В том же году Иоанн получил Верею по завещанию князя Михаила Андреевича, сын которого, Василий, еще раньше, испугавшись опалы Иоанна, бежал в Литву. Внутри Московского княжества также уничтожались уделы, и падало значение удельных князей перед властью Иоанна.
В 1472 г. умер брат Иоанна, князь Дмитровский Юрий, или Георгий; Иоанн взял себе весь его удел и ничего не дал другим братьям, нарушая тем старые порядки, по которым выморочный удел должен был идти в раздел между братьями. Братья поссорились было с Иоанном, но помирились, когда он дал им некоторые волости. В 1486 году Иван III заключил новые договоры со своими братьями— Борисом и Андреем. Помимо признания великого князя «старейшим» братом, новые договоры признавали его также «господином», и использовали титул «великий князь всея Руси». Тем не менее, положение братьев великого князя оставалось крайне шатким. Через несколько лет князя Андрея и его детей заточили в тюрьму, где он вскоре скончался.
К 1520 году, со взятием москвичами в плен рязанского князя Ивана Ивановича, фактически Рязанское княжество окончательно превращается в удельное княжество в составе Российского государства. Отношения с Псковской землёй, оставшейся в конце правления Ивана III практически единственным независимым от Москвы русским княжеством, также проходили в русле постепенного ограничения государственности. Так, псковичи теряют последние возможности влиять на выбор князей – великокняжеских наместников. Впрочем, несмотря на все разногласия, Псков оставался верным союзником Москвы.
К 1500 году к Московскому государству были присоединены Пермские земли и бассейны Печоры и верхней Вычегды.
Значительные перемены в системе государственного управления произошли в ходе завершения процесса образования Российского государства в конце XV – начале XVI века. Взаимодействие классов-сословий и классовая борьба также оказали воздействие на перестройку государственного строя и законодательную деятельность государства.
Княжеская власть с течением времени всё более укрепляется. Первоначально свои законодательные, административные, судебные функции великий князь мог осуществлять в пределах своего княжества. С падением власти удельных князей великий князь стал подлинным властителем всей территории государства. Но власть монарха ещё ограничена другими органами раннефеодального государства, прежде всего Боярской думой.
Боярская дума являлась высшим государственным учреждением, выросшим из совета при князе. Это был совещательный орган, с которым князь должен был считаться. После образования централизованного государства состав Думы расширился, и она стала приобретать характер постоянного верховного органа. Функции Боярской думы трудно отделить от функций великого князя. Она участвует в обсуждении и разрешении хозяйственных, судебных, внешнеполитических и других вопросов. Великий князь юридически не был обязан считаться с мнением Думы, но фактически не мог поступать самовольно. Его решения должны одобрить бояре.
4.С татарским разорением Руси центр государственной жизни из Киева перемещается на север, в земли Суздаля и Владимира. Туда же переходит и центр митрополии. В XIV веке начинается «собирание земли Русской» вокруг Москвы, где решающим фактором оказывается союз московских князей и иерархов Русской Церкви. Выбор митрополитом Петром и его преемниками Москвы вызван желанием поддержать единство Руси, соединив церковный центр с центром государственным. Протоиерей Александр Шмеман весьма нелицеприятно оценивает результат такого выбора. Он утверждает, что, поддержав линию государства к собиранию и единству Русской земли, «Церковь незаметно сама оказалась во власти этой линии, поставила себя ей на службу, перестала быть «совестью» государства, чтобы превратиться постепенно в опору и почти инструмент Московского "империализма"». Заметим, что это всего лишь частное мнение одного из церковных писателей.
В 1472 году Иван III вступил в брак с племянницей последнего византийского императора, и двуглавый орёл Ромейской Империи зареял над Москвой. 1480 год стал годом окончательного освобождением от татар. Подтверждалась схема византийских историков о странствующем Царстве. Церковь сформулировала новую монархическую идею о преемстве византийской теократии. Кратко суть идеи «Москва – Третий Рим» выражена в словах старца Псковского Спасо-Елеазарова монастыря Филофея: «Яко два Рима падоша, а третий стоит, а четвёртому не быти».
