До этого времени правительство старалось скрывать от народа события под Оренбургом и в Башкирии. Лишь 23 декабря 1773 года был обнародован манифест о Пугачеве. По всей России разнеслась весть о крестьянском восстании.
29 декабря 1773 года после упорного сопротивления отряда атамана Ильи Арапова была занята Самара. Арапов отступил в Бузулукскую крепость.
14 февраля 1774 года крупный отряд генерала Мансурова овладел Бузулукской крепостью.
28 февраля из Бугуруслана двинулся отряд князя Голицына на Самарскую линию для соединения с генерал-майором Мансуровым.
6 марта передовой отряд Голицына вошел в деревню Пронькино и расположился на ночлег. Предупрежденный крестьянами, Пугачев с атаманами Речкиным и Араповым ночью, во время сильной бури и метели, совершил форсированный марш и напал на отряд. Повстанцы ворвались в село, захватили пушки, но затем были вынуждены отступить. Голицын, выдержав атаку Пугачева. Под нажимом правительственных войск крестьянские отряды отходили вверх по Самаре, забирая с собой население и припасы.
Решительная битва между правительственными войсками и крестьянской армией состоялась 22 марта 1774 года под Татищевой крепостью. Пугачев сосредоточил здесь основные силы крестьянской армии, около 9000 человек. Сражение продолжалось свыше 6 часов. Крестьянские войска держались с такой стойкостью, что князь Голицын в своем рапорте А. Бибикову писал:
«Дело столь важно было, что я не ожидал такой дерзости и распоряжения в таковых непросвещенных людях в военном ремесле, как есть сии побежденные бунтовщики».
Крестьянская армия потеряла убитыми около 2500 человек (в одной крепости было обнаружено 1315 человек убитыми) и около 3300 человек пленными. Под Татищевой погибли видные командиры крестьянской армии Илья Арапов, солдат Жилкин, казак Речкин и другие. В руки противника попала вся артиллерия повстанцев и обоз. Это было первое крупное поражение восставших.
Поражение восставших под Татищевой крепостью открыло для правительственных войск дорогу на Оренбург. 23 марта Пугачев с двухтысячным отрядом направился степью к Переволоцкой крепости, чтобы прорваться через Самарскую линию на Яицкий городок. Наткнувшись на сильный отряд правительственных войск, он вынужден был повернуть обратно.
24 марта была разбита крестьянская армия под Уфой. Ее руководитель Чика-Зарубин бежал в Табынск, но был изменнически схвачен и выдан.
В Каргалинской слободе был схвачен Хлопуша и 23 марта доставлен в Оренбург.
Пугачев, преследуемый царскими войсками, с остатками своих отрядов спешно отступил в Берду, а оттуда — к Сеитовой слободе и Сакмарскому городку. Здесь 1 апреля 1774 г. в ожесточенном бою повстанцы снова были разбиты. Вождь восстания Е. Пугачев ушел с небольшим отрядом через Ташлу в Башкирию.
В сражении под Сакмарским городком попали в плен видные руководители восстания: Иван Почиталин, Андрей Витошнов, Максим Горшков, Тимофей Подуров, М. Шигаев и другие.
16 апреля правительственные войска вошли в Яицкий казачий городок. Отряд яицких и илецких казаков в количестве 300 человек под командой атаманов Овчинникова и Перфильева прорвался через Самарскую линию и ушел в Башкирию на соединение с Пугачевым.
Менее счастливо окончилась попытка оренбургских и ставропольских калмыков прорваться в Башкирию — лишь незначительная часть их могла уйти туда. Остальные ушли в засамарские степи. 23 мая они были разбиты правительственными войсками. Предводитель калмыков Дербетов умер от ран.
Событиями начала апреля 1774 года кончается в основном оренбургский период крестьянской войны под руководством Е. Пугачева.
II этап
Апрель - середина июля 1774
На 2-м этапе основные события развернулись на территории Башкирии. На юге действовали Каскын Самаров, Кутлугильды Абдрахманов, Селяусин Кинзин и др. В районе Стерлитамакской пристани борьбу с карательными отрядами вел Каранай Муратов.
С приближением главных войска Пугачева усилилась борьба на Осинской и Казанской дорогах. Через Покровский, Авзяно-Петровские, Белорецкие заводы и Магнитную крепость Пугачев направился в Башкирское Зауралье..
20 мая 1774 года пугачевцы заняли Троицкую крепость, а 21 мая к ней подошел, спешивший догнать Пугачева отряд Декалонга. Пугачев располагал войском, более чем в 11000 человек, но оно было не обучено, слабо вооружено и поэтому в сражении под Троицкой крепостью потерпело поражение. Пугачев отступил в сторону Челябинска. Здесь у крепости Варламовой он был встречен отрядом полковника Михельсона и понес новое поражение. Отсюда войска Пугачева отступили к Уральским горам.
В мае 1774 года в Оренбурге был казнен командир полка «работных людей» уральских заводов Афанасий Хлопуша. Ему, по свидетельству современника, «голову отрубили, и тут же близко возле эшафота голову на шпиль воткнули на виселице, посреди, которая нынешнего года мая и в последних числах снята».
