После окончания сборов руководство Разведуправления предложило начальнику Генерального штаба РККА Г.К.Жукову план мероприятий по созданию в приграничных военных округах тайных баз с запасом оружия, боеприпасов и иного военного имущества иностранного образца и резервных агентурных сетей на своей территории на глубину 100-150 километров. Данный план утвердил Г.К.Жуков в мае 1941 г..
Согласно плану с 24 мая 1941 г. агентурная разведка западных приграничных военных округов и армий была ориентирована на работу по Германии. Помимо этого, все 10 полков воздушной разведки западных приграничных округов стали пополняться квалифицированным летным составом и новыми самолетами СБ. Комплектование предполагалось завершить к 1 июля 1941 г. Началось также комплектование кадрами 16 радиодивизионов ОСНАЗ, занимающихся радиоразведкой. А перед самым немецким вторжением, в ночь на 22 июня, в Разведуправлении проводилось штабное учение, где отрабатывались вопросы организации разведки при возможном нападении Германии.
Однако все эти мероприятия запоздали и поэтому не были выполнены в полном объеме. Кроме того, в предвоенный период в Красной Армии господствовало мнение, что будущая война будет вестись наступательными операциями на территории противника. В связи с этим ход боевых действий в первые месяцы войны явился для советской военной разведки неожиданным и противоречащим ее довоенной подготовке. Отсюда вытекают те ошибки и просчеты, которые произошли в начале войны.
Несмотря на героическое сопротивление частей Красной Армии в первые месяцы войны, немецко-фашистские войска стремительно двигались вперед. Владея стратегической инициативой, они к концу октября 1941 г. вышли на подступы к Москве. В этот напряженный период войсковая разведка приложила максимум усилий для того, чтобы вскрыть планы и намерения немецкого командования, установить основные группировки немецких войск, направление главных ударов, прибытие резервов, возможные сроки наступления. Для этого в тыл противника забрасывались как отдельные разведчики, так и разведывательно-диверсионные группы и отряды.
Так, в августе-октябре группа сотрудников 7-го отдела Разведуправления, командированных в полосу ответственности Западного и Брянского фронтов, создали в Гомеле, Брянске, Курске, Мценске и других городах разведывательные группы. Перед ними поставили задачу вскрывать переброску войск противника через эти пункты. Причем командиры разведывательных групп (резидентур) подбирались в большинстве случаев из местных жителей — чаще всего пожилых людей, не подлежащих призыву в армию, но имеющих опыт армейской службы. В помощь им придавались подготовленные радисты, которые, кроме того, должны были не только обеспечивать связь с Центром, но и выполнять обязанности заместителя командира группы (резидентуры) по агентурной разведке.
Всем остающимся в тылу противника разведчикам выдавались соответствующие легенды-биографии и необходимые документы: паспорта, военные билеты с отметкой о снятии с воинского учета, свидетельства об освобождении из мест заключения и т. п. Радисты получали рации "Север" и два комплекта батарей к ним. Кроме того, группы обеспечивались деньгами, сухим пайком (консервы, сухари, сало, сахар, спирт) на два месяца, оружием, боеприпасами и взрывчаткой.
Как уже говорилось, забрасывались в тыл противника и разведывательно-диверсионные отряды. Один из таких отрядов под командованием И.Ф.Ширинкина в сентябре-ноябре 1941 г. прошел свыше 700 км по территории Смоленской, Витебской, Псковской и Новгородской областей, проводя разведку и совершая диверсионные акты на объектах и коммуникациях противника[5]. За успешное выполнение поставленных задач командир отряда И.Ф.Ширинкин и комиссар Ю.А.Дмитриев были награждены орденами Ленина.
Достаточно активно, несмотря на превосходство противника в воздухе, действовала разведывательная авиация. А радиоразведка, пользуясь трофейными документами (таблицы позывных радиостанций войск вермахта, их распределение по соединениям и т.д.), установила факт переброски в сентябре 1941 г. под Москву из-под Ленинграда 2-й немецкой танковой армии. На оперативности и продуктивности работы военной разведки в это тяжелое время не отразилась даже эвакуация в конце октября 1941 г. центрального аппарата Разведуправления в Куйбышев и центрального радиоузла в Читу. (Правда, в процессе эвакуации радиоузла временно прервалась связь почти со всеми разведгруппами и зарубежными резидентурами, но в середине ноября 1941 г. она была восстановлена.) В Москве в это время продолжала действовать оперативная группа Разведуправления, в состав которой входили майор И.А.Большаков, майор В.И.Коновалов, майор П.И.Степанов, военинженер 2-го ранга К.Б.Леонтьев, капитан М.И.Полякова и другие. В их задачу, помимо прочего, входила и подготовка запасной сети разведчиков на территории до города Горького включительно.
