Після приєднання румунська влада всіляко перешкоджали поверненню жителів Бессарабії на батьківщину. Особливо масово рушили в СРСР євреї. Вони розуміли, що узяття Румунії Німеччиною означає для них вірну смерть.
Навесні й на початку літа 1941 року на всій території Бессарабії й Буковини, що ввійшли у СРСР почалася депортація так званих "небажаних елементів". Сюди входили як колишні жандарми, охоронці, керівники поліції, так і рядові громадяни, на думку НКВС, що становили небезпеку для радянського ладу.
Особливо потужна депортація відбувалася в ніч із 12 на 13 червня 1941 року. При цьому глави родин вивозилися в табори військовополонених, а члени родин висилалися в Казахську РСР, Красноярський край, Омську й Новосибірську області. Загальна кількість засланих переселенців склала 25 711 людей, а сумарна кількість репресованих 29 839 людей.
По закінченні Другої Світової війни було підтверджено остаточне й безповоротне входження до складу Радянського союзу Бессарабії й Буковини. У рамках Паризької мирної конференції, Румунія й СРСР підписали мирний договір, у якому заявлялося про взаємне визнання радянсько-румунського кордону, встановленого угодою від 28 червня 1940 року, що закріпив за Радянським Союзом Бессарабію й північну Буковину.
23 травня 1948 року Румунія передала Радянському союзу острів Зміїний і частину дельти Дунаю. До 1991 року в складі СРСР Бессарабія була поділена між УРСР (Аккерманськая область) і МССР. У такий спосіб при розпаді Радянського союзу вона належить незалежній Україні.
Як бачимо з вищевикладеного, досить дивно виглядають територіальні претензії деяких політичних кіл Румунії до України із приводу північної Буковини й південної Бессарабії. Більше того, після розпаду СРСР президент Румунії Іон Іліеску своїм підписом у договорі від 4 липня 2003 року підкреслив, що Румунія відмовляється від територіальних претензій до Росії як правонаступниці СРСР (у тому числі й до України), у зв'язку із приєднанням Бессарабії й північної Буковини. На жаль, і сьогодні Румунія надає своє громадянство жителям України на основі родинних відносин з особами колись народжених ще в окупованою Румунією Бессарабії до 28 червня 1940 року. Це є прямим порушенням міжнародного права. Не дивлячись на це, возз'єднання земель північної Буковини й південної Бессарабії з Україною є слушним великим історичним актом.