Особенно явно проявилась враждебность Ливонии в 1547 году, когда Иоанн отправил в Германию саксонца Шлитте с поручением – пригласить в Москву всяких мастеров, художников и ученых. Шлитте исполнил поручение добросовестно, но ливонское правительство не пропустило иностранцев в Москву. Когда же один из них, несмотря на запрещение, попытался перейти границу, ливонцы его нагнали и казнили. Иоанн не забыл этой обиды и, управившись на Востоке с Казанью и Астраханью, обратил оружие против Ливонии, решившись утвердиться на берегах Балтийского моря.
Предлогом к войне послужила неуплата дани, которую Дерптский епископ, по прежним договорам, обязался платить Московским князьям. Договор, умышленно или неумышленно, был забыт епископом и Иоанн потребовал уплаты всей накопившейся дани в определенный срок. Когда она в срок не была уплачена, Иоанн двинул сильное войско в Ливонию, овладел 20 городами (в том числе Нарвой и Дерптом) и страшно опустошил страну.
Магистр Ливонского ордена, Кетлер, не мог и думать о борьбе с Иоанном, а потому обратился с мольбами о защите и помощи к трем соседним государствам: Дании, Швеции и Польше. Первые два не решились вступиться за Ливонию, а польский король Сигизмунд Август заключил с ней оборонительный и наступательный союз (1559 г.), так как сам имел виды на Ливонию. Но Кетлер ничего не выиграл от этого союза, потому что король польский не спешил защитить Ливонию и спокойно смотрел на быстрые военные успехи русских. Увидев это, Кетлер решился прибегнуть к последнему средству, чтобы сохранить за собой хоть часть владений ордена. Для этой цели он уговорил эстляндское дворянство отдаться под покровительство Швеции, Лифляндию просто уступить польскому королю в полное владение, а за собой оставил только Курляндию, признав ее зависимость от Польши. В то же время он продал остров Эзель датскому королю. Этим хитрым маневром он уклонился от непосредственной войны с Московским государством, вовлекая его в войну с тремя государствами, которым так легко и дешево достались их права на новые владения.
Увлеченный своими успехами Иоанн решился принять навязываемую ему войну со Швецией и Польшей, и даже сам начал войну с Сигизмундом. В 1553 году он вступил в Литву с сильным войском и множеством пушек. Здесь он осадил и взял город Полоцк, очень важный пункт и в торговом, и в военном смысле. Хотя примерно в это время Сигизмунду удалось одержать победу над русскими воеводами при городе Орше, однако он не мог вознаградить себя за потерю Полоцка и предложил мир Иоанну на самых выгодных условиях для Московского государства. Сигизмунд уступал Иоанну все города и земли, занятые русскими войсками в Ливонии, и хлопотал только о возвращении Полоцка.
Но Иоанн не захотел и слышать о мире, тем более, что в это время ему удалось сблизиться с Данией (при помощи брачного союза между датским принцем Магнусом и племянницей Иоанна). Он намеревался образовать из Ливонии отдельное королевство, зависимое от Московского государства, а Магнуса посадить в нем королем. С такими планами на будущее Иоанн заключил с Польшей не мир, а только перемирие на три года. Однако обширным планам Иоанна не суждено было сбыться, потому что в Польше в течение этого времени произошли важные события, а внутри Московского государства последовал целый ряд весьма печальных перемен в отношениях Иоанна к своим приближенным и к среде, его окружавшей.
Вскоре после взятия Казани и присоединения Астрахани к Московскому государству, ближайшие советники царя, Сильвестр и Адашев, возгордились и стали вмешиваться во все распоряжения Иоанна – даже в семейные его дела. Это постоянно порождало ссоры с братьями царицы, боярами Романовыми и даже с самой царицей. Как бы в довершение этих неприятных отношений, которые царь сносил весьма терпеливо, наступило еще новое бедствие. Царь заболел, оказался при смерти, задумал писать духовное завещание и потребовал от своих родственников и бояр, чтобы они присягнули его малолетнему сыну. Но бояре стали шуметь и спорить, кричали, что не хотят после смерти царя повиноваться боярам Романовым. И больной царь видел, что Сильвестр также держит в этом деле сторону бояр... Оправившись от тяжкой болезни, Иоанн отдалил от себя Сильвестра и Адашева, а вскоре после того его самого постигло новое горе.
В 1560 году скончалась кроткая и добродетельная царица Анастасия, которая умела сдерживать пылкий и жестокий нрав Иоанна. Иоанн долго оплакивал любимую жену, тосковал по ней, а затем стал искать развлечений в шумных пирах и забавах, недостойных его сана. Это оттолкнуло от него лучшую часть бояр и придворных, которые стали относиться неодобрительно к поведению царя. Льстецы и угодники, окружавшие царя, постарались ради собственной выгоды настроить царя против его порицателей. Он поспешил удалить их от двора; многие из них подверглись опалам и ссылкам, иные были даже казнены. Напуганные этими незаслуженными опалами и казнями, некоторые из бояр стали помышлять о бегстве из Москвы в Литву.