Говоря о работе войсковой разведки во время битвы за Москву, необходимо отметить, что ее усилия позволили установить точные сроки проведения немцами операции "Тайфун", начавшейся 30 сентября 1941 г., и переброску противником из глубокого тыла под Москву в полосу Западного фронта к 11 ноября девяти новых дивизий. А на основе данных, полученных от агентурных и иных источников, был раскрыт замысел противника по окружению Тулы, что способствовало срыву его наступления на Москву с юга. Хорошо поставленная разведка помогла советскому командованию узнать планы противника, организовать надежную оборону Москвы, а затем 5-6 декабря 1941 г. силами Западного, Калининского и частью сил Юго-Западного фронтов перейти в контрнаступление, в результате которого немецкие войска понесли большие потери и были отброшены на 100-250 км от столицы[6].
В период подготовки контрнаступления советских войск под Москвой войсковая разведка продолжала вести активную работу в тылу противника, широко применяя разведывательно-диверсионные группы. В их подготовке на Западном фронте огромную роль сыграло специальное подразделение "войсковая часть 9903" (позднее 3-е (диверсионное) отделение разведотдела штаба Западного фронта), которой командовал соратник Я.К.Берзина, участник войны в Испании майор А.К.Спрогис. Именно из этого подразделения были заброшены в тыл противника ставшие позднее широко известными разведчики и диверсанты З.Космодемьянская, Н.Галочкин, Н.Горбач, П.Кирьянов, К.Пахомов и многие другие. А всего разведотделом штаба Западного фронта было заброшено в тыл врага:
Приобретая необходимый боевой опыт, войсковые разведчики платили за него огромную цену. Многие из них, захваченные немецкой контрразведкой, погибли, как например З.Космодемьянская, которой впоследствии присвоили звание Героя Советского Союза. Но были и случайные потери, и от этого еще более горькие. Так, 25 декабря 1941 г. в деревенском доме в селе под городом Плавск Тульской области в результате прямого попадания немецкой авиабомбы погиб практически весь переменный оперативный состав 3-го отделения разведотдела штаба 10-й армии Западного фронта[7].
В ноябре 1941 г. вместо Ф.И.Голикова, вернувшегося в войска и назначенного командующим 10-й ударной армией, начальником Разведупра Генерального штаба стал генерал-майор А.П.Панфилов.
В январе 1942 г. после окончания битвы за Москву Государственный комитет обороны рассмотрел деятельность военной разведки по итогам первых месяцев войны. В ходе рассмотрения были отмечены следующие недостатки деятельности Разведуправления Генштаба РККА:
— организационная структура Разведуправления не соответствовала условиям работы в военное время;
— отсутствовало должное руководство Разведуправлением со стороны Генштаба РККА;
— материальная база военной разведки была недостаточной, в частности, отсутствовали самолеты для заброски разведчиков в тыл противника;
— в Разведуправлении отсутствовали крайне необходимые отделы войсковой и диверсионной разведки.
В результате приказом наркома обороны от 16 февраля 1942 г. Разведуправление было реорганизовано в Главное разведывательное управление (ГРУ) с соответствующими структурными и штатными изменениями. Однако на этом реорганизация не закончилась, и 22 ноября 1942 г. приказом наркома обороны войсковая разведка была выведена из состава ГРУ, а разведотделам фронтов запретили вести агентурную разведку. Одновременно ГРУ перешло из подчинения Генштабу РККА в подчинение наркому обороны, а его задачей стало ведение всей агентурной разведки за рубежом и на оккупированной немцами территории СССР. Тем же приказом в составе Генштаба создается Разведывательное управление (РУ), на которое возлагалось руководство войсковой разведкой. Начальником ГРУ был назначен генерал-лейтенант И.И.Ильичев, а начальником РУ Генштаба — генерал-лейтенант Ф.Ф.Кузнецов.
Однако это решение, в результате которого фронтовые разведотделы лишили права вести агентурную разведку, оказалось ошибочным и было отрицательно воспринято практически всеми оперативными работниками разведки. Уже упоминавшийся В.А.Никольский, всю войну занимавшийся агентурной разведкой и во фронтовых разведотделах, и в Центре, так характеризует данное нововведение: