Арбитражные органы, как таковые, стали появляться в нашей стране после 1917 года. Хотя можно считать, что коммерческие суды, бывшие до Октябрьской революции, являлись их прообразом. В сентябре 1922 года было утверждено Положение о порядке разрешения имущественных споров между государственными учреждениями и организациями, оно стало основой для создания новых специализированных органов - арбитражных комиссий.
Позже, законодателями были предприняты поиски наиболее удачного варианта органов такого рода. Решением проблемы, стало создание 3 мая 1931 года особого органа - государственного арбитража. Положение о государственном арбитраже, просуществовало до 1960 г. Впервые, в 1979 году, был решен вопрос об организации и деятельности арбитражных органов в законодательном порядке.
В 1987 году статус органов государственного арбитража изменился, и был закреплён в Конституции СССР и конституциях республик. В 1991 году, органы государственного арбитража снова подверглись изменениям, они были переименованы в арбитражные суды. 4 июля 1991 года был принят Закон об арбитражном суде, который действовал до начала 1995 года.
Верховный Совет РФ, обобщив опыт деятельности арбитражных комиссий, государственных арбитражей и арбитражных судов, в этом же году, ввел в действие первый Арбитражный процессуальный кодекс Российской Федерации (АПК), который установил порядок производства в арбитражных судах. Законодательство, по вопросу об арбитражных судах, продолжало совершенствоваться. 28 апреля 1995 года был принят первый Федеральный Конституционный Закон "Об Арбитражных судах в Российской Федерации".
Такие изменения в арбитражном законодательстве были предприняты по ряду причин. В связи с Конституцией 1993 года, все законодательство нужно было привести в соответствие с ней. Появилось несколько форм собственности, и бывшие государственные арбитражи, рассматривающие споры между субъектами одной формы собственности, должны были превратиться в полноправные органы правосудия - арбитражные суды.
В 2002 и 2003 гг. предприняты шаги по дальнейшему реформированию системы органов, которые призваны рассматривать споры хозяйствующих субъектов. Так, 24 июля 2002 года принят новый АПК (введён в действие 1 сентября 2002 г.), в тот же день был одобрен Закон о третейских судах, а 4 июля 2003 года - Федеральный Конституционный закон, который предусматривает образование нового (четвертого) звена системы арбитражных судов (аппеляционных судов).
В Российской Федерации действуют десять федеральных арбитражных судов округов, проводящих проверку решений в порядке кассационного производства. Чтобы обеспечить единообразие судебной практики, "предсказуемость" судебных решений для предпринимателей, которые в силу единства экономического пространства будут обращаться за судебной защитой в арбитражные суды, входящие в различные судебные округа, необходима еще одна судебная инстанция - вышестоящая по отношению к этим десяти окружным судам. Такой инстанцией и является ВАС РФ.
Однако ВАС РФ не должен ставить перед собой задачу исправлять все судебные ошибки, он призван обеспечить единообразие судебной практики и развитие права. Ему следует вмешиваться в процесс, лишь когда идет речь о защите национальных или публичных интересов.
Одним из важнейших направлений деятельности Высшего Арбитражного Суда РФ является организационное обеспечение деятельности арбитражных судов. Высший Арбитражный Суд РФ производит подбор и подготовку кандидатов в судьи, организует работу по повышению квалификации судей и работников аппаратов арбитражных судов, осуществляет финансирование арбитражных судов, обеспечивает контроль за расходованием финансовых средств, выделяемых арбитражным судам.
Федеральные органы исполнительной власти и органы исполнительной власти субъектов РФ обязаны оказывать содействие Высшему Арбитражному Суду РФ в организационном обеспечении деятельности арбитражных судов в Российской Федерации.