Вторгнувшись в 1755 году в Джунгарию, цинская армия в течение нескольких месяцев оккупировала её. Перегрызшиеся между собой ойратские князья не смогли ни объединиться перед общим врагом, ни дать ему отпор. Побеждённый Даваци в 1755 году был свергнут. Используя эту победу, Хунли ликвидировал единовластие и ханский престол в Джунгарии, рассыпав некогда могущественное государство на четыре отдельных княжества, подчинённых непосредственно Пекину. Такая децентрализация на основе родо-племенной розни ослабила ойратов. Это, и оставленный в Или отряд Баньди, сделали Хунли вершителем судеб Джунгарии. Вместо престола Амурсана получил титул и должность, означавшие его подчинение Цинской империи. Обманутый в своих ожиданиях, он вошёл в соглашение с рядом ойратских и халхаских военачальников. Осенью 1755 года Амурсана поднял восстание против иноземных сил, призвав ойратов к объединению. Повстанцы разгромили отряд Баньди. Однако часть князей переметнулась к маньчжурам, а другая — сохранила нейтралитет. Большая цинская армия вторглась в Или в 1756 году, и Амурсана бежал к казахам. Цинские войска по приказу Хунли приступили к поголовному истреблению ойратского населения, в результате чего к повстанцам примкнули многие князья. Возвратившийся на родину Амурсана возобновил борьбу с захватчиками. Во время борьбы с Джунгарским ханством цинские войска в 1755—1758 годах неоднократно вторгались на Алтай, что положило начало присоединению Горного Алтая к России. В эти же годы цинские войска совершали походы в Казахстан. В результате на российскую территорию перешло много ойратских и алтайских беженцев.
Параллельно с борьбой ойратов за свою независимость, население Северной Монголии искало выход из тяжелейшего положения, созданного цинским господством. В разорённой Халхе не только доведённые до предела араты, но и быстро терявшие свои доходы ханы и князья втягивались в антиманьчжурское движение. Росло стремление к добровольному переходу в русское подданство. Князья во главе с Богдо-гэгэном II начали тайные переговоры с русскими князьями о переходе Халхи под руку императрицы Елизаветы. Героическая борьба ойратов будоражила халхаских монголов. Летом 1756 года в западной части Халхи вспыхнуло крупное антиманьчжурское восстание. Его возглавил князь хотогойтов Чингунжав. Конница повстанцев действовала у самых границ Джунгарии, помогая ойратам в борьбе против их общего врага — маньчжуров. Чингунжав поддерживал связь с Амурсаной, предлагавшим объединить силы. Крайне опасаясь единения халхаских монголов и ойратов, Хунли привлёк на свою сторону князей Халхи. Ламаистская церковь призвала к прекращению борьбы. Чингунжав, не получивший поддержки, в 1757 году был разбит и казнён, однако лишь в 1758 году цинским властям при помощи князей и лам удалось погасить пламя восстания и расправиться с непокорными. В затихшей Халхе по приказу Хунли все опасные и подозрительные монгольские феодалы были казнены, тайно отравлены или отстранены от власти.
К этому времени маньчжуры сконцентрировали в Джунгарии крупные силы под командованием Чжао Хуэя, в 1757 году победившего повстанцев в сражении под Урумчи. Мощная цинская армия, пришедшая из империи, продвигалась по Джунгарии, предавая всё живое огню и мечу. Тем не менее, сопротивление ойратов продолжалось, и в него включились остальные князья. После очередного поражения Амурсана бежал на территорию России, где умер от тифа. Вслед за этим в том же 1757 году восстание ойратов было потоплено в крови, Джунгарское ханство было уничтожено. Хунли отдал приказ цинским войскам поголовно истребить ойратское население. Из общей его численности в 600 тысяч человек 85 % были перебиты, умерли от голода или оспы, и 5 % (30-40 тысяч) бежали в пределы России, под пятой завоевателей остались лишь 10 %. опустевший край был разбит на три округа — Или, Урумчи и Тарбагатай — и отдан под власть наместника. Здесь стали создаваться города с цинскими гарнизонами и управами.
1.5. Завоевание Кашгарии
В Кашгарии (Восточный Туркестан) существовало теократическое уйгурское государство. Его раздирали религиозные распри между двумя основными течениями мусульманского духовенства — «белогорскими» и «черногорскими» ходжами, а также между правителями городов (хаким-беки) и ханской властью. Последняя боролась за централизацию страны, а хаким-бекам была выгодна её раздробленность. Борющиеся стороны часто опирались на внешние силы, что облегчало подготовляемое Хунли завоевание этого края.
Сяньфэй — кашгарская наложница Цяньлуна.
