Процесс централизации Русского государства сопровождался активным развитием нормотворчества. Источниками судопроизводства, в том числе и уголовного, в этот период являлись: Судебник Ивана III, составленный в 1497 г., - первый кодекс феодального права Русского централизованного государства; судные списки (протоколы судопроизводства); правовые грамоты (судные списки, сопровождаемые приговорами); бессудные, правовые грамоты (выдаваемые судом одной из сторон без судебного разбирательства на основании того, что другая сторона уклонилась от явки в суд в назначенный срок); срочные (устанавливающие сроки явки сторон в суд); мировые (акты полюбовного решения тяжбы) и т.п.
Источниками Судебника 1497 г., как известно, были нормы Русской Правды, Псковской и Новгородской Судных грамот, уставные грамоты и т.д. Принято считать, что Судебник впервые вводил для некоторой категории уголовных дел форму розыскного процесса. Тем не менее настоящее исследование показало, что розыскной (следственный) процесс был введен для некоторой категории уголовных дел не позже принятия Псковской Судной грамоты.
Одним из источников права XVI в. были губные грамоты, распространявшие свое действие на определенные территории, что свидетельствует о развитии местного самоуправления. В этих грамотах, которые по форме напоминали жалованные грамоты, помимо общих вопросов управления территориями были регламентированы процедуры уголовного судопроизводства. Так, Губная Белозерская грамота 1539 г. закрепляла за земскими учреждениями право ведения судебных дел по правилам обвинительного и следственного процессов. Центральная власть рекомендовала населению уезда для расследования преступлений создать выборный орган из трех-четырех боярских детей и дать им в помощь пять-шесть крестьян. В статье 3 грамоты сказано: "да промеж бы есте собя, в станех и в волостях, лихих людей розбойников сами обыскивали, да где которых разбойников обыщите, или хто у собя розбойников держит, или к кому розбойники приезжают и розбойную рухлядь приводят, и вы б тех розбойников ведомых меж собя имали да обыскивали их, и доведчи на них и пытали накрепко, и допытався у них, что они розбивают, да техбы естя розбойников бив кнутов да казнили смертью. Согласно ст. 8 этой грамоты отказ от исполнения преследования преступников силами общины карался.
В обобщенном виде обязанности крестьянской общины в расследовании преступлений заключались в следующем: она принимала от своих членов и других лиц заявления о преступлениях и проступках, совершившихся на ее территории или по соседству; принимала меры к розыску и поимке виновных; на мировых сходах (собраниях крестьян общины) земский староста, сотский или пятидесятский, которых община выбирала для управления мирскими делами, проводили предварительные допросы лиц, совершивших преступление или заподозренных в нем, иногда такие допросы проводились самими крестьянами. Крестьянский мир также проводил обыск домов при поимке скрывавшихся воров и разбойников.
Судебник 1550 г. считается основным законодательным актом Русского государства периода формирования сословно-представительской монархии. Он стоит на более высокой ступени развития кодификационной техники, нежели все предыдущее русское законодательство. Рассматривая Судебник 1550 г. как источник уголовного судопроизводства, следует обратить внимание на развитие двух форм процесса: обвинительный (состязательный) и розыскной (инквизиционный). Если первая форма процесса использовалась при производстве гражданских и менее тяжких уголовных дел, то вторая форма применялась по наиболее серьезным уголовным делам (государственным преступлениям, убийствам, разбоям и т.п.), причем их круг постепенно расширялся. Обвинительный процесс был сопряжен со свидетельскими показаниями, присягой, ордалиями (в форме судебного поединка). Сущность розыскного процесса заключалась в следующем: дело начиналось по инициативе государственного органа или должностного лица, в ходе расследования особую роль играли такие доказательства, как поимка с поличным или собственное признание. Для получения последнего применялись пытки. По предположению В.А. Линовского, как само употребление пытки в процессе, так и способы исполнения были заимствованы отечественной практикой из германского процесса.
Если говорить о конкретных нормах данного Судебника, регулировавших производство расследования, то необходимо отметить ст. 11, которая, как и ст. 6 Судебника 1497 г., отразила отмирание институтов обвинительного процесса, в частности института судебного поединка, что явилось следствием усилий церковной власти, считавшей судебный поединок правовым архаизмом, противоречащим существу феодального государства. Таким образом, в указанных нормах законодатель не стремится закрепить постоянное существование "поля" и допускает возможность отказаться от участия в нем. Тем не менее институт поля продолжает существовать, о чем свидетельствуют ст. 13, 14 и 17 Судебника 1550 г., в которых провозглашается равенство сражающихся сторон в судебном поединке. Данное правило распространялось, прежде всего, на физические силы. При этом не только сторона процесса, обладающая физическими недостатками или духовным саном, могла прибегнуть к помощи наемного бойца, но и послухи, принадлежащие к этой категории лиц.
