29 декабря начался судебный процесс, а через несколько дней был вынесен следующий приговор: «Сентенция о наказании смертною казнью изменника, бунтовщика и самозванца Пугачева и его сообщников.
С присоединением объявления прощаемым преступникам.
Сего ради Собрание, находя дело в таких обстоятельствах, сообразуяся беспримерному Ея Императорского Величества милосердию, зная Ея сострадательное и человеколюбивое сердце, и наконец, рассуждая, что закон и долг требуют правосудия, а не мщения, нигде по Христианскому закону несовместного, единодушно приговорили и определили, за все учиненные злодеяния, бунтовщику и самозванцу Емельке Пугачеву, в силу прописанных Божеских и гражданских законов, учинить смертную казнь, а именно: четвертовать, голову взоткнуть на кол, части тела разнести по четырем частям города и положить на колеса, а после на тех же местах сжечь. Главнейших его сообщников, способствующих в его злодеяниях: 1. Яицкого казака Афанасия Перфильева, яко главнейшего любимца и содейственника во всех злых намерениях, предприятии и деле изверга и самозванца Пугачева, паче всех злостию и предательством своим достойного лютейшия казни, и которого дела во ужас каждого сердца привести могут, что сей злодей, будучи в Петербурге в то самое время, когда изверг и самозванец обнаружился перед Оренбургом, сам добровольно предъявил себя начальству с таковым предложением, якобы он будучи побуждаем верностью к общей пользе и спокойствию, желал уговорить главнейших сообщников злодейских, Яицких казаков к покорению законной власти, и привести злодея обще с ними с повинною. По сему точно удостоверению и клятве отправлен он был к Оренбургу; но сожженная совесть сего злодея под покровом благонамерения алкала злобою: он приехав в сонм злодеев, представился к главному бунтовщику и самозванцу, в Берде тогда бывшему, и не только удержался от исполнения той услуги, которую исполнить он обещал и заклинался, но, что-б уверять самозванца в верности, объявил ему откровенно все намерение свое, и соединяясь предательской совестью своею с мерзкою душою самого изверга, пребыл с того времени до самого конца непоколебим в усердии ко врагу отечества, был главнейшим соучастником зверских дел его, производил все мучительнейшие казни над теми несчастными людьми, которых бедственный жребий осуждал попасться в кровожаждущия руки злодеев, и наконец, когда злодейское скопище разрушено в последие под Черным Яром, и самые любимцы изверга Пугачева кинулись на Яицкую степь, и искав спасения, разбились на разные шайки, то казак Пустобаев увещевал товарищей своих явиться в Яицком городе с повинною, на что другие и согласились; но сей ненавистный предатель сказал, что он лучше желает живым быть зарыту в зею, нежели отдаться в руки Ея Императорского Величества определенным, начальствам; однако ж высланною командою пойман; в чем сам он предатель Перфильев перед судом облачен и винился; - четвертовать в Москве.
Яицкому казаку Ивану Чике, он же и Зарубин, самоназвавшемуся Графом Чернышевым, присному любимцу злодея Пугачева, и который при самом начале бунта злодея паче всех в самозванстве утвердил, многим другим соблазнительный пример подал и с крайним рачением укрыл его от поимки, когда за самозванцем выслана была из города сыскная команда, и потом при обнаружении злодея и самозванца Пугачева, был из главнейших его содейственников, начальствовал отделенною толпою, осаждал город Уфу. За нарушение данной перед всемогущим Богом клятвы в верности Ея Императорскому Величеству за прилепление к бунтовщику и самозванцу, за исполнение мерзких дел его, за все разорения, похищения и убийства - отсечь голову, и взоткнуть ея на кол для всенародного зрелища, а труп его сжечь со эшафотом купно. И сию казнь совершить в Уфе, яко в главном из тех мест, где все его богомерзкие дела производимы были. Яицкого казака Максима Шигаева, Оренбургского казачьего Сотника Подурова и Оренбургского неслужащего казака Василия Торнова, из которых первого Шигаева, за то, что он по слуху о самозванце добровольно ездил к нему на умет, или постоялый двор к Степану Абаляеву, отстоящем неподалеку от Яицкого города совещевал в пользу обнаружения злодея и самозванца Пугачева, разглашал о нем в городе, и по елику смысл его привлекал вероятие простых людей, то произвел там во многих к бунтовщику и самозванцу привязанность; а потам, когда злодей уже явно похитив имя покойного Государя Петра Третьего, приступил к Яицкому городу, то был он при нем из первых содейственников его. При обложении ж Оренбурга, во всякое время, когда сам главный злодей оттуда отлучался к Яицкому городу, оставлял его начальником бунтовщичьей толпы своей. А в сие ненавистное начальство производил он Шигаев многие злости: повесил посланного в Оренбург от Генерал-Маiора и Кавалера Князя Голицына Лейб-Гвардии конного полку рейтара с известием о его приближении, единственно за сохраненную сказанным рейтаром истинную верность к Ея императорскому Величеству, законной своей Государыне. Второго Подурова, яко сущего изменника, который не только предался сам злодею и самозванцу, но и писал многая развратительныя в народе письма, увещевал верных Ея Императорскому Величеству