Перед советским руководством встал острый и неотложный вопрос определения своей религиозной политики на новых территориях. Решение его проходило в свете необходимости ассимилировать и политически нейтрализовать миллионы новых, в основном православных граждан. Правительство сознавало, что этого невозможно достигнуть открытой антицерковной кампанией. Обычно советские пограничные зоны контролировались особенно тщательно — церкви там закрывались полностью. Но ликвидировать тысячи приходов и десятки монастырей западных областей в обозримые сроки являлось невозможным. От обычной политики пришлось отказаться. Возникновение массового недовольства населения в результате гонений на Церковь при наличии германской армии по другую сторону границы представлялось слишком рискованным. Кроме того, был учтен и благоприятный для СССР факт дискриминации польскими властями Православной Церкви. Перед самым началом II Мировой войны они закрыли сотни храмов на том основании, что царское правительство в XIX веке возвратило их из унии в православие. В подобных условиях правительству СССР было особенно трудно начать сразу массовые гонения на Церковь и ликвидировать еще не закрытые поляками храмы.
Документы конца 1939 г. свидетельствуют о признании советским руководством факта гораздо более сильного влияния церкви в западных областях, чем на остальной территории СССР и его намерении проводить более осмотрительную религиозную политику1. Она заключалась в использовании хорошо контролируемой Московской Патриархии — подчинении ей православных иерархов и приходов. При этом учитывались национальные чувства западных украинцев и белорусов, воссоединившихся с восточными, русских, живших в Прибалтике, православных молдаван, эстонцев, латышей и карелов, близких к русским по своей культуре. Подобная практика стала первым примером использования Московской Патриархии для распространения советского влияния на вновь приобретенные или попавшие под контроль территории. Он оказался успешным и получил широкое распространение после окончания II Мировой войны.
Весной 1940 г. патриархия приступила к «устройству церковных дел» во вновь присоединенных областях. Ей предстояло передать местным священнослужителям свой богатый опыт церковной деятельности в условиях атеистического государства. Важность поставленной правительством задачи подчеркивает тот факт, что в западные области были посланы двое из четверых уцелевших правящих архиереев — архиепископы Николай (Ярушевич) и Сергий (Воскресенский), причем владыка Николай согласился только под сильнейшим давлением. Его назначили временным экзархом Западной Украины и Белоруссии. Владыка же Сергий в январе 1941 г. стал митрополитом Литовским и Виленским, а в марте экзархом Латвии и Эстонии. Кроме того, на Кишиневскую кафедру был назначен епископ Алексий (Сергеев) и несмотря на наличие 15 местных архиереев в Москве провели хиротонии 4 новых епископов для западных областей. В важнейший монастырь — Свято-Успенскую Почаевскую лавру на Волыни из РСФСР прислали в качестве наместника архимандрита Панкратия и архимандрита Нектария — его помощником. Уже весной 1941 г. состоялись хиротонии во епископа Черновицкого Дамаскина (Малюты) и во епископа Пинского Вениамина (Новицкого)1.
Действовать всем им пришлось в сложных условиях. Местное население первоначально считало архиереев из Москвы чуть ли не «агентами ЧК». Кроме того, несмотря на осторожную политику, в присоединенных областях намечалось все же постепенное приведение религиозной жизни в соответствие с советским законодательством. Соответственно на бывшей польской территории уже 29 октября 1939 г. было объявлено о национализации церковной собственности. Оказались закрыты все духовные учебные заведения, в школах прекратили преподавание Закона Божия, духовенство по примеру СССР обложили высокими налогами, ликвидировались религиозные партии и церковные общественные объединения, закрывались церковные типографии, часть монастырей и отдельные храмы. Был даже случай взрыва собора в Пинске. Во многих обителях сокращали число монашествующих. Так, в Почаевской лавре оно уменьшилось с 300 до 80.2
Хотя воссоединение духовенства западных областей с Московской патриархией проходило в подавляющем большинстве случаев добровольно и здесь не обошлось без административного вмешательства советских властей. Тех священнослужителей, которые пытались отстоять принципы автокефалии (самостоятельного управления) депортировали в Сибирь. Из 15 архиереев практически все согласились с переходом в Московскую патриархию, большинство ездило для воссоединения в столицу. Однако архиепископ Алексий (Громадский) и епископ Иоанн (Булин) все же подвергались арестам, а архиепископ Александр (Иноземцев) был вынужден уйти на покой. В качестве оправдания этих или иных подобных мер в печати заявлялось, что среди духовенства и церковного актива особенно много тех, кто борется с советской властью и выступает за возвращение старых порядков1.
