Преобразованию строительного масонства содействовала также работа членов тайных обществ, которые боролись за эмансипацию человеческой мысли и которые стали проникать в масонские ложи, когда увидели для себя полную возможность вести через ли пропаганду своих идей. Задача этих тайных обществ заключалась в борьбе с предрассудками и в завоевании свободы политической и религиозной.
"Все они, — говорит Нис, — были воодушевлены новым духом, который точно выражался словами: свобода, терпимость и братство. Для них не существовало различий ни по рангам, ни по религиям, для них отечество не предполагало узкой исключительности; они отличались космополитизмом в своих желаниях и стремлениях. И сверх того все они вели борьбу с теми же врагами: с деспотизмом и духовенством". (35)
К этим тайным обществам принадлежали почти все умы, руководившие обществом в XVII в., а именно: Бэкон, Бокль, Ян Коменский и Лейбниц.
Натурфилософы выступали передовыми и пламенными борцами гуманизма против схоластиков и обскурантов.
К тайным обществам принадлежали академии, которые образовались в Италии, начиная с половины XV в. Основанная с легкой руки Помпонио Лето Римская академия вызывала большое число подражателей.
Свои стремления и организацию эти ученые облекли покровом тайны.
"Все предания истории и в не меньшей степени вся сумма их личного опыта, — пишет Георг Шустер, — воочию убедили их в той истине жизни, что одними своими силами пророку ничего не добиться в своем отечестве, что новые великие идеи только тогда могут пробить себе дорогу сквозь косность, властвующей над тупой массой, и наоборот сопротивление прочих сил, когда они воспринимаются организованными группами, которые сознательно идут к одной цели". (36)
В конце XV и начале XVI столетий усиленную деятельность развивают общества и коллегии "Чешских Братьев". В 1500 г. они насчитывали до 200.000 последователей, владели множеством школ, имели в своем распоряжении типографии и создали огромную литературу. Работа производилась строго конспиративно. "Чтобы скрыть свои истинные цели и намерения, они вели свою работу под невинными формами, например, литературных обществ, правительственных лабораторий, типографских мастерских, ремесленных цехов и строительных корпораций". Огромное большинство союзов состояло из не посвященных в дела и задачи общества, все здание храма, для создания которого работало общество, было доступно только избранным братьям, или членам "академии". Эти общества преследовали цель распространения "света и правды во всем мире" и пропагандировали идею широкой веротерпимости.
Заслуга в распространении принципов этого общества в Западной Европе принадлежит Яну Амосу Коменскому (1595 — 1670), последнему епископу "Чешских Братьев".
Во внутреннем и внешнем родстве с учением "Чешских Братьев" находились в немецких государствах "поэты" и их "общества словесности". Первое место среди этих обществ занимала "Академия Пальмы". Эта академия основана принцем Людовиком Ангальт-Котенским в 1617 г.
В этом обществе господствовало реформационное направление. Оно объединяло всех протестантов, т. е. лютеран, католиков и последователей других религиозных направлений, использовавшихся государственным признанием.
Изучение национального языка было флагом, под которым скрывались другие цели и "творились тайные дела".
В символике немецких обществ большую роль играли знаки, которые употребляются в масонстве, а именно: солнце, три горящих светильника, "столпы Мира и Единства", две соединенные руки, три сердца, циркуль, наугольник, глобус и т. д.
В 1643 году Филипп фон Цевен основал в Гамбурге "Братство Трех Роз", устроенное по образцу "Академии Пальмы". Развитие немецкого языка было для этого братства лишь прикрытием, за которым скрывались другие более важные задачи, задачи борьбы за свободу совести и устранение разъединяющих людей национальных, церковных и сословных противоречий. Братство охотно открывало свои двери и иностранцам и принимало в свои члены чехов, венгров, голландцев и французов.
В 1660 г. на нижней Эльбе появляется общество "Орден Лебедя". Этот орден своей задачей ставил невинное занятие музыкой и поэзией, но истинные цели его скрывались под туманным служением "семи искусствам, семи наукам и семи основным добродетелям" на благо человечества.
Кроме Италии и Германии академии натурфилософов существовали еще в Голландии, Испании, Франции и Англии; в последнем государстве они получили широкое распространение.
После 1620 г. в Лондон собралось много гонимых реформистов. "Чешских Братьев", "Розенкрейцеров" и т.п. Лондон сделался первой лабораторией революции. Все оппозиционеры и недовольные собирались в своих "невидимых" философских обществах и коллегиях. Главнейшим союзом являлась Лондонская академия, а самым верным деятелем ее Самуэль Гартлиб.
Помимо философских коллегий существовали и тайные союзы, проводившие либеральные идеи. Гартлиб учредил тайное общество и сочинил описание идеального государства "Макарии", образцами для которого служили "Утопия" Томаса Мура и "Новая Атлантида" Франсиса Бэкона (изд. 1638 г.).
Утопия Мура вообще служила образцом и руководством для всех последующих реформаторов мира.
Английская революция 1648 г. открыла новые возможности для работы реформаторов. Надобность в тайных обществах отпала. Либеральные идеи по переустройству мира теперь возможно было вести легально. В 1662 г. рождается в Лондоне знаменитое "Королевское Общество Естественных Наук", по образцу Лондонского общества возникает Берлинское общество наук, первыми членами которого были Лейбниц, Гофман Штурм и другие.
Все эти лица были до этого участниками тайных обществ или же соприкасались с умственным брожением, возбужденным Коменским и поддержанным академиями. Те задачи, которые преследовали старые общества, по наследству перешли к новым академиям, и обществам. Изменились только формы движения, сущность и содержание движения остались неизменными.