Лаўрэнцій Зізаніі, Язэп Бабрыковіч, Лявонцій Карповіч, Мялецій Сматрыцкі і інш. Пачалася вострая літаратурна-багаслоўская палеміка. Гэта быў першы напрамак рэлігійнай барацьбы.
Другім напрамкам была парламенцкая барацьба. На сеймах і сейміках паміж праваслаўнымі і уніятамі заўжды адбываліся вострыя спрэчкі.
Трэцяй формай рэлігійнай барацьбы была адміністрацыйная барацьба: закрыццё праваслаўных цэркваў, перадача іх і манастыроў уніятам. На гэтым напрамку завіхаліся уніяцкія біскупы, феадалы, польскія каралі, канцлер Л.Сапега - прыхільнік уніятаў і ганіцель іх праціўнікаў. Калі жыхары Магілёва (19 кастрычніка 1618 г.) не пусцілі І.Кунцэвіча1 ў горад, Л.Сапега не толькі ўсклаў на гараджан велізарны грашовы штраф, але і загадаў перадаць усе праваслаўныя цэрквы разам с маёмасцю пад уладу Кунцэвіча. Карыстаючыся падтрымкай канцлера, апошні праз нейкі час гвалтам зачыніў праваслаўныя цэрквы на тэрыторыі ўсёй велізарнай епархіі. Мабыць, пад уплывам Сапегі ў 1621 г. Жыгімонт III накіраваў грамату полацкаму магістрату, патрабуючы падпарадкавання праваслаўных Кунцэвічу. Праваслаўнае насельніцтва адказала непакорнасцю і паклікала на дапамогу казакаў. Гэта прымусіла Сапегу хутка змяніць тактыку і заклікаць Кунцэвіча адмовіцца ад гвалту.
Змена тактыкі канцлера была выклікана некаторымі новымі з'явамі на палітычным небасхіле Рэчы Паспалітай. 3 пачатку XVII ст. у грамадска-палітычным жыцці ўсё болыпую вагу сталі набываць казакі. Менавіта казакі пачынаюць бараніць пакрыўджаную царкву, яе святароў і прыхільнікаў са зброяй у руках. Пры непасрэдным удзеле казакаў і іх атамана Сагайдачнага ў 1620 г. была адноўлена іерусалімскім патрыярхам Феафанам праваслаўная іерархія Беларусі і Украіны. А ў 1623 г. яны дамагліся згоды караля на адмену ўсіх каралеўскіх грамат, варожых праваслаўным, і недапушчэнне захопу маёмасці.
І. Кунцэвіч ці не разумеў, ці не жадаў разумець новых плыняў у грамадска-палітычным жыцці. Нягледзячы на перасцярогу канцлера, Кунцэвіч зачыняў храмы, пазбаўляў сану святароў, лічыў сябе вольным тапіць неуніятаў і секчы ім галовы. Канец такой нялітасці быў трагічным. 12 лістапада 1623 г. у г.Віцебску ўспыхнула паўстанне. Велізарны натоўп гараджан і сялян з навакольных вёсак, калі зазванілі ў цэрквах, кінуўся да дому Кунцэвіча. Яго забілі, труп кінулі ў Дзвіну, забілі і яго памагатых. Па патрабаванню палы рымскага Урбана VIII над насельніцтвам Віцебска была ўтворана крывавая расправа. Каралеўскую камісію ўзначаліў Л.Сапега. Ен спяшаўся ўчыніць расправу, бо стала вядома, што праваслаўныя звярнуліся за дапамогай да казакаў. 75 удзельнікаў паўстання былі прыгавораны да смерці, а астатнія да іншых мер пакарання. Маёмасць пакараных была канфіскавана. Віцебск пазбавілі магдэбургскага права, ратушу разбурылі, а званы знялі і адправілі на пераплаўку.
Пасля расправы над паўстаўшым насельніцтвам Віцебска нацыянальна-рэлігійны прыгнёт беларусаў і ўкраінцаў яшчэ больш узмацніўся. Барацьба народных мас хутка перарасла ў нацыянальна-вызваленчы рух. У 1637 -1647 гг. ён меў характар асобных стыхійных выступленняў. А ў 1648 г. на барацьбу з прыгнятальнікамі ўзнялося запарожскае казацтва на чале з Б.Хмяльніцкім. Паўстанне хутка перакінулася на Беларусь. Адзін за другім прыходзілі сюды казацкія загоны. Каля іх гуртаваліся паўстаўшае беларускае сялянства і нізы мяшчан. Паўстанцы знішчалі шляхціцаў, каталіцкае і уніяцкае духавенства, руйнавалі шляхецкія маёнткі, касцёлы, манастыры. Успыхнуўшы адначасова ў розных месцах, паўстанне шырылася так хутка, што спробы ладавіць яго сіламі феадалаў не мелі поспеху. Барацьбу з паўстаўшым народам узначаліў польны гетман Вялікага княства Літоўскага Януш Радзівіл. Восенню 1648 г. у Беларусь было накіравана некалькі буйных атрадаў наёмнікаў і шляхты. Жорсткія баі разгарнуліся на паўднёвым захадзе Беларусі ў раёне Пінска, Навагрудка, Слоніма, Брэста, Турава, Бабруйска. Літасці не было нікому. Параненых дабівалі, забівалі жанчын і дзяцей. Пінск быў амаль поўнасцю спалены. Па загаду Радзівіла ледзь не ўсё насельніцтва Турава, якое засталося ў горадзе, было знішчана, а горад спалены.