19 февраля (3 марта) 1861 года в Петербурге Александр II подписал Манифест об отмене крепостного права и Положение о крестьянах, выходящих из крепостной зависимости, состоявшие из 17 законодательных актов.
Окончание Кавказской войны
В 1856—1858 годах российские войска одержали ряд побед над горцами. Шамиль бежал в свое последнее убежище на горе Гуниб. 25 августа Гуниб был взят штурмом, а сам Шамиль захвачен в плен.
Непокоренным оставался Западный Кавказ, где жили адыгские племена. Они должны были покоряться и переходить на указываемые им места на равнине; в противном случае их оттесняли далее в бесплодные горы, а оставленные ими земли заселялись казачьими станицами; наконец, после их вытеснения с гор к морскому берегу, им оставалось или перейти на равнину, или переселиться в Турцию, в чём предполагалось оказывать им возможное содействие. С лета 1863 года многие из них стали выселяться в Турцию или на южный склон хребта; большая их часть покорилась, так что к концу лета число выходцев, водворенных на плоскости, по Кубани и Лабе, дошло до 30 тысяч человек. В начале октября абадзехские старшины явились к подписали договор, по которому все одноплеменники их, желавшие принять русское подданство, обязывались не позже 1 февраля 1864 года начать переселяться на указанные им места; остальным давался 2,5-месячный срок для выселения в Турцию. Множество горцев были оттеснены к морскому берегу и прибывшими турецкими судами отвозились в Турцию. 21 мая 1864 года был отслужен молебен по случаю окончания Кавказской войны.
Польское восстание 1863—64 годов
22 января 1863 года началось новое польское национально-освободительное восстание на территории Царства Польского, Литвы, Белоруссии и Правобережной Украины, в котором участвовала также некоторая часть белорусов и литовцев.
К маю 1864 года восстание было подавлено российскими войсками. За причастность к восстанию было казнено 128 человек; 12 500 было выслано в другие местности (часть из них впоследствии подняла Кругобайкальское восстание 1866 года), 800 отправлено на каторгу. Восстание ускорило проведение крестьянской реформы в затронутых им регионах, при этом на более выгодных для крестьян условиях, чем в остальной России. Власти предприняли меры по развитию начальной школы в Литве и Белоруссии, рассчитывая, что просвещение крестьянства в русском православном духе повлечёт политико-культурную переориентацию населения. Также предпринимались меры по русификации Польши.
Чтобы уменьшить влияние католической церкви на общественную жизнь Польши после восстания, царское правительство приняло решение о насильственном переводе в православие принадлежащих к Украинской греко-католической церкви украинцев Холмщины. Жители села Пратулин были греко-католиками и отказались переходить в православие. 24 января 1874 года верующие собрались возле приходской церкви, чтобы воспрепятствовать передаче храма под управление Православной церкви. После этого отряд солдат открыл огонь по людям. Погибло 13 человек (смотри статью Пратулинские мученики).
Судебная реформа
Судебная реформа с 1864 года действовала в Царской России. Также в 1864 году в России была введена адвокатура как самостоятельный правовой институт, что говорит о начале позитивных изменений в юридической отрасли и перенятии положительного опыта из юриспруденции Западной Европы.
Завоевание Средней Азии
В 1860 году западносибирское начальство снарядило, под начальством полковника Циммермана, небольшой отряд, разрушивший кокандские укрепления Пишпек и Токмак[5]. Кокандское ханство объявило священную войну (газават) и в октябре 1860 года сосредоточились, в числе 20000 человек, у укрепления Узун-Агач (56 вёрст от Верного), где были разбиты полковником Колпаковским, взявшим затем и возобновлённый кокандцами Пишпек, где на этот раз оставлен был русский гарнизон; в это же время были заняты и небольшие крепости Токмак и Костек.
В 1864 году было решено, что два отряда, один из Оренбурга, другой из западной Сибири, направятся навстречу друг другу, оренбургский — вверх по Сырдарье на город Туркестан, а западносибирский — вдоль Александровского хребта. Западносибирский отряд, 2500 человек, под начальством полковника Черняева, вышел из Верного, 5 июня 1864 года взял штурмом крепость Аулие-ата, а оренбургский, 1200 человек, под начальством полковника Верёвкина, двинулся из Форта-Перовского на город Туркестан, который был взят с помощью траншейных работ 12 июня.
