Гражданская война требовала сочетания современного военного искусства с традиционными приемами партизанской борьбы. Поэтому на протяжении значительного периода войны не прекращались конфликты между сторонниками «партизанщины» и военными специалистами, служившими в частях Красной Армии. Не имевший никакого военного образования и никогда не служивший в армии, но написавший немало обзоров о ходе военных действий во время Балканских войн 1912—1913 годов и Первой мировой войны, председатель Реввоенсовета республики Троцкий всячески старался привлекать в Красную Армию военных специалистов. Как и Троцкий, Сталин никогда не служил в армии, он имел лишь опыт подготовки вооруженных восстаний, поэтому ему пришлось с азов осваивать военное искусство. Однако Сталин не только сам учился, но и призывал других командиров учиться у военспецов. В то же время, в отличие от Троцкого, он понимал существенное отличие Гражданской войны от боевых операций в ходе международных конфликтов, а потому прислушивался к мнениям командиров красных отрядов, уже повоевавших с белыми. Различия в отношении к военспецам и красным командирам стали причиной нового конфликта между Сталиным и Троцким.
Сталин активно выступал против людей, которых направлял Троцкий на Царицынский фронт. Он писал Ленину: «Если Троцкий будет не задумываясь раздавать направо и налево мандаты Трифонову (Донская область), Автономову (Кубанская область), Коппе (Ставрополь), членам французской миссии (заслуживающим ареста) и т. д., то можно с уверенностью сказать, что через месяц у нас все развалится на Северном Кавказе и этот край окончательно потеряем… Вдолбите ему в голову, что без ведома местных людей назначений делать не следует, что иначе получается скандал для Советской власти». Не дожидаясь соответствующих разрешений Ленина, Сталин сообщал, что будет «сам, без формальностей свергать тех командиров и комиссаров, которые губят дело», несмотря на то, что такие действия были прерогативой председателя Реввоенсовета Л.Д. Троцкого. Он предупреждал, что будет действовать так, как «мне подсказывают интересы дела, и, конечно, отсутствие бумажки от Троцкого меня не остановит».
Правомерность недовольства Сталина военными специалистами, командированными Троцким, во многом подтвердилась после измены бывшего полковника Носовича, присланного в Царицын с мандатом Троцкого. Являясь начальником штаба округа, Носович стал организатором разветвленного заговора с целью захвата Царицына белыми. Носовича арестовали вместе с другими заговорщиками, но он был освобожден по распоряжению Троцкого, и ему удалось вскоре сбежать к белым.
Уже находясь у белых, Носович признавал огромную роль Сталина в обеспечении обороны Царицына. Он писал: «Надо отдать справедливость ему, что его энергии может позавидовать любой из администраторов, а способности применяться к делу и обстоятельствам следовало бы поучиться многим. Постепенно… Сталин стал входить во все отделы управления городом, а главным образом в широкие задачи обороны Царицына, в частности, и всего кавказского, так называемого революционного фронта вообще».
Судя о деятельности Сталина в Царицыне лишь по его телеграммам и письмам, направленным Ленину, Волкогонов утверждал, что «для большинства телеграмм Сталина характерно отсутствие глубоких обобщений, политических оценок, прогнозов. Они… сугубо эмпиричны». (Трудно себе представить, как можно давать «глубокие обобщения, политические оценки и прогнозы» телеграфным стилем.) Ф. Раскольников, который, в отличие от Д. Волкогонова, был очевидцем деятельности Сталина в Царицыне, в своих воспоминаниях подчеркивал, что Сталин блестяще и глубоко разбирался в сложной обстановке не только вокруг Царицына, но и на всем Северном Кавказе: «Я был поражен, когда оказалось, что Сталин знает все: и перипетии новороссийской борьбы между сторонниками и противниками потопления флота, и сопротивление руководителей Черноморско-Кубанской Республики, и категорические приказы московского центра». По словам Раскольникова, «Сталин был в Царицыне всем: уполномоченным ЦК, членом Реввоенсовета, руководителем партийной и советской работы». В то же время, как подчеркивал Раскольников, «все вопросы он, как всегда, решал коллегиально, в тесном контакте с местными учреждениями, что импонировало им и еще больше усиливало его непререкаемый авторитет».
В борьбе против Троцкого Сталин опирался на местных руководителей Царицына во главе с С.К. Мининым. В то же время Сталину пришлось проявлять немалую гибкость для того, чтобы обеспечить взаимодействие между Мининым и другими царицынскими руководителями, с одной стороны, и остатками 5-й Украинской армии, пробившимися в начале июля из Донбасса к Волге, – с другой. По словам Буденного, Минин «недружелюбно относился ко всем пришлым, нецарицынским». Это привело к тому, что, зная о тяжелом положении частей Ворошилова, Минин «не выступил на помощь им и даже не организовал надежную охрану моста через Дон, что уже граничило с преступлением». Сталин знал Ворошилова с Объединительного съезда партии 1906 года и мог рассчитывать на его поддержку, особенно в вопросе о военспецах, так как Ворошилов активно выступал против предоставления военспецам командных должностей. В то же время Сталину было нужно обеспечить сотрудничество Ворошилова и других красных командиров с квалифицированными военными специалистами, которых возглавлял бывший генерал-лейтенант царской армии А.Е. Снесарев.
