После сицилийской катастрофы стратегическая инициатива перешла к Спарте. В связи с изменением военно-политической ситуации в Спарте был разработан новый план ведения войны. Вместо кратких, но малоэффективных походов в Аттику спартанцы занялись созданием здесь опорной базы (ею стал поселок Декелея в 22 км к северу от Афин). Там был оставлен небольшой гарнизон, который совершал набеги на окрестности, поддерживая постоянное напряжение и в Аттике, и в Афинах. К спартанцам стали уходить афинские рабы, ненавидевшие своих господ. По сообщению Фукидида, за короткий срок в Декелею перебежало более 20 тыс. рабов (из них множество ремесленников из Афин), т. е. от четверти до одной пятой всех аттических рабов. Захват Декелей привел к дезорганизации хозяйства Аттики и Афин, что было для них вторым тяжелым ударом.
Однако могущество Афин было еще достаточно велико, ведь в их распоряжении были силы и средства множества союзников, регулярно выплачивающих форос. Используя их, Афины частично восстановили флот, приступили к тренировкам корабельных команд, провели новую мобилизацию гоплитов, легковооруженных воинов, гребцов и у себя, и в союзных городах. Афины напоминали легендарную лернейскую гидру, у которой вместо отрубленной головы вырастала новая. Спартанцы понимали, что для полной победы над Афинами нужно решить две задачи: создать собственный боеспособный флот, который мог бы успешно противостоять афинскому, и добиться если не распада, то хотя бы ослабления Афинского морского союза.
Но решение этих задач было непростым делом. Прежде всего нужны были огромные денежные средства на сооружение флота и его содержание, а у Спарты их не было. Не мог их дать и Коринф. В этих условиях Спарта обратилась за военно-политической помощью к Персии, традиционно считавшейся врагом греков.
Для Персии сложилась необычайно выгодная ситуация. Руками Спарты она могла расправиться с могущественными Афинами и уничтожить Афинскую державу, включая и малоазийские греческие города, на которые Персия претендовала еще со времен греко-персидских войн. Вот почему сатрапы Малой Азии по распоряжению царя Дария II охотно пошли навстречу просьбам Спарты оказать ей денежную помощь для строительства и содержания флота. Взамен они потребовали права контроля, т. е. фактически восстановления своего господства над малоазийскими союзниками Афин после уничтожения Афинской державы. Спарта хотя и не дала согласия на эти требования, но и не отвергла их. Уже такая уклончивая позиция Спарты была дипломатическим успехом Персии, с одной стороны, и но существу, предательством Спартой общегреческих национальных интересов—с другой. С 412 г. до н. э, спартанцы и их союзники, используя персидскую помощь, приступили к созданию большого флота. Этот флот должен был действовать в бассейне Эгейского моря —основном театре военных действий. Именно здесь Спарта решила нанести удар по Афинской архе. Ряд афинских союзников использовал такое развитие событий. В 412 г. до н. э. восстал самый крупный афинский союзник Хиос, его поддержали ионийские города Клазомены. Эритры, Теос, Милет. В 411 г. до н. у. вся Иония отпала от Афин. Для поддержки восставших спартанцы направили довольно сильный флот почти в 100 триер, причем одним из его командующих был бывший афинский стратег Алкивиад, переметнувшийся на сторону Спарты и хорошо знавший все секреты Афин. Положение Афин становилось угрожающим: начался развал морского союза.