На присоединенных территориях оказалось большое количество советских военнослужащих, членов их семей и многие из них активно включились в религиозную жизнь. Даже коммунисты и работники НКВД крестили своих детей, иногда родственники военных специально для этой цели привозили мальчиков и девочек из РСФСР. На службах в храме всегда присутствовало много советских офицеров и солдат, причем одного из них, наиболее активно и регулярно посещавшего богослужения, арестовали прямо у дверей собора2.
Как только пик репрессий спал, активизировалась деятельность Церкви и на остальной территории СССР. Уже перепись 1937 г. показала преобладание верующих среди населения страны. В дальнейшем их доля еще больше выросла. Террор 1937-1938 гг. породил у значительной части граждан СССР страх перед неясным будущим, за близких, за свою судьбу и лишь усилил религиозные настроения. Постепенно в ЦК ВКП(б) стало скапливаться все больше докладных о тревожной ситуации на «церковном фронте». Реакция на такие «сигналы» последовала быстро. Уже в 1940 г. государственная религиозная политика вновь начинает постепенно ужесточаться. Весной на страницах антирелигиозной прессы опять появились критические материалы о бездеятельности комсомола на «безбожном фронте» и 15 июля было принято единственное за все 1940-е гг. постановление ЦК ВЛКСМ об усилении борьбы с религиозностью: «О состоянии антирелигиозной пропаганды в Бухарской комсомольской организации». Оно оказалось «сконструированным» в духе документов СВБ: прямолинейным, ультимативно-приказным, «ругательным»1. 27 февраля 1940 г. Наркомпрос РСФСР издал приказ о постановке антирелигиозной пропаганды в школе, а с 1941/42 учебного года в высших учебных заведениях СССР предполагалось ввести преподавание курса по истории религии и атеизма в объеме 60 часов2.
Постепенно вновь усиливаются репрессии священнослужителей. По подсчетам ученых Свято-Тихоновского Богословского института и материалам комиссии Московской Патриархии по реабилитации, если в 1939 г. произошло резкое падение этих репрессий, то в 1940 г. начинается их очередной подъем, прерванный лишь нападением Германии на СССР. В прессе снова появляются обвинения священников в шпионаже, например, статья «Религия на службе японского империализма» в журнале «Под знаменем марксизма»3.
Количество храмов и священнослужителей уцелевших к началу войны являлось для такой страны как СССР просто мизерным. И тех и других оставалось на основной территории менее 5 процентов от уровня конца 1920-х гг. В РСФСР в 25 областях не имелось ни одной действующей православной церкви, в 20 — от одной до пяти. На Украине - в Винницкой, Кировоградской, Донецкой, Николаевской, Сумской, Хмельницкой областях были закрыты все храмы. По одному действовало в Ворошиловградской, Полтавской, Харьковской областях4.
Накануне Великой Отечественной войны казалось, что ВКП(б) близка к достижению провозглашенной цели в области религиозных отношений. «Бесцерковные» и «безбожные» деревни, поселки, города, районы и целые области насчитывались десятками и сотнями. Официальные средства массовой информации и антирелигиозная литература свидетельствовали о «поддержке трудящимися массами» курса церковной политики государства, как наиболее полно обеспечивающего свободу совести. Но это была иллюзия. Уже через несколько месяцев ситуация кардинальным образом изменилась — началось бурное «религиозное возрождение».
Таким образом, в 1939 г. произошло изменение курса государственной религиозной политики, закончился десятилетний период открытого активного наступления на Церковь. Причины этой перемены были, как внутренними, так и международными: репрессивные акции не помогли снизить высокую религиозность населения СССР; росло количество тайных богослужений; массовое недовольство людей закрытием храмов; надвигавшаяся война требовала большего национального единства вместо атмосферы внутригражданской борьбы, провоцируемой постоянными нападками на верующих; заинтересованность в использовании Московской Патриархии для распространения советского влияния на миллионы православных жителей присоединенных к СССР в 1939-1940 гг. областей и республик. Положение Церкви временно улучшилось, патриархия получила возможность совершать архиерейские хиротонии, замещать пустующие кафедры и т.д. Но и в 1939-1941 гг. по-прежнему приоритетной задачей в религиозной политике государства оставалось скорейшее построение безрелигиозного общества. Обеспокоенное активизацией церковной жизни, уже к середине 1940 г. правительство вновь начинает ужесточение ее курса. Продолжается закрытие храмов, снова растет число арестов священников, в последний раз оживляется деятельность СВБ и т.п.