В мае началось отступление войск Колчака, а уже к августу они были вынуждены оставить Уфу, Екатеринбург и Челябинск.
Части армий, подконтрольные Колчаку в Сибири, осуществляли карательные операции в районах действия партизан, в этих операциях использовались также отряды Чехословацкого корпуса. Отношение адмирала Колчака к большевикам, которых он именовал «шайкой грабителей», «врагами народа», было крайне негативным.
30 ноября 1918 года правительство Колчака приняло постановление, подписанное Верховным правителем России, которое предусматривало смертную казнь для лиц, виновных в «воспрепятствовании» осуществлению власти Колчака или Совета министров.
Член ЦК эсеров Д.Ф. Раков был арестован в ночь государственного переворота в Омске 18 ноября 1918 года, поставившего у власти Колчака. До 21 марта 1919 г. он сидел в нескольких тюрьмах Омска под угрозой расстрела. Описание времени в тюрьме, отправленное одному из товарищей Ракова, было опубликованно в 1920 г. в виде брошюры с названием «В застенках Колчака. Голос из Сибири».
Политические руководители чехословацкого корпуса Б.Павлу и В.Гирса в официальном меморандуме союзникам в ноябре 1919 года заявляли: «Невыносимое состояние, в каком находится наша армия, вынуждает вас обратиться к союзным державам с просьбой о совете, каким образом чехословацкая армия могла бы обеспечить собственную безопасность и свободное возвращение на родину, вопрос о чем разрешен с согласия всех союзных держав. Войско наше согласно было охранять магистраль и пути сообщений в определенном ему районе и задачу эту исполняло вполне добросовестно. В настоящий момент пребывание нашего войска на магистрали и охрана ее становится невозможными просто по причине бесцельности, равно как и вследствие самых элементарных требований справедливости и гуманности. Охраняя железную дорогу и поддерживая в стране порядок, войско наше вынуждено сохранять то состояние полного произвола и беззакония, которое здесь воцарилось. Под защитой чехословацких штыков местные русские военные органы позволяют себе действия, перед которыми ужаснется весь цивилизованный мир. Выжигание деревень, избиение мирных русских граждан целыми сотнями, расстрелы без суда представителей демократии по простому подозрению в политической неблагонадежности составляют обычное явление, и ответственность за все перед судом народов всего мира ложится на вас: почему мы, имея военную силу, не воспротивились этому беззаконию».
По мнению Г.К. Гинса, изданием этого меморандума чешские представители искали оправдания для своего бегства из Сибири и уклонения от поддержки отступавших колчаковских войск, а также искали сближения с левыми. Одновременно с выпуском чешского меморандума в Иркутске, разжалованным чешским генералом Гайдой была 17 ноября 1919 года сделана попытка антиколчаковского переворота во Владивостоке.
В Екатеринбургской губернии, одной из 12 находившихся под контролем Колчака губерний, было расстреляно не менее 25 тысяч человек, подвергнуто телесным наказаниям около 10% двухмиллионного населения. Пороли как мужчин, так и женщин и детей.
При подавлении большевистского вооружённого восстания 22 декабря 1918 года по официальным данным в г. Омске по приговору военно-полевого суда было расстреляно 49 человек, приговорено к каторжным работам и тюрьме 13 человек, оправдано 3 и убито при подавлении восстания 133 человека. В поселке Куломзино (пригород Омска) жертв оказалось больше, а именно: по приговору суда расстреляно 117 человек, оправдано — 24, убито при подавлении мятежа — 144 человека.
Более 625 человек были расстреляны при подавлении восстания в Кустанае в апреле 1919 года, несколько селений были выжжены. Усмирителям восстания Колчак адресовал такой приказ: «От лица службы благодарю генерал-майора Волкова и всех господ офицеров, солдат и казаков, принимавших участие при подавлении восстания. Наиболее отличившихся представить к наградам».
В ночь на 30 июля 1919 г. в Красноярском военном городке вспыхнуло восстание, в котором приняли участие 3-й полк 2-й отдельной бригады и большинство солдат 31-го полка 8-й дивизии, всего до 3 тыс. человек. Захватив военный городок, восставшие предприняли наступление на Красноярск, но были разбиты, потеряв до 700 человек убитыми. Руководившему подавлением восстания генералу Розанову адмирал послал телеграмму: «Благодарю вас, всех начальников, офицеров, стрелков и казаков за отлично выполненную работу».
Отряды большевиков после разгрома осенью 1918 года обосновались в тайге, в основном севернее Красноярска и в районе Минусинска, и, пополняясь дезертирами, начали нападать на коммуникации Белой армии. Весной 1919 года они были окружены и частью уничтожены, частью вытеснены ещё глубже в тайгу, частью бежали в Китай.
Крестьянство Сибири, как и по всей России, не желавшее воевать ни в Красной, ни в Белой армиях, избегая мобилизаций, бежало в леса, организуя «зелёные» шайки. Эта картина наблюдалась и в тылу армии Колчака. Но до сентября — октября 1919 года эти отряды были малочисленны и не представляли для власти особой проблемы.
Но когда осенью 1919 года фронт рухнул — начался развал армии и массовое дезертирство. Дезертиры в массовом порядке стали присоединяться к активизировавшимся большевистским отрядам, отчего их численность выросла до десятков тысяч человек.
