Осенью 1620 войска Католической лиги, под начальством герцога Максимилиана Баварского и имперского фельдмаршала графа Иоганна Церкласа фон Тилли, соединились с Бюкуа и вошли в Чехию. Решительная битва произошла на Белой горе, близ Праги. Чешское войско, состоявшее под главным начальством князя Христиана Ангальтского, было разбито наголову (8 ноября 1620 г.), а Фридрих Пфальцский, прозванный в насмешку «зимним королём», поспешил бежать из Чехии. Исходом битвы при Белой горе решена была судьба в Чехии протестантизма и сословной монархии. Участники восстания подверглись репрессиям. Их арестовали, судили и приговорили либо к смертной казни (27 зачинщиков), либо к изгнанию. Имения всех осуждённых были конфискованы. 3 февраля 1622 года была обнародована так называемая генеральная амнистия, в силу которой к назначенному сроку все участники восстания должны были сознаться добровольно в своей вине, если хотели сохранить жизнь и честь. Сознались в своей вине 728 человек двух высших сословий, из числа которых судная комиссия приговорила к конфискации имений 628 человек.
В течение 1624 года все храмы переданы в руки католического духовенства; некатолики лишались гражданских прав и не допускались к занятию ремёслами и промыслами; их браков не венчали, не дозволяли их умерших хоронить на кладбищах; за непочитание праздников, несоблюдение постов и нехождение в церковь установлены были денежные штрафы. Наконец, 31 июля 1627 года издан королевский приказ, в силу которого в Чехии католицизм объявлялся единственной законной религией. Пражский университет был передан иезуитам.
Бедствия Тридцатилетней войны довершили разорение Чехии: тысячи поселений были уничтожены и более не восстановлялись; из 2,5 млн жителей, насчитывавшихся в 1618 году, к 1650 году оставалось около 700 тысяч.
10. Под властью Габсбургов
В XVI веке начинается новый прилив немецкой колонизации, которой благоприятствовали дружественные отношения чехов к протестантам Германии и распространение в Чехии лютеранства. Усилению немецкого элемента особенно способствовали обстоятельства и события, последовавшие за Белогорской катастрофой. Конфискации Фердинанда II привели к переходу огромного числа земель в руки иностранцев, которые охотно заселяли свои земли выходцами из Германии и основывали новые немецкие колонии на своих опустевших землях. Успехам немецкого языка содействовало и то обстоятельство, что для сношения с Веной, где пребывали центральные органы управления, необходимо было знание немецкого языка. Кто из чехов хотел иметь успех в служебной карьере, тот должен был прежде всего владеть немецким языком, как своим родным. Чешская знать, находившаяся в постоянных сношениях с немецким двором в Вене, подавала в этом отношении пример. Многие чешские паны так онемечивались, что забывали свой родной язык. Хотя иезуиты, быстро распространившиеся в Чехии (вскоре после 1620 г. они имели уже 13 коллегий, а из земель чешской короны была образована отдельная орденская провинция), не были принципиальными врагами чешского языка, но косвенно они вместе с другими миссионерами способствовали его упадку, истреблением чешских книг и рукописей, которые они, отчасти по невежеству, отчасти по слепой ревности к вере, считали еретическими. В 1784 немецкий язык окончательно стал языком преподавания в гимназиях и пражском университете, взамен латинского языка. Во всех правительственных учреждениях также введён был немецкий язык.
Со времени Фердинанда II автономия Богемии упраздняется и она поглощается Австрией. Дальнейший шаг к слиянию Габсбургских земель в одно государственное целое был сделан прагматической санкцией 19 апреля 1713 года, которой, помимо определения порядка престолонаследия, было установлено, что все наследственные земли Габсбургского дома должны оставаться соединёнными под властью одного государя до прекращения этого дома и отнюдь не могут быть делимы между его членами. Чешский сейм принял эту санкцию в 1720 году.
В 1749 году императрица Мария-Терезия повелела соединить чешскую и преобразованную австрийскую канцелярии в одно общее государственное учреждение с административным и финансовым ведомством (diréctorium in publico-politicis et camerabilus), причём заведование внешними сношениями предоставлено было придворной и государственной канцелярии, а для заведования судебными и юридическими делами учреждено высшее юридическое ведомство, при котором организована особая законодательная комиссия. В том же году было уничтожено наместничество, как орган сословного управления, а вместо него основано новое учреждение для управления административно-политического и финансового: королевская репрезентация и камера. Членами этого учреждения, переименованного (1762—1763 гг.) в земскую губернию, были уже не земские сановники и судьи, назначаемые по старине из среды земской высшей и низшей шляхты, а государственные чиновники. Уничтожение чешской придворной канцелярии было торжеством австрийской централизации, а отмена наместничества знаменовала введение бюрократии. Император Иосиф II в 1783 г. уничтожил старинные земские и другие суды и ввёл новую систему судоустройства, основанную на принципе разделения властей административной и судебной.
