Оба члена комиссии указывали на низкий уровень политической работы среди солдат и атаковали Всероссийское бюро комиссаров, которое, по их словам, снабжало «формирующиеся в тылу части мальчишками, а не комиссарами… совершенно неспособными к постановке сколько-нибудь удовлетворительной политической работы». Они писали, что «слово «комиссар» превратилось в ругательную кличку». Сталин и Дзержинский предлагали «обновить состав Всероссийского бюро комиссаров».
Критике подверглась и деятельность Реввоенсовета республики. Сталин и Дзержинский утверждали, что одной из причин «пермской катастрофы» является политика Реввоенсовета, который расстраивал «своими так называемыми директивами и приказами дело управления фронтом и армиями». Не называя Троцкого, они предупреждали: «Без соответствующих изменений в военном центре нет гарантий на успех на фронтах».
Рекомендации Сталина и Дзержинского предусматривали не только организационные меры и кадровые перемещения, но и перемены в социальной политике Советского правительства. Они отмечали, что «революционный декрет о чрезвычайном налоге… превратился в опаснейшее оружие в руках кулаков для сплочения деревни против Советской власти», стал «одной из главных причин, если не единственно главной причиной, контрреволюционизирования деревни».
Вместе с тем авторы отчета считали, что некоторые ошибки, допущенные в первый год существования Советской власти, являются следствием неопытности партийных работников. Они ставили вопрос о необходимости осмысления опыта советского строительства и создания с этой целью особого государственного «аппарата»: «Таким аппаратом должна быть упомянутая выше контрольно-ревизионная комиссия при Совете Обороны».
Анализ причин «пермской катастрофы» свидетельствовал о глубоком понимании Сталиным проблем Гражданской войны и его умении быстро оценивать сложившуюся обстановку. В то же время Сталин и Дзержинский не ограничились анализом обстановки и подготовкой отчетных докладов. По предложению Сталина был создан Военно-революционный комитет Вятской губернии, в состав которого вошли представители местных властей. Сталин считал, что в руках комитета «должны быть сосредоточены все силы, все средства». Подобные же органы были созданы в уездах. Под руководством Сталина и Дзержинского за три-четыре недели была проведена «чистка и тщательная фильтровка бригады», прибывшей на Восточный фронт.
Вопросы организации Красной Армии заняли важное место в работе VIII съезда РКП(б) (18—23 марта 1919 года), накануне которого образовалась так называемая военная оппозиция. В нее вошли в основном «красные командиры» и их сторонники, недовольные активным привлечением военных специалистов из царской армии (бывшие «левые коммунисты» В.М. Смирнов, Г.И. Сафаров, Г.Л. Пятаков, А.С. Бубнов, а также К.Е. Ворошилов, С.К. Минин, Ф.И. Голощекин, Е.М. Ярославский и другие). Они выступали за возвращение к первоначальной организации Красной Армии с безбрежной митинговой демократией и отсутствием единоначалия. Вместе с тем сторонники «военной оппозиции» резко критиковали деятельность Реввоенсовета и лично Троцкого, возмущались его приказами о расстрелах ряда командиров и комиссаров. Накануне съезда Троцкий в письме пытался оправдать свои репрессии и доказать правильность своей политики.
Несмотря на попытки Троцкого ослабить накал выступлений против его политики, «военная оппозиция» подготовила свою платформу (тезисы доклада В.М. Смирнова) к очередному, VIII съезду партии. Выступление видных деятелей партии и военных командиров против руководства вооруженных сил в разгар Гражданской войны и перед началом активного наступления белых армий грозило крупными внутриполитическими потрясениями. К тому же накануне открытия съезда скоропостижно скончался председатель ВЦИК Я.М. Свердлов, и теперь Бюро ЦК партии состояло из трех человек (Ленин, Сталин, Троцкий), двое из которых придерживались противоположных взглядов на организацию Красной Армии, роль Реввоенсовета, «военспецов» и т. д.
Ленин принял меры для «локализации» внутрипартийного конфликта, и способствовал командированию Троцкого на Восточный фронт во время съезда. Разрядке конфликта помогло и смягчение позиции Сталина в отношении «военспецов». Выступая на съезде, Сталин осудил многие действия Реввоенсовета, критиковал платформу «военной оппозиции». Сталин поставил вопрос так: «быть или не быть в России строго дисциплинированной регулярной армии». Он подчеркивал, что добровольческая Красная Армия, создававшаяся из городских рабочих, оказалась неспособной одерживать победы. Создание же Красной Армии путем мобилизации привело к тому, что большинство красноармейцев составили крестьяне. Сталин утверждал, что «крестьяне не будут добровольно драться за социализм». Он говорил, что крестьян надо «перевоспитать в духе железной дисциплины, повести их за пролетариатом не только в тылу, но и на фронтах, заставить воевать за наше общее социалистическое дело и в ходе войны завершить строительство настоящей регулярной армии».