Как отмечает про период управления Колчака А. Л. Литвин, «трудно говорить о поддержке его политики в Сибири и на Урале, если из примерно 400 тыс. красных партизан того времени 150 тыс. действовали против него, а среди них 4—5 % было зажиточных крестьян, или, как их тогда называли, кулаков».
В 1914-1917 годах около трети золотого запаса России было отослано на временное хранение в Англию и Канаду, а примерно половина была вывезена в Казань. Часть золотого запаса Российской империи, хранившаяся в Казани (более 500 тонн), была захвачена 7 августа 1918 года войсками Народной армии под командованием Генерального штаба полковника В.О. Каппеля и отправлена в Самару, где утвердилось правительство КОМУЧа. Из Самары золото на некоторое время перевезли в Уфу, а в конце ноября 1918 года золотой запас Российской империи был перемещён в Омск и поступил в распоряжение правительства Колчака. Золото было размещено на хранение в местном филиале Госбанка. В мае 1919 года было установлено, что всего в Омске находилось золота на сумму 650 млн. рублей (505 тонн).
Имея в своем распоряжении большую часть золотого запаса России, Колчак не позволял своему правительству расходовать золото, даже для стабилизации финансовой системы и борьбы с инфляцией (которой способствовала безудержная эмиссия «керенок» и царских рублей большевиками). На закупку вооружения и обмундирования для своей армии Колчак потратил 68 миллионов рублей. Под залог 128 миллионов рублей получены кредиты в зарубежных банках: доходы от размещения возвращались в Россию.
31 октября 1919 года золотой запас под усиленной охраной был погружен в 40 вагонов, ещё в 12 вагонах находился сопровождающий персонал. Транссибирская магистраль на протяжении от Ново-Николаевска (ныне Новосибирск) до Иркутска контролировалась чехами, чьей главной задачей была собственная эвакуация из России. Только 27 декабря 1919 года штабной поезд и поезд с золотом прибыли на станцию Нижнеудинск, где представители Антанты вынудили адмирала Колчака подписать приказ об отречении от прав Верховного правителя России и передать эшелон с золотым запасом под контроль Чехословацкого корпуса. 15 января 1920 года чешское командование выдало Колчака эсеровскому Политцентру, который уже через несколько дней передал адмирала большевикам. 7 февраля чехословаки передали большевикам 409 миллионов рублей золотом в обмен на гарантии беспрепятственной эвакуации корпуса из России. Народный комиссариат финансов РСФСР в июне 1921 года составил справку, из которой следует, что за период правления адмирала Колчака золотой запас России сократился на 235,6 миллионов рублей, или на 182 тонны. Ещё 35 миллионов рублей из золотого запаса пропало уже после передачи его большевикам, при перевозке из Иркутска в Казань.
4 января 1920 в Нижнеудинске адмирал А.В. Колчак подписал свой последний Указ, в котором объявил о намерении передать полномочия «Верховной Всероссийской Власти» А. И. Деникину. Впредь до получения указаний от А. И. Деникина «вся полнота военной и гражданской власти на всей территории Российской Восточной Окраины» предоставлялась генерал-лейтенанту Г. М. Семёнову.
5 января 1920 в Иркутске произошёл переворот, город был захвачен эсеро-меньшевистским Политическим центром. 15 января А. В. Колчак, выехавший из Нижнеудинска в чехословацком эшелоне, в вагоне под флагами Великобритании, Франции, США, Японии и Чехословакии, прибыл к пригородам Иркутска. Чехословацкое командование по требованию эсеровского Политцентра, с санкции французского генерала Жанена, передало Колчака его представителям. 21 января Политцентр передал власть в Иркутске большевистскому ревкому. С 21 января по 6 февраля 1920 велись допросы Колчака Чрезвычайной следственной комиссией.
В ночь с 6 на 7 февраля 1920 адмирал А.В. Колчак и председатель Совета министров России В.Н. Пепеляев были расстреляны на берегу реки Ушаковка без суда, по постановлению Иркутского военно-революционного комитета. Постановление Иркутского военно-революционного комитета о расстреле Верховного Правителя адмирала Колчака и председателя Совета Министров Пепеляева было подписано А.Ширямовым, председателем комитета и его членами А.Сноскаревым, М.Левенсоном и управделами комитета Обориным. Текст постановления о расстреле А. В. Колчака и В. Н. Пепеляева впервые опубликован в статье бывшего председателя Иркутского военно-революционного комитета А.Ширямова. В 1991 году Л.Г. Колотило сделал предположение, что постановление о расстреле было составлено уже после расстрела, как оправдательный документ, ибо датировано седьмым февраля, а в тюрьму предгубчека С.Чудновский и И. Н. Бурсак прибыли во втором часу ночи седьмого февраля, якобы уже с текстом постановления, причём до этого составляли из коммунистов расстрельную команду. В работе В. И. Шишкина 1998 года показано, что имеющийся в ГАРФ подлинник постановления датирован шестым февраля, а не седьмым, как указано в статье составлявшего это постановление А.Ширямова. Однако, в этом же источнике приведён текст телеграммы Председателя Сибревкома и члена Реввоенсовета 5 армии И.Н. Смирнова, где говорится, что решение о расстреле Колчака было принято на заседании седьмого февраля. Кроме того, весь день шестого февраля шёл допрос Колчака. Имеющаяся в документах путаница в датах заставляет сомневаться в составлении постановления о расстреле до его совершения.