В Берлине Шлегель познакомился с Тиком, и сближение это имело благотворное влияние на обоих в смысле обогащения новыми идеями и фактами. Под влиянием дружбы с Шлейермахером и знакомства с его философией Фридрих Шлегель написал для 5-й книжки «Атенеума» «Идеи о религии» с сознательным намерением соперничать с другом. Главное содержание этих заметок, облеченных в мистически-туманную форму, — вариации основного положения, что религия — всеоживляющая душа образования, что она, вместе с философией, моралью, поэзией, есть 4-й невидимый элемент его. Он утверждает, что религия есть центр всех сил человеческого ума, а поэзия и философия суть факторы религии. Смешивая религию с поэзией, Шлегель вносит в сферу религии фантастичность и мистицизм. Он требует возрождения всех давно отживших религий, ведет речь о мифологии, мистериях, оргиях; поэтический пантеизм может, по его мнению, привести к истинной католической религии. Тут уже можно найти зародыш позднейшего шлегелевского католицизма. Увлекаясь своими новыми мистическими воззрениями, Шлегель изменил несколько и свои эстетические теории, видя уже центр тяжести человеческого развития не в искусстве, а в религии.
В 1799 г. Фридрих Шлегель выпустил в свет роман «Люцинда», в котором описывал свою молодость и свои отношения к Доротее Фейт (Шлегель), незадолго до того сделавшейся его возлюбленной, а позже ставшей его женой. Роман этот, конечно, не может быть назван художественным произведением, но, тем не менее, имеет очень важное значение в истории романтизма, так как является своего рода манифестом романтической школы. В нем с особенной яркостью отразились эстетические и этические воззрения школы. Прежде всего, здесь в точности соблюден принцип эстетики Шлегеля, что романтический поэт не стесняется никакими правилами. Совершенная путаница обнаруживается уже в том, что это заявление сделано не автором, а героем романа Юлием в письме к Люцинде. Юлий, говоря о своей любви Люцинде, говорит о сочинениях Шлегеля, обращаясь к ней, обращается и к публике. В изложении господствует та же путаница. Рассказ прерывается письмами, аллегориями, в которых появляются в качестве действующих лиц произведения Шлегеля, даже еще не написанные. В главе «Ученические годы возмужалости» находим большой отрывок из истории прежних увлечений Юлия, живописца, гениального юноши с бурными стремлениями, ведшего беспорядочную жизнь до встречи с Люциндой, также художницей, обладание которой объяснило ему истинную сущность любви и пролило новый свет на жизнь. Затем следуют «метаморфозы», два письма Юлия, быть может, лучшее место во всем романе, где есть, по крайней мере, какое-либо реальное содержание; далее «Рефлексия» — рассуждения метафизико-фантастико-эротического характера на тему о размножении человечества, еще два письма Юлия к другу Антонию и, наконец, заключительная глава под заглавием «Шалости фантазии». Во всем этом очень мало поэзии, но много доктринерства.
По замечанию Брандеса, цель романа — возвестить единство и гармонию жизни, проявляющиеся особенно ярко и осязательно в эротическом одушевлении, которое придает духовным стремлениям чувственное выражение и, наоборот, одухотворяет чувственные влечения. Основная идея романа, по мнению того же критика, — это учение романтиков о тождестве жизни и поэзии. Как и следовало ожидать, «Люцинда» насквозь проникнута субъективизмом и «иронией» Шлегеля, состоящей, как мы видели, в свободном обращении автора с сюжетом. Революционная проповедь «Люцинды» сводится не к требованию духовной свободы, а к стремлению к более утонченным наслаждениям, бесцельному прожиганию жизни, в dolce far niente, так как польза является в глазах автора чем-то филистерским. Что касается выраженных в романе воззрений на брак и на женщину, то они являются дальнейшим развитием идей, заключавшихся в ст. «О Диотиме» и в «Отрывках», в «Атенеуме» (в одном из них он говорит, что ничего не имеет против брака вчетвером). В «Люцинде» борьба с традиционной нравственностью дошла до отрицания всех установившихся обычаев, в которых автор видел лишь внешнюю оболочку безнравственности. В ней содержатся слабые зародыши новой этики, основанной на понятии о цельной человечности и на принципе произвола, принимающего формы то необузданной страстности, то утонченной чувственности. Здесь провозглашается принцип, что «только натура достойна уважения, только здоровье привлекательно». Похвалы праздности соединяются с нападками на беспокойную деловитость и экономический принцип просвещения. «Люцинда», конечно, возбудила всеобщее негодование. Не только Шиллер безусловно осуждал ее, но даже романтики не были довольны ее появлением. Только Шлейермахер написал в защиту романа своего друга «Интимные письма о Люцинде» (анонимные), в которых защищал горячо художественную сторону и нравственные тенденции автора, несмотря на начавшееся охлаждение между друзьями.
