Але основним аспектом всієї його внутрішньополітичної діяльності лишалися, безперечно, аграрні відносини. Будучи сам великим землевласником, він, щоб завоювати прихильність найбільш впливових і заможних осіб, роздав приблизно 100 маєтків з 3 тисячами дворів феодально залежних селян і міщан. Особливо багато універсалів та дарчих на маєтки, землі, ліси, пасіки, млини тощо видав Скоропадський монастирям: практично всім київським (причому повинності мали виконувати не лише піддані, а й рядові козаки), Ніжинському, Благовіщенському, Єлецькому Успенському, Переяславському Михайлівському, Чернігівському, Троїцькому та ін.
Проте авторитет і влада гетьмана продовжували невпинно падати. Місцеві старшини, особливо полковники, часто-густо ігнорували його розпорядження, вели незалежну політику. Дуже обмежував дії Скоропадського і царський указ 1715 р. про регламентацію обрання на всі полкові посади, а також сотників. Петро І прямо втручався у цей процес. Так, за власним бажанням він призначив полковником Ніжинського полку «з великоросіян» Петра Толстого, Київського — Антона Ганського. Водночас ним здійснюються прямі призначення на уряди сотництва. 1718 р. гегьман не зміг відмовити Петру І і змушений був на його «прохання» віддати свою 15-річну дочку від другого шлюбу — Уляну за сина царського улюбленця П. Толстого. В 1720 р. Петро І обмежив функції Генерального суду.
І останні роки правління не сприяли підвищенню популярності гетьмана серед українського населення. Цьому завадили примусові канальні роботи, спорудження фортечних будівель, «військові низові» походи тощо. Козаків і посполитих нерідко «ганяли» до Петербурга, Астрахані, на Кавказ. Для цього, як правило, залучались найбільш фізично здорові й матеріально забезпечені рядові козаки, селяни та міщани. Додому поверталося лише 60%, решта ж гинула від нестерпних умов життя, епідемій, каліцтв тощо.
Послаблення гетьманської влади давало можливість здійснити царському урядові деякі обмеження і в сфері економіки України. Зокрема, дедалі частіше місцевим купцям і торговим людям заборонялося займатися закордонною торгівлею. Запроваджувалася державна монополія на багато товарів, застосовувалася практика перекуповування різноманітних товарів лише у російських купців, з чого останні мали неабиякий зиск. Нерідко центральною владою наперед визначалися ярмарки і порти в Росії, де саме могли торгувати українці. У зв'язку з цим особливої гостроти на той час набуло питання про торгівлю з Запорожжям. Спеціальні розпорядження царату взагалі забороняли її. Ті, хто порушували такого роду укази, могли бути заслані до Сибіру.
Однією з негативних економічних санкцій можна вважати прагнення російського уряду збувати на території українських земель «лихі» мідні гроші, щоб срібні й золоті залишалися в обігу населення Росії, якомога більше зосереджувались у державній казні (1721).
Сильно підірвали місцеву економіку постійне перебування в Україні великої кількості російських військ, а також швидке зростання податків. Скоропадський від імені «всіх малоросіян» з «плачем і слізьми» просив Петра І вивести полки з регіону, скаржився на зловживання О. Меншикова. Але цар просто не чув старого гетьмана — він проводив свою політику. Помітно звузилося вживання національної мови (особливо в офіційних установах, великих містах і т. д.), скоротився видрук українських книг, систему освіти було взято під нагляд підозрілої й неприязної державної цензури, українська церква підпала під значний вплив московської патріархії. Навіть «Святе письмо» заборонялося передруковувати з давніх книжок, виданих в Україні, а лише з «московських». Всі ці заходи, зрозуміло, викликали невдоволення місцевого населення, негативно впливали на суспільно-політичне та економічне життя українського етносу.
1722 р. сюзерен видав спеціальний указ про створення для управління Україною першої Малоросійської колегії. її безпосередні функції (нагляд за діяльністю гетьмана, генеральних і сотенних старшин, дозвіл на видача ними розпоряджень по управлінню краєм тощо) як вищої апеляційної інстанції на території краю ще більше зміцнили позиції російських сановників. Такого політичного удару вже не зміг пережити гетьман І. Скоропадський і незабаром після виходу царського указу від хвилювання почав слабнути і згодом помер у Глухові 3 липня, а 5-го був похований в Гамаліївському монастирі. Проте й ця смерть не стала на заваді Петру І у здійсненні його великодержавних планів. Навпаки, він взагалі заборонив вибори наступного гетьмана.