За победу при Калиакрии Ф. Ф. Ушакову был пожалован орден святого Александра Невского.
Средиземноморский поход Ушаков.
12 августа 1798 года эскадра под командованием Ушакова в составе 6 линейных кораблей, 7 фрегатов, 3 авизо и десантом: 1700 солдат черноморских гарнизонов и 35 гардемарин Николаевского флотского училища вышла из Севастополя и взяла курс на Константинополь. В Константинополе под начальство Ушакова была передана эскадра Кадыр-бея в составе 4 линейных корабля, 6 фрегатов, 4 корвета и 14 канонерских лодок. Объединённый флот выступил в поход. За 6 недель русский морской десант занял острова Цериго, Занте, Кефалония, Святой Мавры, после чего флот приступил к операции по овладению острова Корфу. На Корфу французы имели следующие силы: 3 000 солдат, 650 орудий + 500 солдат и 5 артиллерийских батарей на острове Видо, который прикрывал главную крепость с моря. Также на острове Корфу находились губернатор островов генерал Шабо и генеральный комиссар республики Дюбуа. Кроме того, там находилась французская эскадра в составе 1 линейный корабль, 1 фрегат, 1 бомбардирский корабль и несколько вспомогательных судов.
Первоначально Ушаков блокировал крепость с моря. Позже он договорился с повстанцами и они дали 2 000 солдат. Кроме того турки прислали 4250 солдат из Албании (втрое меньше обещаного). Штурм Корфу начался в 7 часов утра 18 февраля 1799 года. После корабельной бомбардировки на острове Видо было уничтожено 2 батареи из 5 и был высажен 2-тысячный десант. После боя русские взяли в плен 423 француза. 20 февраля 1799 года крепость капитулировала. В плен сдались 2931 человек. Были захвачены богатые трофеи: 16 кораблей, 630 орудий и прочее имущество. За этот штурм Ушаков был произведен в адмиралы.
4 мая 1799 года в Бриндизи, который был освобожден 23 апреля 1799 года, был высажен отряд капитан-лейтенанта Белли в составе 550 солдат, который очистил побережье от неприятеля и двинулся к Неаполю, где 25 мая он соединился с союзниками и участвовал со 2 по 8 июня в штурме города.
5 мая 1799 года отряд контр-адмирала Пустошкина начал блокаду Анконы. 30 мая в Пезаро был высажен десант майора Гамена в составе 200 солдат, который с местными повстанцами 1 июня взял крепость Фано. После известия о выходе франко-испанской эскадры в Средиземное море они были отозваны Ушаковым в Корфу.
2 июля эскадра неприятеля вернулась в Брест и Ушаков приказал капитану 2-го ранга Войновичу выступать на Анкону. 6 июля отряд кораблей вышел в море, 12 июля был взят Пезаро, и русские войска, объединившись с неаполитанскими, 20 июля взяли Фано и стали блокировать Анкону. Тем временем Ушаков отремонтировал свои суда и оставив 3 линейных корабля, 4 фрегата и 1 корвет в Архипелаге, с главными силами в составе 10 линейных кораблей, 6 фрегатов и 6 меньших судов 24 июля выступил в Мессину, куда прибыл 3 августа. Тут была снаряжена эскадра контр-адмирала Пустошкина для крейсирования у Ливорно и Генуи.
По просьбе неаполитанского короля в Неаполь для охраны порядка в городе было направлено 3 фрегата под командованием Сорокина. Сам Ушаков с эскадрой в составе 7 линейных кораблей, 1 фрегат, 4 легких суда направился в Палермо для встречи с Нельсоном. 25 августа оба адмирала отбыли в Неаполь.
В конце августа 1799 года турки вынудили своего адмирала идти к Константинополю. 19 сентября десантный отряд полковника Скипора в составе 818 солдат вступил в Рим. Тем временем союзная Австрия дипломатическим путем завладела Анконой, уже на половину взятой Войновичем.
