Процесс оформления самостоятельности Македонии начался в январе 1991 г. с принятием Декларации о суверенитете Социалистической Республики Македония (СРМ) и был завершен 17 ноября 1991 г., когда была принята новая Конституция Республики Македония, провозгласившая Республику суверенным демократическим государством. Отделение Македонии, в отличие от других республик, проходило мирным путем, обосновывалось законодательным путем и волеизъявлением народа, обусловливалось Договором о выводе войск Югославской народной армии с территории Республики от 21 февраля 1992 г.
В Македонии была выбрана смешанная парламентско-президентская модель организации государственной власти. Радость Македонии от достижения суверенитета омрачалась проблемой ее признания со стороны международных организаций. 17 декабря 1991 г. на заседании министров иностранных дел стран-членов ЕС были разработаны критерии признания новых государств в Восточной Европе и Советском Союзе: уважение Устава ООН и других международных документов по вопросам правового государства, гарантия прав этнических и национальных групп и меньшинств, уважение нерушимости границ, которые могут быть изменены только мирным путем, признание международных обязательств по разоружению, безопасности и региональной стабильности, решение проблем правового наследия и региональных споров путем переговоров.
20 декабря 1991 г. министр иностранных дел Македонии обратился к государствам-членам ЕС с просьбой признать Республику. Как отмечал Президент Республики Македония К.Глигоров, «в отличие от документально обоснованной позиции Арбитражной комиссии двенадцать приняли политическое решение признать пока только Словению и Хорватию». Однако объяснения тому были. Во-первых, Македония не имела посредников и покровителей среди сильных европейских государств, как, например, Германия, открыто отстаивавшая интересы Хорватии. Во-вторых, препятствием стала особая позиция Греции как члена ЕС.
Греция решительно протестовала против названия республики «Македония» (ибо так называется область в Северной Греции), против использования исторической греческой атрибутики в официальной македонской символике, настаивала на определенных гарантиях со стороны Македонии, что та не имеет территориальных претензий к соседним государствам. Правительство Греции заявляло, что никогда не согласится, чтобы в названии соседней республики были «греческое» слово «Македония» или «производные от него».
2 мая 1992 г. ЕС согласилось признать Македонию только в том случае, если будет найдено приемлемое для всех название нового государства.
В апреле 1993 г., согласно Резолюции № 817, Республика принята в ООН под временным именем «Бывшая Югославская Республика Македония» (БЮРМ) до урегулирования разногласий, возникших в связи с названием этого государства. В условиях разгоравшихся военных действий в Хорватии и Боснии и Герцеговине мир в Македонии казался ее руководителям хрупким. Поэтому они обратились с просьбой в ООН направить отряд «голубых касок» в Македонию. Ограниченный контингент ООН (700 человек) получил зимой 1993 г. мандат на размещение в Македонии для оперативного информирования и предотвращения возможных провокаций на границе с Сербией. В июле того же года к ним присоединились 300 американских солдат. В декабре 1993 г. Собрание Республики Македония принимает решение просить о присоединении к НАТО. Все политические партии страны без исключения поддерживают это решение. 15 ноября 1995 г. Республика присоединилась к программе «Партнерство во имя мира».
Экономическое положение Македонии после приобретения самостоятельности было крайне тяжелым. Прервались традиционно тесные хозяйственные связи со всеми бывшими республиками СФРЮ. А переход Республики к рыночным отношениям совпал с введением санкций против Югославии. Проблемы в греко-македонских отношениях затруднили и их экономические связи. По официальным данным, Македония потеряла в результате осложнений в отношениях с соседними странами свыше 3 млрд. долларов. Валовой внутренний продукт с 1991 по 1993 г. сократился на 30%, уровень безработицы приблизился к 40%, объем промышленного производства упал на 50%.
Македония - страна, в которой кроме титульной нации проживают и другие народы. Согласно переписи 1994 г. население страны составляло 2 млн. 75 тыс. человек, из которых 1 млн. 378 тыс. - македонцы, 478 тыс. - албанцы, 39 тыс. - сербы, 47 тыс. - цыгане. Большинство населения (66,66%) - православные, мусульмане составляют 30,06%, католики - 0,49%. К национальным меньшинствам в Македонии относят 22,9% албанцев, 4% турок, 2,3% цыган, 2% сербов и 0,8% влахов.
