Жизнь семьи была насыщенной и яркой. Музыка, театр, живопись, но главное – дети и дом освещали путь Веры Николаевны. А когда девочки выросли, и старшие, Вера, Саша и Люба, вышли замуж, она стала угасать. По ее словам, она "устала жить". И хотя была на 13 лет моложе мужа, пережила его только на 3 месяца.
Третьяков оставался бессменным попечителем Галереи до последних своих дней. Он постоянно пополнял собрание новыми произведениями искусства, приобретая их на собственные средства и на средства, ежегодно выделяемые Городской думой. В течение 1893–1897 годов он передал возглавляемой им Галерее более 200 живописных и графических произведений.
Начиная с 1893 года Третьяков ежегодно издает каталог своего собрания. Наиболее полным был каталог, подготовленный в августе 1898 года, изданный уже после смерти Павла Михайловича. В нем отмечены 1635 живописных произведений. Тогда же была завершена последняя пристройка – два новых зала для экспозиции собрания брата. Первый зал имел мемориальный характер. Здесь была размещена мебель из кабинета Сергея Михайловича и рисунки Ж. Энгра, А. Кабанеля и Ж. Бастьен-Лепажа. Второй зал был отделан дубовыми панелями. Здесь находилась живопись Ж. Бастьен-Лепажа, М. Фортуни и К. Коро. В смежном зале находилась скульптура из его коллекции – работы М.М. Антокольского и других.
Среди работ, поступивших в Галерею в 1898 году, помимо полотна "Богатыри" В.М. Васнецова – последнего крупного приобретения Павла Михайловича, которое было повешено в зал, где висит и сегодня, были и другие замечательные произведения – пейзажи И.И. Левитана, портреты И.Е. Репина, картины К.А Сомова.
Жизненный путь основателя Галереи завершился 27 (4) декабря 1898 года.
В июне 1899 года Московской городской думой было утверждено "Положение об управлении Третьяковской галереей". Было решено создать попечительский Совет – коллегиальный орган по управлению Галереей. Кроме городского головы князя В.М. Голицына (председателя Совета) в него вошли В.А. Серов – от российских художников, И.С. Остроухов и И.Е. Цветков – от московских коллекционеров. От семьи Третьяковых в Совет вошла вторая дочь П.М. Третьякова Александра Павловна.
Одним из первых вопросов, который следовало решить Совету, был вопрос о жилом доме Третьяковых. В марте 1899 года скончалась Вера Николаевна. Дочери были замужем и жили отдельно. С точки зрения пожарной безопасности пустующий дом представлял угрозу для коллекции. Было решено перестроить жилую часть дома, органически связав с основными помещениями Галереи.
В перестроенном доме на первом этаже разместили библиотеку Павла Михайловича, помещение для продажи каталогов и фотографий с картин Галереи, гардероб, контору и прочие службы. В мае 1900 года на заседании Совета в присутствии художников В.М. Васнецова, В.Д. Поленова и ряда московских архитекторов, была высказана мысль о том, чтобы фасад Галереи построили в "русском стиле". Эта работа была поручена В.М. Васнецову. Возведение нового фасада началось в 1902 году и было закончено в 1904. Он стал эмблемой Третьяковской галереи. Неудобства, связанные со строительством, не мешали все более растущему потоку посетителей: за 1903 год в Галерее побывало 130 548 человек.
Пристальное внимание члены Совета уделяли приобретению картин современных художников; их интересовало творчество молодых петербуржцев, создавших в 1898 году объединение "Мир искусства", москвичей из Союза русских художников; привлекли внимание экспоненты выставки "Голубая роза". За первые три года существования Совета было приобретено 67 произведений и среди них "Аленушка" (1881) В.М. Васнецова, произведения Л.С. Бакста, А.М. Васнецова, А.Н. Бенуа, К.А. Коровина, И.И. Левитана, Ф.А. Малявина, работы скульптора П.П. Трубецкого. Тогда же в Галерее появилась "Дама в голубом" (1897–1900) К.А. Сомова, были закуплены картины старых мастеров и среди них портретные работы Д.Г. Левицкого и В.Л. Боровиковского.
В 1899 году наследники Павла Михайловича передали Совету завещанные Галерее 62 иконы, которые были тщательно изучены известным византологом и специалистом по древнерусскому искусству Н.П. Лихачевым. На основе проведенной им атрибуции в 1904 году была создана экспозиция икон. В ее устройстве принимали участие профессор Н.П. Кондаков, художник В.М. Васнецов, члены Совета Галереи И.Е. Цветков и И.С. Остроухов. Позже, в 1913–1915 годах, при кардинальном изменении всей экспозиции Галереи, предпринятой И.Э. Грабарем, развеска икон была сохранена.
Начатое Третьяковым еще в 1893 году ежегодное издание каталогов продолжалось его преемниками. Несколько выпусков было издано на французском, английском и немецком языках. Они стоили дешево и выполняли роль путеводителя по залам Галереи.
