Президент первым нанес удар по своим политическим оппонентам. 21 сентября 1993 г. в выступлении по телевидению он объявил о роспуске Съезда народных депутатов и Верховного Совета. Вслед за тем был обнародован президентский Указ «О поэтапной конституционной реформе в Российской Федерации». Разогнанный Верховный Совет должна была заменить Государственная Дума, выборы в которую назначались на 11–12 декабря 1993 г. Одновременно с выборами должен был состояться референдум о новой Конституции страны.
В ответ на действия Президента в ночь на 23 сентября 1993 г. собрался чрезвычайный Х съезд народных депутатов, который объявил действия Ельцина «государственным переворотом». Президент Ельцин был отстранен от должности, а его обязанности были возложены на вице-президента А. В. Руцкого. Дальнейшее развитие событий вылилось в кровопролитие.
3 октября в 16 часов по призыву Руцкого и Хасбулатова вооруженные защитники Белого дома двинулись на штурм мэрии и телецентра. К вечеру здания мэрии, а также гостиницы «Мир» были захвачены. Попытка захвата здания Центрального телевидения привела к кровопролитию, но была безуспешной. В ответ на эти действия Президент объявил в Москве чрезвычайное положение, в столицу начался ввод правительственных войск, которые 4 октября в 9.00 начали осаду и обстрел Белого дома из тяжелых орудий. К вечеру того же дня он был занят войсками, а руководители сопротивления были арестованы.
Выборы Федерального Собрания состоялись 12 декабря 1993 г. и проходили не только по избирательным округам, но и впервые по партийным спискам. Проводившийся в тот же день референдум одобрил проект новой российской Конституции. Новая Конституция существенно расширяла прерогативы Президента, который получал право безотлагательного вето на решения Совета Федерации и Государственной Думы, а также право распускать последнюю в случае троекратного отклонения ею предложенной им кандидатуры премьер-министра.
В ряду новых ориентиров правительственного курса необходимо выделить стремление к поиску компромиссов с законодательной властью, заключению своеобразного пакта о гражданском мире между различными политическими и социальными силами общества. В марте 1994 г. Президент выступил с инициативой подписания основными политическими силами соответствующего документа.
К концу апреля Президенту и правительству удалось склонить большинство политических и общественных организаций к подписанию договора об общественном согласии. Одно из фундаментальных положений договора провозглашало гражданский мир. Участники договора брали на себя обязательство не инициировать политических кампаний с целью проведения досрочных выборов федеральных органов власти; профсоюзы обещали воздерживаться от забастовок; государственные органы декларировали намерение развернуть структурную перестройку экономики, ликвидировать бюджетную задолженность по выплате зарплаты, проводить активную социальную политику; готовность к сотрудничеству с исполнительной властью выражало Федеральное Собрание. Заключение Договора об общественном согласии давало шанс исполнительной власти на продолжение рыночных реформ.