Несмотря на усилия руководства, одной из серьезных проблем, которые переживала в эти годы Македония, являются взаимоотношения с албанским населением. Постоянно предпринимались попытки сохранить этнический мир и построить демократическое государство, руководствуясь идеями гражданственности. Политические албанские партии представлены в парламенте и активно участвуют в политической жизни. Конституцией предусмотрено параллельное употребление албанского языка (или языка любой другой национальности) как служебного в тех общинах, где численность албанского населения (или другого национального меньшинства) превышает 20% от общего числа жителей. Однако албанцы, численность которых в Республике составляет около 23%, выступают за расширение своих прав, открытие албанского университета, более представительного участия (на уровне 30%) во всех государственных структурах, а радикальное крыло албанского меньшинства требует автономии для районов Западной Македонии, отстаивая идею создания независимого государства для албанцев.
Политика К.Глигорова, направленная на установление добрососедских отношений со всеми государствами полуострова, используя мирные средства, переговоры и компромиссы, принесла свой результат. 12 октября 1995 г. Македония становится членом ОБСЕ, а 8 ноября - 38-м членом Совета Европы. В сентябре 1995 г. после четырехлетних острых споров Македония и Греция подписали в Нью-Йорке соглашение о нормализации отношений. Греция согласилась признать Македонию как суверенное государство, снять экономическое эмбарго, а Скопье отказалось от эмблемы - шестнадцатиконечной звезды - на своем национальном флаге. Македония заявила также, что не имеет территориальных претензий к Греции.
В апреле 1996 г. был подписан договор о нормализации отношений между Македонией и Югославией. Республика Македония признала государственную правопреемственность Союзной Республики Югославии, а СРЮ признала своего южного соседа под именем Республика Македония. В результате договоренностей была создана таможенная уния двух государств, началось свободное передвижение людей и товаров через границу, созданы благоприятные условия для взаимовыгодной торговли.
Ареной еще более непримиримого военно-политического и этнорелигиозного противостояния стала бывшая союзная республика СФРЮ Босния и Герцеговина, которая отличалась самым многонациональным составом населения, что на протяжении многих веков служило первопричиной разного рода этнических конфликтов.
Согласно переписи 1991 г., сербы составляли 31% ее жителей, мусульмане - 44, хорваты - 17%, а остальное приходилось на другие этнические группы. После провозглашения независимости Боснии и Герцеговины оказалось, что сербы составляют большинство в ее северных и восточных районах, мусульмане - в центральных, а хорваты- в западных.
Нежелание сербов и хорватов оказаться в мусульманском государстве, а мусульман - в христианском с самого начала независимого существования Боснии и Герцеговины привело к конфронтации между ними, которая весной 1992 г. переросла в гражданскую войну.
На первом ее этапе победу одержали боснийские сербы, которые, опираясь на дислоцированные в республике силы югославской армии, захватили почти 3/4 всей ее территории, начав "этнические чистки" в мусульманских районах и фактически превратив мусульманские города в анклавы, со всех сторон окруженные сербскими войсками.
Наиболее яркий пример такого рода - столица Боснии и Герцеговины Сараево, осада которой сербами длилась более трех лет и стоила жизни десяткам тысяч ее жителей. В результате национально-религиозного размежевания на территории с преобладанием сербского населения была провозглашена Боснийская Республика Сербская. Хорваты и мусульмане сначала также образовали свои республики, но в 1994 г. на основе антисербского союза создали единую Боснийскую мусульмано-хорватскую федерацию.
В это же время в ходе войны наступил перелом не в пользу сербов, который объясняется несколькими причинами.
Во-первых, против правительства СРЮ, обвиненного во вмешательстве в дела соседнего государства и вооруженной поддержке борьбы боснийских сербов, Совет Безопасности ООН ввел строгие международные санкции.
Во-вторых, лидер непризнанной Боснийской Республики Сербской Радован Караджич был обвинен в организации "этнических чисток" и объявлен военным преступником.
В-третьих, западные союзники и многие мусульманские государства начали вооружать армию боснийских мусульман, боеспособность которой благодаря этому заметно возросла.
Наконец, в-четвертых, американские, британские и французские самолеты начали наносить бомбовые удары по позициям боснийских сербов.
Боснийская война завершилась поздней осенью 1995 г. По мирному соглашению Босния и Герцеговина формально сохранила статус независимого государства с единым президентом, парламентом, центральным правительством и другими органами власти.
Но фактически она была разделена на две части. Одну из них образовала мусульмано-хорватская федерация с территорией 26 тыс. км2, населением 2,3 млн человек и столицей в г. Сараево, которая имеет своего президента, парламент и правительство. На другой части образовалась Республика Сербская с территорией 25 тыс. км2, населением более 1 млн человек и столицей в г. Баня-Лука.