На сосредоточение судебной власти в руках государства указывает ст. 12 Судебника 1550 г., которая развивает положения ст. 7 Судебника 1497 г., сужая действия обвинительного процесса, предпочитая в большинстве случаев розыскную форму процесса. Согласно ст. 52 Судебника 1550 г. розыскной процесс начинался с задержания преступника с поличным. Власти также задерживали всяких проезжих подозрительных людей, "необычайных и незнаемых". Подобных людей пытали по простому оговору.
Расследование преступлений велось при помощи следующих доказательств: очная ставка, осмотр места происшествия, повальный обыск и собственное признание. При этом розыскной процесс не придавал самостоятельного значения ни очной ставке, ни осмотру места происшествия. Основными доказательствами являлись повальный обыск и собственные признания. Если прежний Судебник допускал пытку лишь при оговоре (ст. 14), то в Судебнике 1550 г. пытка после проведения по данному делу повального обыска применяется по всем "татебным" делам.
Повальный обыск вовсе не требовался в случае обвинения дворянами собственных крестьян в учинении разбойного нападения и татьбы. При возникновении подобного обвинения сразу же приступали к пытке. Пытаемых били кнутом, жгли на огне, вздымали на дыбе и рвали у них железными клещами тело, а раны терли раскаленным железом, вбивали под ногти длинные иглы, капали холодную воду на бритую голову.
Согласно правилам розыскного процесса для признания подсудимого полностью виновным требовалось наличие двух-трех доказательств. Признание под пыткой в совокупности с уличающими данными повального обыска являлось безусловным доказательством и влекло для "лихого человека" смертную казнь.
Если же в отношении обвиняемого при повальном обыске были добыты одобрительные показания, то розыскной процесс уступал место обвинительному процессу, и судебное рассмотрение продолжалось по правилам последнего.
Ст. 57 Судебника 1550 г. предусматривала немедленное производство розыскных действий в случаях, когда преступник оговаривал кого-либо, что показывает стремление государства преследовать всех правонарушителей. Подтверждение худой славы оговоренного путем обыска вызывало, в свою очередь, применение пытки.
Таким образом, судебные акты XVI в. (в отличие от судебных актов до XV в.), для которых, за малым исключением, был характерен состязательный (обвинительный) процесс, свидетельствуют о развитии норм следственного (розыскного) процесса как наиболее полно отвечающего в начале XVII в. потребностям социального развития. Последний, существуя с обвинительным началом, все более и более вытесняет его из сферы уголовного судопроизводства, оставляя за обвинительным процессом роль основного средства при гражданском судопроизводстве.
Однако отмеченное не означает, что существовало четкое разграничение между уголовным и гражданским процессом. Наименее важные дела, а именно споры по договорам купли-продажи, мены, займа, поклажи, а также дела о нанесении оскорблений, причинении телесных повреждений, увечий, учинении драк и т.п., рассматривались по правилам обвинительного процесса, охватывавшего, таким образом, гражданское и уголовное судопроизводство.
Политические преступления, наиболее тяжкие уголовные преступления (разбой, убийство, поджог, татьба и т.п.), а также споры из-за права владения холопами, из-за поместий и другие категории наиболее важных гражданских дел, затрагивающих коренные интересы господствующего класса, рассматривались путем сыска, т.е. по нормам розыскного процесса.
Судебник 1550 г. определил порядок дальнейшей кодификации норм русского права (ст. 98) посредством царских указов и боярских приговоров, относящихся к вопросам деятельности многочисленных приказов. Так постепенно складывались указные и уставные книги, являющиеся основным источником русского законодательства второй половины XVI - первой половины XVII вв. Из числа сохранившихся указных книг следует назвать Уставную книгу Разбойной избы 1555-1556 гг., в которую входили: 1) Приговор боярской думы о разбойном деле от 18 января 1555 г.; 2) Память от 5 мая 1555 г., содержащая указ о порядке взыскания ("правеже") долгов; 3) Медынский губной наказ; 4) Указ от 28 ноября 1555 г. о сыске лихих людей; 5) Приговор от 22 августа 1556 г. по губным делам.
В Приговоре от 18 января 1555 г. определялась компетенция губных старост, а также устанавливался порядок проведения судебно-следственных действий по разбойным делам. Положения Приговора впоследствии были использованы при составлении губных грамот, а также вошли в переработанном виде в Уставную книгу Разбойного приказа 1616 г. Анализ положений Приговора позволяет сделать вывод, что он в части уголовного судопроизводства воспроизводит положения Судебника 1550 г.