Сталин сумел создать из этих разных людей, относившихся с предубеждением друг к другу, рабочую группу, которая подготовила оборону Царицына и превратила отдельные красные отряды в боеспособную армию. 23 июня А.Е. Снесарев как военный руководитель Северокавказского военного округа подписал приказ: «Все оставшиеся части бывших 3-й и 5-й армий, части бывшей армии царицынского фронта и части, сформированные из населения Морозовского и Донецкого округов, объединить в одну группу, командующим назначается бывший командующий 5-й армии т. Климент Ефремович Ворошилов». Приказ был утвержден Сталиным. 22 июля в Царицыне был создан Военный совет Северо-кавказского военного округа под председательством Сталина. Членами Военного совета стали К.Е. Ворошилов и С.К. Минин.
Поддерживая командиров – выходцев из народа, Сталин в то же время решительно выступал за превращение плохо организованного красного воинства в дисциплинированную армию. На первом совещании по вопросу о создании солдатских комитетов, подобных тем, что существовали в армии во времена Февральской революции, он энергично поддержал Буденного, который считал ненужной эту затею. Буденный так описал свои первые впечатления о Сталине: «Со стула, поставленного в уголке помещения, поднялся смуглый, худощавый, среднего роста человек. Одет был в кожаную куртку, на голове – кожаная фуражка, утопающая в черных волосах. Черные усы, прямой нос, черные чуть-чуть прищуренные глаза». По словам Буденного, Сталин, положительно оценив роль солдатских комитетов в Февральскую революцию, в то же время «полностью поддержал меня в том, что в Красной Армии создавать солдатские комитеты не нужно – это может посеять недоверие к командирам и расшатать дисциплину в частях».
Общий развал страны, массовое дезертирство в конце 1917 – начале 1918 года, самоуправство солдатских комитетов разложило армию, подорвало основы воинской дисциплины. Донские казаки из белых армий храбро защищали Дон, но многие из них дезертировали, как только фронт уходил далеко от родных станиц. Ко всему прочему казаки не были уверены, что в их отсутствие дома не подвергнутся грабежу. Не лучше было положение и в Красной Армии. Крестьяне, мобилизованные в Красную Армию, не желали терпеть лишений и рисковать своей жизнью за идеи мировой пролетарской революции. Многие из них норовили сбежать в свои деревни и села, несмотря на приказы Троцкого о расстреле дезертиров и их пособников.
Нелегко было призвать к дисциплине и население прифронтового Царицына. Чтобы навести элементарный порядок и соблюдать дисциплину военного времени, Сталину, судя по воспоминаниям СМ. Буденного, «пришлось провести коренную перестройку работы не только гражданских, но и военных учреждений и фактически возглавить оборону города». 24 июля в Царицыне была проведена мобилизация городского населения для строительства оборонных укреплений, были созданы рабочие отряды для охраны города и приняты другие меры для укрепления дисциплины и наведения порядка. В письме Ленину в начале августа Сталин уже мог констатировать «полную ликвидацию отрядной неразберихи и своевременное удаление так называемых специалистов (больших сторонников отчасти казаков, отчасти англо-французов), давшие возможность расположить к себе воинские части и установить в них железную дисциплину».
Помимо общих дисциплинарных мер Сталин постарался укрепить административное звено в управлении армией и тылом. В беседе с сотрудником газеты «Известия» Сталин отметил «два отрадных явления: первое – выделение в тылу фронта администраторов из рабочих, умеющих не только агитировать за Советскую власть, но и строить государство на новых, коммунистических началах, и второе – появление нового командного состава из офицеров, вышедших из солдат и получивших практику в империалистической войне, которому всецело доверяют солдаты Красной Армии».
Верный своему принципу обнаружения «решающего звена», от которого зависит успех, Сталин обратил особое внимание на продовольственное обеспечение армии. Он сообщал корреспонденту, что «благодаря системе базисных пунктов, выделенных самими боевыми участками, фронт не испытывает нужды в продовольствии. В настоящее время ежедневный паек красноармейца состоит из 2 фунтов хлеба, мяса картофеля и капусты».
Одновременно он продолжал заниматься вопросами продовольственного снабжения центральной России, ради решения которых он прибыл в Царицын. Он докладывал Ленину: «Взятие Калача дало нам несколько десятков тысяч пудов хлеба… Уборка хлеба, плохо ли, хорошо ли, все же идет. Надеюсь в ближайшие дни добыть несколько десятков тысяч пудов хлеба и также отправить Вам… Я предписал котельниковскому уполномоченному организовать соление мяса в больших размерах, дело уже начато, результаты есть, и, если дело разрастется, то на зиму мяса будет достаточно (в одном Котельниковском районе скопилось 40 тысяч голов крупного скота)».