Вже на початку XVIIстоліття Сагайдачний посідає помітне місце серед козацької старшини. А з часом (можливо 1606) козаки обирають його своїм гетьманом. Він уславився як борець проти засилля католицизму, поширення унії в Україні. Проте найбільшої шани та популярності козацький ватажок здобув завдяки своїм військовому таланту і хоробрості. Під його керівництвом здобуто міста Варну (1605), Очаків, Перекоп (1607). У 1608—1609 роках він «огнем і мечем» спустошив побережжя Анатолії, а у 1612—1613 втрутився в міжкнязівську боротьбу Молдови та Валахії — васалів Туреччини.
Певний час перебував у польських королівських маєтках, що дало змогу непогано забезпечити своє військо продовольством. Двічі виходив з козаками у Чорне море і «завдав багато шкоди» татарам, а поблизу очаківського порту вночі напав на турецький флот султана Ахмата І і захопив чимало великих галер. На березі Самари розбив загони татар, які напали на тамтешні запорозькі землі. Перед ним скорилися Синоп, Трапезунд, Кафа (1616).
Деякі історики, зокрема В. Антонович у коментарях до «Зібрання творів» М. Максимовича, дотримувалися думки, що Кафу взято у 1606 році. У новітній історичній літературі найчастіше цяподія датується 1616 роком.
Весною 1618 року Сагайдачний на чолі 20-ти-сячного козацького війська взяв участь у поході польського королевича Владислава на Москву. Тоді козаки під його командуванням здобули міста Лівни, Єлець, оточили Михайлів. Неподалік від Москви українські загони об'єдналися з військом королевича Владислава, який доручив гетьману керувати облогою міста.
Заснована в ті роки міжнародна «Ліга християнської міліції» покладала великі надії на козацького ватажка у справі вигнання турецьких завойовників з Європи. Це була досить сильна організація, яку очолював нащадок останнього грецького імператора Палеолога французький князь де Невер. Ліга ставила собі за мету створення могутньої європейської армії, котра, об'єднавши військові формування багатьох країн, змогла б витіснити турків з Європи, а, можливо, й знищити Османську імперію взагалі. Відомо, що гетьман Сагайдачний вступив до Ліги разом з усім запорозьким військом. Осередком Ліги було містечко Карпантрас, що розташоване неподалік Авіньйона. У місцевих архівах знайдено рукописи, що засвідчують факт переговорів Сагайдачного з князем де Невером про можливість участі низовиків у антитурецькій кампанії. Існує думка, що козацька старшина сподівалася побачити Сагайдачного на чолі загальноєвропейської армії, але несподівана смерть від рани перешкодила такому призначенню.
Втім, свій вагомий внесок у боротьбу проти османського поневолення український гетьман зробив незалежно від планів та дій «Ліги християнської міліції». У вересні 1621 року Сагайдачний очолив 40-тисячну армію, яка, приєднавшись до польського війська, відіграла вирішальну роль у розгромі турків під Хотином і тим самим зупинила експансію Османської імперії в Європі.
Бойові перемоги Сагайдачного сприяли зростанню міжнародного визнання козацтва. Він докорінно реорганізував козацьку військову систему на Запорожжі — партизанські ватаги перетворив на регулярні полки, які при потребі досягали сорока тисяч і в яких запанувала сувора дисципліна. Козацтво за Сагайдачного практично перетворилося в окремий стан, який незабаром відіграв вирішальну роль у суспільних процесах всієї України, а особливо Наддніпрянщини. До того запорожці не мали такої сили і слави, як за його часів.
При цьому багато значив і особистий фактор — постать самого гетьмана — талановитого полководця, політика й державного діяча. Великою заслугою його стало поєднання чисто козацьких інтересів із прагненнями усього народу і, зокрема, з тодішніми міщанськими та духовними освіченими колами. Очевидно, не без впливу настроїв, які панували в Острозькій академії, Сагайдачний сприйняв задуми та ідеї сучасних йому організаторів української культури, персонально ввійшов у найтісніший зв'язок із київськими духовно-освітніми діячами. Тоді у Києві утворився передовий осередок, до якого належали І. Борецький, Є. Плетенецький, К. Сакович, М. Смотрицький та інші поборники православ'я, метри тогочасної науки й освіти. Для посилення ролі Київського братства він записався до нього з усім запорозьким військом і у такий спосіб узяв цей заклад під особистий захист і протекцію. Він словом і ділом активно формував єдність у поглядах селянства, міщанства, духовенства та козацтва.
Петро Сагайдачний був добрим політиком і належав до поміркованої частини козацької старшини, яка, реально оцінюючи тогочасні можливості Війська Запорозького, намагалася відстояти національні інтереси українського народу через переговори і компроміси з польським урядом. У 1617 і 1619 роках він уклав з польським урядом угоди (Вільшанську і Роставицьку), статті яких не задовольнили широкі верстви козацтва, викликали різке невдоволення і призвели до обрання в 1620 році гетьманом Я. Бородавки.
Петро Сагайдачний дбав про мирні відносини з Польщею, бо реально оцінював її військову та політичну силу. Водночас постійно використовував в інтересах українців конфлікти шляхетської влади з урядами Туреччини, Московщини, щоб у такий спосіб ослабити їх, а в межах Речі Посполитої вибороти собі незалежне самоуправління — автономію. Як громадянин Речі Посполитої, у складі якої перебувала більша частина українських земель, він був толерантним до польсько-шляхетського уряду, але саме він розпочав активну розбудову «козацької вольності», продовжував поширювати «свавілля» на Наддніпрянщині.
