Испанские богословы в большинстве своём положительно восприняли Тридентский собор 1564 года, ставший предвестником церковного обновления. Как следствие, Филипп претворил в жизнь его решения в своём королевстве, опираясь на испанский клир, объединявший в своих рядах приблизительно 90 000 представителей белого и чёрного духовенства. Мотивируя свою имперскую политику служением Богу и церкви, королю к тому же удалось использовать финансовые ресурсы испанской церкви, требуя от неё все более крупных пожертвований. Принцип «государственной церковности» не оставлял никаких сомнений в главенстве светской власти и государства над церковью в Испании, которое Филипп отстаивал, даже противодействуя интересам папы.
5. Инквизиция при Филиппе. Выселение мавров
Его царствование было золотым веком для инквизиции, ещё со времён Фердинанда и Изабеллы усиленно преследовавшей еретиков (сначала мавров, евреев, потом, кроме того, протестантов). На аутодафе иногда присутствовал и король, употреблявший все усилия, чтобы самыми бесчеловечными мерами искоренить ересь. Он воспретил испанцам поступать в заграничные учебные заведения, учредил бдительный надзор над теологической литературой, украдкой проникавшей в Испанию, старался совсем отрезать «еретической чуме» доступ в свои владения. С протестантами инквизиция имела больше всего хлопот на севере Испании; на юге Филипп обратил преимущественное внимание на морисков. Со времени падения Гранады (1492) мавры, чтобы избавиться от насилий и вечной угрозы изгнания, целыми толпами принимали католичество, но, наружно исполняя все церковные обряды, многие из них на деле оставались верны магометанству. Филипп решил положить этому конец. Путём систематических притеснений и предъявления морискам трудноисполнимых требований (вроде, например, запрещения женщинам закрывать лицо на улице, повеления выучиться в три года испанскому языку, устраивать все домашние празднества так, чтобы любой прохожий мог войти в дом, и т. д.) Филипп достиг того, что мавры начали отчаянную вооружённую борьбу. Разразилось страшное восстание, длившееся больше двух лет. После варварского усмирения, сопровождавшегося свирепыми массовыми казнями, Филипп велел выселить всех морисков из страны. Очень многие из них были проданы в рабство; другие переселены в северные провинции Испании. «Победа» над морисками в придворных кругах считалась одним из блестящих дел первой половины царствования Филиппа.
6. Присоединение Португалии
Другим триумфом этого более «счастливого» периода его правления было присоединение Португалии. В 1578 г. португальский король Себастиан погиб во время североафриканской экспедиции. Филипп, основываясь на праве наследования по родству и на богатых подарках, которыми он оделил португальскую аристократию, решил захватить португальский престол. Среди португальцев возникла — весьма, впрочем, слабая — национальная партия, пытавшаяся оказать Филиппу вооружённое сопротивление; но испанская армия почти без борьбы заняла всю страну (в 1580 г.), а спустя несколько месяцев португальские кортесы провозгласили Филиппа португальским королём.
7. Внутренняя политика
С португальскими сепаратистами он обходился чрезвычайно круто и, несмотря на все настояния местных кортесов, явно стремился к полной государственной ассимиляции всего Пиренейского полуострова. С этой же целью он казнил представителей нескольких знатнейших арагонских семейств, когда в Арагоне вспыхнули волнения по поводу бежавшего туда из Кастилии опального вельможи Антонио Переса. Арагон пользовался старинными привилегиями, благодаря которым Филипп не мог вытребовать Переса к себе обратно. «Хустисия» — главный судья, хранитель арагонских вольностей — был казнён, в Арагон введены войска; последовали репрессии против тех, кто оказался виновен в защите Переса; арагонские инквизиторы действовали в интересах короля (сам Перес успел спастись). С тех пор сан хустисии потерял прежнюю прерогативу несменяемости и попал в полную зависимость от короля; арагонским вольностям был нанесён смертельный удар. За кастильскими старыми учреждениями Филипп не оставлял и тени влияния. Кортесы иногда созывались, но на все их заявления король обыкновенно не обращал ни малейшего внимания.
Так, кортесы жаловались на непомерную алчность церкви в приобретении земельных имуществ — но Филипп не внял им; жаловались, что с населения собираются налоги, о которых они, кортесы, ничего не знают, — король продолжал такие налоги собирать. Во внутренней истории Испании правление Филиппа было временем самого полного деспотизма.
