Напор и блестящие способности Гамильтона, сумевшего увлечь своей философией и планами президента Вашингтона и занявшего в первом американском правительстве фактически позицию премьера, побуждали Джефферсона и Мэдисона к быстрым контрдействиям, в первую очередь к созданию максимально широкой антигамильтоновской коалиции. В 1791 г. ими был создан своего рода организационно-идеологический центр: таковым оказалась «National Gazette», ставшая главным печатным органом Республиканской партии (Гамильтон начал издание газеты, отстаивавшей интересы его фракции, еще в 1789 г.). В том же году Джефферсон и Мэдисон установили первые политические контакты с политическими единомышленниками из влиятельных американских штатов. В ходе «ботанического путешествия» (поводом для него послужило знакомство с флорой и фауной Нью-Йорка и близлежащих штатов) они вступили в тесные контакты с Д. Клинтоном, А. Бэрром, другими антигамильтоновцами. Очень скоро опорными центрами Республиканской партии стали три штата— Виргиния, Пенсильвания и Нью-Йорк. Организационные усилия по цементированию собственной партии предпринимались и федералистами, но их успехи были скромнее. До 1796 г. формирование обеих партий происходило по преимуществу через Конгресс США, импульсы от которого шли «вниз», в легислатуры штатов. Большинство делегатов, прибывавших в национальный Конгресс, не имели четких партийных привязанностей. Лидеры республиканцев и федералистов начинали активно склонять их на свою сторону. Эти же лидеры налаживали связи с влиятельными политиками различных штатов, стремясь заручиться их поддержкой на федеральных выборах. В 1796 г. республиканская фракция в Конгрессе США впервые выдвинула национального кандидата на президентских выборах. С этого времени президентские выборы, как и выборы в Конгресс, стали вестись на основе открытого партийного соперничества. Наметилась институционализация двух политических партий, которая, однако, еще не была закреплена созданием партийных организаций в штатах. Партийная деятельность направлялась политической элитой неформальными эпизодическими собраниями республиканцев и федералистов, получившими на английский манер название кокусов, в Конгрессе США. Постепенно формирование политических партий и их деятельность стали перемещаться в штаты. Партийные организации достаточно прочно утвердились в штатах в период федеральных выборов 1800 г. Первыми их смогли создать республиканцы. Они не только использовали традиционные корреспондентские комитеты, с помощью которых поддерживались связи между отдельными штатами, но и создали разветвленную систему партийных организаций, направлявших избирательную кампанию в округах, графствах, городах. Так, в Виргинии возник постоянный комитет республиканцев из пяти человек, руководивший избирательной кампанией в штате от ее начала и до окончания. В Пенсильвании подобные комитеты появились уже и на более низких уровнях. В Нью-Йорке комитеты Республиканской партии были организованы в каждом из семи городских округов. Примеру республиканцев Виргинии, Пенсильвании и Нью-Йорка последовали и в других штатах и городах. Федералисты и в 1800 г. продолжали уступать республиканцам в развитии и укреплении своей организационной структуры.
В целом же организационное оформление двух партий отставало от их идеологической и политической активности. В идейно-политических баталиях партий и закладывались основы их взаимоотношений, в которых обозначались контуры двухпартийной системы. Соперничество двух партий было принципиальным: спор шел о выборе пути развития нации, только что обретшей независимость и государственность. По имени лидеров федералистов и республиканцев альтернативные пути были названы «гамильтоновским» и «джефферсоновским». В глазах некоторых американских историков эта альтернатива выступила как антагонизм аристократических и капиталистических интересов, с одной стороны, и демократических и аграрных — с другой. Другая группа американских историков склонялась к выводу, что разногласия между федералистами и республиканцами носили функциональный характер, а суть их взаимоотношений характеризовалась в первую очередь консенсусом. Согласно моему заключению, взаимоотношениям партий были присущи как консенсус (согласие по ряду основополагающих вопросов), так и альтернативность. Разногласия первых национальных партий носили реальный и глубокий характер, но конфликт федералистов и республиканцев не был антагонистическим. Смена первых вторыми у кормила власти в 1800 г. носила мирный конституционный характер и сопровождалась как обновлением, так и преемственностью общественно-политического курса. Первые разногласия федералистов и республиканцев возникли по экономическим вопросам. Экономическая программа федералистов, предложенная Гамильтоном в качестве правительственной, была изложена в докладах «Об общественном кредите» (14 января 1790 г.), «О национальном банке» (13 декабря 1790г.), «О монетном дворе» (28 января 1791 г.), «О мануфактурах» (5 декабря 1791 г.). Она означала серьезную трансформацию федерализма образца 1787—1788 гг., вызвав перегруппировку в буржуазно-плантаторском блоке и разделение политической элиты на Федералистскую и Республиканскую партии.
Мероприятия Гамильтона Федералистской партии, направленные на поощрение промышленности и включавшие серию протекционистских мер, отвечали в первую очередь интересам предпринимателей и финансистов. Что касается средних и мелких собственников, в том числе владельцев рассеянных мануфактур, то им в планах правительства, по заключению отечественного исследователя В. Ушакова, места не нашлось.
В отличие от федералистов джефферсоновские республиканцы выступали прежде всего от имени аграрных слоев. Фактически первые национальные партии защищали разные пути развития капитализма США: федералисты - финансово-индустриальный, а республиканцы - аграрный. При этом последние выступали выразителями аграрной идеи, выраженной в широкой демократической форме. Идеал утверждения в стране правления «фермеров, фермерами и для фермеров» высказывали не только Джефферсон и его единомышленники, но и умеренные представители Республиканской партии. Этот идеал, находившийся в противоречии с утверждением в руководстве партии плантаторов-рабовладельцев, сохранялся тем не менее в ее идеологических заповедях, позволяя собирать вокруг партии широкие слои фермерства южных, северо-восточных и центральных районов (мелкотоварные и натуральные хозяйства западных районов Пенсильвании и Нью-Йорка, например, были для республиканцев на протяжении всего рассматриваемого периода одной из главных опор).
Если в экономических платформах федералистов и республиканцев обращает на себя внимание в первую очередь альтернативность, то в их политических воззрениях и позициях заметен консенсус в трактовке американских первооснов. Гамильтоновские федералисты и джефферсоновские республиканцы преодолели конфликт, характеризовавший отношение их предшественников, федералистов и антифедералистов, к Конституции США и центральному правительству. Обе партии, по сути, провозгласили верность федеральному государственному устройству, Конституции 1787 г. и основополагающим политическим принципам, восторжествовавшим на завершающих этапах Американской революции. Это проявилось как в идеологии, так и в политической практике партий-соперниц. Уже названия выпускавшихся двумя партиями газет — джефферсоновской «National Gazette» («Национальная газета») и гамильтоновской «Gazette of the United States» («Газета Соединенных Штатов»), как и созвучные фамилии их редакторов — Френо и Фенно, — как бы символизировали их единство в отношении государственных основ США. Джефферсоновские республиканцы с самого начала недвусмысленно заявили о намерении сопротивляться гамильтоновским федералистам в рамках сложившейся государственно-политической системы. Избрав подобную форму политической оппозиции, Джефферсон и его партия заложили краеугольный камень двухпартийной системы США — консенсус в поддержании и упрочении государственно-правовых основ Соединенных Штатов. Республиканская партия с особой решительностью противостояла попыткам обвинить ее в антифедерализме и тем более называть ее «антифедералистской». Она даже доказывала, сравнивая отношение двух партий к федеральной Конституции, что действительными антифедералистами являются Гамильтон и его последователи.