Маргарита Датская, заключившая Кальмарскую унию, была признана в Финляндии королевой в 1398 г., то есть на 9 лет позже, нежели в Швеции. Наследник её Эрик Померанский (1412—1439) сумел временно возвысить значение королевской власти; он упорядочил судопроизводство в Финляндии, разделив страну на два судебных округа, южный и северный.
В Финляндии Эрик пользовался любовью народа, но в Швеции его не любили за то, что он роздал важнейшие должности датчанам и немцам, притеснявшим население. Это вызвало восстание далекарлийцев. В Швеции наступил период анархии, ознаменовавшийся борьбой приверженцев Дании, или унионистов (духовенство и высшее дворянство), с патриотической партией (низшее дворянство и крестьянство). Борьба отразилась и в Финляндии. Во главе патриотической партии стояли Энгельбрехтсон, затем Карл Кнутсон, финляндец родом, три раза избиравшийся регентом государства, а после его смерти (1470) — фамилия Стуре.
Во время регентства Стена Стуре старшего вспыхнула война с Русью (1495-97). Русские осадили Выборг, где заперся воевода Кнут Поссе, но внезапно отступили, испуганные, вероятно, взрывом мины, и опустошили Саволакс и Тавастландию. Стуре, занятый борьбой со своими противниками, не мог помочь финляндскому войску; война кончилась выгодным для Руси перемирием в Новгороде. Когда Густав Васа восстал против Христиана II, датчане держались в Финляндии дольше, чем в Швеции, вследствие чего освободительная война затянулась здесь на несколько месяцев. Со времени Ореховского мира страна разделялась на следующие провинции: Аландия, собственно Финляндия, Сатакунта, Нюландия, Тавастландия и Западная Карелия. Важнейшими замками, служившими резиденцией шведских вельмож, были Або (в первый раз упоминается в 1198 г.), Выборг и Тавастгус (Кроноборг). Кексгольм по Ореховскому договору отошёл к России. Замки служили резиденциями шведских вельмож, владевших в Финляндии обширными ленами, которые, однако, не были наследственными.
В руках шведов находились все высшие административные и судебные должности. Впоследствии на низшие должности начали назначать местных дворян. До 1435 г. только дворяне имели право посылать депутатов на риксдаги, которые называются «господскими днями» (herredagorna). Языком администрации был шведский, но население продолжало говорить по-фински. Шведские нравы распространялись из замков, но медленно. До конца средних веков финны мало прониклись шведской культурой, в значительной степени сохранив древние традиции, включая и некоторые языческие обычаи. Духовенство пользовалось более значительным влиянием, нежели светская власть. В его руках скопились значительные богатства. Суду светской власти подлежали не только духовные лица, но и светские, за проступки против церковного благочиния. Абоские епископы были могущественными владыками и вместе с тем первыми пионерами культуры. Самые замечательные из них, кроме названных выше: Хемминг (1338—1366), Беро Бальк (1385—1412), Магнус Таваст (1412—1450). Несмотря на ревность епископов, христианство до конца периода не успело пустить глубоких корней; введение протестантства при Густаве Васе и его преемниках не встретило никакого сопротивления. Торговля находилась в руках ганзейцев. Города были устроены по германскому образцу.
Правление Густава Васы (1523—1617)
Одним из первых и самых ревностных поборников протестантства в Финляндии был Микаэль Агрикола (1510—1557), сын финского рыбака, впоследствии абоский епископ. Он создал финский алфавит, перевёл на финский язык сначала молитвенник, потом Новый Завет (1548). В предисловии к молитвеннику выражалась уверенность, что «Бог, читающий в сердцах людей, поймет, конечно, также молитву финна». Этим Агрикола положил начало финской письменности.
При Густаве Васе началась колонизация северных пустопорожних пространств, решительной централизацией в экономике состоящей в том, что налогообложение и финансовое управление, ранее основанные на системе феодальных прав, теперь стали входить в сферу прямого управления централизованного государства. Финансовые трудности королевской власти, приведшие почти к полной конфискации церковного имущества, послужили причиной провозглашения в 1542 году незаселённых земель Финляндии королевской собственностью, это подготовило почву для обширной территориальной экспансии, в особенности в Саволаксе, где поселения распространялись на сотни километров в северном и северо-западном направлениях и стали приносить доходы в виде налогов.
При нём же основан Гельсингфорс (1550). Его война с Россией (1555—1557) окончилась миром в Москве, не изменившим границ государства. Густав Васа укрепил королевскую власть, но рядом с этим возвысил также значение дворянства. Отбирая земли у духовенства, он раздавал их дворянам. При его сыновьях значение дворянства ещё более усилилось и достигло кульминационного пункта во время борьбы Сигизмунда с герцогом (впоследствии королем) Карлом. К этой эпохе относятся первые серьёзные проявления сепаратизма финляндских вельмож. Будучи делом властолюбия отдельных лиц, попытки обособления Финляндии не пользовались сочувствием народа: он оставался верным законной власти, видя в ней защиту против аристократов. Понимая, что трудно управлять Финляндией из Стокгольма, Густав Васа назначил правителем страны своего сына Юхана, получившего титул герцога Финляндского. После смерти Густава Васы (1560) герцог Иоанн задумал отделиться от Швеции и сделаться самостоятельным государем. Он вступил в борьбу со своим братом, королем Эриком XIV (1560—1568), но был побежден и отвезен пленником в Стокгольм. Став королем (1568—1592), он щедро вознаградил дворян за оказанную ему поддержку; они были освобождены от обязательной военной службы, но сохранили сопряженную с этой повинностью свободу от уплаты поземельных податей.