При императоре Леопольде II был до некоторой степени восстановлен старый земский порядок управления в том отношении, что земские сановники были назначены председателями новых учреждений: высший бургграф — председателем «губернии», высшийкоморник — вице-председателем её, высший гофмейстер — председателем апелляционного суда и т. д. Такой порядок сохранялся до 1848 г. В организации сейма со времени Фердинанда II произошло сравнительно мало перемен. В 1714 г. была учреждена восьмичленная сеймовая комиссия (vý bor zemský), по 2 члена от каждого из четырёх государственных сословий, постоянно заседавшая и заведовавшая сеймовыми делами, а особенно сбором берны и отчётом по её взиманию. Хотя, кроме права вотировать налоги и давать согласие на отчуждение коронных имений, сейм с течением времени приобрёл до некоторой степени право законодательной инициативы, но у сословий не хватало ни единодушия, ни сознания общеземских нужд, ни уменья их отстаивать, а потому правительство считалось с сеймом и его сословиями в той мере, в какой ему было угодно. Усиление централизации и развитие бюрократизма сопровождалось нарушением прав короны св. Вацлава.
Реформами XVIII века была уничтожена связь между землями чешской короны: в 1745 г. для финансового управления Моравией была учреждена особая камера или казённая палата, а при проведении судебных реформ 1783 г. для Моравии и Силезии устроен был особый апелляционный суд. В 1743 г. Мария-Терезия приказала перевезти чешскую корону в Вену, а сын её Иосиф II не нашёл нужным короноваться короной св. Вацлава. Император Леопольд II велел возвратить чешскую корону в Прагу, где она доселе хранится в капелле св. Вацлава как святыня народа чешского и драгоценный залог будущего. Сам Леопольд II и все его преемники, кроме Франца-Иосифа, короновались короной св. Вацлава.
Частный кружок чешских патриотов и учёных, собиравшихся с 1769 г. на заседания в Праге, в доме графа Ностица (на Малой Стороне), получил в 1784 г. официальное признание под именем королевского чешского общества наук. Так возникло старейшее учёное общество в Австрии, и доныне продолжающее с достоинством и успехом трудиться в области естественно-математических и историко-филологических наук.
В 1792 император Леопольд II учредил в пражском университете кафедру чешского языка. В 1793 г. чешские патриоты, в числе 33 человек, подали петицию о введении чешского языка при прениях в сейме. В 1818 г. основано было общество чешского музея, всевозможные научные коллекции и библиотека которого с течением времени достигли замечательной полноты и богатства. В 1831 г. при чешском музее возникла чешская Матица, имеющая своей целью разработку языка и литературы, а равно издание учёных сочинений, написанных на чешском языке. Это национальное возрождение ещё более окрепло и принесло богатые плоды во второй половине XIX в., когда крестьяне, составлявшие главную массу чешского народа, были освобождены от крепостной зависимости, и вся общественная и государственная организация после падения старого порядка была перестроена на более широких и свободных основаниях.
Когда началась европейская революция 1848 года, в Чехии наступила пора политических волнений. Сходки и совещания представителей всех классов общества в Праге, начавшиеся с 11 марта 1848 года, не привели к открытому восстанию только вследствие уступчивости правительства и умеренного образа действий наместника.
Тогда же организованы были народная милиция и особый народный комитет. Сначала чехи и немцы действовали единодушно, но вскоре сказались различия в их стремлениях и политике. Комитет, занимавшийся во Франкфурте выработкой конституции для всей Германской империи, к которой причислялась и Чехи, стремился к созданию единого государства. Этому вполне сочувствовали чешские немцы, но иначе на это смотрели чехи.
Когда франкфуртский комитет пригласил историка Палацкого принять участие в заседаниях на правах члена, то последний категорически отказался от этого, усматривая в замыслах комитета опасность не только для чехов, но и для всего австрийского государства. Тем не менее министерство Пиллерсдорфа приказало произвести выборы представителей во франкфуртский сейм. Народный комитет протестовал против этих выборов, но немецкие его члены не присоединились к этому протесту: они выступили из состава комитета и образовали отдельный конституционный союз. Прибывшие от франкфуртского комитета уполномоченные держали себя заносчиво, требуя от чехов посылки депутатов и позволяя себе даже угрозы. Это вызвало всеобщее негодование среди чехов: чешские студенты разогнали немецкий конституционный союз, а народный комитет разослал ко всем славянским племенам австрийского государства приглашение на съезд в Прагу для обсуждения общественных нужд и выработки общей программы действий. Выборы депутатов во франкфуртский сейм состоялись только в округах, заселённых немцами.