8. Внешняя политика
8.1. Борьба с мусульманами, Священная лига, Лепанто
1560-е годы были заняты жестокой сухопутной и морской войной (в общем успешной для Филиппа) против берберийцев. Филипп видел в этой борьбе не только дело государственной важности, но и вопрос, в котором заинтересовано все христианство. Ещё в большей степени смотрел он так на свою войну с турками. В 1571 г. по инициативе Папы Пия V была образована «Священная лига» из Венеции, Испании, Генуи, Савойи и ещё некоторых мелких итальянских государств. Во главе коалиции стала Испания; Филипп назначил главным адмиралом своего сводного брата Дона Хуана, который одержал над турками полную победу при Лепанто. Эта победа не имела для Испании непосредственных материальных результатов, но чрезвычайно усилила престиж испанского флота в глазах Европы. С Турцией война шла с перерывами до конца царствования Филиппа.
8.2. Нидерландская революция
Усмирение и выселение морисков, жестокое преследование мусульман, евреев, протестантов способствовали замечавшемуся уже с первых десятилетий правления Филиппа обнищанию страны, её экономическому упадку; но политическое могущество, по крайней мере судя по внешности, принадлежало Испании вплоть до разгара восстания в Нидерландах. Это восстание было в значительной степени делом рук Филиппа, неукоснительно вводившего и укреплявшего в этой стране инквизицию. Самой своей личностью Филипп был ненавистен нидерландцам; на все жалобы и моления Филипп с самого начала царствования отвечал приказами давить еретиков без всякого снисхождения. Когда в 1565—1567 гг. движение разрослось, Филипп сказал, что «даст возмездие за оскорбление Бога» и его святыни (то есть католических храмов), и отправил в Нидерланды Альбу, одного из лучших своих боевых генералов. В течение террора, введённого Альбой, Филипп оставался деятельнейшим вдохновителем всех жестокостей своего ставленника. Из числа преемников Альбы ни один не мог заключить мира; всяким попыткам, направленным к этой цели, упорно противился Филипп, не выходивший из своего любимого, мрачного, уединённого дворца Эскориала и ведший оттуда огромную, ежедневную переписку со своими наместниками и генералами.
В 1581 г. генеральные штаты в Гааге объявили Филиппа лишённым нидерландских владений; в это же время против него выдвинулся новый, ещё более опасный враг — Англия.
8.3. Против Англии. «Непобедимая Армада»
Ещё будучи наследником престола, в 1554 г., Филипп женился на Марии Кровавой, королеве английской; когда Мария умерла, он желал жениться на её преемнице Елизавете, но последняя искусно отклонила это сватовство. По мере того, как росли успехи Нидерландов, Елизавета обнаруживала все больше и больше сочувствия к их делу. Френсис Дрейк, покровительствуемый английским правительством искатель приключений, нападал на берега заатлантических владений Испании, не щадя иногда и побережья Пиренейского полуострова. Наконец, когда Елизавета послала нидерландцам помощь в виде большого отряда пехоты и артиллерии, Филипп решился нанести решительный удар «еретичке»; казнь Марии Стюарт только ускорила его решение. В 1588 г. Филипп послал к берегам Англии под начальством Медина-Сидонии огромный флот (130 больших военных кораблей) — «Непобедимую Армаду», которая погибла от бури и удачных нападений оборонительной английской эскадры. Филипп принял известие об этом несчастье с необыкновенным наружным спокойствием, но на деле, как это было ясно для приближенных, оно весьма сильно угнетало его. Мира с Елизаветой он все же не заключил и до конца его жизни Испания подвергалась жестоким нападениям со стороны английского флота: казна Филиппа была до такой степени истощена, что выстроить мало-мальски сильный оборонительный флот он решительно не мог. Англичанам удавались самые отважные высадки: например незадолго до смерти Филиппа они сожгли Кадис.
8.4. Отношения с Францией
Неудачная война Испании с Англией развязала руки как восставшим и отложившимся Нидерландам, так и Генриху III Валуа (а потом Генриху IV Бурбону); и Нидерланды, и Франция почувствовали себя более свободными: первые — от упорного военного единоборства с испанскими десантами, вторая — от дипломатических происков и интриг со стороны Филиппа, издавна бывшего в сношениях с Гизами. Все планы его поживиться как-нибудь при помощи французской католической партии за счёт Франции и даже посадить свою дочь на французский престол окончились полной неудачей. Во время борьбы Лиги с Генрихом Бурбоном он оказывал деятельную, но бесплодную поддержку Лиге. Вообще, многолетние его дипломатические тайные и явные сношения с французским двором (сначала с Екатериной Медичи и Карлом IX, потом с Гизами) дают много материалов для характеристики двуличности, вероломства и религиозного фанатизма Филиппа. Мир с Францией он заключил лишь в 1598 г., за несколько месяцев до смерти.
8.5. Колониальная политика
Филипп проявлял заинтересованность в вопросах жизнедеятельности испанских колоний в Америке: ещё будучи принцем, в 1553 году он разрешил к печати фактически первую книгу о Южной Америке историка Педро де Сьеса де Леона - Хронику Перу, положившей начало изучению данного материка европейцами.