В 1799 г. Фридрих Шлегель переселился вместе с Доротеей в Йену и нашёл себе приют у брата. Здесь под влиянием поэтических занятий Августа Шлегеля он также начал заниматься поэзией, причем с увлечением принялся разрабатывать самые трудные размеры. Между прочим, он написал в 1801 г. большую элегию «Геркулес Музагет», где превозносит все тенденции романтической школы, великих основателей нового искусства и в том числе себя. Затем в стихотворениях, относящихся к Люцинде, напечатанных в «Альманахе Муз», мы находим символику природы вроде тиковской, и игривые размышления о легкомыслии и измене в любви. Он напечатал там же несколько сонетов и канцон, посвященных характеристикам его друзей и их произведений. Пример «Иона» Августа Шлегеля побудил его также написать драматическое произведение. Его трагедия «Аларкос» представляет странное сочетание античного с романтичным; сюжетом для нее послужил испанский рассказ, с которым познакомил немецкую публику Рамбах. По замечанию Кернера, здесь обнаружилось, при полном отсутствии фантазии, мучительное стремление автора создать художественное произведение из общих понятий. Несмотря на все это, Гёте добивается постановки «Аларкоса» на веймарской сцене исключительно с той целью, чтобы актеры привыкали к чтению на сцене трудных стихотворных размеров. Только влияние великого поэта помешало полнейшему провалу пьесы.
В 1799—1800 гг. Шлегель написал для «Атенеума» «Разговор о поэзии», представляющий вторичную, более полно и подробно развитую программу тенденций романтической школы. В состав диалога входили: статья о различных эпохах поэзии, речь о мифологии, письмо о романе и очерк о различных стилях в произведениях Гёте. Основные положения диалога заключаются в следующем: изучение искусства сводится к изучению его истории. Все искусства и науки образуют как бы организм, развивающийся в их истории; истинный художник есть составной член всей совокупности искусства; каждое отдельное произведение может быть, поэтому, верно оценено лишь в связи со всеми остальными произведениями художника и со всей историей искусства. Шлегель мечтает об универсальной энциклопедии наук и искусств в связи с историей человеческого духа. Эта мысль осуществлена была впоследствии Гегелем. В очерке о развитии поэзии он особенно восхваляет Данте, Боккаччо, Петрарку, Шекспира и Гёте. В статье о различных стилях у Гёте он устанавливает три эпохи развития поэта, олицетворяющиеся в «Геце», «Тассо» и «Германе и Доротее». В «Фаусте» и «В. Мейстере» гений поэта проявился во всей целостности. Переворот, совершенный Гёте, заключается в гармоничном слияний классического с романтичным. В «Письме о романе» Шлегель, исходя из произведений Сервантеса, Шекспира, а также из романов Жана Поля, Рихтера выводит определение романа и романтической поэзии; по его мнению, роман есть смесь рассказа, песни и других литературных форм, роман состоит из арабесок. Догмат иронии мало-помалу уступает место учению об аллегории и дидактическом назначении поэзии. По новому воззрению Шлегеля, все поэтические произведения суть далекие подражания беспредельной игре мировых сил; но так как высшее непосредственно невыразимо, то его мысли и должно выражать лишь при помощи аллегории. Всякое поэтическое произведение должно быть, таким образом, дидактическим в том широком смысле слова, который обозначает стремление в глубокому беспредельному смыслу.
В «Речи о мифологии» Шлегель сожалеет, что у нового времени нет мифологии, в которой древние находили почву для своей поэзии, но предсказывает наступление времени, когда и у новых народов будет мифология, которую следует выработать из самой глубины нового духа. Он уже видит зачатки такой мифологии в новейшей натурфилософии, а также в произведениях романтической школы. Следует также вызвать к жизни мифологию древних греков и Востока, в особенности Индии, в поэзии которой скрываются еще неведомые для европейцев сокровища. Одновременно он занимался изучением Шекспира, Сервантеса, Данте и Боккаччо и поместил в «Характеристиках и критиках» обзор поэтических произведений Боккаччо.
В 1800 г. Шлегель задумал прочесть в Йенском университете курс лекций по философии. Он был допущен к чтению лекций без строгого экзамена, после одной вступительной лекции. Диспут его на тему «Non critice, sed historice est philosophandum» сопровождался скандалом. Тем не менее он получил ученую степень и объявил курс лекций о трансцендентальной философии. Но лекции его, наполненные лишь парадоксами и полемикой, привлекали все меньше и меньше слушателей, и он с трудом дочитал до конца года.