6 июля была разгромлена типография «Труд», в которой печатались большевистские и профсоюзные издания, проведены обыски в особняке Кшесинской, где помещались ЦК, ПК и Военная организация большевиков. Как говорил Сталин, «на улицах войска, усмиряющие непокорных. Фактически введено осадное положение. «Подозрительные» арестовываются и отводятся в штаб. Идет разоружение рабочих, солдат, матросов». В июле были арестованы руководители военной организации большевиков Антонов-Овсеенко, Крыленко, Дыбенко, Раскольников, член ЦК Каменев, а также лидеры «межрайонцев» Троцкий и Луначарский.
7 июля Временное правительство отдало распоряжение об аресте Ленина и Зиновьева. На квартире Аллилуевых Сталин и другие члены партийного руководства обсуждали вопрос о явке на суд Ленина и Зиновьева которые к этому времени перешли на нелегальное положение. Ногин считал, что Ленину идти на суд необходимо. Ленин также склонялся к этому и даже написал соответствующее письмо в ЦИК. Сталин, Орджоникидзе и Стасова выступили против явки Ленина и Зиновьева. Было решено укрыть Ленина в окрестностях Петрограда. Сталин собственноручно сбрил у Ленина усы и бородку. Ленин надел парик и загримировался, а затем вместе с Зиновьевым (которого также остригли и загримировали) был переправлен на станцию Разлив в домик рабочего-большевика Н.А. Емельянова.
Уговорив наиболее нетерпеливых большевиков отступить, убедив Ленина уйти в подполье, дав партийным организациям указания относительно политического курса в период отступления и в то же время сумев провести с эсерами и меньшевиками конструктивные переговоры, Сталин добился того, что партия понесла минимальные потери после июльского поражения. На первых порах враги большевиков считали; что те уничтожены как политическая сила, а многие большевистские руководители преувеличивали свое поражение. Но уже через три недели после июльских событий Ленин, находясь на станции Разлив, писал: «Передовые отряды пролетариата сумели выйти из наших июньских и июльских дней без массового обескровления. Партия пролетариата имеет полную возможность выбрать такую тактику и такую форму или такие формы организации, чтобы внезапные (будто бы внезапные) преследования… не могли ни в коем случае прекратить ее существование и ее систематическое обращение со своим словом к народу».
15 июля Сталин опубликовал в кронштадтской газете «Пролетарское дело» статью «Смыкайте ряды», содержавшую краткий анализ июльских событий. Сделав вывод о неизбежности новых политических кризисов, он обратился к членам партии: «Первая заповедь – не поддаваться провокации контрреволюционеров, вооружиться выдержкой и самообладанием, беречь силы для грядущей борьбы, не допускать никаких преждевременных выступлений. Вторая заповедь – теснее сплотиться вокруг нашей партии, сомкнуть ряды против ополчившихся на нас бесчисленных врагов, высоко держать знамя, ободряя слабых, собирая отставших, просвещая несознательных». Отвергая «соглашения с контрреволюционерами», Сталин в то же время выдвинул новый лозунг: «За союз революционных элементов против контрреволюции и ее прикрывателей – таков наш пароль».
От имени ЦК партии Сталин выступил с отчетным докладом и докладом о текущем моменте на экстренной конференции Петроградской организации РСДРП(б), состоявшейся 16—20 июля. По поводу июльских событий Сталин заявил, что большевики могли взять власть, «но вопрос в том, могли ли мы удержать власть?» Считая, что захват власти 3– 4 июля не был бы своевременным, Сталин вновь призвал большевиков «к выдержке, стойкости и организованности» и поставил задачи: «возобновление, укрепление и расширение наших организаций; не пренебрегать легальными возможностями, ибо никакая контрреволюция не может серьезно загнать нас в подполье».
В заключение доклада Сталин заявил: «Говорить… об единстве с социал-тюремщиками преступно. Надо выставить другой лозунг: единство с левым их крылом – с интернационалистами, которые сохранили еще дозу революционной чести и готовы бороться с контрреволюцией». «Есть среди меньшевиков и эсеров элементы, которые готовы бороться с контрреволюцией (у эсеров – камковцы, у меньшевиков – мартовцы), и с ними мы готовы объединиться в едином революционном фронте». Такой курс, предложенный Сталиным, позволил большевикам выйти из изоляции и заручиться поддержкой левых сил в других партиях. Во многом благодаря союзу с левыми эсерами большевики смогли взять власть в октябре 1917 года и удержать ее в самые трудные месяцы 1917—1918 годов.
