Немаловажной была деятельность Бориса Годунова и по отношению к внутреннему управлению государством. По его плану в царствование царя Федора были претворены в жизнь две важные государственные меры: 1) учреждение самостоятельного всероссийского патриаршества; 2) прикрепление крестьян к земле.
Учреждение патриаршества было вызвано тем, что митрополит Московский и всея Руси, высший представитель церковной власти обширного и могущественного государства, должен был подчиняться восточным патриархам, которые даже у себя дома не обладали ни властью, ни авторитетом и постоянно нуждались в материальной помощи московских государей. Когда в 1588 году Константинопольский патриарх Иеремия (старейший из восточных патриархов) прибыл в Москву, Борис Годунов от имени царя Федора предложил ему окончательно поселиться в Москве и принять на себя сан патриарха Всероссийского. Но Иеремия отклонил предложение и посоветовал возвести в этот сан Московского митрополита Иова, который и был провозглашен первым патриархом Всероссийским.
Другая мера – прикрепление крестьян к земле – была вызвана экономическими особенностями жизни Московского государства. До конца XVI века крестьяне представляли собой сословие вольных землепашцев, которые не имели собственной земли, жили и работали на землях, отведенных в поместья дворянам и детям боярским. За право пользования помещичьей землей, крестьяне были обязаны часть времени работать на помещика. Помимо этого они обязаны были платить определенные подати и нести известные повинности в пользу государства. Осенью, по окончании работ на землях одного помещика, крестьяне имели право переселяться на земли другого, т. е. пользовались «правом свободного перехода». Это право было весьма выгодно для богатых помещиков и для монастырей, владевших огромными землями. И те, и другие переманивали к себе крестьян отовсюду, предлагая им разные льготы, что вызывало отток рабочей силы от хозяйств мелких помещиков, что нередко приводило к разорению. Но мелкие помещики и составляли главную военную силу государства. Более того, при таком «праве свободного перехода» распределение нагрузки податей и повинностей оказывалось весьма затруднительным. Поэтому Борис Годунов особым царским указом окончательно прикрепил крестьян к земле и всякий переход от одного помещика к другому запретил под страхом суровых наказаний (1597 г.).
В начале 1598 года царь Федор скончался бездетным, и с ним пресеклась династия царей московских, восходившая к Александру Невскому и еще дальше, вплоть до первоначальных русских князей Рюриковичей. За шесть лет до смерти Федора его младший брат, царевич Дмитрий, был умерщвлен в Угличе, и народная молва утверждала, что убийцы были к нему подосланы Борисом Годуновым, который надеялся быть избранным на царство после смерти бездетного царя.
Однако после смерти царя Федора все бояре, как бы опасаясь этого избрания, поспешили присягнуть вдовствующей царице Ирине. Но она отказалась от престола и удалилась в монастырь. Борис также временно удалился от дел, пока преданный ему патриарх и сильная партия его приверженцев побуждали всех граждан московских предложить престол Борису. Но Борис притворно отказался. Он желал быть избранным не только Москвой, а всей Русской Землей, а для этого нужно было собрать Земский Собор. Собор был действительно созван в Москве, и 17 февраля 1598 года на соборе было решено еще раз просить Бориса принять престол. На этот раз Борис принял престол, рассчитывая, что после такого торжественного избрания будет править Московским государством спокойно и беспрепятственно, а также передаст его своему сыну. Но его расчеты не оправдались.
Воцарение Бориса никого не порадовало и ни в ком не пробудило сочувствия. Все знали, что он правитель искусный и опытный в управлении государством, но никто не верил в прочность его власти. Более того, бояре его опасались и завидовали ему, а народ роптал против него за стеснения, которые он внес в их жизнь закреплением крестьянства к земле. Борис, со своей стороны, также не доверял боярам, опасался их козней и всех подозревал в заговорах против себя. Подозрительностью Бориса воспользовались недобрые люди и стали перед ним выслуживаться доносами. За этими доносами последовали репрессии, розыски и ссылки.
В числе многих других, пострадавших от подозрительности Бориса, оказалась и вся семья бояр Романовых, сыновей Никиты Романова, брата царицы Анастасии. Старший из них, Федор Никитич, умный, начитанный, красивый, в цвете лет, был против воли пострижен в монахи (под именем инока Филарета), разлучен с женой и семьей и сослан в дальний монастырь на севере Руси[18]. Братья его также были разосланы по ссылкам и подвержены такому жестокому обращению, что спустя год только один из четверых остался в живых. Эти опалы и ссылки ни в чем не повинных людей еще более озлобили против Бориса бояр и вельмож, а то отношение, которое Борис проявлял к иноземцам (посылая молодых людей за границу для обучения), отдалило от него и духовенство.