Яицких казаков предаться к злодею и бунтовщику, называя его и уверяя других, яко бы он был истинный Государь, и наконец писал угрозительные письма к Оренбургскому Губернатору Генерал-Поручику и Кавалеру Рейнсдорпу, к Оренбургскому Атаману Могутову и к верному Старшине Яицкого войска Мартемьяиу Бородину, которыми письмами сей изменник убежден и признался. Третьего Торнова, яко сущаго злодея и губителя душ человеческих, разорившаго Нагайбацкую крепость и некоторыя жительства, и притом вторично прилепившагося к самозванцу, повесить в Москве всех их троих. Яицжих казаков, Василия Плотникова, Дениса Караваева, Григория Закладнова, Мещерятскаго Сотника Казнафера Усаева, и Ржевскаго купца Долгополова за то что, оные злодейские сообщники, Плотников и Караваев, при самом начале злодейскаго умысла, приезжали к пахотному солдату Абаляеву, где самозванец тогда находился, и условясь с ним о возмущении Яицких казаков, делали первыя разглашения в народ, и Караваев рассказывал, яко бы видел на злодее Царские знаки... Приводя таким образом в соблазн простых людей, оный Караваев и Плотиков, по слуху о самозванце будучи взяты под караул, о нем не объявили. Закладнов был подобно первым из начальных разглашателей о злодее, и самый первый, перед кем злодей дерзнул назвать себя Государем. Казнафер Усаев был двоекратно в толпе злодейской, в разныя ездил места для возмущения Башкирцев и находился при злодеях Белобородове и Чике, разныя тиранства производивших. Он в первый раз захвачен верными войсками под предводительством Полковника Михельсона при разбитии злодейской шайки под городом Уфою, и отпущен с билетом на прежнее жительство; но не чувствуя оказанного ему милосердия, опять обратился к самозванцу, и привез к нему купца Долгополова. Ржевский же купец Долгополов, разными лже составленными вымыслами приводил простых и легкомысленных людей в вящее ослепление, так, что и Казнафер Усаев утвердясь больше на его уверениях, прилепился вторично к злодею. Всех пятерых высечь кнутом, поставить знаки и вырвав ноздри, сослать на каторгу, и из них Долгополова сверх того содержать в оковах. Яицкого казака Ивана Почиталина, Илецкого Максима Горшкова и Яицкого же Илью Ульянова за то, что Почиталин и Горшков были производителями письменных дел при самозванце, составляли и подписывали его скверные листы, называя Государевыми манифестами и указами, через что умножая разврат в простых людях, были виною их неучастия и пагубы. Ульянова, яко бывшего с ними всегда в злодейских шайках, и производившаго, равно как и они, убийства, всех троих высечь кнутом и, вырвав ноздри, сослать на каторгу. Яицких казаков: Тимофея Мясникова, Михайлу Кожевникова, Петра Кочурова, Петра Толкачева, Ивана Харчева, Тимофея Скачкова, Петра Горшенина, Понкрата Ягунова, пахотного солдата Степана Абаляева и ссыльнаго крестьянина Афанасия Чуйкова, яко бывших при самозванце, и способствовавших ему во лживых разглашениях и составлении злодейских шаек, высечь кнутом, и вырвав ноздри, послать на поселение. Отставного Гвардии фурьера Михаила Голева, Саратовского купца Федора Кобякова и раскольника Пахомия, первых за прилепление к злодею и происходимые соблазны от их разглашений, а последнего за ложныя показания высечь кнутом, Голева и Пахомия в Москве, а Кобякова в Саратове, да Саратовского ж купца Протопопова за несохранение в нужном случае должной верности, высечь плетьми. Илецкаго кавака Ивана Тварогова, да Яицких, Федора Чумакова, Василия Коновалова, Ивана Бурнова, Ивана Федулова, Петра Пустобаева, Козьму Кочурова, Якова Почиталина и Семена Шелудякова, в силу Высочайшего Ея Императорскаго Величества милостивого манифеста; от всякого наказания освободить; первых пять человек по тому, что вняв гласу угрызению совести, и возчувствуя тяжесть беззаконий своих, не только пришли с повинною, но я виновника пагубы их Пугачева связав, предали себя и самого злодея и самозванца законной власти и правосудию; Пусотобаева, за то, что он отделившуюся шайку от самого Пугачева склонил притти с повиновением, равномерно и Кочурова, еще прежде того времени явившегося с повинною; а последних двух за оказанные ими знаки верности, когда они были захвачены в толпу злодейскую и были подсылаемы от злодеев в Яицкий город, но они приходя туда, хотя отстать от толпы, опасались, однако возвещали всегда о злодейских обстоятельствах и о приближении к крепости верных войск; и потом когда разрушена была злодейская толпа под Яицким городом, то сами они к военачальнику явились. И о сем Высочайшем Милосердии Ея Императорского Величества и помиловании сделать им особое объявление, через отряженного из собрания Члена, сего Генваря 11 дня, при всенародном зрелище пред грановитою Палатою, где и снять с них оковы. Определенную злодеям смертную казнь в Москве учинить на болоте, сего Генваря 10 дня. К чему привесть и злодея Чику, назначенного на казнь в городе Уфе, и после здешней экзекуции того же часа отправить на казнь в назначенное ему место. И для того, как опубликовании сей сентенции, так и сказуемом милосердии прощаемым и о надлежащих ж тому приуготовлениях и нарядах послать из Сената, куда надлежит, указы. Заключена Генваря 9 дня 1775 года».