Главной задачей в 1905–1912 годах Совет считал пополнение собрания Галереи новыми работами. Совет приобрел у авторов выдающиеся произведения: "Вихрь" (1905) – у Ф.А. Малявина, "Элизиум" (1906) – у Л.С. Бакста; в 1907 в Галерее появились "Изумрудное ожерелье" (1903–1904) В.Э. Борисова-Мусатова и "Фантазия на версальскую тему" (1906) А.Н. Бенуа, в 1910 – "За туалетом. Автопортрет" (1909) мало кому тогда известной З.Е. Серебряковой и "Из окна старого дома. Введенское" (1897) рано умершей М.В. Якунчиковой-Вебер.
В эти годы продолжала создаваться интересная коллекция картин В.А Серова и среди них "Похищение Европы" (1910). Не менее интересно во времена попечительства И.С. Остроухова развивалось пополнение Галереи полотнами старых мастеров. Портреты Ф.С. Рокотова, Д.Г. Левицкого, В.Л. Боровиковского, картины Н.Н. Ге, И.Е. Репина украсили коллекцию.
Видные музейные деятели, приглашенные в качестве экспертов, обследовав состояние Третьяковской галереи в 1911 году, в своем заключении отмечали необходимость коренной перестройки экспозиции: "Музей искусств, – значилось в заключении, – это стройный, цельный организм и прежде всего сам – явление эстетическое".
2 апреля 1913 года Московская городская дума избрала попечителем Третьяковской галереи Игоря Эммануиловича Грабаря, видного художника, архитектора и историка искусства. В состав Совета Галереи вошли Р.И. Клейн и А.П. Ланговой. От семьи П.М. Третьякова в Совет вошла старшая дочь Вера Павловна Зилоти. От прежнего состава Совета в нем остался князь Сергей Александрович Щербатов, живописец и коллекционер.
1910-е годы – время бурного развития искусствознания и появления новой науки – музееведения. Еще до избрания попечителем Галереи И.Э. Грабарь отмечал популярность музеев. Он осознавал, что задача преобразований в Третьяковской галерее имеет многоплановый характер – художественный, научный, просветительский, общественный.
Главное, чем ознаменовано время "правления" Грабаря, по его словам, это проведение в Галерее необходимых реформ, превращение ее в "музей европейского типа".
В начале декабря 1913 года, к пятнадцатой годовщине смерти основателя Галереи, реформированный музей был открыт для публики. Считалось, что новая развеска в основном закончена, на самом деле завершился лишь первый, наиболее трудоемкий этап. Фактически работы в экспозиции продолжались до второй половины декабря 1915 года. В январе 1916 года представители думы осмотрели новую экспозицию. Двенадцатью голосами против двух комиссия одобрила огромный труд, связанный с переустройством экспозиции.
По своей структуре она была разделена на две большие части, соответствующие этажам Галереи. Экспозиционный маршрут начинался с древнерусского искусства и в соответствии с хронологической последовательностью важнейших этапов развития русской живописи шел по кольцу залов вплоть до произведений художников 1900-х годов.
В залах нижнего этажа размещались рисунки, акварели, пастели, работы иностранных мастеров, картины живописцев, не представленных в Галерее при жизни Павла Михайловича. В залах иностранных художников новшеством экспозиции стала коллекция картин из собрания Михаила Абрамовича Морозова. Она поступила согласно его завещанию в дар Галерее в 1910 году. Здесь были представлены шедевры К. Моне, Э. Манэ, О. Ренуара, В. ван Гога, П. Гогена и других художников. Ныне они составляют гордость Эрмитажа и Государственного музея изобразительных искусств имени А.С. Пушкина.
В ходе реорганизации Галереи разворачивалась работа по инвентаризации и атрибуции произведений, их реставрации и фотографированию. Грабарь ставил цели не только хранительские, но и издательские. Все негативы, хранившиеся в издательстве Кнебеля, погибли в 1915 году в погроме, связанном с событиями Первой мировой войны. В 1916 году Грабарь снова возобновил работу по фотографированию произведений Галереи.
Одно из центральных мест в деятельности Галереи в 1913–1917 годах по-прежнему занимали вопросы ее комплектования. Но к этому времени изменились условия художественного рынка. Накануне и особенно в период Первой мировой войны произошло резкое подорожание произведений искусства, особенно "старины". Многие нувориши кинулись скупать картины, а возросший интерес к иконам и живописи XVIII – первой половины XIX века затруднял пополнение музея. Бюджет Галереи не мог выдержать подобной конкуренции. Тем не менее в Галерее появились произведения М. Шибанова, эскизы К.П. Брюллова, "Портрет А.М. Измайловой" (1759) работы А.П. Антропова, портреты кисти Д.Г. Левицкого, "Портрет А.С. Пушкина" (1827) О.А. Кипренского, долгие годы желаемый Третьяковым.
В коллекцию поступили портрет М.М. Антокольского (1884) работы В.М. Васнецова, картины художников конца XIX – начала ХХ века А.П. Рябушкина, К.А. Коровина, В.Э. Борисова-Мусатова, А.Н. Бенуа, театральные эскизы Б.М. Кустодиева. Новыми в экспозиции были графические работы В.А. Серова и пейзажи И.И. Левитана, скульптурные произведения С.М. Волнухина и А.С. Голубкиной. Наконец, молодежь – П.В. Кузнецов, М.С. Сарьян, Н.С. Гончарова, И.И. Машков, П.П. Кончаловский и К.С. Петров-Водкин теперь тоже были представлены в Галерее.