Нельсон, убедившись что со своими войсками ему не взять Мальты, предложил Ушакову принять участие в осаде. 20 декабря русская эскадра в составе 7 линейных кораблей, 1 фрегат, 8 малых судов и с 2 000 гренадерами вышла из Неаполя. Прибыв в Мессину 22 декабря адмирал получил приказ возвратится в Черное море. 1 января эскадра вышла из Мессины и 8 января прибыла в Корфу. После ремонта кораблей 10 апреля было получено повеление содействовать англичанам в осаде Мальты.
Но 15 июня 1800 года после поражения при Маренго Австрия подписала перемирие с Францией. Крейсерства стали бесперспективными и император Павел I приказал вести эскадру в Черное море. 26 октября 1800 года эскадра вернулась в Севастополь.
За 2,5 года плавания эскадра не потеряла ни одного корабля, лишившись 400 человек. В результате Россия обрела базу на Средиземном море, усилив свое господство в этом регионе.
Последние годы.
Заслуги Ушакова не были оценены императором Александром I, который назначил его на второстепенную должность главного командира Балтийского гребного флота и начальником флотских команд в Санкт-Петербурге, а в 1807 году уволил в отставку. Во время Отечественной войны 1812 года Ушаков был избран начальником ополчения Тамбовской губернии, но из-за болезни отказался от должности.
В последние годы жизни в имении Ф. Ф. Ушаков посвятил себя молитве и широкой благотворительной деятельности. Согласно сообщению иеромонаха Нафанаила архиепископу Тамбовскому Афанасию:
«Оный адмирал Ушаков… и знаменитый благотворитель Санаксарской обители по прибытии своём из Санкт-Петербурга около восьми лет вёл жизнь уединённую в собственном своём доме, в своей деревне Алексеевке, расстояние от монастыря через лес версты три, который по воскресным и праздничным дням приезжал для богомоления в монастырь к служителям божьим во всякое время, а в великий пост живал в монастыре в келье для своего посещения… по целой седьмице и всякую продолжительную службу с братией в церкви выстаивал неукоснительно, слушая благоговейно. В послушаниях же в монастырских ни в каких не обращался, но по временам жертвовал от усердия своего значительным благотворением, тем же бедным и нищим творил всегдашние милостивые подаяния в всепомощи. В честь и память благодетельного имени своего сделал в обитель в Соборную церковь дорогие сосуды, важное Евангелие и дорогой парчи одежды на престол и на жертвенник. Препровождал остатки дней своих крайне воздержанно и окончил жизнь свою, как следует истинному христианину и верному сыну святой церкви».
Флотоводец умер 2 (14) октября 1817 в своём имении в деревне Алексеевка (ныне Республика Мордовия). Похоронен в Санаксарском монастыре близ города Темникова.
Канонизацыя.
5 августа 2001 года адмирал Ушаков был канонизирован Русской православной церковью как местночтимый святой Саранской и Мордовской епархии (чему успешно способствовал Валерий Николаевич Ганичев). Торжественное богослужение прошло в Санаксарском монастыре. Деяние о его канонизации указало: «Сила его христианского духа проявилась не только славными победами в боях за Отечество, но и в великом милосердии, которому изумлялся даже побеждённый им неприятель… милосердие адмирала Феодора Ушакова покрывало всех».
6 октября 2004 года Архиерейский собор Русской православной церкви причислил Фёдора Ушакова к общецерковным святым в лике праведных. Память совершается (по юлианскому календарю) 23 мая (Собор Ростовских святых), 23 июля и 2 октября. Фёдор Ушаков (не следует путать его с его дядей и тёзкой монахом Феодором Санаксарским) почитается как святой покровитель российского военно-морского флота (с 2000 года) и стратегических военно-воздушных сил (с 2005 года).
Приложение.
Ф.Ф Ушаков. Могила Ушакова в Санаксарском монастыре, сентябрь 2007 года. Орден Ушакова 1-й ст. Марка СССР, 1987 г. Матросы и офицеры болгарских ВМС отдают воинские почести адмиралу, возле его памятника на Мысе Калиакре. Икона и житие праведного воина Фёдора Ушакова.