В марте 1914 г. Деникин был назначен исправляющим должность генерала для поручений при командующем войсками Киевского военного округа и в июне произведен в чин генерал-майора. В августе 1914 г. Деникин был назначен генерал-квартирмейстером 8-й армии, которой командовал генерал А.А. Брусилов. В качестве генерал-квартирмейстера он принял участие в первых операциях 8-й армии в Галиции. Но штабная работа его не удовлетворяла. И когда ему стало известно, что освобождается должность начальника 4-й стрелковой бригады, он сделал все, чтобы уйти в строй.
В феврале 1917 г. Деникин получил назначение помощником начальника штаба верховного главнокомандующего русской армией (Могилев), в мае - главнокомандующим армиями Западного фронта (штаб в Минске), в июне - помощником начальника штаба верховного главнокомандующего, в конце июля - главнокомандующим армиями Юго-Западного фронта (штаб в Бердичеве).
После Февральской революции Деникин по мере возможности противодействовал демократизации армии: в "митинговой демократии", деятельности солдатских комитетов и братании с противником он видел только "развал" и "разложение". Он защищал офицеров от насилия со стороны солдат, требовал введения смертной казни на фронте и в тылу, поддерживал планы верховного главнокомандующего генерала Л.Г. Корнилова установить в стране военную диктатуру для подавления революционного движения, ликвидации Советов и продолжения войны. Он не скрывал своих взглядов, публично и твердо отстаивая интересы армии, как он их понимал, и достоинство русского офицерства, что сделало его имя особенно популярным среди офицеров.
Корниловский мятеж поставил точку в военной карьере Деникина в рядах старой русской армии: по распоряжению главы Временного правительства А.Ф. Керенского он был снят с должности и 29 августа арестован. После месячного содержания на гарнизонной гауптвахте в Бердичеве 27 - 28 сентября его перевели в г. Быхов (Могилевская губерния), где находились в заключении Корнилов и другие участники "мятежа". 19 ноября по приказу начальника штаба верховного главнокомандующего генерала Н.Н. Духонина был освобожден вместе с Корниловым и другими, после чего уехал на Дон.
В Новочеркасске и Ростове Деникин принял участие в формировании Добровольческой армии и руководстве ее операциями по защите центра Донской области, которую М.В. Алексеев и Л.Г. Корнилов рассматривали как базу антибольшевистской борьбы. В ситуации, когда взаимоотношения двух вождей добровольчества были крайне напряжены, он не скрывал своего возмущения, когда напряженность перерастала в открытые ссоры между ними. Уважаемый и Алексеевым, и Корниловым за принципиальность и прямоту, он сохранял с обоими хорошие служебные и личные отношения, что позволяло ему снимать противоречия между ними в интересах дела.
В феврале 1918 г Корнилов назначил Деникина своим заместителем. 31 марта (13 апреля) 1918 г., после гибели Корнилова во время неудачного штурма Екатеринодара, Деникин вступил в командование Добровольческой армией.
Центральная власть на Юге России получила впервые четкую организацию в секретном приложении приказу № 1 Верховного руководителя Добровольческой армии ген. Алексеева от 20 августа 1918 года. Главным создателем этой первой формы нов ой власти был известный политический деятель В. В. Шульгин. Было создано „Особое Совещание при Верховном Руководителе", состоящее из отделов (министерств). Председатель Особого совещания был ген. Алексеев, его заместителем — ген. Деникин. У Особого совещания были законодательные, дипломатические и административные функции, заседания его имели лишь совещательный характер и принятые им решения были не обязательными для верховной власти.
Ген. Алексеев вскоре умер, его заменил генерал Деникин, который в декабре 1918 года с согласия Донской и Кубанской местных властей принял титул "Главнокомандующего Вооруженными Силам Юга России". Новая организация верховной власти была зафиксирована в „Положении об Особом Совещании при Главнокомандующем Вооруженными Силами Юга России" от 2 февраля 1919 года. Главным автором этого нового „положения" был известный кадетский деятель К. Н. Соколов.