В 1865 году из вновь занятого края, с присоединением территории прежней Сырдарьинской линии, образована была Туркестанская область, военным губернатором которой назначен был Черняев.
Слухи, что бухарский эмир собирается овладеть Ташкентом, побудили Черняева осадить и после трёхдневного штурма (15—17 июня) взять Ташкент.
8 мая 1866 произошло первое крупное столкновение русских с бухарцами, получившее название Ирджарская битва. Это сражение было выиграно русскими войсками. Победа открыла русскому войску путь на Ходжент и на Джизак, которые были взяты в том же 1866 году.
Отрезанный от Бухары, Худояр-хан принял в 1868 году предложенный ему генерал-адъютантом фон-Кауфманом торговый договор, в силу которого русские в Кокандском ханстве и кокандцы в русских владениях приобретали право свободного пребывания и проезда, устройства караван-сараев, содержания торговых агентств (караван-баши), пошлины же могли быть взимаемы в размере не более 2½% стоимости товара.
В июне 1871 года российские войска под командованием генерал-майора Колпаковского вторглись на территорию Илийского султаната. Официальной причиной послужил октаз выдать волостного управителя казахского рода албанов Тазабека и его соратников, откочевавших на территорию султаната. В результате конфликта слабовооруженные и неорганизованные войска султаната потерпели поражение. В итоге Илийский султанат попал под юрисдикцию Российской империи.
В 1875 году во главе недовольных Худояр-ханом в Коканде стал кипчак Абдурахман-Автобачи, сын казненного Худояром Мусульман-куля, (автобачи — придворный титул в иерархии ханства), последовательный противник перехода Коканда под власть России, и к нему примкнули все противники русских и духовенство.
Но их восстание было пдавлено российскими войсками. 22 сентября Кауфман заключил договор с Насир уд-Дин-ханом, в силу которого хан признавал себя слугой русского царя, обязывался уплачивать ежегодную дань в 500 тыс. руб. и уступал все земли к северу от Нарына (Наманганское бекство на правом берегу Сыр-Дарьи); из них образован был Наманганский отдел. Договор был составлен по типу соглашений с Бухарой и Хивой. Он предусматривал отказ хана от непосредственных дипломатических соглашений с какой-либо державой, кроме России.
Но едва удалились русские войска, в ханстве вспыхнуло новое восстание. Оно также было подавлено и 19 февраля 1876 г. состоялось Высочайшее повеление о присоединении всей территории Кокандского ханства и образовании из неё Ферганской области. Несмотря на это восстание киргизов живших на Алае, то есть на высоком плато, образуемом двумя параллельными хребтами, замыкающими долину Ферганы с юга, продолжалось ещё полгода.
Практически одновременно с русско-кокандскими войнами начались и боевые действия с Бухарским эмиратом. Этому способствовали территориальные споры между Кокандом и Бухарой. Наср-Улла-хану, скончавшемуся в 1860 году после тридцатичетырёхлетнего правления, наследовал его сын Сеид-Мозаффар-Эддин-хан, при котором Бухарский эмират потерял окончательно своё значение и самостоятельность, попав в вассальную зависимость от России. Мозаффар-хан, который как и его отец враждовал с Кокандом, одновременно поддерживал там партию Худояр-хана. Это обстоятельство привело Мозаффар-хана к столкновению с Россией, которая в это время уже завоевала город Туркестан, Чимкент, взяла Ташкент и вообще заняла прочные позиции на Сыр-Дарье, на землях, принадлежавших прежде Коканду.
Надменный образ действий бухарского эмира, потребовавшего очищения Россией завоёванной территории и конфисковавшего имущество проживавших в Бухаре русских купцов, а также оскорбление русской миссии, посланной для переговоров в Бухару, привели к окончательному разрыву и войне.
Бухарский эмир потерпел поражение в этой войне и был вынужден просить у России мира. По мирному договору 23 июня 1868 года, Бухарское ханство должна была уступить России Самаркандское, Катта-Курганское, Пенджекентское и Ургутское бекства, из которых два первые представляют лучшие места и земли цветущей долины Зеравшана. Кроме того, бухарский эмир обязался уплатить 500 тысяч рублей военного вознаграждения, предоставить русским купцам свободу торговли в ханстве, защищать их имущество и личную безопасность, дозволить учреждение торговых агентств во всех городах, взимать пошлину с ввозимых русских товаров не свыше 2½% их стоимости и предоставить русским купцам свободный проезд через ханство в другие земли.