Положение южан на Севере было очень опасным. 24 мая 1966 года военное правительство Иронси выпустило декрет, упраздняющий федеративную структуру Нигерии. Декрет вызвал резко негативную реакцию в Северной Нигерии. 29 мая 1966 года тысячи выходцев с Востока, проживающих на Севере, были убиты в ходе погромов, начавшихся с ведома местных властей. Правительство Иронси объявило о создании трибунала с целью изучения причин массовых убийств и грабежей на Севере, а также выплаты компенсаций жертвам погромов. Северные эмиры объявили о намерении отделить Северную Нигерию от федерации.
29 июля за четыре дня до начала работы трибунала северяне учинили контрпереворот, в ходе которого Иронси, а также военный губернатор Западной Нигерии майор Адекунле Фаджуи были убиты в городе Ибадан. Новым главой военного режима стал подполковник (впоследствии — генерал-майор) Якубу Дан-Юмма Говон. Основу пехоты составляли северяне, и в войсках началась междоусобица, по всем казармам расправлялись с «восточниками». После этого мятежники поголовно перебили всех игбо, занимавших офицерские должности в генеральном штабе Нигерии. Всего было убито около 400 чиновников игбо. Говон немедленно восстановил федеральную структуру Нигерии в соответствии с требованиями политической элиты Севера.
29 сентября 1966 года погром выходцев с Востока был возобновлен. 30 тысяч восточных нигерийцев, проживающих на Севере, на Западе, в Лагосе были убиты. Всего в погромах 1966 года 40-50 тысяч игбо были убиты и около 2-х миллионов бежали на Восток, после того, как их собственность и дома были разрушены. К 1966 году приблизительно 1 миллион 300 тысяч игбо проживали на Севере, еще 500 тысяч — на Западе. Из Восточной области началось бегство выходцев с Севера.
4. Подготовка к войне
Открытие обширных запасов нефти в дельте реки Нигер на юге страны позволило юго-востоку Нигерии стать экономически самостоятельным. Однако изгнание представилей игбо из власти вызвало опасения, что доходы от добычи нефти будут использоваться несправедливо, в ущерб игбо. До открытия нефти богатство Нигерии состояло из сельскохозяйственной продукции с Юга и полезных ископаемых с Севера. На Севере вплоть до 1965 года были настроения в пользу отделения от Нигерии и сохранения богатства региона для жителей Севера. Эти требования прекратились, когда стало ясно, что нефть на юго-востоке станет главным источником дохода.
После погрома игбо в сентябре 1966 года на Севере в Восточной Нигерии начали расти сепаратистские настроения. Лидеры игбо призвали к возвращению всех игбо на свою историческую родину в Восточную Нигерию.
Военный губернатор Восточной области (с января 1966 года) подполковник Одумегву Оджукву (игбо по национальности) настаивал на конфедеративном устройстве для Нигерии (федеральное правительство должно быть уменьшено до секретариата, чтобы поддерживать экономические отношения между почти полностью отдельными государствами).
9 августа 1966 года на встрече представителей военных губернаторов в Лагосе принято решение, что для восстановления мира и проведения конституционных переговоров необходимо репатриировать все войска к области их происхождения. Это решение не было полностью осуществлено.
12 сентября в Лагосе начала работу Специальная конституционная конференция, состоящая из делегатов, представляющих все области Нигерии, с целью выработки формы сохранения единства Нигерии. Представители Восточной Нигерии бойкотировали конференцию (основное условие Оджукву для участия в ее работе — вывод всех северных войск из Лагоса и прекращение погромов игбо на Севере).
4 и 5 января 1967 года в городе Абури (Гана) прошел саммит военных руководителей Нигерии, на котором различные политические силы Нигерии согласились с концепцией децентрализации и региональной автономизации Нигерии. Говон присутствовал на саммите и даже согласился подписать заключительную версию меморандума о децентрализации. Однако, вернувшись назад в Нигерию, он дезавуировал свои слова.
К началу 1967 года Оджукву принял решение об отделении от нигерийской федерации и образовании собственного независимого государства. В марте 1967 года правительство Восточной области объявило, что все доходы, собранные от имени федерального правительства, будут оставлены на нужды Восточной области. Федеральное правительство отказалось заплатить зарплаты государственным служащим, которые бежали из своих областей занятости. Кроме того, федеральное правительство отказалось заплатить Востоку его установленную законом долю доходов. На Востоке начался захват федерального имущества. В ответ правительство Говона установило морскую блокаду региона.
В мае 1967 года была предпринята последняя попытка мирного урегулирования. Я. Говон предложил отменить экономические санкции против Востока и организовать встречу региональных военных губернаторов при условии, что британские войска гарантируют безопасность встречи. Оджукву отклонил это предложение.