Первым бежал туда (в 1561 г.) князь Андрей Михайлович Курбский – герой казанской осады, один из способнейших русских воевод и один из самых образованных русских людей того времени. Русского изменника приняли в Литве ласково и наградили богатыми поместьями. Он решился даже вступить с Иоанном в переписку и стал защищать боярство перед царем, объясняя его заслуги. Он старался доказать, что только их трудами и было сделано все, чем царствование Иоанна было прославлено. Иоанн – также весьма начитанный и превосходно знакомый с Св. Писанием – отвечал на письма Курбского и в своих посланиях к нему доказывал, что Самим Богом призван и поставлен для обуздания боярского своеволия и для утверждения неограниченной державной власти. Но, в сущности, бегство Курбского и его укоризненные письма оказали на Иоанна самое пагубное влияние: в нем окончательно укоренилась мысль о том, что он не может доверять никому из окружающих, что все бояре готовы изменить ему, что все они в заговоре и сношениях с изменником Курбским.
Это настроение дало повод вновь пробудиться в сердце Иоанна врожденной жестокости. Он перестал сдерживать порывы своей горячей, страстной натуры, поддался ее ужасным влечениям и всю дальнейшую жизнь свою построил на необходимости разоблачать мнимую измену на Руси с такой настойчивостью и свирепостью, которая невольно заставляет предполагать, что у Иоанна бывали временные приступы исступления и умственного помрачения. Под влиянием этого мрачного настроения Иоанн окружил себя многочисленной вооруженной стражей и уехал из Москвы в Александровскую слободу, где построил себе большой дворец, а саму слободу укрепил и окружил валами и рвами. Начались нескончаемые розыски, опалы и казни, которым часто подвергались люди совершенно невинные, по доносу или только по подозрению. Иногда страдали целые семьи без различия возраста и пола, а в 1570 году даже и все население Новгорода было подвергнуто неслыханным мучениям и страшному избиению ни в чем неповинных граждан. Все эти ужасы поколебали те добрые и прекрасные начинания, которыми так богато было первое десятилетие царствования Иоанна.
Разумеется, что при таких условиях внутренней жизни государства, и внешняя политика его не могла следовать прежним путем успехов и удач. К тому же, во главе Польского государства встал знаменитый полководец того времени, воевода трансильванский, Стефан Баторий, избранный сеймом польским королем после смерти бездетного Сигизмунда Августа. Иоанн вскоре понял, что вынужден вести борьбу одновременно со Швецией, принявшей Эстляндию под свое покровительство, и с Польшей, защищавшей Лифляндию. Эта борьба оказалась ему тем более непосильной, что и польское, и шведское войска были устроены значительно лучше русского войска, а во главе обоих войск стояли талантливые полководцы – Стефан Баторий и Делагарди.
В 1578 году шведы и поляки одновременно стали теснить русских с двух сторон и нанесли им жестокое поражение под Венденом, где русские войска понесли огромные потери. Среди убитых было четверо воевод. Это поражение оказалось тем более пагубным, что после него принц Магнус перешел на сторону поляков. Но Иоанн еще упорствовал, еще хотел продолжать борьбу с Польшей в Ливонии. Однако Баторий не дал ему подготовиться к войне, устремился на Полоцк, овладел им после отчаянной обороны со стороны русского гарнизона, а затем сразу же перевел войну в пределы Московского государства, в Псковскую область. В то же время шведский полководец Делагарди после многочисленных успехов подступил к Нарве, занятой русскими войсками, и взял город. Во время штурма погибло более 8000 русских воинов.
Быстрые военные успехи Батория открыли ему, наконец, доступ к самому Пскову – сильнейшей из всех русских пограничных крепостей того времени. В 1581 году Стефан Баторий осадил Псков, защищаемый мужественным воеводой, князем Иваном Петровичем Шуйским, и встретил такое упорное сопротивление, о которое сломался боевой дух польских войск, и все усилия Батория и все его военное искусство оказались тщетными. В конце августа началась осада по всем правилам военной науки того времени. К началу сентября были подготовлены проломы в городской стене, сквозь которые поляки, литовцы, венгры и шведы устремились на приступ города, но псковичи бились отчаянно между стеной и второй линией внутренних укреплений. Псковское духовенство, под градом пуль и стрел, вышло на место битвы со святынями и хоругвями, с чудотворной иконой Псково-Печерской Божьей Матери и мощами Св. князя Всеволода-Гавриила...