Когда Роджер и Изабелла взяли власть в Англии в свои руки, шотландцы пожелали выполенния их части договора, и весной 1327 года они начали собирать армию у границ. Поэтому, несмотря на соглашение, Роджер вынужден был уступить Ланкастеру и начать также собирать армию, чтобы противостоять шотландской угрозе. Но Веадейльская кампания в 1327 году прошла безуспешно главным образом потому, что не ставилась цель достижения чего-либо. В октябре 1327 года начались переговоры с Робертом Брюсом, и зимой 1328 года в Йорке был подписан мирный договор. Тогда же - 30 января - в Йорке была сыграна свадьба между Эдуардом III и Филиппой Геннегау, чем Роджер и Изабелла выполнили свою договорённость с Вильгельмом Добрым. Парламент, созванный в Йорке 7 февраля, был занят мыслями о перемирии с Шотландией, в то время как Ланкастеры громко возмущались предложенным мирным договором. Но Парламент, собравшийся позднее в Нортхемптоне, формально ратифицировал мирный договор 8 мая 1328 года, главным образом по настоянию Мортимера. Нортхемптонский мирный договор признавал Роберта Брюса королём Шотландии, его сын Давид должен был жениться на Джоан, сестре Эдуарда III, и все английские претензии на шотландские земли отменялись. Генри Ланкастер назвал этот договор «похорным миром» и обвинил Изабеллу и Роджера в предательстве и коварстве.
Восстание Генри Ланкастера
Одним из преимуществ позиции Роджера была та лёгкость, с которой сейчас стало возможно найти хороших мужей своим многим дочерям. 31 мая 1328 года в замке Лудлоу праздновалась двойная свадьба его дочерей на Джеймсе Одли и Томасе Бошане, графе Уорвике. После этого Роджер и Изабелла отправились вдвоём в Бервик для того, чтобы доставить юную Джоан шотланцам во исполнение своих обязательств. Но в то время как правители Англии занимались сватовством, Генри Ланкастер решил, что они предали страну своим союзом с шотландцами и тем, что не предоставили ему главную роль в Парламенте, как того требовал его статус. Кроме того, у него была масса претензий к новому режиму, в том числе к быстрому обогащению Изабеллы и внезапной смерти бывшего короля Эдуарда II. В сентябре 1328 года Генри попытался захватить Эдуарда III, а когда она провалилась – отклонил своё участие в сборах парламента в Солсбери в октябре. Главной задачей сбора Парламента в Солсбери было как раз примирение Генри и Роджера – таким образом результат не был достигнут, но Парламент вынужден был работать, и 31 октября утвердил назначение Эдуардом III его младшего брата Джона, лорда Этхема, графом Корнуолла, Джеймсу Батлеру пожаловали титул графа Ормонда, а Роджер Мортимер стал графом Марч.
Присвоение Роджером графского титула раздражало многих, потому что выбор указания для этого титула – Марч – указывал на Валлийскую Марку и раскрывал амбиции Роджера по достижению должности, авторитетной над всем Уэльсом. По иронии судьбы – младший Хью Диспенсер ранее старался достичь того же. Эти амбиции вызвали очередное выступление оппозиции, и в декабре 1328 года Генри Ланкастер вместе с дядями короля – графами Норфолка и Кента – издали совместное заявление, осуждающее Эдуарда III за нарушение своей коронационнй клятвы, в частности в молчаливом согласии на убийство своего отца. В результате этого, 29 декабря 1328 года Роджер Мортимер обьявил войну герцогу Ланкастеру и дал ему время до 7 января для сдачи в плен, а тем временем направился в Лейчестершир с армией и принялся систематически опустошать все поместья Генри Ланкастера. Генри созвал сборы в Бедфорде для оказания сопротивления Мортимеру, но Томас и Эдмунд не явились на них. Брошенный своими союзниками, как и его брат Томас в 1322 году, Генри решил сдаться на милось если не короля, то Роджера Мортимера. На сей раз Мортимер был более милостив, чем его предшественники, и Генри отделался штрафом в 11 тысяч фунтов стерлингов. Другие главные сторонники Ланкастеров, такие как Томас Уэйк, также были оштрафованы за своё участие в этом мини-востании, но с другой стороны, это было небольшое наказание, и казалось, что жизнь в Англии нормализовалась.
Турнир Круглого Стола и падение графа Кента
Летом 1329 года роджер устроил другую двойную свадьбу – его дочери выходили замуж за Лоренса де Гастингса, графа Пембрука, и сына графа Норфолка, связав этим семью Мортимеров с королевской династией. Для празднования этого в августе 1329 года в замке Уигмор был устроен величественный турнир Круглого Стола. Королевская сокровищница была опустошена для этого экстравагантного и шикарного мероприятия, где Роджер Мортимер появлялся в роли короля Артура. Это было весьма символично, и при дворе начали шептаться, что Роджер претендует на королевскиую корону, а вскоре появились и более явные свидетельства амбиций нового графа Марч.