В этих крайне тяжелых условиях афиняне проявили незаурядную выдержку, хладнокровие и государственную мудрость. Были разработаны и претворены в жизнь чрезвычайные меры, прежде всего смягчилось отношение к союзникам: отменен форос, многим городам предоставлена большая автономия и оказана максимальная помощь местным демократическим группировкам. Для пополнения пустой государственной казны вместо фороса афиняне ввели 5-процентную пошлину со всех провозимых через проливы товаров. Были мобилизованы все имеющиеся резервы и построены новые корабли. Вновь созданный флот немедленно послали в Ионию для приведения к покорности отпавших городов. Прибытие флота стабилизировало положение в Ионии, новая, более мягкая, политика по отношению к союзникам принесла свои плоды и задержала развал Архэ. Военные неудачи афинян и резкое ухудшение общей обстановки вызвали критику демократических порядков и оживление активности олигархических кругов как в самих Афинах, так и среди союзных городов. Опираясь на созданные тайные общества—гетерии, афинские олигархии организовали в 411 г. до н. э. государственный переворот в Афинах. Реальная власть перешла в руки Совета 400, избранного не путем голосования, а назначенного коллегией из 5 человек (так называемых проэдров). Была изменена конституция Афин. К участию в Народном собрании допускалось лишь 5 тыс. человек, принадлежащих к зажиточным слоям гражданства. Однако даже это небольшое по составу Народное собрание должно было собираться лишь по усмотрению Совета 400. Ликвидировались оплата выборных должностей и участие в суде присяжных — гелиее, отменялся институт «графа парано- мон». Иначе говоря, отменялись главные конституционные институты афинской демократии. Совет 400 начал преследование сторонников демократии и за несколько месяцев были казнены, брошены в тюрьму или изгнаны из Афин многие лица. Правление 400 вызвало сильное недовольство как в Афинах, так и среди союзников. Стремясь упрочить свое положение, Совет 400 обратился к Спарте с предложением заключить мирный договор ценой больших уступок. Однако Спарта отвергла это предложение. Террористическое правление олигархов вызвало резкое недовольство афинского флота, действующего в ионийских водах и базирующегося на Самосе. Во главе его стояли стратеги, поддерживающие демократический строй, большая часть корабельного состава — матросы, гребцы набирались среди беднейших граждан и тоже были кровно заинтересованы в тех благах, которые они получали при демократах. Поэтому афинский флот не признал правление Совета 400 и стал действовать самостоятельно. Таким образом, в Афинской державе в 411—410 гг. до н. э. оказалось два правительства: олигархический Совет 400 в Афинах и руководство афинского флота, стоявшего на Самосе. Возникшее двоевластие не могло не вызвать разброда среди афинских союзников. О выходе из Афинской державы и переходе на сторону Спарты заявили города на соседнем с Аттикой богатом острове Эвбея и особенно города, расположенные в проливах. Потеря контроля над проливами могла стать смертельным ударом для Афин: ведь взимаемые 5% пошлины с провозимых товаров составляли основной доход афинян, через проливы шло необходимое продовольствие и снаряжение из Причерноморья. В проливы срочно была направлена большая часть афинского флота, базирующегося на Самосе. Одним из его командующих стал все тот же Алкивиад, который теперь поссорился со спартанцами и перешел на сторону Афин. Более того, Алкивиад установил связи с одним из персидских сатрапов Тиссаферном, который начал помогать афинскому флоту. Политика сатрапа была ясна: не допустить опасного для персидских интересов усиления Спарты, противопоставить ей слабеющие Афины.
Афинскому флоту, прибывшему в проливы, удалось нанести два чувствительных поражения пелопоннесским эскадрам при Абидосе (411 г. до н. э.) и Кизике (410 г. до н. э.) и восстановить господство над проливами. Вновь стала пополняться государственная казна за счет сбора 5-процентной пошлины, пошло продовольствие из Причерноморья. Эти военные успехи афинского флота, во главе которого стояли демократические элементы, привели к низвержению олигархического Совета 400 и полному восстановлению демократических порядков в самих Афинах. Было вновь достигнуто единство в центральном афинском руководстве, поддерживалось спокойствие среди большей части союзников. Такое развитие событий стало беспокоить Спарту и, конечно, не могло устроить Персию. Финансирование афинского флота было прекращено, щедрые субсидии вновь предоставлены Спарте. Спартанский флот во главе с талантливым полководцем и дипломатом Лисандром начал активные действия против афинян в Ионии и проливах, наиболее уязвимых пунктах Афинской державы. Хотя афинскому флоту удалось нанести серьезное поражение спартанцам в битве при Аргинусских островах (406 г. до н. э.), уничтожив свыше 70 неприятельских триер, но это была последняя победа. Силы и средства афинского государства были исчерпаны, поддерживать свое господство над союзниками Афины уже не могли, проливы контролировались пелопоннесским флотом, во многих городах и самих Афинах вновь поднимали голову олигархи. Попытка крупного афинского флота (180 триер), собранного последним напряжением сил, изменить положение в проливах не увенчалась успехом. В условиях общей деморализации и падения дисциплины, разброда среди командования наспех собранный афинский флот попал в ловушку, приготовленную ему Лисандром, и был почти полностью уничтожен (сражение при Эгоспотамосе, 405 г. до н. э.). У Афин не было больше ни флота, ни воинов, ни денег, ни надежд на спасение. Город был осажден с моря и суши и через несколько месяцев безнадежной осады капитулировал на милость победителя (404 г. до н. э.). Спарта продиктовала суровые условия мира: распускался Афинский морской союз и его органы, уничтожался весь флот — основа боевой мощи Афин, они лишались укреплений, срывались «длинные стены» и оборонительные сооружения Пирея, в Афины возвращались все изгнанники, главным образом противники демократии, демократический строй уничтожался и власть передавалась 30 правителям, угодным Спарте. Могущественные Афины, руководившие делами почти всей Греции накануне Пелопоннесской войны, в конце ее превратились в один из рядовых полисов Эллады.