Формальным поводом к провозглашению независимости стал декрет федерального правительства от 27 мая 1967 года, согласно которому, упразднялось деление страны на четыре провинции, а вместо них вводились 12 штатов (Северная область была разделена на шесть штатов, Восточная на три, Западная на два). Новые штаты совпадали с естественными этническими образованиями. Восток был разделен таким образом, что запасы нефти оказались расположены в штатах без большинства игбо. Соответственно отменялись и посты губернаторов.
Реакция Оджукву последовала немедленно. 30 мая Восточная провинция была объявлена суверенной Республикой Биафра (в честь одноименного залива Биафра). Большинство населения провинции, напуганное волной погромов, приветствовало это решение. Так начиналась самая продолжительная и кровавая гражданская война 60-х годов в Африке. По конституции Нигерии Восточная область имела право на выход из федерации, но глава военного режима Я. Говон, не желая терять богатые месторождения нефти, заявил, что вопрос будет решен силой.
6 июня Говон отдал приказ о подавлении мятежа и объявил мобилизацию в северных и западных мусульманских штатах. В Биафре скрытая мобилизация началась еще до провозглашения независимости. Войска с обеих сторон стали подтягиваться к реке Нигер, превратившейся в линию вооруженного противостояния. В начале июня федералы начали блокаду мятежной территории.
5. Военная фаза конфликта
6 июля началась операции «Единорог», которая планировалась как короткая полицейская акция. Командующий правительственной армией полковник (впоследствии — бригадный генерал) Хассан Кацине оптимистично заявил, что с мятежом будет покончено «в течение 48 часов». Однако он недооценил силы повстанцев. Наступавшие сразу натолкнулись на жесткую оборону и бои приняли затяжной, упорный характер. Федеральная армия с севера двумя колоннами вошла на территорию Биафры. 1-я колонна врывалась по оси Огугу — Огунга — Нсукка, 2-я по — оси Гакем — Обуду — Огожа. 12 июля захвачен города Огойя и Гакем, 14 июля город Нсукка.
26 июля десант нигерийцев захватил нефтепромыслы на островке Бонни в 30 километрах от Порт-Харкорта. В результате Биафра лишилась основного источника валютных поступлений. Биафрийцы попытались отбить Бонни, но безуспешно. Порт-Харкорт оказался блокирован федеральными силами. 10 июля биафрийцы нанесли бомбовый удар по аэродрому города Макурди, 26 июля по фрегату «Нигерия», блокировавший с моря Порт-Харкорт, 12 августа ВВС Биафры совершили рейд по позициям правительственных войск вдоль Нигера.
5.1. Северо-западный поход
В попытках облегчить давление с севера, 9 августа мобильная бригада армии Биафры в составе 3000 человек при поддержке артиллерии и бронемашин переправилась на западный берег Нигера, начав так называемый «северо-западный поход».
Сперва наступление развивалось успешно. Биафрийцы вступили на территорию Среднезападной области, практически не встретив организованного сопротивления, так как расквартированные там федеральные войска в значительной степени состояли из выходцев из племени игбо. Некоторые части просто разбежались или перешли на сторону повстанцев. Столица штата город Бенин-Сити сдался без боя спустя всего десять часов после начала операции. Мятежники продвинулись далеко на запад, дойдя до города Оре в 200 километрах от столицы Нигерии Лагоса.
На пике военных успехов радио Биафры заявило о намерениях войти в столицу Нигерии Лагос. Намерение Оджукву вторгнуться на Запад вызвало тревогу у политической элиты йоруба (во главе с освобожденным из заключения О. Аволово) и привело к тому, что йоруба наряду с меньшинствами во всех областях стали настроены против игбо. 21 августа победный марш биафрийцев был остановлен.
Проведя всеобщую мобилизацию в густонаселенном столичном регионе, военное руководство Нигерии получило значительный численный перевес над противником. К началу сентября против одной бригады и нескольких отдельных батальонов повстанцев на западном фронте действовали уже две дивизии правительственных войск. Получив колоссальный перевес в живой силе и вооружении (здесь помогли СССР и Великобритания), армия Нигерии перешла в контрнаступление и оттеснила врага к городу Бенин-Сити.
В этой обстановке военный администратор Биафры Альберт Оконво 19 сентября провозгласил независимость «Республики Бенин». 22 сентября город был взят штурмом, после чего биафрийцы поспешно отступили на восточный берег Нигера. «Северо-западный поход» закончился на том же рубеже, где и начинался. В конце сентября 1967 года большая часть Среднезападной области была очищена от сепаратистов. Пытаясь склонить чашу весов на свою сторону, повстанцы в сентябре начали регулярные воздушные налеты на столицу Нигерии.