На VI съезде РСДРП(б) (26 июля – 3 августа), который был проведен подпольно, Сталин выступил с отчетным докладом ЦК и докладом о политическом положении в стране. Съезд констатировал, что со времени апрельской конференции число местных организаций партии выросло с 78 до 162, а численность большевиков возросла со 100 до 240 тысяч. Сталин был убежден в неизбежности скорого нового подъема революции: «Поскольку развиваются силы революции, взрывы будут, и настанет момент, когда рабочие поднимут и сплотят вокруг себя бедные слои крестьянства, поднимут знамя рабочей революции и откроют эру социалистической революции в Европе».
Учитывая ту роль, которую сыграло руководство Советов в июльских событиях, большевики отказались от лозунга «Вся власть Советам!». Однако это не означало отказа от борьбы за власть. Даже в период, когда партия находилась на полулегальном положении, Сталин верил в возможность перерастания буржуазной революции в социалистическую. В своем докладе на съезде он заявлял: «Некоторые товарищи говорят, что так как у нас капитализм слабо развит, то утопично ставить вопрос о социалистической революции. Они были бы правы, если бы не было войны, если бы не было разрухи, не были бы расшатаны основы капиталистической организации народного хозяйства… У нас разруха приняла более грозные размеры. С другой стороны, такой свободы, как у нас, нигде не существует в условиях войны. Затем нужно учесть громадную организованность рабочих… Нигде не было и нет таких широких организаций, как Советы рабочих и солдатских депутатов… Понятно, что пользовавшиеся максимумом свободы и организованности рабочие не могли отказаться от активного вмешательства в хозяйственную жизнь страны, не совершая над собой политического самоубийства. Было бы недостойным педантизмом требовать, чтобы Россия «подождала» с социалистическими преобразованиями, пока Европа не «начнет». «Начинает» та страна, у которой больше возможностей».
Возражая против поправки Преображенского, который предлагал иную редакцию резолюции (он настаивал на словах: «для направления ее к миру и при наличии пролетарской революции на Западе – к социализму»), Сталин заявил: «Не исключена возможность, что именно Россия явится страной, пролагающей путь к социализму. До сих пор ни одна страна не пользовалась в условиях войны такой свободой, как Россия, и не пробовала осуществлять контроль над производством. Кроме того, база нашей революции шире, чем в Западной Европе, где пролетариат стоит лицом к лицу с буржуазией в полном одиночестве. У нас же рабочих поддерживают беднейшие слои крестьянства… Надо откинуть отжившее представление о том, что только Европа может указать нам путь. Существует марксизм догматический и марксизм творческий. Я стою на почве последнего». После выступления Сталина состоялось голосование по поправке Преображенского, и она было отклонена.
VI съезд избрал Сталина в состав ЦК. Одновременно членом ЦК был избран С. Г. Шаумян, а кандидатом в члены ЦК стал еще один «бакинец» – П.А. Джапаридзе. Членами ЦК стали также принятые на съезде в большевистскую партию «межрайонцы» Л.Д. Троцкий, М.С. Урицкий, а кандидатом в члены ЦК стал «межрайонец» А.А. Иоффе. В то же время в период, когда многие видные деятели ЦК, включая Ленина, Зиновьева, Каменева, Троцкого, либо скрывались в подполье, либо находились в заключении, Сталин оставался фактическим руководителем большевистской партии с начала июля до начала сентября 1917 года. Под его руководством партия пережила период отступления после июльских событий и начала быстро восстанавливать свои позиции после корниловского мятежа.
Разгром Корнилова способствовал разъединению антибольшевистского фронта. Напуганные попыткой генерала установить военную диктатуру, эсеры и меньшевики освобождали арестованных большевиков, возвращали им оружие, отобранное у них в июльские дни, не возражали против создания большевистских красногвардейских отрядов, лишь бы они дали отпор войскам Корнилова. В результате большевики укрепили союз с левыми эсерами и левыми меньшевиками.
В статье «Вторая волна», опубликованной 9 сентября, Сталин писал: «Корниловское восстание лишь открыло клапан для накопившегося революционного возмущения, оно только развязало связанную было революцию, подстегнув ее и толкнув вперед». Он писал о «второй волне революции», которая «начинается крахом… коалиции с кадетами». Влияние большевиков возрастало, а их позиции в Советах стали укрепляться. После корниловского мятежа большевики вернулись к лозунгу «Вся власть Советам!». В статье «К демократическому совещанию» (14 сентября) Сталин писал: «Если Советы и Комитеты оказались главными оплотами революции, если Советы и Комитеты победили восставшую контрреволюцию, – не ясно ли из этого, что они должны быть теперь основными носителями революционной власти в стране?»