Эдмунд, лорд Вудсток, граф Кент, был убеждён, что его брат (бывший король Эдуард II) до сих пор жив и находится в замке Корф. Он несколько раз пробовал получить доступ в замок и связался с двумя людьми – Бодо де Байо и Джоном Деверилом – которые согласились передать его письмо бывшему королю. Жена Эдмунда Маргарет написала письмо, в котором он излагал планы освободить короля и восстановить его на троне. Но к несчастью для Эдмунда эти двое были агентами Роджера Мортимера, и письмо было передано ему. Когда граф Кент прибыл на заседание Парламента в Винчестер в марте 1330 года, его арестовали и обвинили в государственной измене и попытке свергнуть законного короля Эдуарда III. Для многих было шоком, что на сей раз Роджер Мортимер настаивал на том, чтобы к Эдмунду не было проявлено ни капли снисходительности и, несмотря на королевскую кровь, он был казнён 19 марта 1330 года. Но перед своей смертью Эдмунд написал признание, где указал более 40 имён заговорщиков, включая архиепископа Йорка и епископа Лондона. Понятное дело, что большинство из них покинули Англию, спасая свою жизнь, а их собственность была экспроприирована. Эти земли были разделены между Роджером и его ближайшими сторонниками, готовыми теперь к выступлениям оппозиции. В июне 1330 года восстание, планируемое Ричардом Фитцаланом, графом Арунделя, было пресечено и сам граф арестован, и появились признаки того, что изгнанные из Англии планируют ещё одно восстание. Генри Ланкастер, утративший свои стремления, не смог бы стать лидером оппозиции, но всё равно угроза был достаточно сильной. Несмотря на это, власть Роджера и Изабеллы летом 1330 года не пошатнулась.
Октябрьский удар
Смерть Эдмунда, лорда Вудстока, продемонстрировала, что никто не может безнаказанно обманывать Роджера и Изабеллу, чьё правление сейчас угрожало тиранией и диктатурой, как и их предшественник Эдуард II. И ясное дело, что Эдуард III, которому сейчас было почти 18 лет, строил планы избавления от влияния своей матери и её любовника. Он нанял некоего Уильяма Монтегю как тайного агента для связи с Папской курией, и постепенно заменял людей Мортимера на государственных постах своими, как только предоставлялась возможность. Возможно, что ему пришла мысль что, так как Роджер и Изабелла уже казнили его отца и дядю, то он будет следующим. В любом случае, Уильям Монтегю теперь подстрекал короля к действиям своим знаменитым советом: «Лучше съесть собаку, чем быть съеденным собакой».
Парламент был созван для собрания в Нортхэмптоне в октябре 1330 года, и королевская свита, включая Роджера и Изабеллу, остановилась в замке Нортхэмптона. Это было мето, избранное для удара, и Уильям Монтегю свёл знакомство с неким Уильямом Эландом, который показал ему секретный проход в замок. И вот, 19 октября 1330 года, юный Эдуард сказался больным для того, чтобы иметь возможность отсутствовать, и тем временем отправился разведать секретный проход в замок. Две дюжины мужчин под командованием Уильяма Монтегю двинулись за ним в замок. Завязалась краткая схватка между ними и охраной Мортимера, Хью Теплингтон и Ричард Монмут были убиты, но Роджер Мортимер был схвачен и посажен в тюрьму.
Несмотря на желание Эдуарда повесить Роджера здесь и сейчас, Генри Ланкастер убедил его сделать некое подобие судебного процесса. Роджера перевезли из Нортхэмптона в Тауэр, где 20 октября Эдуард III издал обращение, в котором говорилось, что отныне он берёт власть в Англии в свои руки. Парламент перенёс свою работу из Нортхемптона в Вестминстер, где он собрался в следующем месяце для рассмотрения судебного разбирательства над Роджером Мортимером. 26 октября Роджер предстал перед пэрами, обвинённый по 14 пунктам, включая убийство Эдуарда II, расправу над Эдмундом, лордом Вудстоком, незаконное обогащение себя за счёт королевства и вмешательство в работу правительства страны. Ему не дали возможность защиты или хотя бы ответить на эти обвинения – все обвинения были просто объявлены, после чего Мортимер был назван «изменником и врагом короля и королевства, которого следует привязать к хвосту лошади, пустив ее вскачь, а после повесить». Через 3 дня, 29 ноября Роджера Мортимера перевезли из Тауэра на Тибурнский холм. Его протащили за лошадью всю дорогу, а после повесили – обычная казнь для изменников, включающая также потрошение и четвертование, в этом случае не использовалась. Ключевой сторонник Роджера – Саймон Берефорд – также подвергся подобной казни, и были выписаны ордера на арест трёх других, участвовавших в убийстве Эдуарда II, но многие другие, такие как Оливер Ингхэм и Томас Беркли, были прощены. Большие владения Роджера Мортимера были конфискованы в пользу государства.