В XIV – XV веках отношения с Византией, находились в состоянии перманентного кризиса. По словам Георгия Флоровского, это был «кризис, связанный с государственным ростом Москвы, с пробуждением национального политического самосознания, с потребностью в церковно-политической независимости от Константинополя». Была и обеспокоенность о вере, в связи с подписанием в 1439 году на Флорентийском соборе унии с католичеством. Создалась реальная угроза, как Православию, так и русскому национальному государству. Падение Константинополя в 1453 году произвело гнетущее впечатление и убедило Русь в правильности своих выводов. Москва тогда впервые осознала себя единственной хранительницей истины Православия. С падением Ромейской империи, давшей Руси веру и поставляющей на русскую кафедру пастырей, «рухнуло мерило, авторитет, нечто абсолютное, бывшее гарантией Православия». Положение усугублялось предательством митрополита Исидора, грека, участвовавшего в соборе и подписавшего унию.
Представление о России как единственном православном государстве неизбежно «влекло за собой и византийское представление о русском государе как полноправном хозяине в делах своей церкви». В этом убеждении присутствовала огромная опасность для Русской Церкви. Ибо теократическое царство знает только неограниченную власть. Теория «Третьего Рима» была извращена официальной идеологией. Подверглось выхолащиванию ее духовное содержание, и всё сведено было, по словам Г. Флоровского, в «теорию официозного хилиазма», в панегирик, в восхваление государственной власти, в избранничество России, но не духовное, а имперское, земное. По такой трактовке теории «Третьего Рима» – русское государство не "продолжает" духовные традиции Византии, а "заменяет" империю во времени.
Протоиерей А. Шмеман, видимо, небезосновательно полагал, оценивая идеологию «Третьего Рима», что этот религиозный «мессианизм», это «торжество теократической мечты, этот взлет национально-религиозного сознания» обернулся торжеством самодержавия и стал подлинной трагедией для Русской Церкви. Идея была пленена русским государственным чиновничеством, заземлена, выхолощена, превращена в лозунг, попросту извращена. В итоге, произошла разбалансировка во взаимоотношениях Церкви и государства. Со временем такой трагический дисбаланс в отношениях между Церковью и государством сыграл существенную роль в крушении Российской империи….
В лице единого централизованного государства Церковь обрела крепкую опору. Но сильная гражданская власть не нуждалась в церковном авторитете, и проявления прямого вмешательства в дела Церкви стали нормой. С митрополита Ионы все предстоятели Русской Церкви были русскими по национальности. Но, освободившись от влияния греков, Церковь оказалась под властью своего национального государства. Великий князь, без оглядки на Константинополь и удельных князей, имел определяющее влияние на постановку митрополитов и рассчитывал на взаимную лояльность. Так, при Иване III митрополитами были поставлены Филипп I, Геронтий, Зосима и Симон. Московская митрополия, находившаяся под покровительством государства, возрастает в своих пределах. Однако, с усилением московского князя, постепенно слабеет авторитет московского митрополита. Власть государственная перестаёт нуждаться в поддержке и руководстве церковной власти.
Тем временем в русской церкви зародились и получили некоторое распространение два течения, по-разному относившиеся к вопросу о церковной собственности. Последователи Нила Сорского, получившие наименование «нестяжателей», выступали за добровольный отказ церкви от богатств и переход к более бедной и аскетичной жизни. Их оппоненты, получившие наименование «иосифлян» («осифлян», по имени Иосифа Волоцкого), напротив, отстаивали право церкви на богатство (в частности, на земли). Вместе с тем, иосифляне выступали за соблюдение монастырских уставов, бедность и трудолюбие каждого монаха в отдельности.
В 1484 году Иван III назначил новгородским епископом своего давнего сторонника Геннадия Гонзова. Вскоре новоназначенный епископ забил тревогу: по его мнению, в Новгороде появилась и широко распространилась ересь (получившая в исторической литературе название «ересь жидовствующих»). Геннадий начал активную борьбу против неё, однако здесь он натолкнулся на непредвиденные обстоятельства: Попытки Геннадия на основании показаний арестованных в Новгороде еретиков добиться ареста московских сторонников ереси не дали результата; Иван III не склонен был придавать делу о ереси большого значения.
В мае 1489 года архиепископ Геннадий стал старшим иерархом церкви , а через год умер наследник престола княжич Иван Иванович, женой которого была покровительница еретиков Елена Стефановна, в результате чего выросло влияние приверженцев ревнительницы ортодоксального православия Софьи Палеолог и княжича Василия. Тем не менее, 26 сентября 1490 года новым митрополитом стал недруг архиепископа Геннадия, Зосима, также осуждаемый в ереси. В итоге было решено собрать церковный собор.