Государственная политика по отношению к православной церкви привела к пагубным последствиям. Зависимость от светской власти вызвала своего рода селекцию иерархии: довольно часто архиереи –и члены Синода, и главы епархий –ради собственной выгоды старались выказать готовность услужить обер-прокурору; либо, подражая свету, вели жизнь, неподобающую монашествующим, заботясь о личных удобствах, изобилии стола; либо еще хуже, занимались накопительством, не щадя казны монастырей, отданных им в управление. Да и у приходского духовенства сложился особый сословный менталитет. Возвышаясь над массой подданных империи своим уровнем образования, льготами и привилегиями, оно тянулось к «образованному обществу» - дворянам, чиновникам, подражая им в быту, но не встречая отношения к себе как к равным.
Зависимость церковной жизни от общегосударственной политики проявилась и в процессе подготовки и проведения реформы 1861г. Полоса реформ, в которую втягивалась Россия, неминуемо должна была затронуть и официальную церковь. Еще до отмены крепостного права началось расширение участия духовенства в начальном народном образовании, проектировалась новая реформа духовно – учебных заведений. Автором церковной реформы следует считать преимущественно П.А. Валуева. Именно он, во время пребывания должности министра внутренних дел (23 апреля 1861г. –9мая 1868г.), склонил Александра II принять решение о широкомасштабной реформе православной церкви. Однако, Валуев столкнулся с сопротивлением части православной иерархии, особенно митрополита Московского Филарета (Дроздова). В частности, тот категорически возражал против включения нескольких членов Синода в Государственный совет и наделения причтов участками земли для личного пользования. Только встреча, проходившая 12 и 13 ноября 1861г. в Москве, помогла устранить противоречия. После продолжительных бесед Валуев согласился исключить из числа намеченных им мер реформу духовно – учебных заведений, по настоянию митрополита оставив ее в исключительной компетенции церкви. Отказался и от расширения государственного совета за счет синодалов.
С другой стороны, пришлось преодолевать сопротивление влиятельных политиков.
Предлогом для подготовки проекта реформы Валуев расчетливо избрал положение православного духовенства в Западном крае. Указывая на малые успехи упомянутого выше комитета по изменению закона 1842г. и на донесения губернаторов о незавидном положении православного духовенства в других областях империи, он призывал царя распространить заботу о клириках на всю Россию.
24 ноября 1861г. Александр II отдал Валуеву распоряжение представить проект о создание соответствующего комитета под председательством великого князя Константина Николаевича. Вскоре состав комитета был утвержден. Министр рассчитывал перейти к работе над реформой. Он предполагал сделать это, открыто объявив о намерениях правительства и обратившись непосредственно к приметам.
Однако на данном этапе Валуев встретил и еще более серьезные препятствия: обнаружилось несогласие императрицы, председатель же Комиссии великий князь Константин Николаевич вовсе воспротивился, полагая дело несвоевременным, а широкую огласку неприемлемой. Неизвестно, чем бы разрешилось дело, но началось восстание в Польше, и 10 мая 1862г. великий князь принял назначение наместником в Царстве Польском. Таким образом, самое серьезное препятствие исчезло. Валуев немедленно воспользовался открывшимися возможностями. 15 июня, в Царском селе, а на следующий день в Петербурге в присутствие обер-прокурора А.П Ахматова он должен императору новый проект указа о создании вместо прежней Комиссии особого Присутствия для улучшения быта православного белого духовенства. 28 июня Александр II утвердил Присутствия в составе : председатель – митрополит Петербургский Исидор, члены от церкви – архиереи, присутствующие в Синоде, из высших чиновников – обер-прокурор Синода, глава Третьего отделения, министр внутренних дел, министр государственных дел имуществ и директор Духовно-учебного управления Синода князь С.Н. Урусов.
Тот же документ сформировал программу реформы. Присутствию поручалось найти способы:
“1) к расширению средств материального обеспечения приходского духовенства;
2) к увеличению личных его гражданских прав и преимуществ;
3) к открытию детям церковнослужителей путей для обеспечения своего существования на всех поприщах гражданской деятельности;
4)к открытию духовенству способов ближайшего участия в приходских и сельских училищах”.
Присутствие учреждалось на таких же основаниях, как в свое время Главный комитет по крестьянскому делу, т.е. подготовленные им проекты освобождались от длительной процедуры прохождения через многочисленные инстанции, а немедленно докладывалось царю и после подписания им обретали силу закона. Санкционируя создание Присутствия, император распорядился закрыть Комитет по западным епархиям, а дела передать в новое учреждение и рассмотреть их в первую очередь.
