Сразу же после избрания Никон порвал со своими бывшими товарищами. Аввакум с горечью сетовал: «Егда поставили патриархом, так друзей не стал и в крестовую пускать».
Не прошло и полугода, как новый патриарх решил реформировать русскую православную церковь и все церковные обряды устроить по греческому образцу; он также потребовал пересмотреть старые богослужебные тексты – служебники, уставы, псалтыри, евангелия, другие книги – и внести в низ изменения, если они в чем- то расходились с греческими текстами, и отдал распоряжение о замене двуперстного крестного знамения на троеперстное и о сокращении земных поклонов при чтении покаянной молитвы Ефрема Сирина. Все это вызвало активное неприятие со стороны огромной части народа и духовенства, не пожелавших в одночасье принять эти новшества и отказаться от многовековых русских традиций. Аввакум, Иван Неронов, муромский протопоп Логгин, Даниил Костромской, Степан Вонифатьев, епископ Павел Коломенский, Даниил Темниковский, Лазарь Романово-Борисоглебский и другие ревнители благочестия резко выступили против нововведений. Они подали царю рукописное опровержение, в котором предписание патриарха было названо ересью, но не получили поддержки Алексея Михайловича. Началась упорная борьба. Протопоп Иоанн Неронов, приглашенный на собор в крестовой палате, укорял Никона: «Доселе ты друг наш был – на нас восстал. Некоторых ты разорил и на их места поставил иных, и от них ничего доброго не слыхать. Других ты обвинил за то, что они людей мучат, а сам беспрестанно мучишь». Собор определил послать протопопа Неронова на смирение в Каменский монастырь, как писал сам Неронов, «под крепкое начало, а в грамоте о мне ко властям было писано: за великое бесчиние велено в черных службах ходить».
Вместо Неронова на защиту старой веры встал Аввакум.После чего ему запретили произносить поучения в Казанском соборе и перевели в церковь Аверкия в Замоскворечье. Аввакум и там продолжал вести службу по традиционному обряду и призывал своих прихожан не подчиняться новым правилам. После этого ему вообще запретили совершать богослужения. Собрав своих приверженцев, Аввакум стал проводить богослужения на сеновале в конюшне дома Неронова. Это было нарушение всех церковных правил, и действия непокорности протопопа были расценены как вызов властям, хотя сам священник говорил своим прихожанам: «Бывают времена, когда и конюшня иной церкви лучше». Но власти считали по-другому. 13 августа 1653 г., как сообщал в письме Неронову священник Данилов, протопоп «чел поучения на паперти... лишние слова говорил, что и не подобает говорить». Отряд стрельцов схватил протопопа и шестьдесят человек его прихожан во время всенощной. Аввакума привезли на патриарший двор и посадили на цепь. Вскоре были взяты под стражу и другие противники Никона. Муромский протопоп Логгин, самолично расстриженный патриархом в Успенском соборе, плюнул Никону в глаза. Аввакуму тоже была назначена участь расстриги, и он уже был привезен в собор для совершения обряда лишения духовного сана, но царь Алексей Михайлович упросил патриарха помиловать протопопа. Вместо расстрижения Аввакум «за ево многие безчинства» по указу Никона был сослан в «Сибирский город на Лену» в «Якутский острог»
Сибирская ссылка
Началась одиннадцатилетняя сибирская ссылка церковного мятежника. Аввакума и его жену, еще не оправившуюся после родов сына, бросили в телегу и повезли в Тобольск. Сибирский архиепископ Симеон, зная Аввакума как ревнителя православия, поставил его протопопом Воскресенского собора. Но и там «великие беды» продолжали преследовать протопопа. Вскоре из Москвы пришли вести, что от моровой язвы умерли два родных брата Аввакума и почти все его родственники. Эпидемию и тяжелую войну с Польшей протопоп, как и другие раскольники, прямо связали с никоновской ересью: «Говорил тогда и сказывал Неронов царю три пагубы за церковный раскол: мор, меч, разделение; то и сбылось во дни наша ныне». Без сомнения Аввакум и в Тобольске продолжал проповедовать старую веру, иначе невозможно объяснить поток, поступивших на него доносов – «в полтора годы пять слов государевых сказывали на меня», то есть пять раз его обвиняли в государственной измене, начиная доносы страшным изречением «Слово и дело государево». В результате пришел указ сослать непокорного протопопа в Даурскую землю