Повернувшись з Москви, Сагайдачний організовував по Україні козацькі полки. В окремих регіонах, зокрема, на Поліссі, де край був більш людний, а гніт шляхти особливо нестерпний, козацькі формування створював сам народ.
У 1620 році завдяки наполегливості гетьмана та при активному сприянні єрусалимського патріарха Теофана III на українських землях було відновлено православну ієрархію, скасовану після Брестської церковної унії. Тоді ж він посилає до Москви посольство з пропозицією прийняти козаків на царську службу.
На початку Хотинської війни 1620—1621 років на звернення короля Сигізмунда IIIВази та його уряду про допомогу у війні з турками Сагайдачний поїхав до Варшави, де подав королю вимогу про надання прав і привілеїв православному населенню та козацькому війську, виконання яких означало б надання Україні статусу автономії у складі Речі Посполитої. Вже в 1621 році нововисвячені владики вітали козаків спеціальним маніфестом, де було зазначено: «Це ж бо те плем’я славного народу Руського, з насіння Яфетового, що воювало грецьке цісарство морем Чорним і сухопуттю. Се з того покоління військо, що за Олега, монарха руського, в своїх моноксилах по морю і по землі плавало і Константинополь штурмувало. Се ж вони за Володимира, святого монарха руського, воювали Грецію, Македонію, Ілірик. Се ж їхні предки разом з Володимиром хрестились, віру християнську від Константинопольської церкви приймали». Цей зв'язок традицій Київської Русі і Війська Запорозького підніс авторитет козацтва, зміцнив його роль у суспільно-політичних і культурних процесах України.
Помер П. Конашевич-Сагайдачний у Києві 20 квітня 1622 року від тяжкої рани, одержаної під час Хотинської битви. Похований на території Києво-Братського монастиря. Перед смертю Сагайдачний майже всі свої кошти пожертвував на відновлення Богоявленського монастиря та утримання Київської, Львівської та Луцької братських шкіл. На похороні гетьмана 20 учнів братської школи виголосили складений ректором школи К. Саковичем панегірик «Вірші на жалосний погреб зацного рицера Петра Конашевича-Сагайдачного».
Хотинська війна і Україна
Всі договори, що були укладені між Оттаманською Портою і Річчю Посполитою, завжди мали питання про запорожців, але козаки мало рахувалися як з Польщею, так і з Туреччиною, загострюючи своїми походами взаємини між ними. 1620 року, після поразки, якої завдали турки польському війську під Цецорою, Оттоманська Порта вирішила, що настав слушний час завдати Польщі вирішального удару і разом з тим покарати запорожців. У Туреччині почалися великі військові приготування. Перед султанським палацом у Стамбулі було піднято бунчук — це означало, що військо буде під проводом самого султана.
Цікаво підкреслити, що під час катастрофи під Цецорою магнати і їхні війська показали себе якнайгірше. Одним з перших втік Корецький, його втеча стала гаслом для інших. З Жолкевським залишилось кілька сот козаків і челяді.
У Варшаві звістка про поразку польського війська під Цецорою і смерть коронного гетьмана викликала паніку. І не дивно. Для опору ворогові уряд не мав відповідних збройних сил. За таких умов на початку листопада 1620 року у Варшаві було поспіхом скликано сейм, на якому мали вирішити єдине питання: про оборону Речі Посполитої від турецької навали. Сеймові посли звинуватили уряд і магнатів у тяжкій провині, дорікаючи вже мертвому Жолкевському, що він, засліплений пихою і ненавистю до козаків, не закликав їх до походу в Молдавію. Цим, казали вони, гетьман прирік на загибель польське військо. Не бажаючи ділити лаври майбутньої перемоги з козаками, Жолкевський, за словами сеймових послів, казав: «Не хочу я з Грицями воювати, нехай ідуть до ріллі або свині пасти».
Незважаючи на серйозну загрозу, що нависла над Польщею, шляхта не хотіла йти ні на які пожертви. Відмовлялась вона і сплачувати нові податки, потрібні для збору війська. Особливо упертою, треба думати, була великопольська шляхта, завжди зацікавлена в тім, щоб уряд замість найманого війська, або скликання посполитого рушення, збільшував козацький реєстр за рахунок «охочих». Останні ж, як відомо, набиралися з магнатських підданих і мешканців «королівщин» Східної України. Це звільняло шляхту Центральної Польщі від витрат на найняття війська і, що більш важливо, від особистої участі у війні. Козаків, говорили на сеймі, можна легко набрати тисяч двадцять. А головне — «ім’я їх, (у турків і татар) користується славою і повагою». Для заохочення козаків до служби пропонувалось відрядити на Україну «не коморника і не дворянина», а особу більш значну, «яка б могла викликати довір’я», — сенатора. Останній мав від імені короля обіцяти старшині, що їй будуть пожалувані староства і «держави», а козакам буде збільшено платню. Крім того, сенатор був зобов’язаний повідомити про готовність Речі Посполитої зробити поступки православним у релігійному питанні. Це у зв’язку з тим, що в Києві у цей час перебував, повернувшись із Москви, єрусалимський патріарх Феофан, якого, до речі, польська влада раніше збиралась заарештувати. Сеймовому посланцю належало просити у нього допомоги в справі набору козацького війська.