К довершению всего этого прибавилось недовольство и ропот со стороны народа, так как на него последовательно обрушились страшные бедствия. Три года подряд, с 1601 по 1604, в Московском государстве продолжались неурожаи, которые, в итоге, привели к неслыханному голоду. Страшный мор – неизбежное следствие голода – разразился над изнуренным населением Московского государства. Голодные, доведенные до отчаяния люди выходили на дороги разбойничать и грабили хлебные склады богатых людей и запасливых монастырей. Но как ни старался Борис Годунов помочь голодающим, все его усилия перед лицом этого страшного бедствия оказывались тщетными. Он щедро раздавал и хлеб из царских житниц, и деньги из своей казны, предоставлял народу возможность заработка на казенных постройках, но народ продолжал роптать на него и говорил, что бедствия посылаются на Русскую Землю Богом в наказание за прегрешения Бориса и за те темные дела, которыми он незаконно добился престола. Припоминалось ему и то, что он закрепостил народ, отдав его, вместе с землей, во власть помещиков...
И вдруг, в это страшное, бедственное время, из-за границы с Литвой начали доходить вести о том, что «настоящий, законный русский царь» появился во владениях польского короля, что этот царь есть никто иной, как Дмитрий, младший сын Иоанна Грозного, который будто бы каким-то чудом спасся от убийц, некогда подосланных Борисом в Углич... Под влиянием этих слухов, народ заволновался в ожидании каких-то новых, необычайных событий. Действительно, вскоре оказалось, что во владениях польского короля появился смелый и ловкий самозванец, и явился в такое именно время, когда его успех можно было считать вполне обеспеченным и по ту, и по эту сторону границы.
Следует заметить, что во второй половине XVI и в начале XVII века, и Польша, и в особенности русско-литовские области, расположенные в приграничных районах Московского государства, были переполнены весьма беспокойными элементами. Польское государство сложилось на аристократической основе, при огромном преобладании крупного землевладельческого дворянства, которое совершенно парализовало слабую власть избираемых королей, в большинстве случаев чуждых Польше. Около крупных магнатов-землевладельцев группировалось весьма многочисленное мелкое землевладельческое сословие, которое пользовалось правом голоса на сеймах, где являлось составной частью партий, поддерживавших того или другого магната. Народ находился в полном принижении и забвении, представляя собой только рабочую силу, которая давала возможность шляхте жить безбедно и праздно. Его интересы и вообще интересы государства менее всего принимались в расчет правящим сословием, съезжавшимся на сеймы, где преобладали личные интересы. Партийные вопросы решались криком подкупленной шляхты, а иногда пускались в дело и сабли.
Этой внутренней неурядицей прекрасно умело пользоваться католическое духовенство, которое в лице разных прелатов и папских легатов оказывало сильнейшее давление на весь ход польской политики как внутренней, так и внешней. Духовенство еще более усилилось с тех пор, как в Польше появились иезуиты, а Виленский епископ Валериан Протасевич вызвал их из Польши в Литву и направил их рвение на борьбу с православием в русско-литовских областях, где православие было господствующей религией. Иезуиты, основав в Вильне высшее учебное заведение – духовную академию – стали привлекать сюда избранных юношей из лучших литовско-русских дворянских фамилий и не пренебрегали никакими средствами для убеждения православных к переходу в католичество. Затем, при Сигизмунде III (преемник Стефана Батория), они стали уже открыто теснить православие и затруднять православному духовенству доступ к высшему образованию. Но когда иезуиты решились, наконец, вступить с православием в открытую борьбу, то встретили такой сильный отпор, какого не ожидали. После долгой и напрасной борьбы иезуиты пустились на хитрость: они стали демонстрировать усердное желание примириться с православием, стали усиленно хлопотать о Церковной Унии, т. е. о воссоздании Восточной и Западной Церкви под верховным главенством папы на самых, по-видимому, льготных условиях для православного населения западнорусских и южнорусских областей Польско-Литовского государства. Стараясь склонить на свою сторону наиболее влиятельных православных епископов, они предлагали им сохранить для православных все обряды православной Церкви и богослужение на русском языке, а самим епископам сулили щедрые награды и большие выгоды в будущем. Этими посулами им удалось склонить на сторону Унии двух весьма влиятельных православных епископов и киевского митрополита Рагозу, которые прибыли в Рим в конце 1595 года и дерзнули просить папу «от лица всего русского духовенства» о принятии русской Церкви под его верховное главенство и о присоединении ее к Унии.