7 августа 1894 года В. Э. Грабарь отказался от австро-венгерского подданства и стал официально считаться подданным Российской империи.
24 марта 1901 года он был удостоен магистерской степени за диссертацию «Римское право в истории международно-правовых учений: элементы международного права в трудах легистов XII—XIV вв.» 19 июля того же года его назначили на должность экстраординарного профессора Юрьевского университета по кафедре международного права.
30 декабря 1906 года он стал ординарным профессором.
В 1907—1908 и 1915—1916 годах профессор В. Э. Грабарь являлся деканом юридического факультета Юрьевского университета. С 1910 года по 1915 годы он одновременно занимал должность директора университетской библиотеки. В 1913—1914 годах его дважды избирали председателем профессорского дисциплинарного суда в Юрьевском университете, что является явным свидетельством того большого авторитета, которым он пользовался в среде преподавателей и студентов.
Желание Грабаря изучить историю международного права несколько раз приводило его в Англию и другие западноевропейские страны. Архивные документы показывают что он работал в Лондоне в течение лета 1896 года. Грабарь работал в библиотеке Британского музея, бывал в Оксфорде и Кембридже.
В период с 26 по 29 июля 1911 года В. Э. Грабарь посещал заседания Первого Всемирного Расового конгресса, проходившего в Лондонском университете. Большую часть 1913 года он провёл в путешествиях по Италии, Германии,Англии,Бельгии,Франции и Кавказу.
После начала первой мировой войны профессору Грабарю была предложена кафедра международного права на Петроградских высших Женских курсах. Несмотря на то, что принятие этого предложения позволяло Грабарю переехать в столицу, он отказался от него. Дело в том, что накануне Владимир Эммануилович принял предложение барона Б. Э. Нольде занять должность советника по правовым вопросам при Верховном Главнокомандующем России и Министр народного просвещения барон М. А. Таубе освободил его от обязанностей университетского профессора.
2 августа 1914 года В. Э. Грабарь был откомандирован на должность советника по правовым вопросам дипломатической канцелярии при Верховном Главнокомандующем. Пребывал он в этой должнотси до 7 мая 1915 года. Будучи объективным в своих мнениях относительно нарушений законов войны, Грабарь усматривал данные нарушения в действиях как германских, так и русских войск. Такая позиция Грабаря привела в конце концов к его отставке по инициативе Министра иностранных дел С. Д. Сазонова. Официальным поводом к отставке стала «болезнь» Грабаря.
Газета «Рижский вестник» сообщала 18 мая 1916 года о существенном улучшении здоровья В. Э. Грабаря и об ожидавшемся возвращении его к преподавательским обязанностям в Юрьевском университете в следующем семестре.
1.9. На службе у Временного правительства России
С переходом государственной власти в России в 1917 году в руки Временного правительства, В. Э. Грабарь был назначен на должность попечителя Рижского учебного округа. В решении Временного правительства, принятом 18 марта 1917 года, говорилось: назначить «исправляющего должность ординарного профессора Юрьевского университета, магистра международного права Владимира Эммануиловича Грабаря попечителем Рижского учебного корпуса, с оставлением его исполняющим обязанности ординарного профессора названного университета». Дневник Грабаря в записях за период правления Временного правительства отразил его заботы, связанные с его пребыванием на посту попечителя Рижского учебного округа. Они касались, во-первых, перечня предметов, которые должны были преподаваться в учебных заведениях, во-вторых, нарушений нормального хода учебного процесса в них, в-третьих, национального вопроса и языков, на которых должно было вестись преподавание. Последнее он характеризовал в качестве вопроса «огромной сложности».
Попытки Грабаря реорганизовать систему образования во вверенном ему учебном округе привели его в октябре 1917 года к конфликту с Эстонской земской администрацией, но захват власти большевиками в конце октября указанного года положил конец данному конфликту.
