Главными противниками Савонаролы были ведущие флорентийские семьи, сторонники возврата к олигархии начала XV века («беснующиеся»; итал. arrabbiati), и приверженцы правления Медичи («серые»). В условиях формирования в 1496 г. антифранцузской лиги итальянских государств, давление на республику резко усилилось. В 1497 г. папа объявил проповеди Савонаролы еретическими, отлучил его от церкви и потребовал выдачи. В марте 1498 г. большинство в правительстве республики перешло к противникам Савонаролы. По приказу папы проповедник был арестован и 23 мая казнён.
После смерти Савонаролы правительство республики обратило всю свою энергию на подавление пизанского восстания. Однако осада Пизы обернулась позорным поражением армии кондотьеров, нанятых Флоренцией. Ситуация обострилась с формированием в Романье сильного государства Чезаре Борджиа. В 1501 г. Чезаре атаковал Флоренцию. Это вызвало восстания в Ареццо, Монтепульчано и Пистойе. Республика была не в силах оказать эффективного сопротивления. Лишь вмешательство Франции заставило Чезаре Борджиа вывести войска из долины Арно. Внешнеполитический кризис вызвал обострение внутренних проблем. Огромный, демократический Великий совет и частая смена высших должностных лиц республики препятствовали укреплению государства.
Никколо Макиавелли. Фрагмент портрета работы Санти ди Тито
В 1502 г. была проведена кардинальная реформа системы управления: должность гонфалоньера справедливости стала пожизненной. 1 ноября 1502 г. гонфалоньером республики был избран Пьеро Содерини, советником при котором вскоре стал Никколо Макиавелли. Правительство, наконец, приобрело стабильность и авторитет, несколько улучшилось финансовое состояние, а после смерти папы Александра VI, краха государства Чезаре Борджиа и заключения в 1505 г. франко-испанского мира нормализовалось и внешнеполитическое положение Флоренции. Под влиянием Макиавелли была проведена военная реформа: республика отказалась от использования наёмных отрядов и в 1506 г. сформировала национальную армию — народную милицию. Новые войска Флоренции осадили и в 1509 г. захватили Пизу, восстановив тем самым территорию государства.
Однако в целом Флорентийская республика оставалась относительно слабой: в стране продолжала существовать сильная патрицианская оппозиция демократической конституции, отсутствовали финансовые и военные силы, достаточные для того, чтобы выступать на политической арене на равных с великими державами. Профранцузский курс Содерини в условиях объединения всей Италии против Франции также нёс в себе существенную угрозу для республики. В результате войны Священной лиги к 1512 г. французы были вытеснены из Италии. Флоренция осталась в полной политической изоляции. На Мантуанском конгрессе 1515 г. государства Священной лиги признали право Медичи на Флоренцию. На территорию республики вторглась испанская армия Раймондо де Кардоны, которая захватила Прато и подошла к Флоренции. Город охватила паника, Содерини бежал в Рагузу, правительство оказалось неспособным к сопротивлению. Флоренция вскоре капитулировала, согласилась на возвращение власти Медичи и уплату контрибуции в размере 140 тысяч дукатов.
Реставрация Медичи (1512—1527)
Герб дома Медичи
После реставрации Медичи в 1512 г. народное собрание Флоренции выбрало специальный комитет Сорока пяти (позднее — шестидесяти пяти) для реформирования государственного устройства, большинство в котором принадлежало сторонникам Медичи. Председателем комитета стал кардинал Джованни Медичи, сын Лоренцо Великолепного. Большой совет и народная милиция были ликвидированы, а органы, существовавшие при Лоренцо, — восстановлены. Формально, согласно новой государственной системе, высшая власть принадлежала Совету Семидесяти и Синьории из восьми приоров и гонфалоньера, однако в реальности рычаги управления были сосредоточены в специальной комиссии (балье), ставшей постоянным институтом. Балья назначала каждые два месяца членов Синьории и определяла внутреннюю и внешнюю политику государства. Фактически власть принадлежала единолично кардиналу Джованни Медичи, направлявшему работу бальи и других органов управления.