Особое совещание было создано при главнокомандующем „для содействия в делах законов государственных и административных". Оно состояло из 14 управлении: Военное, Морское, Внутренних дел, Земледелия, Иностранных дел, Исповеданий, Народного просвещения, Почты и телеграфов. Продовольствия, Путей сообщения, Торговли и Промышленности, Финансов, Юстиции и Государственного контроля. При нем состояло два „отдела" Законов и Пропаганды и Канцелярия. Начальники управления и отделов назначались главнокомандующим. Он мог пригласить к участию в заседаниях Особого совещания лиц по своему усмотрению. В случае своего отсутствия он назначал иного председателя Особого совещания. Особое совещание было “совещательным органом” при главнокомандующем „в области законодательства и верховного управления". Его постановления принимали силу закона лишь после утверждения главнокомандующим. Главной функцией Отдела законов была подготовка, проверка „точности" и обнародование законов. Сам К. Н. Соколов, один из его виднейших участников писал, что Особое совещание „сравнивали с машиной, работающей без приводных ремней. Теоретически все было построено на началах единства власти. На практике было бесформенное единство безволия".
Такому положению способствовал ряд факторов: плохая работа исполнительных органов, вынужденное подчинение всей системы управления генералам из окружения Деникина, конфликты с казачьими правительствами и, может быть в первую очередь, политические трения и интриги.
17 декабря 1919 года, под влиянием военных не удач белых войск, ген. Деникин (приказом № 176 по Общему Управлению) упразднил Особое совещание и заменил его „Правительством при Главнокомандующем" в составе председателя правительства и начальников семи управлений: Военного, Морского, Внутренних дел, Финансов, Путей Сообщений, Торговли и Промышленности, Юстиции, при правительстве образовалось „Совещание по законно дательным предположениям".
Во второй половине февраля 1920 года ген. Деникин создал „Южнорусскую власть", которая должна на была возглавляться им самим и осуществляться при содействии „Совета министров". Но уже в 1920 году, вынужденный развитием военных события ехать в Крым, Деникин упразднил Совет Министров и поручил М. В. Бернацкому ,,организовать усеченное и сокращенное численно деловое учреждение, ведающее делами общегосударственными, руководством местных органов". Таким образом Деникин практически был диктатором, почти власть принадлежала ему одному.
В исторической и мемуарной литературе часто встречается утверждение, что главной причиной не удачи белой борьбы в 1918/1919 годах было нежелание ген. Деникина разрешить, до освобождения страны от красных, главный вопрос русской общественной жизни крестьянский вопрос.
В действительности Деникин прекрасно понимал все значение крестьянского вопроса и лично был сторонником передачи большей части земли в собственность крестьянам. В приказе, оглашенном на заседании Особого совещания при главнокомандующем 26 марта 1919 года, он указал следующие неотложные меры в области землеустройства:
Создание и укрепление прочных мелких средних хозяйств за счет казенных и частновладельческих земель.
Сохранение за собственниками их прав на земли. При этом в каждой отдельной местности должен быть определенный размер земли, которая может быть сохранена в руках прежних владельцев и установлен порядок перехода остальной частновладельческой земли малоземельным. Переходы эти могут совершаться путем добровольных соглашений, путем принудительного отчуждения, но обязательно, земля, не превышающая установленных размеров, укрепляется на правах незыблемой собственности.
Сознавая необходимость что-то предпринять сразу же, ген. Деникин все же считал, что „полное раз решение земельного вопроса для всей страны и составление общего для всей необъятной России земельного закона будет принадлежать законодательным учреждениям, через которые русский народ вы разит свою волю".
10 июня 1919 года Деникин утвердил „Временное положение об Управлении Земледелия и Землеустройства", но внимания земельной реформе оно почти не уделяло: лишь один пункт послед ней части этого, пространного документа указывал, что, помимо пяти прочих своих обязанностей, “Землеустроительная Часть” управления (одна из семи его „частей") должна была ведать „организацией и постановкой землеустроительного дела на местах главным образом в связи с аграрной реформой и переходом земли к малоземельному населению, как по добровольному соглашению, так и путем принудительного, за плату, отчуждения.
Во второй половине июня 1919 года правительством Деникина было указано, что фактические держатели земель должны засеивать и обрабатывать захваченные ими земли. Из урожая трав они обязаны бы ли выдавать половину бывшим хозяевам земель, из урожая хлебов — одну треть (знаменитый ,,третий сноп"), а из урожая корнеплодов — одну шестую. Осенью того же года помещичья доля была снижена до одной пятой для зерновых культур и до одной десятой для корнеплодов; установившееся в деревнях фактическое распределение земель было отдалено еще на один сельскохозяйственный сезон.
В июне были также учреждены, для разрешения споров по распределению и уборке урожая", комиссии, под председательством мировых судей и с участием землевладельцев и крестьян. На практике нередки были на местах попытки вернуть себе отобранные у них земли. Местные военные и гражданские власти не всегда препятствовали их произволу, а порой и помогали им.