9 ноября 1917 года Исполнительный комитет Юрьевского Совета рабочих и солдатских депутатов потребовал от руководства Рижским учебным корпусом освободить помещения и передал его документацию советским властям. 11 декабря 1917 года Грабарь был уволен с должности попечителя Рижского учебного округа. Владимир Эммануилович отказался сдать дела, сославшись на то, что только центральные власти могут отстранить его от этой должности. 3 января 1918 года В. Э. Грабарь был официально отстранён от руководства Рижским учебным округом распоряжением Комиссара народного просвещения А. В. Луначарского. Данным распоряжением была определена также судьба документов и имущества Рижского учебного округа. В. Э. Грабарь протестовал против оккупации Юрьева германскими войсками, считая её противоречащей нормам международного права. После того, как 11 марта 1918 года немецкое командование приостановило деятельность всех российских судов, Грабарь вновь выступил с протестом, указывая, что согласно мирному договору германские власти должны были действовать только в целях восстановления порядка. В соответствии с Гаагской конвенцией 1907 года, писал он, российское законодательство должно было сохранить при этом свою силу, поскольку территория не отходила к Германии. И даже если будет создано новое государство под протекторатом Германии не может быть никаких оснований закрывать российские суды без согласия Российского правительства. Во всяком случае, новые суды могут быть сформированы только новым правительством, не местными военными властями. «Я рассматриваю все эти действия,-заявлял Грабарь,- как нарушение международного права».
Этот свой протест Грабарь послал в штаб Восьмой германской армии для передачи в германскую имперскую канцелярию. Копия его была направлена им Российскому правительству и испанскому консулу. Все подобные заявления о нарушениях немцами законов войны, составленные Грабарём от имени Совета Юрьевского университета, оказались, конечно же бесполезными.
1.10. В РСФСР
В июле 1918 года В. Э. Грабарь покинул Юрьев и отправился в РСФСР. В его жизни и карьере начался новый этап.
В формулярном списке В. Э. Грабаря было записано, что он имеет православное вероисповедание; является по рангу действительным статским советником, награждён: орденами Святого Станислава третьей степени (в 1896 году), Святой Анны третьей степени (в 1904 году), Святого Станислава второй степени (в 1908 году), серебряными медалями в память Александра III и в честь 300-й годовщины династии Романовых; его годовое жалованье составляет 6000 рублей.
1.11. Мария Евгеньевна Грабарь-Пассек
23 апреля 1917 года, в возрасте пятидесяти двух лет, Владимир Эммануилович женился на Марии Евгеньевне Пассек (1893—1975), дочери своего близкого друга и наставника по Юрьевскому университету. Мария Евгеньевна Грабарь-Пассек стала впоследствии известным учёным-филологом, специалистом по античной литературе. Наиболее известной её работой является книга «Античные сюжеты и формы в западноевропейской литературе» (1966). Кроме того, она была одним из авторов крупного коллективного труда «История греческой литературы» (1946—1960).
Штат преподавателей и сотрудников Юрьевского университета был эвакуирован специальным поездом, организованным советским правительством, в Воронеж и составил ядро учреждённого Воронежского государственного университета. Грабарь присоединился к отъезжавшим в Воронеж после того, как германскими властями была сожжена его только что напечатанная книга «De legatorum jure» и уничтожена завершённая им докторская диссертация «Наука международного права в Англии до реформации». Рукопись диссертации успела, однако, произвести апечатление на специалистов, и 10 июня 1918 года Совет Петроградского университета присвоил Грабарю степень почётного доктора международного права. Книга по истории Тартусского университета, вышедшая в свет в Эстонии в 1985 году, сообщает, что Грабарь в действительности защитил свою диссертацию в 1918 году в Воронеже.
Друзья Грабаря, ставшие инициаторами присвоения ему степени почётного доктора, и среди них М. Я. Пергамент, надеялись, что эта степень станет признанием высокого качества его блестящей диссертации, завершённой, но трагически утраченной, и облегчит избрание Грабаря на кафедру международного права в Московском университете.
Однако осуществлённая советским правительством реформа высших учебных заведений, одним из мероприятий которой стало закрытие в университетах юридических факультетов, лишила Грабаря перспективы назначения на профессорскую должность в Московский университет.
1.12. Воронежский университет
Осенью 1918 года Грабарь приступил к работе в Воронежском университете. Однако болезнь, природа которой так и не была точно установлена, заставила его отправиться в 1919 году на юг. Годы с 1919 по 1921 Владимир Эммануилович провёл вместе с женой и матерью в Адлере, на побережье Чёрного моря, работая в качестве учителя школы рабочей молодёжи, а после её закрытия на должности директора местной больницы.
25 мая 1921 года руководство Воронежского университета издало распоряжение, обязывавшее Грабаря возвратиться в Воронеж для работы в должности профессора, но почта в то время не работала, и до Грабаря данное распоряжение не дошло.
1.13. Эксперт