Объявление о создании Присутствия и его целях было опубликовано в декабре 1862 года и сопровождалось оговоркой, что казна не располагает денежными средствами на исполнение реформы, а рассчитывает решить проблему иными способами. Последнее замечание привело архиереев в недоумение и даже негодование.
Приходское духовенство, напротив, почувствовало царскую милость. Белое духовенство восполнилось надеждой на старое и прочное обеспечение. Оно не ведало тонкостей высшей политики. Убеждение, что правительство средства найдет, было всеобщим.
Первое заседание Присутствия, составлявшееся 17 января 1863 года приняло решение собрать сведения непосредственно от причтов, а архиереи должны были к этим сведениям приложить собственные заключения. Чтобы избежать разноголосицы, Присутствие составило небольшую анкету с вопросами по всем четырем разделам программы. Одновременно приняли решение о составлении перечня всех вопросов, подлежащих обсуждению.
Александр II придавал большое значение деятельности Присутствия. На первом докладе он написал: “Я везде назначил сроки, дабы дело подвигалось действительно, а не протягивалось, как у нас часто бывает, одним отписыванием.”
Присутствие собиралось на заседания всего 72 раза, до начала 1882 года, а закрыто оно указом от 16 февраля 1885 года. 28 заседаний состоялись в первые четыре года.
Таким образом, активная жизнь Присутствия укладывается в 18 – летний срок, а период самой интенсивной работы выпадает на время, когда Валуев принимал личное участие в его трудах. К началу 70 – х годов XIX века регулярные собрания его прекратились, и для того чтобы решить очередные вопросы, приходилось создавать рабочую комиссию из архиереев. Она готовила проекты, которые затем выносились на голосование и подписывались членами Присутствия.
С момента своего образования Присутствие стало ареной скрытого сопротивления части иерархии, увидевшей в очередной затее светской власти попытку еще большего подчинения церкви бюрократии. Недовольство иерархов усугублялось тем, что учреждение Присутствия фактически перечеркнуло их надежды на восстановление канонического порядка управления церковью. В обстановке всеобщего воодушевления, охватившего русское общество с приходом к власти Александра II, в епископате обсуждалась идея освобождения от засилья чиновничества и обретения патриаршества. Известный церковный писатель А. Н. Муравьев и некоторые архиереи хотели даже использовать для этой цели коронацию в Москве, уговаривали митрополита Филарета обратиться с соответствующей просьбой к царю, чтобы тут же создавать поместный собор. Самого Филарета видели патриархом. Однако митрополит, более реально оценивая происходившее, такого не сделал.
В самом Синоде, а следовательно и в Присутствии, между духовными лицами царила взаимная неприязнь.
К самому инициатору реформы в православной иерархии относились с ненавистью, со временем все более крепнувшей. Она обнаружилась сразу же, как только Валуев предпринял некоторые шаги во исполнение другой части своего плана – либерализации конфессиональной политики. Со своей стороны, Валуев относится к членам Синода с долей презрения: “У господ духовных членов невысокий уровень гражданской способности рассуждать, изображать и узаконить”, - пометил он в дневнике, подводя итоги первых заседаний. А начались они со споров. Исидор и другие члены Синода хотели сразу же приступить к решению давно уже волновавшей проблемы строительства жилья для причтов. Но министр воспротивился и настоял на том, чтобы по вопросам материального обеспечения духовенства разрабатывалась специальная программа, и тут же вызвался лично заняться ею. Присутствие образовало комиссию в составе Евсея, епископа Могилевского, князя Урусова и Валуева. Фактически над программой работал только последний. 10 марта она обсуждалась комиссией и была принята без замечаний, а 20 марта ее утвердило Присутствие. Она намечала в качестве первоочередных шагов: открытие в губерниях местных присутствий из архиерея, губернатора и управляющего палатой государственных имуществ; создание приходских советов; поиск местных средств; использование любой возможной помощи государства, в том числе – долгосрочного займа; привлечение специальных средств Синода для строительства церковных домов на заимообразной основе.
Программа материального обеспечения отразила некоторые иллюзии Валуева и голосовавших за его предложения министров. В ней содержался расчет на церковные деньги, фактически принадлежащие казне и уже растраченные: из Синода поступала справка о финансовом положении церкви, расставившая все по местам. Со своей стороны и министр финансов отказал в кредите, ссылаясь на отсутствие средств.