В то же время делегаты съезда понимали, что Красная Армия не сможет сохранять свою боеспособность, если будет по-прежнему проводиться политика, отталкивающая большинство крестьян от Советов. Многие выступающие на съезде говорили о том, что действия Советского правительства настроили «справного мужика» против Советской власти (на что указывал Сталин в Царицыне), что чрезвычайный налог провоцировал враждебность крестьян к Советам (о чем Сталин и Дзержинский писали в своем отчете о «пермской катастрофе»). Многие ораторы говорили о широком недовольстве крестьян действиями Советских властей. Секретарь Пензенского губкома В. В. Кураев сообщал: «Если бы я принес сюда все телеграммы, получаемые в отделе обобществления сельского хозяйства, в которых говорится, что берут у крестьянина последнюю лошадь, последний скот, не считаясь ни с какими декретами и циркулярами… я бы развернул перед вами эту картину настоящего хищничества… Крестьянство недовольно, оно протестует, среднее крестьянство ненавидит Коммунистическую партию».
Реалистическая оценка отношения среднего крестьянина к Советской власти позволила резко изменить политику по отношению к «справному мужику». На съезде было признано необходимым смягчить чрезвычайный налог и оказать середняку финансовую и материально-техническую помощь: снабжать его продукцией городской промышленности и в особенности орудиями труда, машинами, семенами, удобрениями, различными материалами. Курс на союз с середняком сыграл решающую роль в Гражданской войне, существенно укрепив позиции Советской власти среди основного населения России.
Съезд вновь избрал Сталина в состав ЦК, а на заседании ЦК 25 марта Сталин был избран в созданные тогда же высшие органы управления партией– Политбюро (члены– Л.Б.Каменев, Н.Н. Крестинский, В.И.Ленин, И.В.Сталин, Л.Д.Троцкий; кандидаты– Н.И.Бухарин, Г.Е. Зиновьев, М.И. Калинин) и Оргбюро (А.Г. Белобородое, Н.Н. Крестинский, Л.П.Серебряков, И.В.Сталин, Е.Д.Стасова; кандидат – М.К. Муранов).
Через пять дней, 30 марта 1919 года, постановлением ВЦИК Сталин был утвержден народным комиссаром государственного контроля. Предложения, которые выдвинули Сталин и Дзержинский в ходе анализа «пермской катастрофы», легли в основу проекта декрета о реорганизации государственного контроля, с которым Сталин выступил 3 апреля 1919 года на заседании Совнаркома. Таким образом, после VIII съезда партии Сталин помимо новых обязанностей в партийном руководстве, стал руководителем двух наркоматов в Советском правительстве.
Сталин энергично принялся за организацию системы государственного контроля. Внимательно изучив работу наркомата, он реорганизовал его структуру, уменьшив число отделов с 25 до 11. При этом руководство военно-морским отделом он взял на себя лично. 9 апреля Сталин выступил на заседании ВЦИК с докладом о реорганизации государственного контроля, а 30 апреля подписал извещение «Всем гражданам Советской Республики» о создании бюро жалоб и заявлений при Народном комиссариате государственного контроля. 5 мая он уже представил первые плоды своей деятельности Совету обороны, выступив с докладом об итогах ревизии советских учреждений. Так в разгар разрушительной междоусобной войны Сталин предпринимал попытки навести порядок на фронтах и в тылу Советской России.
Вскоре новое обострение военной обстановки потребовало отзыва Сталина из Москвы на фронт. К весне 1919 года 8500 км фронтов республики защищали 381,5 тысячи бойцов Красной Армии, имевших на вооружении 6561 пулемет и 1697 орудий. Столь малочисленные и слабые силы не позволяли обеспечить достаточную оборону на большей части линии фронта, и поэтому практически на любом его участке противник, сосредоточив даже сравнительно небольшие силы, мог прорваться в глубь советской территории. 13 мая 1919 года генерал Н.Н. Юденич, командовавший Северным корпусом (6 тысяч штыков и сабель), при поддержке 1-й эстонской дивизии (6 тысяч штыков) и английской эскадры под командованием адмирала Коуэна, начал наступление на Нарву. Одновременно на Гдов шел отряд Булак-Булаховича, а западнее Пскова подступала 2-я эстонская дивизия. На Петрозаводско-Олонецком направлении активизировались белые отряды, в которых, помимо бывших царских офицеров, сражались финны, англичане, канадцы, сербы, поляки.
Этим силам противостояла 7-я армия красных (15,5 тысячи штыков и сабель), фронт которой был растянут от Онежского до Чудского озеpa. Поэтому неудивительно, что белые части без труда смогли прорвать оборону Красной Армии, овладеть в мае Ямбургом, Гдовом, Псковом и приблизиться к Петрограду. Руководитель Петроградской партийной организации Г.Е. Зиновьев поспешил отдать приказ об эвакуации ее из Петрограда. 17 мая ЦК партии и Совет обороны приняли решение направить Сталина на Петроградский фронт. Сразу же по прибытии в Петроград 19 мая Сталин провел совещание с главкомом, командующим Западным фронтом и командующим 7-й армией о положении на фронте.