В 1513 г. Джованни Медичи был избран папой римским под именем Льва X. В результате Флоренция стала придатком папского государства. Вся внешняя политика республики была полностью подчинена интересам Рима. Номинально правителем Флоренции был объявлен брат Льва X Джулиано Медичи, герцог де Немур, а после его смерти в 1516 г. — сын Пьеро Медичи, Лоренцо Медичи, герцог Урбинский. Однако фактически внутреннее управление республикой продолжало оставаться в руках папы Льва X. В это время резко усилилась ориентация Флоренции на Францию: Лоренцо II женился на принцессе французского королевского дома, а его дочь Екатерина позднее стала королевой Франции. После смерти Лоренцо Урбинского в 1519 г. Флорентийская республика была передана под управления кардинала Джулио Медичи, незаконного сына Джулиано Медичи, убитого во время заговора Пацци. При кардинале Джулио во Флоренции установилось относительное спокойствие, стабилизировалась государственная система и финансовое состояние. Его внутренняя политика продолжала традиционное для Медичи заигрывание со всеми социальными слоями общества и показную приверженность демократическим и республиканским ценностям.
Реставрация Медичи совпала по времени с началом общего упадка экономики Италии вообще и Флоренции в частности. Внутренний рынок оставался слабым вследствие протекционистской политики каждого из итальянских государств и многочисленных таможенных ограничений. Всевластие флорентийских торгово-финансовых кругов препятствовало развитию промышленности в других городах республики, а сельская округа эксплуатировалась исключительно в интересах Флоренции. Главным рынком сбыта промышленности республики оставались иностранные государства, однако с конца XV века флорентийцев стала вытеснять из Англии, Франции и других стран усиливающаяся национальная буржуазия. Более того, английское сукно начало побеждать в конкурентной борьбе на европейских и итальянских рынках флорентийское, а импорт шерсти из Англии и красителей из Леванта резко сократился. Это привело к падению объём производства в основных отраслях промышленности Флоренции. По сравнению с началом XV века выпуск сукна в 1520-х гг. уменьшился почти в 4 раза. Некоторый подъём в производстве шёлковых тканей и предметов роскоши не компенсировал упадка других сфер производства. Открытие Америки и перемещение торговых путей Европы в Атлантику также сильно ударил по флорентийской торговле. Упадок затронул и банковские операции: банкирские дома Флоренции потеряли ведущие позиции в Европе и своё влияние при дворах Англии, Франции и других государств, вытесненные местными финансовыми кругами.
Папа римский Климент VII (Джулио Медичи)
Упадок промышленности, торговли и банковского дела во Флоренции привёл к тому, что флорентийская буржуазия начала выводить свои капиталы из обращения и вкладывать их в приобретение земельных владений. Начала формироваться новая земельная аристократия, ориентированная на получение земельной ренты от сдачи своих владений в аренду крестьянам, которая стала сближаться со старой феодальной знатью. С другой стороны, потеряв работу в городе, многие наёмные рабочие возвратились в деревню, расширив тем самым численный состав крестьянства. Нехватка земель способствовала утверждению во флорентийской деревне мелкой аренды на достаточно тяжёлых условиях: половина сельскохозяйственной продукции крестьянина изымалась в пользу землевладельца. Это приводило к частичному ограничению личной свободы крестьян и складыванию полуфеодальных отношений в аграрном секторе.
В 1523 г. кардинал Джулио стал папой Климентом VII. Флоренция вновь оказалась под непосредственным управлением папства. Формальными правителями республиками были сделаны несовершеннолетние Ипполито и Алессандро Медичи, незаконнорождённые сыновья Джулиано Немурского и Лоренцо Урбинского, однако рычаги власти остались за папой, назначавшим в республику своих представителей из духовенства. Длительное подчинение Флоренции интересам папства и наступление на республиканские традиции его чиновников в сочетании с ухудшением экономической ситуации и ростом безработицы вызывали постепенный подъём оппозиции правлению Медичи среди широких слоёв населения. Известие о взятии и разграблении Рима немецкими солдатами в 1527 г. и бегстве папы Климента VII вызвало восстание во Флоренции и новое изгнание Медичи.
Падение Флорентийской республики (1527—1532)
После изгнания Медичи во Флоренции вновь была восстановлена республиканская конституция, существовавшая в 1494 г. Высшим органом власти стал Большой совет из двухсот граждан республики, избираемых по старой демократической системе. В компетенцию Большого совета вошло формирование правительства — Синьории из восьми приоров и гонфалоньера справедливости, а также утверждение законов республики. Синьория осуществляла общее руководство внутренней и внешней политикой и разрабатывала проекты законов, выносимые в Большой совет. Особые полномочия были предоставлены Совету Десяти, ответственному за военные вопросы. Гонфалоньер выполнял функции главы государства и избирался на один год, с правом переизбрания неограниченное количество раз.