В 1656 году Аввакум отправился на новое место «белым попом» в отряде Афанасия Пашкова, назначенного воеводой в Дауры. «О, горе стало! – восклицал протопоп. – Горы высокия, дебри непроходимыя, утес каменной, яко стена стоит, и поглядеть – заломя голову!» В своем «Житие» Аввакум оставил красочное описание подневольного путешествия по Енисею, Шилке, Тунгуске, «морю Байкальскому». Тысячи верст прошел он по тайге, по горным тропам, по крутым берегам наравне с казаками, таща на бечеве лодки - «дощенники» против стремительного речного течения, страдал от холода и голода. Поход по неизведанным местам был для него вдвойне тяжелым, потому что воевода Пашков, человек крутого нрава – «яко дивий зверь», имел предписание не жалеть церковного отступника и по его приказу протопопу дали более семидесяти ударов кнутом. После беспощадной воеводской расправы Аввакум, лежа окровавленный на дне лодки, возроптал на Бога и тут же ужаснулся и обругал себя последними словами за подобную дерзость: «фарисей с говенною рожею, – со владыкою судитца захотел!…Как дощенник-от в воду ту не погряз со мною?» А даурские казаки и служилые люди по наущению воеводы отправили в Москву челобитную, прося учинить над «вором, завотчиком и ссорщиком» Аввакумом смертную казнь «по Уложенной соборной книге», дабы «службе от такова вора и завотчика какое дурно не встречалось».
В Аввакуме все более и более крепло убеждение, что Бог испытывает его, что ему, как первым мученикам, предназначено пострадать за истинную веру. «Любил, протопоп, со славными знатца, люби же и терпеть, горемыка, до конца», – говаривал Аввакум. Семья протопопа несла все тяготы ссылки, от лишений умерли двое малых сыновей, остальным приходилось босыми ногами скитаться по острым каменьям, выпрашивать подаяния, а во время голода питаться вместе с отцом травой, кореньями, не брезговать падалью. Как-то во время очередного тяжелого перехода протопопица окончательно выбилась из сил и упала в снег. «Я пришел, – на меня, бедная, пеняет, говоря: «долго ли муки сея, протопоп, будет?» И я говорю: «Марковна, до самыя смерти!» Она же, вздохня, отвещала: «добро, Петровичь, ино еще побредем».
Неистовый пророк
В начале 60-х годов ситуация по отношению к опальным старообрядцам ненадолго изменилась: властолюбивый Никон сам оказался в опале, и возмужавший царь попытался привлечь к себе тех, кого в 50-е годы преследовал вместе с Никоном. Пробыв в ссылке 10 лет и 8 месяцев, он получил разрешение вернуться в Москву. К тому времени разногласия, уже давно появившиеся между царем и патриархом Никоном, достигли своего предела. Никон отказался от патриаршества и удалился в Воскресенский монастырь. Очевидно, тогда царь и вспомнил о противнике Никона, протопопе Аввакуме, и велел его вернуть в Москву.
К своей верной супруге обратился за советом протопоп, когда перед ним встал нравственный выбор. Кончилась сибирская ссылка. Попал в опалу Никон, уже отрекся он от патриаршего престола, а из Москвы пришел царский указ возвратиться. Протопопа терзали сомнения. Не было Никона, но остались никонианские нововведения, против которых он восстал с такой яростью. А с другой стороны, можно было, пользуясь падением главного врага, получить полное прощение, наконец-то дать семье спокойную жизнь и достаток. Видя его печаль, протопопица приступила к мужу с расспросами. Аввакум вопросил: «жена, что сотворю? зима еретическая на дворе; говорить ли мне или молчать? – связали вы меня!» и, услышав в ответ: «Аз тя и с детьми благословляю: дерзай проповедати слово божие по-прежнему, а о нас не тужи…Поди, поди в церковь, Петровичь, – обличай блудню еретическую!», поклонился жене земным поклоном.