Перед походом в Кашгарию цинская дипломатия провела тщательную подготовку. Местным феодалам (беки) обещались освобождение от власти теократов (ходжи), установление мира и порядка, неприкосновенность господства местной знати над трудовым населением. При этом маньчжуры умело использовали неспособность местных феодалов к централизации и к самозащите от натиска внешних сил, их стремление опереться на внешнего покровителя-арбитра. В этой роли всё чаще выступал маньчжурский богдохан. Хунли умело манипулировал разобщённостью политических сил в Кашгарии, поддерживая «белогорских» ходжей против «черногорских», а хакимов — против тех и других.
«Белогорские» ходжи во главе с Бурхан-эд-Дином и его братом Хан-Ходжой боролись против «черногорских» ходжей, правивших Кашгарией. С помощью маньчжуро-китайских войск «белогорские» ходжи в 1755 году захватили власть в крае, и на ханский престол был возведён Бурхан-эд-Дин. Рассматривая его как своего ставленника и «данника», Хунли потребовал от него «дань» и изъявление покорности. Желая сохранить независимость, Бурхан-эд-Дин и его брат сбросили с себя цинскую опеку и подняли население на борьбу за веру. Хотя на сторону маньчжуров перешли хаким-беки ряда городов, повстанцы в 1757 году разгромили «восьмизнамённые» части, прибывшие в город Кучар. Из покорённой Джунгарии сюда была направлена большая армия во главе с наместником Чжао Хуэем и Ярхашанем. После двухмесячной осады она в 1758 году овладела Кучаром, уничтожив более тысячи человек. В течение трёх месяцев армия Чжао Хуэя осаждала Яркенд, но сама оказалась окружённой под его стенами героически сражавшимися силами Хан-Ходжи и прибывавшими к нему новыми отрядами уйгуров. Они сорвали первую попытку подошедших цинских войск деблокировать Чжао Хуэя. Это с большим трудом удалось лишь со второй попытки в 1759 году. Подход новых цинских подкреплений, подкуп маньчжурами хаким-беков ряда городов и внутренние распри среди уйгурских феодалов во многом свели на нет успехи повстанцев. В 1759 году двумя колоннами завоеватели перешли в наступление, пали города Кашгар и Яркенд. В сражении у озера Яшиль-куль уйгурские войска были разбиты. Под давлением превосходящих сил врага Бурхан-эд-Дин и Хан-Ходжа с частью войск, беженцами и стадами скота отступили ещё дальше на запад, во владения бадахшанского правителя, и были им убиты. К концу 1759 года маньчжурское завоевание Кашгарии завершилось.
1.6. Политика Хунли на завоёванных территориях
Кашгария была поставлена под власть маньчжурского главноуправляющего, подчинявшегося наместнику Джунгарии и Кашгарии. Страна была разделена на шесть округов во главе с маньчжурскими наместниками. В городах и кишлаках власть осталась в руках мусульманских феодалов-беков, помогавших держать в повиновении уйгурское и иное население. Беки получали высшую власть над жителями земель, пожалованных им в наследственное владение. В свою очередь беки контролировались командирами городских гарнизонов и вышестоящими цинскими чиновниками. Уйгурские феодалы верой и правдой служили новым хозяевам, вместе с ними обирая и притесняя мусульманское население. Территория Джунгарии и Кашгарии получили название Синьцзян, то есть «Новая граница», став местом ссылки для противников цинского режима. Обезлюдение Джунгарии тревожило Хунли. Здесь стали размещать маньчжурские и китайские войска из Ганьсу, отряды солонов и дауров из Маньчжурии. В 1764 году в долину Или переселили несколько тысяч сибо. Были созданы маньчжурские военно-земледельческие поселения и китайские военные поселения, а также земледельческие поселения из сосланных сюда уйгуров — участников сопротивления маньчжурскому завоеванию. Сюда переселялись китайцы и дунгане. В 1771 году в Джунгарию с Волги вернулась часть торгоутов. Тем не менее, этот край так и остался малонаселённым.
С гибелью Джунгарского ханства Хунли и последующие богдоханы стали в полном смысле слова хозяевами положения в Халхе. После подавления восстания Цэнгунджаба Хунли продолжал политику подчинения и дробления Монголии. Число хошунов с 74 было доведено до 82. Укреплялась организация военного контроля. Для этого в 1762 году бали учреждены должности маньчжурского наместника с резиденцией в Улясутае (Урга) и двух его соправителей — помощников и советников со ставками в Улясутае и Кобдо; один из них назначался из монголов. Хунли запретил избирать богдо-гэгэна из среды ханских и княжеских семей Халхи. Был установлен порядок избрания и утверждения главы церкви и других высших иерархов, позволяющий отсеивать неугодных Пекину кандидатов. С 1758 года пост богдо-гэгэна занимали исключительно ламы из Тибета. Тем самым конфликт Пекина с ламаистской церковью был ликвидирован, а власть богдохана укрепилась. Хунли последовательно проводил политику дробления Монголии. К концу XVIII века число княжеств по сравнению с серединой XVII века возросло в 15 раз, с 7 до 105. В итоге росла феодальная раздробленность, резко сокращались средние размеры княжеств, а ханы и князья всё более утрачивали свои экономические, политические и военные возможности.