24 января 1953 восставшие убили с помощью панга семью Рак, в том числе их 6-летнего сына. После этого многие поселенцы уволили африканских работников, вооружились и стали сооружать на фермах настоящие форты. Многие вступили в Резерв Кенийской полиции и Кенийский армейский полк. Колониальная администрация приняла меры против кикуйу. Первоначально она полагала, что КЦА — политическое крыло восстания. Нелегальное ношение оружия и сотрудничество с восстанием стали тяжкими преступлениями. В мае 1953 отряды местной обороны кикуйу стали официальной частью внутренних сил безопасности. В их состав вошли в основном кикуйу, большей частью христиане. Они организовали собственную разведывательную сеть и проводили карательные экспедиции в районы, которые, как предполагалось, поддерживали восстание. 25-26 марта 1953 около 1 000 восставших напали на лоялистскую деревню Лари около 170 мирных жителей были разрублены или сожжены — в основном это были жены и дети членов отрядов местной обороны кикуйу. Подозреваемые мятежники были в порядке упрощенного производства казнены полицией и отрядами обороны, многие другие замешанные в резне в Лари предстали перед судом позже и были повешены.
В апреле 1953 был создан ЦК камба. Мятежники камба были железнодорожниками и эффективно контролировали своих коллег. Кроме того, камба были ядром африканских соединений в армии полиции. Тем не менее, в ходе восстания железнодорожники лишь трижды прибегали к саботажу. В это же время на севере активизировались масаи, но они быстро были сломлены полиций и армией, которым было приказано не допустить распространения восстания. Понимая, что очаг восстания находится в рабочих союзах, колониальная администрация создала Кенийскую федерацию зарегистрированных профсоюзов (КФРТУ) для конторских служащих — умеренное рабочее течение. В начале 1954 КФРТУ сорвала назначенную ЦК всеобщую забастовку.
В июне 1953 генерал сэр Джордж Эрскин прибыл в Кению и занял пост Руководителя операциями. Призыв дал 20 000 солдат, которые были агрессивно использованы. Резервации кикуйу были преобразованы в «особые районы», где каждый, не остановившийся по приказу, мог быть расстрелян. Однако это слишком часто приводило к злоупотреблениям, так что это распоряжение было отменено. Абердарский хребет и гора Кенья были объявлены «запрещенными районами», куда никто не мог входить без правительственного допуска. Каждый кто находился внутри запрещенных районов мог быть расстрелян. Британцы создали т. н. псевдо-банды из отрекшихся от клятвы бывших мятежников и союзных африканцев, иногда под руководством белых офицеров. Они внедрялись в ряды восставших, выполняли миссии по разведке и разрушению. Псевдо-банды стали наиболее успешным средством борьбы с восстанием. В конце 1953 силы безопасности прочесали Абердарский лес (операция «Блиц»), были схвачены и убиты 125 партизан. Несмотря на широкомасштабные наступательные операции, британцы не могли эффективно противодействовать восстанию. 24 апреля 1954 в Найроби была начата операция «Наковальня», город был поставлен под военный контроль. Были проверены около 30 000 африканцев, 17 000 были арестованы по подозрению в соучастии, в том числе многие, как оказалось, невиновные. Военный контроль был сохранен до конца года. Около 15 000 кикуйу были интернированы, тысячи депортированы в резервации в горах к востоку от Кенья. Хотя чистка была неэффективной, британцам удалось арестовать всех лидеров Пассивного крыла, в т..ч Совет свободы. Основной источник снабжения и рекрутов для восставших был перекрыт. Очистив Найроби, власти провели чистки в других районах. К концу 1954 77 000 кикуйу были собраны в концентрационных лагерях (не путать нацистскими и подобными им с лагерями смерти). Около 100 000 кикуйу, незаконно занявших чужую землю, были депортированы в резервации. В июне 1954 в резервациях была начата политика принудительной аграризации, которая позволила осуществлять более эффективный контроль над африканцами и лучше защищать проправительственных коллаборационистов. По завершении программы (октябрь 1955) 1 077 500 кикуйу были распределены в 854 «деревни».
Пассивное крыло в городах было разбито полицейскими акциями, а в деревне находилось под бдительным контролем властей. Без пополнения своих сил АЗС распались. В 1953 на свободе находились лишь 15 000 партизан из 120 000, начавши восстание. В январе 1954 колониальный армейский полк King’s African Rifles начал операцию «Молот». Они прочесали Абредарские горы, но не встретили серьезного сопротивления — большинство партизан уже ушло оттуда. Операция была перенесена на гору Кенья, здесь были захвачены многочисленные партизаны, 24 из 51 руководителя отрядов были убиты. Мятежники были вынуждены уйти глубже в лес. К сентябрю 1956 осталось лишь около 500 восставших. В 1955 была объявлена амнистия. Но 20 мая 1955 переговоры с восставшими провалились, и армия начала последнее наступление в Абердарские горы. К этому времени у восставших почти не было боеприпасов. 21 октября 1956 последний лидер мятежников, Дедан Кимати, был схвачен в Ньери и в начале 1957 повешен. Хотя отдельные мятежники скрывались в лесах до 1963, а чрезвычайное положение действовало до января 1960, восстание уже было подавлено.