После нескольких сражений с правительственными войсками повернул на север Башкирии и 21 июня взял Осу.
Пополнив армию, Пугачев двинулся на Казань и атаковал ее 11 июля. Город был взят, за исключением Кремля. При штурме крестьянскими войсками Казани в тюрьме был заколот караульным офицером бугурусланский повстанческий атаман Гаврила Давыдов, доставленный туда после его поимки. Но 12 июля к Казани подошли войска под командой полковника Михельсона. В сражении, длившемся более двух суток, Пугачев был снова разбит и потерял около 7000 человек.
Потерпев поражение в кровопролитных сражениях с карательным корпусом И.И. Михельсона под Казанью, повстанцы 16-17 июля переправились через Волгу.
Хотя армия Пугачева и была бита, но восстание подавлено не было. Когда Пугачев после поражения в Казани переправился на правый берег Волги и разослал свои манифесты крестьянам, призывая их бороться против дворян и чиновников, жалуя вольностью, то крестьяне начали восставать, не дожидаясь его прихода. Это обеспечило ему движение вперед. Армия пополнялась и росла.
МАНИФЕСТ Е. И. ПУГАЧЕВА ПОМЕЩИЧЬИМ КРЕСТЬЯНАМ О ПОЖАЛОВАНИИ ИХ ВОЛЬНОСТИЮ, ЗЕМЛЯМИ И ОСВОБОЖДЕНИЕМ ОТ ПОДУШНОЙ ПОДАТИ, 1774 г., ИЮЛЯ 31
Божиею милостию мы, Петр трети, император и самодержец всероссийский:
и протчая, и протчая, и протчая.
Обевляется во всенародное известие.
Жалуем сим имянным указом с монаршим и отеческим нашим милосердием всех, находившихся прежде в крестьянстве и в подданстве помещиков, быть верноподданными рабами собственной нашей короне, и награждаем древним крестом и молитвою, головами и бородами, волностию и свободою и вечно козаками, не требуя рекрутских наборов, подушных и протчих денежных податей, владением землями, лесными, сенокосными угодьями и рыбными ловлями, и соляными озерами без покупки и без аброку и свобождаем всех прежде чинимых от злодеев дворян и градцких мздоимцов-судей крестьяном и всему народу налагаемых податей и отягогдениев. И желаем вам спасения душ и спокойнои в свете жизни, для которой мы вкусили и претерпели от прописанных злодеев-дворян странствие и немалыя бедствии. А как ныне имя наше властию всевышней десницы в России процветает, того ради повелеваем сим нашим имянным указом: кои прежде были дворяне в своих помест(иях) и водчинах, оных противников нашей власти и возмутителей империи и раззорителей крестьян ловить, казнить и вешать и поступить равным образом так, как они, не имея в себе христианства, чинили с вами, крестьянами. По истреблении которых противников и злодеев-дворян, всякой может возчувствовать тишину и спокойную жизнь, коя до века продолжатця будет.·
Прихода Пугачева ждали рабочие и крестьяне Центральной России, но он не пошел на Москву, а взял курс, на юг, по правому берегу Волги. Это шествие было победоносным, Пугачев двигался, почти не встречая сопротивления, и занимал населенные пункты, города один за другим. Везде его встречали с хлебом-солью, с хоругвями и иконами.
Этот этап характерен массовым присоединением башкир, которые теперь составляли большинство в пугачевской армии и работных людей горных заводов Урала, что имело отрицательную роль в связи с ослаблением организующей роли главного повстанческого штаба и увеличением правительственных карательных сил на Урале, под натиском которых Пугачев начинает терпеть ощутимые неудачи. Это вынудило его двинуться сначала к Казани, а затем переправиться через Волгу. Так завершается второй этап крестьянской войны
III этап. Поражение восстания
Июль 1774-1775г.
3-й этап характеризуется перенесением центра движения в Среднее и Южное Поволжье. В Башкирии оставались Салават Юлаев, который возглавил повстанческое движение на Сибирской дороге, Каранай Муратов, Каскын Самаров, Селяусин Кинзин - на Ногайской. Они удерживали значительный контингент правительственных войск. Военное командование и местные власти рассматривали Башкирию как место, куда Пугачев мог вернуться за поддержкой.
1 августа пугачевские отряды подошли к Пензе и почти без сопротивления взяли ее. 4 августа был взят Петровок, а за ним в ближайшие дни Саратов. Вступая в город, Пугачев всюду выпускал из тюрьмы заключенных, открывал хлебные и соляные магазины и раздавал товары народу.
17 августа была взята Дубовка, а 21 августа пугачевцы подошли к Царицыну и пошли на штурм. Царицын оказался первым городом после Оренбурга, который Пугачев не мог взять. Узнав, что к Царицыну подходит отряд Михельсона, он снял осаду города, и пошел на юг, думая пробраться на Дон и поднять на восстание все его население.
Под Уфой действовал отряд полковника Михельсона. Он разбил отряд Чики и направился к заводам. Пугачев занял крепость Магнитную и двинулся к Кизильской. Но, узнав о приближении сибирского отряда под командой Декалонга, Пугачев ушел в горы по Верхне-Уйской линии, сжигая на своем пути все крепости.