В царствование Юхана Финляндия начала называться великим княжеством (1581). После смерти Юхана началась междоусобная война. Приверженцы герцога Карла Сёдерманландского (будущего короля Швеции Карла IX) были защитниками монархических традиций, протестантизма, государственного единства; на стороне же Сигизмунда III (Короля польского и Великого князя литовского, а с 1594 года — Короля шведского), стояли мятежные вельможи, которые не могли забыть времён Кальмарской унии и ценили в Сигизмунде только то, что он был далеко. Самым могущественным из этих вельмож был штатгальтер Финляндии Клас Флеминг. Финляндия под его управлением фактически отделилась.
Дворяне угнетали народ, что вызвало в северо-западной Финляндии (Эстерботнии, ныне — Похьянмаа) восстание крестьян. Возмущенные притеснениями и, главным образом, воинским постоем, особенно обременительным во время шведско-русской войны (окончившейся Тявзинским миром в 1595 году), эстерботнийцы взялись за оружие. Существует мнение, что они обращались с жалобой к герцогу Карлу, но получили от него совет расправиться с притеснителями собственными силами. Этот эпизод из истории финского крестьянства известен под названием «дубинной войны» (1596—1597). Флеминг жестоко подавил восстание, его руководители во главе с Яакко Илккой были казнены, сам же Флеминг стал могущественнее, чем когда-либо ранее, однако вскоре неожиданно умер.
Его дело продолжал в Финляндии Арвид Стольарм, два года боровшийся с Карлом. В 1599 году герцогу удалось, наконец, смирить непокорных. Могущество финляндского дворянства было сокрушено; оно постепенно слилось со шведским дворянством. При Карле IX (1599—1611) и в особенности при Густаве-Адольфе (1611—1632) центральная власть усилилась, введены были усовершенствования в администрации; налоги были приведены к некоторому единству, но не уменьшились, а возросли, так как беспрерывные войны опустошали государственную казну. Густав-Адольф издал в 1617 г. сеймовый устав, по которому риксдаг был разделен на четыре сословия. В 1616 г. земские чины Финляндии собрались на местный сейм под председательством короля, в Гельсингфорсе.
Великодержавное время (1617—1721)
Из внешних событий того времени особенно важное значение для Финляндии имел Столбовский мирный договор (1617), по которому Россия уступила Швеции обширную область — так назывываемый Кексгольмский округ. Православное и обрусевшее карельское население этой местности неохотно мирилось со своим новым положением. Когда русские войска при царе Алексее Михайловиче в 1656 г. вторглись в Карелию, население примкнуло к ним. Боясь мести шведов, православные корелы после отступления русских войск почти поголовно переселились в Россию. Их место заняли переселенцы из внутренних частей Финляндии. В Тридцатилетней войне финские войска играли видную роль, фельдмаршал Горн был финляндец. Налоги и рекрутские наборы истощили силы страны. К этому присоединялись злоупотребления чиновников, довольно бесцеремонно хозяйничавших в стране. Беспрестанные жалобы населения побудили правительство (во время регентства по случаю малолетства королевы Христины) назначить в Финляндию генерал-губернатора, Пера Браге (1637—1640 и 1648—1650). Это был один из лучших представителей бюрократизма того времени. Он много сделал для поднятия экономического благосостояния страны и для распространения просвещения; главным его делом было основание университета в Або (1640), впоследствии перенесенного в Гельсингфорс.
Царствование Карла Χ Густава (1654—1660) не оставило следов в Финляндии. Его преемник Карл ΧΙ (1660—1697), опираясь на сочувствие крестьян, горожан и духовенства, провел так называемую редукцию. Преемники Густава Адольфа, нуждаясь в деньгах, роздали обширные пространства казенных земель дворянам, частью в виде пожизненной или наследственной аренды, частью на правах полной собственности. В силу редукционных актов все земли первого рода и большая часть вторых отошли в казну. Редукция имела громадное социальное значение для Финляндии, предупредив возникновение поземельного дворянства. При Карле XI состоялась реорганизация армии на основании поселенной системы, сохранившейся в главных чертах до XIX в. Время Карла XI было господством ортодоксального протестантизма. Преследуя, нередко весьма сурово, еретиков, церковь прибегала, однако, и к просветительным мерам. Особенно памятна деятельность в этом направлении епископов Терзеруса (1658—1664), Гезелиуса Старшего (1664—1690) и Гезелиуса Младшего (1690—1718). С этого времени среди финского населения начала распространяться церковная грамотность, не шедшая, впрочем, дальше уменья читать. В 1686 г. издан церковный устав, отмененный в Финляндии только в 1869 г. В конце царствования Карла XI Финляндию постиг страшный голод, истребивший почти четвёртую часть населения.