Хотя британцы одержали явную победу, они удовлетворили почти все требования ЦКА 1951 года, чтобы смягчить ситуацию. В 1956 был снят запрет на африканский кофе, монокультуру Кении, что привело к решительному росту доходов мелких фермеров в следующие 10 лет. В городах для того, чтобы снять напряженность после операции Наковальня, власти подняли уровень заработной платы. Тем самым они усилили такие умеренные организации как КФРТУ. В 1956 администрация предоставила африканцам право самим выбирать своих представителей в Законодательное собрание, число которых было вскоре увеличено с 5 до 14. парламентская конференция 1960 приняла правило голосования «один человек — один голос». Эти политические меры были приняты для стабилизации обстановки в колонии и создания африканского среднего класса, при этом администрация поступилась интересами белого населения. Хотя европейцы доминировали в Кении политически, они владели лишь 20 % вложений в колонию. Остальные 80 % инвестировали различные корпорации, которые были настроены на сотрудничество с правительством африканского большинства. Перед Лондоном стоял выбор — 1. нестабильная колония, на которую приходилось тратить целое состояние в военном отношении, но управляемая белыми поселенцами, которые едва вносили вклад в благосостояние Европы, или 2. стабильная колония, управляемая африканцами, которая приносила Империи доход. Выбор был сделан в пользу второго.
В 1954 британцы заменили Исполнительный совет Кении на Совет министров в составе трех европейцев, двух азиатов и одного африканца. В 1957, когда главные лидеры восстания были мертвы или арестованы, 7 умеренных африканцев были допущены в Законодательный совет. Однако африканцы были недовольны слишком низким представительством, и в 1958 число африканцев в Законодательном совете было увеличено до 14. Это позволило им бойкотировать предложенную Министром колоний Ленноксом-Бойдом новую конституцию. Ключевой фигурой в разрешении кризиса стал новый (с 1957) премьер-министр Великобритании Гарольд Макмиллиан и его концепция «ветра перемен». В 1959 Леннокс-Бойд провел в Чекерз, загородной резиденции премьер-министра, переговоры с губернаторами Восточной Африки. Были выработаны предполагаемые даты предоставления незаивисмости — 1970 для Танганьики и 1975 для Уганды и Кении. Леннокс-Бойд предложил создать в Кении мультирасовое общество — уменьшение привилегий европейцев, укрепление участия африканцев в управлении и защита азиатского меньшинства. ГА ООН приняла Декларацию о предоставлении независимости колониальным странам и народам. Даже Джон Кеннеди высказался за Африку для африканцев. В апреле 1959 был выпущен на свободу Кенйатта, правда он был направлен на испытательный срок в отдаленную деревню. В 1960 было отменен чрезвычайное положение. В Лондоне (Ланкастер-Хаус) была созвана конференция для ускорения предоставления Кении независимости. Африканцы требовали независимости и немедленного освобождения Кенйатта. Британцы отклонили требования, но составили новую конституцию, предоставившую африканцам 33 из 65 мест в парламенте и передали африканцам 186 000 акров земли белых поселенцев при поддержке Всемирного банка. Дата независимости была перенесена на 1963 год, тогда же должны были пройти выборы для формирования легитимного африканского правительства. Эти договоренности получили название Ланкастерских. В сложившихся условиях многие европейцы продали свою землю и покинули Кению. Перед лицом грядущих выборов произошли изменения в политических силах Кении. В марте 1960 КАУ раскололся на КАНУ, которая опиралась, прежде всего, на кикуйу и луо и защищала централизм, и КАДУ, которая апеллировала к этническим меньшинствам, опасавшихся доминирования крупных племен, и Великобритании и отстаивала федерализм, чтобы избежать концентрации власти в руках кикуйу. КАНУ требовал немедленной независимости, освобождения Кенйатта и перераспределения земли и рабочих мест. КАДУ во главе с Рональдом Нгала был более умеренным, хотя тоже требовал освобождения Кенйатта. КАНУ получил 19 мест, КАДУ 11, места для европейцев и азиатов были зарезервированы. Верный своему требованию, КАНУ отказался формировать правительство, пока Кенйатта находился на испытательном сроке. Нгала было поручено создать временный кабинет. Наконец, в августе 1961 КАДУ добился освобождения Кенйатта, в 1962 он вошел в состав Законодательного совета — один из членов совета уступил ему свое место. Кенйатта попытался воссоединить КАУ на основе общей цели. Но это ему не удалось, и он — вместе с синдикалистом Томом Мбойа — встал во главе КАНУ. Временное правительство передало свои полномочия коалиционному кабинету КАНУ-КАДУ, в котором Кенйатта получил пост министра по конституционным вопросам и экономическому планированию. В январе 1962 прошла вторая Ланкастерская конференция. Кенийскую сторону представлял Кенйатта. Были уточнены даты предоставления независимости и проведения выборов. Но вопрос о будущем устройстве страны не был решен — КАДУ по-прежнему настаивал на федерации, а КАНУ — на централизованном государстве. В 1963 были проведены выборы. Северо-восточные сомалийцы отказались участвовать в них и интегрироваться в Кенийское государство. Абсолютное большинство получил КАНУ (83 из 124 мест). 1 июня Кенйатта стал премьер-министром автономного правительства Кении. Кенйатта призвал белых поселенцев не покидать страну, понимая, что лишь они смогут сохранить прибыльность сельского хозяйства. 12 декабря 1963 Лондон передал Кении контроль над внешними сношениями — страна получила полную независимость. В ходе торжественной церемонии на стадионе Рурингу последние участники восстания Мау-мау передали Кенйатта свое оружие. После провозглашения независимой республики Кенйатта стал ее первым президентом. В 1964 КАДУ самораспустился, а ее члены вошли в состав КАНУ.