На этот раз Москва его встретили как мученика, пострадавшего за свои убеждения: «Государь меня тотчас к руке поставить велел и слова милостивые говорил: «здорово ли-де, протопоп, живешь? еще-де видатца бог велел!» И я сопротив руку ево поцеловал и пожал, а сам говорю: жив господь, и жива душа моя, царь-государь; а впредь что изволит бог!» Он же, миленькой, вздохнул, да и пошел, куды надобе ему». На бывшего ссыльного, чьи дети совсем недавно побирались Христовым именем, посыпались щедрые дары. Царь пожаловал ему десять рублей, царица еще десять, а «дружище наше старое» боярин Федор Стрешнев, «тот и шестьдесят рублев казначею своему велел в шапку мне сунуть; а про иных и нечева и сказывать: всяк тащит да несет всячиною». Аввакуму наперебой предлагали завидные должности: «Давали мне место, где бы я захотел, и в духовники звали, чтоб я с ними соединился в вере». Он стал желанным гостем в домах московской знати и мог свободно проповедовать то, что считает нужным. Царь Алексей Михайлович, приказал поселить его в Кремле, на подворье Новодевичьего монастыря. «В походы, — рассказывает Аввакум, — мимо двора моего ходя, кланялся часто со мною низенько-таки, а сам говорит: благослови де меня и помолися о мне! И шапку в ину пору мурманку, снимаючи с головы, уронил, едучи верхом! А из кареты высунется бывало ко мне». Но не таким человеком был Аввакум, чтобы поступиться своей душой за сытую жизнь. Полгода он только и прожил в относительном покое, а потом подал Алексею Михайловичу обширную грамоту, требуя восстановить старую веру. Пути Аввакума и его покровителей были разные: они боролись лично против Никона — Аввакум шел против Никонова дела, его церковных преобразований, с которыми бояре убеждали его примириться. Для Аввакума компромисс был невозможен; колебание его могло быть только минутным. Во всех действиях раскольнической общины он принимает в это время самое энергичное участие: он стоит во главе ее, как один из самых смелых и талантливых борцов за правую, старую веру, как популярный проповедник, вполне понятный народу по своему языку, необыкновенно образному и реалистичному. До его ссылки вождем протеста был Неронов, но он ослабел, боясь быть под клятвою вселенских патриархов. Хотя старообрядцы и любили Неронова, авторитет его среди них был уже подорван. Кроме Аввакума, не было никого, кто мог бы занять место Неронова. Это время может считаться самой горячей порой деятельности Аввакума. Пользуясь большой свободой, он действовал и словом, и писаниями: где можно, он вступает в споры с «никонианами», пишет против них обличительные послания, подает царю челобитные об отмене «еретических» новшеств. Царь и бояре сильно смущались «огнепальной» ревностью Аввакума «Не любо им стало, — замечает Аввакум, — как опять я стал говорить. Любо им, как молчу, да мне так не сошлось». Высшие духовные власти, видя сильный успех пропаганды Аввакума, решили принять меры против него и просили государя о его высылке, так как он «церкви запустошил». Аввакум был снова посажен на цепь, а потом над ним свершили то, что должны были свершить двенадцать лет назад – расстригли в соборной церкви: «потом и проклинали; а я их проклинал сопротив; зело было мятежно в обедню ту тут». В августе 1664 г. Аввакум был отправлен в новую ссылку. Он опять был сослан с семьей, на этот раз на север (по указу царя в Пустозерский острог, близ устья р. Печоры, до которого его семье не успели довезти, задержав в печорском городке Мезени), но и здесь он продолжал свою противониконианскую пропаганду.